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遗传性疾病不仅现有的医疗技术无法使之得到根治，而且严重的遗传病还很容易造成患者死亡。比如β-地中海贫血症患者，大多数病人在成年前会死于继发性感染或严重贫血，而依靠长期输血以维持生命者最后可因继发性血色病死亡。血友病患者当肌肉内反复出血会形成瘀班；关节腔内出血可使关节呈强直状态；颅内出血可导致死亡。重型先天免疫缺乏症，由于患儿淋巴组织高度发育不全，因此任何致病性因子感染都可造成婴儿死亡。面对着患有这些目前尚无法“治愈”疾病，不治或严重者又将死亡的病人来说，基因治疗就成了他们最佳、甚至是惟一的选择。正因为实验性基因治疗为患者点燃可能正常生活下去的希望之火，因此科学家的基因治疗方案，既容易得到患者或监护人的认可、自愿同意，也容易得到政府有关部门的批准。
其次，科学家认为基因治疗的思路是正确的，尽管目前仍困难重重，但是他们坚信基因治疗一定会获得成功。20世纪80年代以后，基因治疗已在世界各地普遍地开展起来，并取得一定进展。
第三，基因治疗存在着丰厚的商业利润的潜能。市场需求是拉动基础应用研究的原动力，当某人患了当前医疗技术无法“治愈”的疾病的时候，病人或监护者都希望能用最新实验技术治疗之，即使是倾家荡产也在所不惜。有人预测2010年基因治疗营业额将高达38亿美元，其中血友病基因治疗经济效益将达3.75亿美元，囊性纤维瘤可达1.83亿美元，高歇氏病为3.75亿美元，肌营养不良症为1.98亿美元。尽管这些预测不见得准确，但是在巨大的商业利润潜能刺激下，国家和私人投资者都已投入了大量资金研发，而众多医疗单位也在跃跃欲试。比如，美国国家心、肺和血液研究中心在20世纪90年代每年就投入大约1 300万美元研究经费，激励基因治疗新方法的发展。
虽然基因治疗从一开始就采用实验室研究和临床应用齐头并进的做法，但是直至今日基因治疗仍是进展缓慢。基因治疗所遭遇到的困难主要表现在靶细胞选择、目的基因转移和目的基因在靶细胞内表达调控等几个方面。
1．基础理论研究有待突破。即使是单基因病的基因治疗，仍然还有很多基础研究的障碍需要突破；至于多基因病，现在有许多连其致病的基因基础都不清楚，研究多个基因间相互作用更是难上加难。比如单基因病镰刀形红细胞贫血症，已知该病仅是由于一个碱基对发生突变所致，但是当科学家对它进行基因治疗研究时，却发现治疗过程异常复杂、困难，其中尚未突破的基础理论障碍实在太多。一直到2001年，美国哈佛大学医学院和马萨诸塞州剑桥技术研究院的科学家用艾滋病病毒作为载体，才在小鼠身上攻克了基因治疗镰刀形红细胞贫血症的一个主要障碍。他们声称，研究成果仅表明基因治疗可以现实地应用于治疗该疾病，但它仅仅只是一个信号。
2．需要寻找合适的靶细胞。目前虽然已有一些通用的靶细胞类型可提供给基因治疗使用，但是对于许多特定的基因病，还需要选择更合适的靶细胞。因为在做基因治疗时，要求有相当数量的靶细胞能接受目的基因，而且目的基因在其中要能长期或持久地表达，才能表现出疗效。
3．每个靶细胞只能整合入一个基因拷贝。基因拷贝多了会带来严重的问题。比如镰刀形红细胞贫血症，当一个人每一个细胞只遗传到一个致病基因拷贝时，他就仅具有镰刀形红细胞性状，却没有镰刀形红细胞贫血的症状，他也因此对疟病有了抗性，可以免得疟疾；如果病人每个细胞携带有两个致病基因拷贝，就可以表现出镰刀形红细胞贫血症，出现红细胞结块，造成阻塞血液循环系统、损坏器官的后果。
