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隋朝政治制度承先启后，开创了一个全新的局面。隋炀帝继位以后，在隋文帝改革的基础上，对政治制度继续进行改革。其中重大的改革有三项。
1.首先是确立三省体制，改变宰相制度
隋文帝废北周六官，建立三省六部制度。隋文帝同时“废三公府僚，令中书令与侍中知政事”
。中书令和侍中从禁中走出来，摆脱了皇帝秘书和咨询者的身份，而成为政事的参与者。
隋炀帝时进一步把政治制度的改革推向前进。其中最重要的，一是设立殿内省，将尚食、尚衣、尚药、尚乘等侍奉皇帝的部门由门下省移至殿内省，使门下省成为纯粹的政权机关。二是在门下省设立给事郎四人，专门负责上行文书奏案的审议，确立了门下省对行政决定进行审议的制度。
门下省最终摆脱了皇帝侍从、内廷宫官的性质，成为协助皇帝处理政务的纯粹的政权机关。三省也最终改变了南北朝以来与集书、秘书、内侍等省并列，各省地位不等的状况，成为一个在外廷按职能和政务处理程序分工的有机整体。中书省起草的诏令要经过门下省下发，尚书省的奏案要经过门下省省读。不通过门下省，尚书省的政令和中书省的诏令都无法运转。三省各有分工而又互相依存，共同组成了最高政权机关。至此，三省体制才最后确立。这是中国古代政治制度史上一件具有划时代意义的大事。
宰相制度在隋炀帝时也有变化。魏晋南北朝时期尚书台（省）的长官左右仆射是宰相。隋文帝即位后，以尚书左、右仆射和他官共掌朝政，并令内史、纳言知政事，想要摆脱尚书省长官为宰相的传统。但由于三省体制尚未完善和确立，朝之众务，仍总归于尚书省。因此，开皇九年（589）平陈后，苏威以吏部为右仆射，开始由左、右仆射“专掌朝政”，又回到以尚书省长官为宰相的老路上去。尚书左、右仆射的权力和地位均在内史省和门下省长官内史、纳言之上。这种相权和行政权结合的做法，不仅造成了宰相与皇帝的矛盾，也影响到南北朝以来已经形成的以皇帝为核心，中书、门下官员参议的决策机制的运行。因此，到隋文帝末年，对担任仆射的杨素便“渐疏忌之。后因出敕曰：‘仆射，国之宰辅，不可躬亲细务，但三五日一度向省，评论大事。’外示优崇，实夺之权也。终仁寿之末，不复通判省事”
。炀帝即位后，对杨素猜忌更甚，先以之为尚书令，大业二年又以之为司徒，地位越来越高，实权却越来越小。大业三年左仆射苏威被免官后，炀帝没有再任命仆射。这样，通过文帝的剥夺仆射的行政权，到炀帝的不任命仆射，终于结束了仆射专掌朝政为宰相的格局。
隋炀帝亲理万机，除了具体事务临时指派人选外，还指定若干大臣“参掌朝政”。大业六年（610）参掌朝政的五人中，苏威为纳言，为门下省长官；裴矩为黄门侍郎，为门下省副长官；虞世基为内史侍郎，为中书省副长官；宇文述为左翊卫大将军，裴蕴为御史大夫，皆非三省官员。这种命他官与三省长官、副长官参掌朝政的做法，是唐代以知政事官为宰相的先声。
2.其次是缩小贵族特权，扫除门阀制度残余
大业二年七月，隋炀帝制，“百官不得计考增级，必有德行功能灼然显著者，擢之”
。把德行功能作为官吏升迁的唯一标准。
大业三年四月，隋炀帝又决定废伯、子、男三等爵，唯留王、公、侯三等，缩小了封爵的范围。除非重新赐爵，旧有的伯、子、男等爵位一律“例除”。隋炀帝同时还决定取消都督以上至上柱国等十一等“以酬勤劳”的勋官，以及“以加泛授”的四十三号将军。自一品至九品，置光禄大夫等九大夫，建节等八尉，以为散职。
隋和北周的统治集团均为关陇贵族集团。这是一个以军事力量建立起来的集团，他们不像山东士族有门第可以凭借，便以军功和他们在府兵系统中的地位来确定其门阀等级。这种以军功代替门第对抗传统士族的做法，实际上成为由魏晋以来士族门阀政治走向官僚政治复兴进程中重要的一步。
隋文帝虽然废除了九品中正制，官吏的任用不再受门第的限制，但是北周以来尚军功的传统仍然起着强大的作用。例如窦威，“家世勋贵，诸昆弟并尚武艺”，“诸兄并以军功致位通显”，而耽玩文史的窦威因此被诸兄讥为“书痴”，讽刺他“名位不达，固其宜矣”。
