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食物安全和淡水供给安全，是21世纪中国两大战略性问题。今天公众对转基因生物之所以存在戒心，很重要一点就是担心转基因生物，尤其是转基因农作物或由它们加工成的食品会给人类身体健康带来损害。对转基因农作物持反对意见的人认为：
1．认为只要转基因农作物某些重要成分没有改变，就可以认为与天然品种“没有差别”，因此不必再进行转基因植物安全性检测的“实质性等同”概念不合适。因为食物安全性不仅要检测其主要成分是否发生改变，而且还应包括其他各方面测试结果，才能确证其安全性。
2．抗性选择标记基因可能编码出对人体有直接毒性的蛋白质，或者编码出的蛋白质所具有的催化功能对宿主的代谢具有潜在毒性作用，并出现滞后效应或长期效应。
3．转基因植物可能会表达出过敏蛋白；有的基因表达出的蛋白质与已知的过敏蛋白质在免疫学上具有同源性；有的基因表达的蛋白质家族中的某些成员是过敏蛋白，它们都有可能使过敏体质的人产生过敏反应。
4．转基因农作物表达出的某些蛋白质，可能会潜因默化地影响人的免疫系统，从而对人体健康造成隐性的损伤。
5．改变农作物品质的基因及其表达产物，可能会改变宿主体内的代谢途径，从而改变转基因食物的营养成分。
6．将动物蛋白质基因转入农作物中，是否会侵犯素食者或宗教信仰者的权益？把人的某些基因转入农作物或牛、羊等家畜体内，结果在农作物或家畜的肉、奶中含有人的某些蛋白质，这样做是否违反了人类伦理道德？
而持有不同见解的人士则认为，转基因农作物潜在的安全隐患完全可以得到克服：
1．“实质性等同”概念是安全性评价的起点，而不是终点。持否定观点的人是对这一概念产生了误解。“实质性等同”是指将转基因植物与传统该植物的营养成分、生理性状、分子特征、毒素含量和过敏原等进行比较。如实质上相同，应同样对待，视为安全。而随后转基因植物安全性评价，则包括外源基因及产物的安全性，和接受外源基因植物意外性状评价。
2．转基因食物要经过多阶段（研究阶段、大田阶段和环境释放阶段）、多环节的安全性评估，然后再经过有关部门审核批准后才能进行商品化生产。比如，在转基因大豆营养成分审核中就要求有毒成分——龙葵素含量不能增加，而营养成分——异黄酮、磷脂不能降低。评价是分阶段进行的，批准证书也是分阶段发放的。
3．国外在进行转基因食物动物实验时，曾发现极少数品种可能会导致人体过敏反应，政府便很快停止其商品化生产。
4．美国是转基因农作物及其加工食品生产大国。1983年世界上诞生的第一种转基因农作物是烟草，到1993年在美国才推出了第一种商品化转基因食物——可延迟成熟的西红柿，但是直到1996年在美国才允许用转基因西红柿做的番茄酱在超市出售，足见其对安全性的考察是多么慎重。现在，在美国有60％的加工食品含有转基因成分，品种高达6 000种以上。而英国超过7 000种婴儿食品、巧克力、冷冻甜品、面包、人造奶油、香肠、肉类产品和代肉食品等日常必需品含有转基因成分。世界上食用转基因农作物及其加工食品者数以亿计，光是在中国每年进口的美国转基因大豆就高达1 500万吨。目前，在国际上尚无一例因食用转基因农作物及其加工食品而出现影响人体健康的安全事故。据估计，转基因食品的安全风险小于十万分之一。
5．绝不能因噎废食。应采取举证排除法，即不能证明它有问题，就应该被判定它为没有问题。这才是一种正确对待转基因农作物或食品的态度。因为人们提出的转基因农作物的安全性问题，很多仅是公众的疑虑，尚缺少科学的证据，人类绝不能陷入无休止的、没有结论的争论之中，而延误了高新技术的发展。
事实上，全世界转基因农作物不仅研究的势头很猛，而且种植的面积一直在扩大，同时转基因农作物的产品销售额也一直在迅速上升。发展中国家所占的份额也正在增加。即使是过去曾坚决抵制转基因农作物的印度和巴西这两个发展中的大国也开始种植转基因农作物了。西欧过去更是激烈反对种植转基因农作物，但是从1998年开始西班牙和法国也分别引种了转抗虫基因玉米2万公顷和2 000公顷；到1999年其种植面积又有所扩大，这说明欧盟国家也开始接纳转基因农作物。
生物安全是指现代生物技术研究、开发、应用，以及转基因生物跨国转移，可能对生物多样性、生态环境和人体健康产生潜在不利影响。特别是各类转基因生物活体释放到环境中，可能会对生物多样性构成潜在的风险和威胁。其具体表现在：
1．科学家赋予了转基因生物某些全新的性状，增强了它们与其他生物的生存竞争能力，它可能会使本地区本来生活力就很纤弱的个体或物种加速从地球上消失。即转基因生物可能会成为某一地区新的优势种，成为“入侵生物”。
