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机体将吸收的元素排出到原有量一半所需的时间，生物学上称为半衰期，或半排期、半减期（陈元明，2014）。半衰期表示某元素在机体内生物运转的速率。
Brandtkjelsen等用同位素示踪法追踪动物摄入 75 Se示踪剂，测定硒的生物半衰期和在单个器官的滞留率。在 75 Se给药一周后测得生物半衰期最短的器官是肝脏、肾脏和胰腺，将近4天；在 75 Se停药后，测得 75 Se在心脏中的半衰期为9天，血液中为7天。而在肌肉（12天）、脑和肺（13天）中的半衰期最长。但硒在这些组织器官中的半衰期均短于贫硒动物。
硒在人体内的半衰期说法不一，张永志等（2012）报道说大约为11天左右，被机体吸收后会较快地排泄掉。而陈元明（2014）报道说，对6例受试者采用一次性注射 75 Se（亚硒酸钠）后，测定结果显示：肌肉中硒的半衰期为100天，肿瘤为70天，肝脏为50天，肾脏为32天，血清为28天。还有其他不同的实验结果，但也都是以“天”计算，说明硒的代谢较快，能够不断吸收，不断排除。
Suzuki等（2010）做动物实验显示，硒主要经尿和粪便排出。中国科研人员研究显示，人体内的硒主要通过尿液、粪便、汗液、呼气、毛发等排到体外，成人每天排出硒的量大约为50μg（南京大学《无机及分析化学》编写组，1998）；研究还发现，精液中含有85%以上的硒（Bleau, et al，1984），所以，成年男子在泄出精液时会将相当一部分硒排出体外。
人体中硒的排泄有两种可能途径：甲基化和硒糖通路，而两种途径中的硒均被甲基化。因为甲基化代谢产物的毒性低，故甲基化被认为是解毒途径。所以，在补充了硒或硒达到中毒量时，其主要代谢产物为三甲基硒化物和二甲基硒化物（潘利斌，等，2017）。研究还发现，鉴定尿液中的排泄物有三甲基硒化物、二甲基硒化物和硒糖，而鉴定粪便中的排泄物只有一种硒糖（曹鼎鼎，等，2017）。