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当前，机关事务管理的基本理论研究仍然存在大量空白，目前尚没有一个统一的、整体性的研究框架对这一领域进行分析研究。但是，我们仍然可以从相关学科中找到相关理论进行机关事务管理研究。
机关事务管理本身是一种组织行为，离不开组织行为理论的指导。对组织行为理论的研究，最早可以追溯到马克斯·韦伯的科层制理论。韦伯认为，组织的合法权威有三种来源：习俗惯例、个人魅力和法规理性，而官僚制是一种依靠法规理性的、最有效率的管理体制。“纯粹的官僚体制的行政管理……适用于一切任务，纯粹从技术上看可以达到最高的完善程度，在所有这些意义上是实施统治形式上最合理的形式。”
尽管官僚制在韦伯所在的时代是一种“历史趋势”，但随着官僚制长期的实践，其弊病也日益显著，受到了越来越多的批评。
官僚制的一个弊病就是组织信息的危机。官僚制倾向于强调信息自上而下的传递，身处等级结构最高的人尽管能够建立特定的制度安排来控制那些越出正常的政策执行结构的举动，但并不真正了解政策执行的具体情况。最了解政策执行情况的人是那些执行政策的人，但他们却没有决策权，他们只能通过组织内自下而上的信息通道一级一级地传递。官僚制金字塔型的组织结构导致了决策权与信息结构的背离。这也使得下级在服从上级指令与服从自己的专业化知识之间左右为难，因为一个涉及外在强加的纪律，另一个是专业化本身的内在性质。如果说上级职位的权力是一种创制权，下级的权力则可以用来修改、延缓或阻碍这些创制权。为了维护职位的权力，削弱下级来自专门知识的权力基础，行政上级则倾向于强调组织原则和垄断信息等方法，使外人不了解决策的基础。然而，为了实现组织的目标，信息的共享与整合是不可或缺的。组织的一项基本任务就是将个体知识整合为集体知识或组织知识；个体所拥有的知识必须上升到集体甚至组织层面，才能为组织目标的实现提供支持。因此，官僚制的稳定性事实上与它所依存的信息的广泛性和扩散性是不相容的。
官僚制的另一个弊病是激励困境。官僚机构可以通过国家预算吸取财政资源，因此它免除了所有其他组织所承受的市场压力。由于缺乏竞争，官僚制在成本上总是无效率的。从专业性看，官僚制趋向于保守，难以进步。由于官僚制在管理上通过高度分工和专业化实现绩效和效率，大量的岗位和技术是专用于特定职能的，这种专业化也使得官僚制是最不愿意改变自身工作方式的组织。
此外，官僚制忽视了人的情感情绪。过分强调模式化的职责，将导致情感从组织的目标转移到规则所要求的行为细节。规则原本只是手段，现在却变成了终极目标。在许多案例中，一些追求效率的非常规操作化的设计，常常会导致仪式化的或特别刚性的行为，两种行为都有损效率。
为解决官僚制组织的弊端，20世纪80年代以来，一场以“新公共管理”为名的公共管理运动逐渐兴起。其基本观点认为，新公共管理是以有效率的市场机制取代无效率的科层官僚制。胡德总结了新公共管理的七项学说和与之相对应的工具，具体包括：（1）公共部门专业管理实践——人力资源管理系统、战略规划、正式制度的转换；（2）清晰的绩效标准和举措——平衡指标体系；（3）更加关注产出控制——绩效评估系统、绩效工资；（4）公共部门单元的解制——组织结构重塑，包括创立单一目标组织、代理机构、股份制、结构重组等；（5）公共部门更多竞争——服务外包、合同外包、公私伙伴关系、服务合同；（6）强调私人部门管理风格的实践——预算改革、会计政策的采纳、信息技术的采用、变革管理；（7）强调资源使用的规则和节约——会计规制和内外部审计系统的运用。新公共管理运动不仅在规模和管理上对传统官僚体制进行了改革，更重要的是改变了政治与行政的二者分离的状态，“新公共管理的采纳意味着公共部门管理领域中新范式的出现”
