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尽管功能语法理论和系统功能语言学各自的研究都已经取得大量成果，但是，对它们二者进行学理对比研究的工作尚未有人涉及，而这很值得我们去开展。这种研究是十分必要也是完全可行的，其理由如下：
1）当今任何一种有价值的语言学理论都有各自的优长，也有各自的缺陷，它们独自都无法有效解决语言学的所有问题，因此，不同理论的对比研究（尤其是学理构成视域的对比研究）应该成为当代语言学的一个不容忽视的重要内容和视角。
2）任何一种语言理论都会随着时间的推移而显露出明显的不足，因此各自都有值得进一步完善的方面。功能语法理论和系统功能语言学也不例外。拿功能语法理论来说，譬如它的研究方法主要集中在语言形式及其言语功能方面，而对语用、认知、文化和心理等方面的关注还不够，或者缺乏完善的研究方法。另外，其主要研究内容——功能语义场体系——也需做进一步的补充和完善。尽管功能语法理论已经对此做了比较详尽的概括和分类，但并不是说这就是一成不变的。首先，它所列出的语义范畴和语义关系还远不能满足人类交际的需要，人类的认知能力所能挖掘的也应该远不止这些语义范畴；另外，语言系统处在不断的发展和变化中，既有新的现象和有效现象，也有正在老化和消失的现象。功能语义场同样既有相对固定的内容和形式结构，也有相对的发展和变化，它有新的产生的同时，也有旧的在消失。（姜宏、赵爱国 2015：57）同样，系统功能语言学也存在着一些比较明显的问题，例如，韩礼德未能描写所有的系统，而且对每个系统的描写是不够均匀的，有的细致，有的则显粗略。此外，在系统功能语言学的理论阐述中，系统与意义、意义与形式之间的界限比较模糊。
3）功能语法理论和系统功能语言学对语言功能的阐释和描写各有所长，有着各自的特点和优势，学理上具有可比性和互补性。通过对比研究，二者可以相互借鉴、相互补充、相互完善。我们知道，两种不同的理论要相互补充和吸收，必须建立在一定的基础之上。这个基础中不可缺少的一点是：两种理论之间有某些相通之处或互利之处，同时又有差异。我们认为，功能语法理论与系统功能语言学有着千丝万缕的联系，它们都强调研究语言的功能，都重视语义，都考虑到语境以及人的心理和社会文化的因素，都在描写语言现象的同时，不忽略对其进行阐释说明，它们都注重对语言分析的指导作用，都不只是停留在抽象的语言能力研究上，都重视具体的语言使用，把抽象的语言能力研究和具体的语言使用视为不可分割的两部分，都既注重理论性，又注重理论的可应用性。但是它们研究的着重点和方法又不尽相同，某些问题在功能语法理论中由于缺乏系统而完善的研究方法，只是略微涉及，然而这些问题在系统功能语言学研究中却可能是热点问题。反之亦然。例如，我们的初步研究表明（姜宏 2007），功能语法理论对各种语义范畴、语义关系和功能语义场的研究，对各种语法单位的功能规律和规则的分析，尤其是它的从语义到形式的方法原则对系统功能语言学乃至当代语言学理论必然有着补充和完善的作用；而系统功能语言学对话语的阐述（包括逻辑语义关系的表达、对主位结构和信息结构及语篇衔接和连贯问题的分析等）和独特的语境思想（广义的文化语境和情景语境）等对功能语法理论研究能够提供更为完善和成熟并具有实用性和操作性的理论框架。