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免检制是否如设计者所愿地实现上述诸般合理目标呢？作为一种产品监管制度，其是否具有合法性的依据？对此，一直以来就有截然相反的认识。
对免检制予以较多肯定的是政府和企业。全国质检总局产品质量监督司曾经对2006年7月以前具备有效免检资格的2152家免检企业进行调查（实际有2041家企业参加调查，参加调查率是95.2%，有效数据率是91.2%），在此基础上形成了《全国产品质量免检企业发展状况调查报告》（以下简称“《调查报告》”）。
该报告首先指出，免检企业呈现“持续稳定快速的发展态势”，6项发展指标有大幅增长：2002—2005年，全国免检企业产量年均增长26.0%，产值年均增长34.0%，销售额年均增长38.0%，利税额年均增长56.0%，市场占有率年均增长21.0%，出口额年均增长214.0%。
接着，《调查报告》从四个方面积极评价了免检制的成效：（1）扶优扶强。通过免检制，推动了规模企业的快速发展、培育和树立了一大批行业龙头企业、提升了行业的整体发展水平。（2）引导消费。全国免检企业获得免检后的产品市场占有率年均增幅达到21%。（3）促进出口。免检产品的出口额年均增长214.0%，被出口企业视为赢得国际信誉的金钥匙。（4）减负增效。全国免检企业获得免检资格后，2002—2005年，累计减少监督检查4.1万次，累计减少监督检查相关支出36.4亿元。每个企业平均每年减少监督抽查6～8次，平均每年减少检查费用44.5万元。
由于《调查报告》是政府在免检企业的配合下完成的，从中也折射出这些企业对免检制的首肯。此前，免检制实施伊始，企业就表现出对免检制的欢迎和支持。例如，原国家质量技术监督局于2001年2月11日召开免检家电产品生产企业座谈会，国家质检总局于2003年9月，分别在上海、合肥召开了“国家免检产品生产企业座谈会”。与会的企业代表，都认为免检制确实具有扶优扶强、减轻企业受检压力、引导消费等方面的积极功效。
参与座谈或调查的企业，都在肯定免检制的同时希望：扩大免检产品目录，加强免检产品的宣传力度，简化免检申请材料，规范地方和各部门执法行为、减少不必要的检查，切实保证免检产品质量、以使企业珍惜免检荣誉，严格查处以免检为名向企业收取各种形式费用的行为。
可见，在绝大多数免检企业眼中，免检制即便存有缺点，也应在坚持不放弃的前提下予以完善。毕竟，作为一种政府的承诺或担保，免检给这些企业带来明显好处。
不过，免检企业的声音，并不见得是所有企业的心声。免检产品获得了某种形式的政府保证，其比非免检产品在市场上无疑更具竞争力。但是，由于产品获得免检资格的条件之一是必须占有一定的市场（《产品免于质量监督检查管理办法》（2001）第8条规定，免检产品及其生产企业应当符合“产品市场占有率、企业经济效益在本行业内排名前列”的要求），这就使得不能满足该条件、可产品质量并不亚于免检产品的企业，在市场竞争中处于不公平的地位。因此，可以推断，并非所有企业皆推崇和支持免检制。
以经济繁荣为第一工作要旨的政府和从免检制中直接受益的免检企业，谱写出免检制正面的经济绩效，是可以理解的。然而，免检制实施未久，一些免检产品出现质量问题甚至危及人体健康问题，从而引发了公众和专家对整个免检制的质疑和批评。
尽管这些“问题免检产品”在大量免检产品中，只是少数的几例，其影响力却如同几枚精确制导导弹，击中了免检制的要害。
质疑、批评声音触及免检制的绩效与合法性两个方面。对免检制绩效的否定评价主要是：
（1）免检产品事实上不存在，因为产品质量保持长期稳定，如果不是不可能的也是非常困难的。
（2）免检产品监督管理存在弊端。在免检期间，政府对免检产品实际上处于监管真空，而免检产品在免检期间完全可能出现让消费者无法放心的产品质量问题，至于免检产品有效期满之后重新申请、审查的机制，并不能解决这个问题。
（3）免检制没有减少消费者的交易成本。政府为企业产品作担保而需承担的风险成本，以及政府审定免检产品所需付出的人力、物力成本，最终依然是由广大消费者承担。
（4）免检制克服地方保护、减少企业负担的作用有限。《产品质量法》对产品抽查不得收费、国家和地方、上级和下级不得重复抽查的原则早有规定，但效果仍不明显，更何况国务院关于免检制的一纸决定。
（5）政府因免检制而承受的担保风险，很有可能在免检产品出现质量问题时，转为实际的危害，这就是对政府权威和信用的严重毁损，此毁损远比商家信用的毁损更具破坏性。中国社科院工业经济研究所的张世贤研究员指出：
必须认识到免检制度是把“双刃剑”。当政府出现信息不对称时，或公布的结果没达到消费者认可程度时，政府的权威性就会被怀疑。另外，当操作者面临道德陷阱时（比如收受贿赂或其他幕后交易），那么操作者就会出现信任危机，这种后果比商家欺骗消费者更为恶劣，尤其是以“国家信誉”作担保的时候，这个建立在社会公信力基础上的制度将会对政府、对社会产生严重的“杀伤力”。