。
然而，新公共管理运动也招致了大量的批评。到20世纪末，新公共管理运动的实践基本“消亡”了。批评者指出，公共部门市场化将导致政府自身定位的偏离，以市场机制解决公共问题从根本上说违背了政府存在的目的，新公共管理运动也面临经济学“市场失灵”的矛盾。以合同制为代表的私营企业管理方式常常不适用于公共部门，因为公职人员既不是合同的所有者，也难以从合同中获得直接的收益。在相关改革举措的推行上，受到传统官僚组织的抵制，新公共管理运动也存在着断裂的趋势，即表面上公共部门采用了新的管理方式，但实际上组织的日常运作没有发生改变。许多学者认为，新公共管理的这些特征是没有实质内涵的“夸大伎俩”，实际上并没有改变任何东西，是“新瓶装旧酒”。而且，新公共管理在实施中产生了意料之外的“副产品”，主要包括：（1）结构放权导致的碎片化和角色模糊弊端；（2）扩大单一目的的组织和垂直专业化；（3）忽视跨机构合作；（4）过多的管理自主权；（5）不连续性和非线性；（6）破坏政治控制，制造不信任，产生角色模糊的弊端。新公共管理改革的实际效果也从另一方面印证了它的限度。以新自由主义理念为指导的政府改革试图通过缩小政府规模、减少政府职能来削减公共开支，但是，“推行‘撒切尔的绝对真理’之后17年，公共开支仍相当于国民生产总值的42.25%，和当初她上台时相同”
。
基于新公共管理运动的失败，一些学者试图去超越新公共管理理论，后新公共管理随之产生。后新公共管理在某种程度上是韦伯科层制理论和新公共管理的混合体。后新公共管理通过重新集权或强化协作能力来加强组织协调。然而，这一方向的努力仍未超越新公共管理的框架，仅仅是对新公共管理存在的问题予以部分解决。另外一些学者则认为，新公共管理失败的根本原因在于政治体系。“当今公共行政中广受批评的绩效不彰的问题，主要源于政治系统结构上的设计，并非源于公共行政本身的能力不足。”
为此，应当从政治制度设计上重新建立公共管理的范式。比如在代议制框架外，建立公共服务供给的社会参与机制。
政府机关区别于其他社会组织的关键就在于其本身所具有的公权力。公权力（publicpower）是指在公共管理的过程中，由以国家为代表的政府机关和人员掌握并行使的，用以处理公共事务、维护公共秩序、增进公共利益的权力。公权力的产生来自国家，恩格斯指出：“确切地说，国家是社会在一定发展阶段上的产物；国家是承认：这个社会陷入了不可解决的自我矛盾，分裂为不可调和的对立面而又无力摆脱这些对立面。而为了使这些对立面，这些经济利益互相冲突的阶级，不致在无谓的斗争中把自己的社会消灭，就需要有一种表面上凌驾于社会之上的力量……这种从社会中产生但又自居于社会之上并且日益同社会相异化的力量，就是国家。”
人类进入国家状态，就会受到国家公权力的强力制约。公权力作为维持社会秩序的工具，其主要手段就是配置资源；通过公权力配置资源来平衡各方利益——国家之间、国家内部各种利益主体之间的利益——以维护公共利益，使世界和平共处，社会和谐发展，这是公权力存在的意义。公权力既是国家权威的体现，也是社会公共服务的供给来源。公权力通过从私人那里索取和征收财富，而为私人创造出了更大的财富。这种财富的最主要的体现便是秩序、和平和公共设计。
诚然，公权力的行使需要依靠法律。现代国家无不以“人民主权”的原则来建构国家的政治制度，承认“政府的正当权力，则得自被统治者的同意”