虽然隋文帝对功臣加以抑制，并重用苏威、高颎等一批文士，但高级官吏仍多由贵戚、功臣担任。他们的子弟也都通过门荫步入仕途，并迅速致位通显。但是，这种情况已不能适应统一过程中和南北统一后政事纷繁的复杂局面。因此，开皇九年南北统一后隋文帝就提出：“武力之子，俱可学文。”“有功之臣，降情文艺，家门子侄，各守一经。”
对尚武的原则进行了一次初步的冲击。而隋炀帝这次缩小封爵范围，取消高级勋官，则是对于崇尚军功和贵族身份的关陇军事族一次全面的打击和限制，也是走向以德行功能用人的一个重要步骤，深刻反映了隋朝在国家体制和政治体制上的巨大变化。
大业五年隋炀帝又制：“魏、周官不得为荫。”
门荫是给予本朝高级官吏的一种政治特权，是以在本朝担任的官职高低作为标准的。而门阀制度则主要是看门第，其中包括祖先曾任官职的高低。因此，取消北魏、北周官荫，不仅缩小了门荫的范围，而且进一步清除了门阀制度的残余。
3.再次是最终完成了察举制到科举制的过渡
在山东士族已经衰落，关陇贵族大多数人继续保持尚武余风的情况下，培养和选拔适合当时需要的统治人才的问题，也提到隋王朝面前。隋文帝原想通过学校培养一批人才，没有收到成效。开皇七年隋文帝下令诸州岁贡三人，正式设立了每年举行的常贡，想通过考试来选拔人才。由于九品中正制的取消，岁贡也就没有门第限制，真正成为国家按照才学标准选拔人才的制度，这也就成为科举制的开端。科举制终于从察举制的母体中脱胎而出。
隋文帝所设常贡的主要科目秀才和明经，都是南北朝实行察举采用过的项目。明经根据儒家经典进行策试，与南北朝相比变化不大。秀才科在南北朝主要考文学才能，至隋改为“试方略”
，要求发表自己的政治见解和解决问题的方略。这对深受南朝轻薄华艳文风影响的隋初文士来说，要求是太高了，一般士子都不敢应考。隋代秀才及第者只有十余人。秀才科显然是脱离了隋代的实际情况，在选拔人才上起不了多少作用。明经科在当时“儒罕通人，学多鄙俗”
的情况下，也没有选拔出有用的人才。因此，隋文帝在开皇十八年（598）、仁寿二年（602）、三年几次下诏，令内外官员举荐人才。在仁寿三年诏中除了提出举送的标准是要“明知今古，通识治乱，究政教之本，达礼乐之源”，举送的对象是“闾阎秀异之士，乡曲博雅之儒”，还特别规定：“不限多少，不得不举。”
这说明隋文帝通过学校、常贡和举荐来培养和选拔卓越政治人才的努力都没有收到实效，选拔人才已成为一个非常迫切的问题。
隋炀帝即位后着手解决这个问题。大业元年（605）七月，他诏令“诸在家及见入学者，若有笃志好古，耽悦典坟，学行优敏，堪膺时务，所在采访，具以名闻”
。诏令中提出的举送标准与隋文帝仁寿三年诏中所提的标准是一致的，都是要选拔具有一定素养的政治人才。不同的是在举送对象上。仁寿三年诏提出要在闾阎乡曲搜寻秀异之士、博雅之儒。而大业元年诏则特别指明要举荐“诸在家及见入学者”，要从经过学习的文士中选拔人才，把学和举直接联系在一起。这是一个全新的思路。
此后不久，隋炀帝在常贡中新设立了进士科，同时保留原来的秀才、明经科。进士科的考试项目是试时务策五道。时务策虽然也要求学识和文才，但较之方略策，在政治见识方面的要求是降低了。唐人薛登曾指出：“炀帝嗣兴，又变前法，置进士等科。于是后生之徒，复相放效，因陋就寡，赴速邀时，缉缀小文，名之策学，不以指实为本，而以浮虚为贵。”
进士科实际上成为文学之科。从形式上看，这似乎又回到了南北朝秀才试文学的老路，但却更符合当时文士的水平，因而逐步成为一般士人报考的主要科目。这样，秀才、明经和进士三科并列的常贡便有了新的意义。它体现了国家对人才不同的要求，在经过学习的文士中按照才学标准通过考试选拔官吏的新原则也找到了实现它的最好形式。科举制度进一步完善，终于完成了察举制到科举制的过渡。隋炀帝设立进士科的意义就在于此。