以上评价第（3）项、第（4）项皆有商榷余地。第（3）项混淆了具有集体性的政府成本和具有个体性的消费者交易成本，且不能有力地回应免检制事实上减少政府检查成本的论断。第（4）项是一种推断（“更高权威的法律尚且无力对付地方保护主义和重复检查，更何况国务院决定呢？！”），并非对免检制是否减轻企业负担的实证考察结论，故不能令人信服地解释为什么许多免检企业认同免检制的减负功效。
然而，第（1）项、第（2）项和第（5）项的结合，直指免检制绩效的致命缺陷。无论对免检制如何定性，其具有的“免检产品质量可靠”的“政府广告”功效，是实际上存在的。而免检产品在免检有效期内难以避免的质量问题，尤其是重大质量问题，不仅让相关的消费者受害，更会让免检制和政府信用遭受重大打击。这一点已经为事实所证，而非逻辑推断。因此，即便免检制确如以上所描绘的一般有其正面的经济绩效，它也无法承受这一负面绩效的“木桶短板效应”。
免检制的反对者并未停留在揭示“短板绩效”的层面上，他们还指出了免检制存在的合法性问题：
（1）免检制在《产品质量法》上没有法律依据，国务院设立免检制的决定和国家产品质量监督部门据此出台的规章，都违反了《产品质量法》关于产品抽查的规定。
（2）产品免检实际上是政府的一种不作为，是国务院未经全国人大或其常委会授权，而免除或减轻了产品质量监督部门的应尽职责。
（3）免检制破坏了公平有序的市场竞争。中小企业的产品质量可能不低于甚至高于同业大型企业的产品，但大型企业获免检几率明显高于中小企业，导致不公平竞争。
（4）免检制有违有限政府的理念。政府扶优扶强、评选免检产品，都是不正当地干预市场，而且，容易提供寻租空间、导致腐败。
（5）免检制有悖经济学原理，是政府在为生产企业和产品提供经济担保，政府承担了企业本应承担的质量风险。
前两项主要是在实定法层面上的合法律性（legality）疑问，后三项则是超越实定法，从公平竞争、有限政府和企业自担风险原则出发，拷问免检制的正当性（legitimacy，广义的合法性）。
这些合法性拷问尖锐有力，却也并非没有较真探讨之处。首先，公平竞争、有限政府、企业自担风险都只是原则而已，而任何原则都不可能具有普适的绝对意义。
当后发展的中国企业面对国际竞争压力之时，政府是听任其与西方企业“公平竞争”呢、还是“扶优扶强”？当市场失灵知识已经通过西方经验在中国成为共识的情势下，中国政府还会奉“有限政府”原则为圭臬吗？当眼下的经济危机促使一些地方政府以政府信誉为中小企业贷款作担保以缓解融资难问题时
，企业自担风险、政府不予介入的原则还是绝对的合法性评判标准吗？
至于实定法层面上的狭义合法性问题，《产品质量法》要求质量监督部门应当履行抽检职责，国务院擅自设立免检制，初看上去确有越权、违反上位法之嫌。但是，免检制的支持者还是努力辩称，免检并不意味着政府违法放弃监管和不作为。其理由是：
（1）免检制是另一种监管形式，只是将监督的频次从通常的1年检查一次调整到3年检查一次。
（2）免检证书相当于另一种形式的产品质量监督检查报告（一般检查的结论都会体现为这样一份报告），只不过免检证书要证明合格的产品范围从一个批次扩大到近三年生产的产品。
（3）免检制没有完全弃绝检查，质检部门可以根据消费者举报、质量投诉等对免检产品企业进行审查；同时，国家质检总局每年都会对免检产品进行突击性国家监督抽查。
国家质检总局2007年4月23日公布并实施的《产品质量国家免检工作规范》规定：“国家质检总局根据情况，对获得免检资格的产品及企业开展国家专项监督抽查。对抽查不合格企业，一律撤销免检资格”；“用户、消费者有权对免检产品进行监督，可针对免检产品的质量问题向生产或经销企业所在地省级局进行申诉和举报。省级局负责对申诉和举报组织调查，并将调查结果和处理建议报国家质检总局”；“省级以下质量技术监督部门接到关于免检产品质量的申诉和举报，应及时向省级局报告，由省级局组织调查处理”。
这些理由可能会被认为是强词夺理、苍白无力的，根本无法掩盖政府“监管失职”“监管真空”的事实。然而，回顾一下，免检制初衷确有减少行政检查成本和企业受检成本、将政府有限资源用于问题企业和产品之意，再进一步联想，政府对数以亿万计的产品不可能全天候、全方位监控，那么，一个减少检查频次、集中由国家抽查的制度，就不能简单地以违反《产品质量法》、构成政府不作为和监管真空为由，否定其合法性。因为，政府资源的有限性，可能会形成无奈的、事实上的“检查不作为”，或者，更准确地说，是“选择性执法”。
可见，围绕着免检制的绩效与合法性，两种声音早就在彼此交战。食品免检制的崩溃，表面上宣告了其中一种声音的胜利。但是，在学术战场上，不应奉行“胜者为王、败者为寇”的逻辑。如上所述，反对的声音也是值得商榷的，支持的论辩也并非毫无道理。那么，是否存在一种新的理论视角，来考察、检讨一下食品免检制的正当性、合理性呢？