。在现代国家宪法的基础上，人民让渡给国家的权力通过法律规范获得了确认，就转化成行使性权力，其表现是国家机关通过宪法和法律在国家机构体系内配置的并由不同国家机关和公职人员掌握和运用的权力。恩格斯指出：“官吏既然掌握着公共权力和征税权，他们就作为社会机关而凌驾于社会之上……他们作为同社会相异化的力量的代表，必须用特别的法律来取得尊敬，凭借这种法律，他们享有了特殊神圣和不可侵犯的地位。”
公权力的行使催生了官僚机构和官员的产生。因此在现代国家中，公权力尽管归属于全体人民，但实质上是由官僚机构中的官员掌握并代理行使。
这种官员与国家间的代理委托关系使得“公权力从其产生开始，就存在着被异化的可能”
。所谓公权力的异化，是指公权力的运行超越了其既定的轨道，背离了它的公共性本质，被公权力代理人用于谋求私人利益，成了掌权者的私有物，服务于掌权者的私利。丹尼斯·朗指出：“如果权力关系是必需的，也许会被描述为必需的邪恶。这种邪恶在于权力容易滥用，在于权力容易从合法领域扩大到其他领域，这主要因为作为潜在通用手段的权力地位，可以为任何集团、任何个人的目的服务。”
公权力的异化，在政治上扰乱了政治运行的正常秩序，在经济上则表现为公权力参与财富的分配。“权力参与财富分割的方式有显性的和隐性的两种，显性的支配包括制度化的途径，比如国有企事业单位按行政职位等级确定工资、福利等报酬，而且这些等级间差别越来越大，行政级别高往往意味着掌握的权力大，在责任缺失或不足的状况下，高报酬就成了对权力的馈赠，而不是对责任的合理回报，其实质是权力对财富的摄取，势必扭曲社会财富分配格局。”
隐性的支配主要是指通过钱权交易、权力寻租等非法途径，将公权力渗透到经济领域，以攫取高额利润和不正当的收益。“权力资源尽管也是一种资源，但它同许多资源有一个重要的分别，这就是它还可以在很大程度上甚至在决定性的意义上，影响其他许多资源的配置。”
需要注意的是，公权力与公权力之间并不是孤立的。“国家的权力是一个有着不同层次和结构的系统，即权力系统。在权力系统中，各种子权力系统之间不是无关的和离散的，而是存在着一定内在的关联性。”
公权力与公权力之间的结合以及公权力与利益集团的结合扩大了公权力异化的范围和能力。作为公权力代理人的政治官员，当他们卷入寻租活动，必然会对收入和生活机会进行再分配，并使公共生活政治化。基于这个原因，在集体行动的所有层面上，有组织利益集团与政府机构之间往往会形成共谋，即出现设租者与寻租者之间的联盟。孙立平教授就指出，利益集团的行动要真正取得效果，最有效的办法就是与行政权力结盟。公权力的异化直接妨碍了公共权力的正常运行，破坏了公权力赖以存在的道德基础及合法性基础，因此，必须防止公权力的异化。法国启蒙思想家孟德斯鸠认为，一切有权力的人都容易滥用权力，这是万古不易的一条经验。有权力的人们使用权力一直到遇有界限的地方才休止。因此，“从事物的性质来说，要防止滥用权力，就必须以权力约束权力”
。能否使公权力受到制度的限制，使权力的行使受到制约，是公权力正确行使的重要保障。正如俞可平教授指出的：“国家治理体系现代化的首要衡量标准就是国家公共权力运行的制度化和规范化。”
依据公权力理论，一方面，政府机关自身公权力的运转存在异化的危险，因此需要机关事务管理的专业部门进行事务管理，以此确认机关事务管理部门存在的合理性和合法性；另一方面，机关事务管理部门作为政府机关的一部分，同样具有公权力，需要依靠法律制度的方式予以规范。