4．要选择和构建合适的载体，将目的基因专一地、高效地转移入靶细胞内，以提高疗效，减少或消除令人讨厌的副作用。如前所述，现在常用的载体是病毒，如逆转录病毒、腺病毒、腺病毒辅助病毒、痘病毒、单纯疱疹病毒等，这些病毒中有许多成员可以使患者染上包括癌症在内的严重疾病，因此使用它们作为目的基因载体时，必须百分之百地去掉它们的致病基因等，否则他既会给患者，也会给周围的人群带来致命的后果。但是这又谈何容易呢！科学家警告说，接受任何基因治疗的患者都有可能患上癌症。法国科学家在2000年用逆转录病毒做载体“治愈”的“气泡儿童”，其中一名在2002年10月患上了白血病，为此FDA暂停了3项基因治疗方案；2003年1月又有一名儿童被诊断出白血病，为此FDA又决定暂停27项类似的基因治疗试验。3名治愈的孩子之中已经有2人得了白血病！
5．目前尚缺乏一种令人满意的、有效的方法将目的基因导入靶细胞染色体定点位置上，做到“指到哪儿”，目的基因就能准确地插到DNA的指定位点。
6．要求控制目的基因在靶细胞内能适度地表达。任何基因表达量高了不行，低了也不行。比如生长激素表达量多了导致巨人症，表达量少了导致侏儒症；甲状腺素表达过度就出现甲状腺功能亢进，表达量不足就出现甲状腺功能减退症。目前，由于对基因表达的调控机理还有许多不清楚之处，对导入的目的基因多途径、多层次的表达调控更是十分困难。正在开发的、基于生理性反应的自动调节方案，也仅处于动物实验阶段。
基因治疗必须符合人类伦理道德，必须要为社会所接受，必须遵守相应的法规，这是许多科学家的共识。但是，实际上自基因治疗研究伊始，公众对基因治疗的必要性和安全性就一直存在着激烈的争论。
1．对严重的基因病进行基因治疗，结果使他们携带的致病基因继续在人群中保存、繁衍，这是不是支持了劣生？影响了人种的进化？
2．基因治疗研究、临床实验，国家都必须投入巨额资助，即使以后能在临床上正常应用，其费用也会很高，这样会不会造成本来就不充裕的医疗资源发生需求转移？而且适合做基因治疗的疾病都是一些很少见、很特殊的疾病，社会有没有必要为这些疾病花费那么多人力和财力？
3．在基因治疗中，目的基因必须整合入患者染色体的正确位置上才能发挥作用。如果目的基因整合到错误位置上，那么它可能根本不能表现出应有的效果，相反很可能患者还会出现某些机能失常。比如，整合入的基因会不会干扰靶细胞的正常基因表达，或使之失活？会不会造成靶细胞基因发生有害突变？会不会激活原癌基因，使恶性肿瘤发生的危险性加大？会不会导致患者免疫力低下，出现疾病易感问题？
4．载体安全问题。现在在基因治疗中最常用的载体仍然是病毒，如反转录病毒载体（retroviral vector）等，对患者是否安全呢？虽然，这些病毒在使用之前，都必须保证它们在靶细胞内不能表达有害的生物活性物质，但是，当这些“加工”过的载体病毒转入靶细胞后，会不会跟人体中已经存在的天然病毒相互作用后，使载体病毒产生免疫效应，或者因此而造成转入的基因只在一段时间里有效，不久就失效了呢？1999年在美国宾夕法尼亚大学接受基因治疗的青年突然死去，就是因为患者对腺病毒载体敏感所致。
5．单个基因在人的不同组织细胞中的功能可能并不相同，现在把它与载体相连并插入靶细胞染色体中，该基因在新的DNA环境下会不会表现出其他功能？它会不会参与到目前尚不了解的其他代谢反应中去，出现意想不到的后果呢？在互补整合技术中，把一段DNA取出来，再把另一段DNA插到该位置上，这新的DNA片段是否能表达出它应有的功能并校准到恰到好处呢？
6．如果有人想利用基因治疗方法提高人的智商或某一方面特殊功能，其后果更难以预料。盲目导入或去除某一自身遗传成分，会不会危及人类生存呢？
对基因治疗风险评估成了伦理争论焦点，因此科学家普遍认为基因治疗在严格控制下，目前也只能进行少量临床实验。将来，即使基因治疗技术成熟后，基因治疗也应该置于临床治疗的从属地位；人们对基因治疗前景只能持审慎乐观态度。
但是，也有人认为基因治疗并不存在伦理问题，因为它救治的是现在医疗技术所无法“根治”的基因病。