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研究宗旨、对象和内容是任何一种理论或学说在“立论”时首先要解决的理论问题，因此，它们成为我们对功能语法理论和系统功能语言学的基本学理进行对比研究的首选目标。
尽管在许多情形下，两种理论的创立者邦达尔科和韩礼德并没有就其理论的研究宗旨、对象和内容等做过直接而明确的表述或严格的界说，但通过他们所说的相关话语以及在不同著述中所表达的相关思想，我们依然可以大体窥探出两者之间的“同一性”和“差异性”。
研究宗旨即研究目的，指两种理论学说所要达成的基本目标。而确定研究目标的异同，首先要建立在对其研究性质和研究指向做出基本判断的基础上。我们认为，两大理论在研究性质上具有同一性，在目标指向方面则存有一定的差异。
1）研究性质上的同一性。 这主要体现在：它们在本质上都是基于语言的社会属性而非符号属性的语言学流派，注重的是语言符号的社会功能，聚焦的是语言对社会、对交际者所表达的思想和所施行的行为所发挥的应有功用。如果说结构主义语言学对“语言系统是怎么构造的”，而转换生成语言学对“语言有什么样的结构，这些结构是根据哪些规则进行转换的”（即语言是怎样生成的）的问题做出了相应回答的话，那么功能主义语言学所要探究的就是“语言到底能发挥多大的社会潜能和作用，且这些潜能和作用又是怎样完成的”（即语言是怎样起作用的）的问题。从这个意义上讲，语言学研究中的功能主义是在认识论上继结构主义、转换生成语言学之后的一次“飞跃”，它标志着世界语言学研究已由传统的内部语言学向外部语言学或者由微观语言学向宏观语言学的迈进。显然，功能语法理论和系统功能语言学在这一点上具有完全的“同一性”。
而语言的社会属性研究，其本质又是对人（确切说是对“交际中的人”）的思想的研究，即语言与思维或意识关系的研究，因此，语言学研究中的功能主义就其性质而言无疑具有当代认知主义的特质：它一改结构主义和转换生成语言学的“形式中心主义”，而是以意义为中心，秉承的是“意义中心主义”原则。从这一意义上讲，无论是功能语法理论还是系统功能语言学，它们都是将语言作为“社会文化”替代物的研究样式，或者说是基于语言具有“社会文化性”（相对于结构主义的语言具有“符号系统性”和转换生成主义的语言能力具有“生成性”而言）的、具有认知哲学性质的科学研究，在这一点上，它们同样具有完全的“同一性”。
2）目标指向上的差异性。 上述研究性质上的同一性并不代表它们在研究宗旨上的完全一致性。研究表明，功能语法理论和系统功能语言学在研究宗旨上依然存有较为明显的差异，这主要体现在目标指向上的不同。具体为：
功能语法理论并不是对建立在描写语法单位、类别和范畴系统基础上的传统语法的完全否定，而是以传统语法为基础，试图以新的视角和内涵对传统语法内容和方法做出必要的补充和完善。正如邦达尔科所说，功能语法理论的研究目的在于“开拓一个语法形式、词汇和上下文相互作用的系统，这是一个用来表达话语意思的语言手段及其功能规律和规则的系统，这一系统包括表达话语意义的各种语言手段的各种功能规律和规则”（ Бондарко 2003:3）。邦达尔科还指出，功能语法理论描写的是参与（和语言系统不同层面的单位相互作用）表达话语内容的语法单位的功能规律和规则（ Бондарко 2003:3）。以上话语表明，功能语法理论的建立并不是要推翻或者否定传统的结构主义语法学，而是对传统语法学研究的一种修补，以建立起一个更加具有时代特征、更加注重语言功能的新系统。这是因为：随着语言学的发展，语言学家们逐渐发现，必须要设法在语言和言语之间建立起一种新的关系，即打破二者之间的严格界限，寻找一种中间环节，以解决言语系统性的问题。这就需要建立一种更为复杂的新系统，这一系统包括系统本身和不同环境之间、功能语义参数和不同语言层面单位之间的相互作用和相互依赖关系。从这个意义上讲，在功能语法理论的目标指向中，尽管占据首要位置的依然是语言的“社会性”，但该“社会性”却是建立在语言的“结构性”这一基础之上的，因此，我们不妨将其视为“结构社会性”的目标指向。
系统功能语言学则是在批判结构主义尤其是转换生成语言学的某些缺陷为前提的，其目标指向是对结构主义尤其是转换生成语言学的一种反叛或对立，同时，它传承了欧洲人类学和语言学思想，强调语言使用者的社会性。关于系统功能语言学的研究目标，学界存有许多不同的看法。我们认为，系统功能语言学的宗旨由“最终目标”和“当前目标”两个不同层次构成：第一层次为“最终目标”，旨在“建立用于描述和解释人类语言的普通语言学，而不是针对个别语言的个别语言学”，它研究的是“人类的语言，而不是哪（几）种个别的语言”，它是对从个别语言体现资源中解放出来的意义的类型描写。（黄国文 2007：14-19；辛志英、黄国文 2010：1）对此，韩礼德在不同的著述中多次明确强调过（Halliday 1966：57-67，2009：59-66）。这一最终目标与邦达尔科的功能语法理论所设定的旨在“建立一个新系统”的最终目标在性质上已经有较大不同。至于第二层次的“当前目标”，它旨在揭示语言是一种“社会交往方式”，是一种“社会符号系统”，或者说是研究语言与社会的关系，研究语言在社会中是怎样起作用的。（Halliday 1978：12-15；黄国文 2007：14；辛志英、黄国文 2010：1）为此，韩礼德提出的主要理论依据是：语言系统及构成这一系统的各种语言形式是由它们的用途或充当的功能所决定的，而这些用途和功能会受到社会文化语境的影响，因此，研究语言及其功能离不开对社会文化语境的分析。（黄国文 2007：14-19；辛志英、黄国文 2010：1）可以看出，相对于功能语法理论而言，系统功能语言学把语言的“社会性”放在头等重要的位置，而该“社会性”是不附加任何前提条件（如语言结构）的，这是它区别于前者的又一重要标志。显然，这一目标是系统功能语言学在与形式主义的对抗中所形成的，也是该理论中包含着如此丰富的人类学、社会学和哲学思想的重要原因。因此，我们认为，系统功能语言学具有双层的目标指向，其一是普通语言学性质，其二，不妨将其视为“交际社会性”的目标指向。
上述两种理论在研究宗旨上体现出的异同，在很大程度上决定并规约着其研究对象和任务方面的诸多异同点。