2．载体介导的外源基因（vector-mediated genes）可能发生横向转移，重组出新的菌株或病毒。1995年霍夫曼（Hoffman）等人发现植物外源基因可以向土壤中微生物转移；德国科学家还发现转基因植物的外源基因可以进入霉菌体内。而微生物中的外源基因又有可能横向转移入杂草。
3．协同作用的风险也不可忽视。比如，转基因生物转化的基因产物可能会加重其他病毒危害的症状，或者使被侵染组织中病毒浓度提高，使转基因生物成了病毒的新寄主。
4．具有抗虫功能的转基因植物，其体内产生的抗虫蛋白可能使害虫产生抗性，使害虫变得更加难以防治？现在也已发现具有抗病毒功能的转基因植物，可以使相应的病毒出现抗性。
5．转基因植物可能会变成野生种类，或者它侵入新的生态区域，破坏了生态平衡后而成为杂草。据统计，一种随机选择的农作物，通过改变它们的分布和种植状况，变成杂草的概率可达到1％～10％。
6．抗除草剂基因等可能会通过花粉传播或近缘种杂交进入到杂草或半驯化植物中，结果产生出超级杂草。1996年米克尔森（Mikkelsen）发现转抗除草剂基因的油菜可以与某些杂草杂交，并结出种子，即外源基因可以较快的速度扩散。美国俄亥俄州大学科学家也发现，如果野草与转基因农作物杂交，将令野草长得更茁壮，产籽更多。同时还发现芸苔的基因也可以快速地向野生油菜转移。
但是，有不少人认为转基因生物不大可能对生物多样性构成威胁，造成生物安全问题：
1．转基因生物生命力并不像人们所想像得那么强。几位著名的英国科学家经过长达10年的反复试验后发现，一些抗除草剂或抗虫害的转基因植物（玉米、甜菜、油菜、土豆），在野生状态下并不比普通农作物生命力强。在试验中，它们不但没有向周围地区扩张、蔓延，而且连在原来范围内继续生存都有困难。
2．转基因农作物要想达到增产的目的，就必须给以一定的水、肥条件等，否则有时还会出现减产，在印度就曾发生过。
3．许多农作物花粉传播的距离有限，像玉米在种植区外50米就难以见到它的花粉。更何况，有不少农作物（如大豆）是自花授粉，它们不能把花粉传播给其他植物。
4．花粉存活时间有限，像禾本科植物的花粉在通常环境温度下也就只能存活1～2小时，而花粉具有受精能力的时间，比花粉存活时间还要短。
5．有一些原产地不在中国的植物，会难以与中国本地的一些植物杂交。比如原产地在美洲的玉米就是这样。
实际上，到目前为止，在转基因农作物种植大国也并未发生可觉察的生物安全问题。
转基因生物可能对生态环境稳定性造成破坏，对环境造成污染，这也是公众疑虑的重要内容。公众担心：
1．转基因生物的重组基因，打破了自然界物种的界限，进而打乱了生物进化的历程。现在，在自然界中生物之间的生存竞争，可能说是达到一种动态平衡状态。在这个平衡体系中的制约因素一旦改变，体系将会发展到另外一种完全不同的平衡体系，甚至彻底失控。
2．改变了生物的多样性和群落结构，生态系统的稳定性可能会遭到破坏。转基因生物是自然界中不存在的“人工制造”的生物，它们所具有的强大的生存竞争力将使处于脆弱平衡状态的农田生态系统等遭到破坏。
3．转基因生物回归自然界后，会不会使种植区周围生物受到危害，会不会影响生态系统中能量流动和物质循环。
4．重组微生物对某些化合物降解后所产生的中间物或最终产物，有的又会对环境造成二次污染。比如，可降解塑料的重组微生物，它所降解的中间产物就可造成环境二次污染。
5．重组DNA进入水体、土壤后，将流向何方？存活多久？它们会不会与细菌杂交，出现对人类有害的、新的致病菌？现在已知DNA在土壤中至少可以存留40万年。1992年意大利科学家就发现，被认为最安全的大肠杆菌K12菌株，进入下水道后竟可以存活72小时，在这么长时间里它完全可以与其他细菌进行基因交换。
6．转基因植物中，如含有对人体有害蛋白或过敏蛋白的花粉，有可能通过蜜蜂采集进入蜂蜜中，最后再通过食物链进入人体。
持有不同意见的人士，虽然也同意对转基因生物的环境安全要提高警惕，但是他们提请公众注意：
1．一种生物增加一、二种新基因，不能说它就成为一种新的品种。通过转基因技术所造成的生物性状变化，并不会改变一个物种的分类地位，充其量只能说是一种具有新特征的同物种有机体。至于说它会改变生物进化历程更是言过其实。
2．在进行基因重组时，所使用的DNA片段、酶等都是从自然界存在的物种中分离出来的；把动物、植物、微生物的DNA序列连在一起也是自然的。人们怎么能够把转基因生物看成是非自然的呢！
3．某些农作物含有抗病虫害基因，因此可以大大减少农药使用量，这是对保护生态环境安全和人畜安全做出的重要贡献。在种植转基因农作物农田里，益虫可以从少用农药中得益，数量一般都得到明显增加。
4．田间管理变得更加容易。比如在转基因农作物中含有抗除草剂基因，只要撒下除草剂就可杀死农作物周围的杂草。由于农民不必进行田间操作，这样对保护土壤环境反而有利。