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硒具有高挥发性，所以，硒是一种易挥发的不稳定元素（陈丹硕，等，2014）。
研究显示，许多硒制剂在加工、服用和储存过程中会出现硒的流失。特别是一些含硒食品中的硒在加工过程中流失得更多一些。
比如，向天然牛奶中添加硒酸盐和亚硒酸盐后，在研究巴氏消毒和喷雾干燥法时发现，硒含量损失在15.6%～49.2%；在加工绿色富硒蔬菜汁时，漂烫过程会造成硒的大量流失；毛豆在脱水工艺中喷雾干燥会使硒甲硫氨酸损失率达到30%～40%；加工食品无论是油炸、烧烤、蒸煮，或罐头食品加工，也都会造成各种食品中硒含量的损失（张浩，等，2010）。
硒和其他矿物质一样，主要集中于谷物、水果和蔬菜的外层。在加工过程中，把外层皮壳和叶片去掉，就会导致硒和其他矿物质的丢失。民间有用石磨碾磨谷物的习惯，谷物碾磨得越精细，硒和维生素等营养素的丢失就越多。据测定，克山病区主粮中硒含量最高不超过20ng/g，而碾磨估计要损失20%（夏弈明，2001）。富硒大米的米糠从某种意义上讲也就是果壳，里面含有丰富的硒。富硒大米在蒸煮前洗淘的次数越多，硒的流失也就越多。高温处理对硒的影响比较大，谷物在加热处理过程中会损失一部分硒（陈丹硕，等，2014）。杨光圻等（1981）给克山病地区居民服用硒盐时发现，在烹调时，若硒盐在油锅中过分煎炸，硒的损失可达30%以上。
低硒地区居民长期食用加亚硒酸钠的硒盐，这种硒盐在烹饪和存放中有很大一部分硒会丢失。
陈永祥等（1987）专门对硒盐在烹调和存放过程中的硒损失做过实验。实验结果表明：硒盐在加热煮沸5min时，硒的损失将近1/4（21.29%）；用硒盐炒菜时，硒的损失将近1/3（29.19%～30.71%）。这两个实验都证明硒在加热过程中容易发生丢失，估计是受烹调高温以及烹调用具吸附等因素影响造成的。
研究人员还发现，亚硒酸钠易溶于水，硒盐存放在麻袋和水泥池里，由于受潮湿空气影响，部分亚硒酸钠会溶解，造成硒的损失。
李向荣等（2002）就不同烹调方法及冷藏对含硒食物中硒含量的影响开展专门研究。结果表明，用热烫、炖煮等方式烹调，都能引起蔬菜、菌类、藻类和肉类样品中硒含量的损失，平均损失率为9.87%～28.58%。其中蔬菜类的卷心菜、洋葱等损失最为明显，所有菌类、藻类食品不管用什么方式烹调，损失都比较大，对肉类影响相对小一点。
研究人员将蔬菜、菌类、藻类和肉类在-25 ℃冷藏一个月以后，对冷藏样品进行硒含量测定，结果发现，冷藏对食物中硒含量都产生不同程度的影响。硒损失率依次为：蔬菜12.24%，菌类、藻类5.33%，肉类4.34%。烹调和冷藏造成硒的损失依次为：炖煮>热烫>冷藏，蔬菜>菌类、藻类>肉类。
硒的挥发性损失令食用者补硒大打折扣，以致在食用时不能像已知剂量的硒制剂那样易把握摄入量，从而造成食用的盲目性。因此，美国医学专栏作家帕斯沃特认为，由于食物中硒的含量变化很大，所以摄入保护剂量的硒的唯一可靠的方法就是服用已知剂量的补硒剂，在临床研究中采用的就是这种方法（于洋，2004）。