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功能主义作为唯一能够与形式主义相抗衡的语言学样式，其在学理上不仅与形式主义构成鲜明的对立，且在整体上还构成相互的补充，因为功能主义的上述典型特征，从根本上讲是在与形式主义的鲜明对立中突显出来的，在互为对立中又构成互补，应该是对二者关系的基本评价。
形式主义无论在研究目标、研究对象还是研究方法上都与功能主义形成对立关系，而这种对立关系的形成本质上讲是由于二者的语言观（即对语言本质的认识）的不同。也就是说，二者的对立关系在语言观上体现得尤为鲜明。功能主义以“人类中心论”为基础，将“社会性”视作语言的首要属性，认为语言是结构上受到人类认知能力和语境限制的交际工具，并将语言研究纳入社会科学的范畴。而形式主义则以哲学为基础，认为语言的首要属性是其生物性，语言是一种自足的符号系统，其坚持语言知识自主的观点，并把语言研究纳入自然科学的范畴。因此，“就对语言本性的认识而言，形式主义与功能主义的分歧泾渭分明，没有调和余地。任何试图将这两种性质迥异的研究统一到一个共同理论中的努力都是徒劳和没有意义的”（Croft 1998，转引自顾钢 2002：4）。
研究表明，功能主义和形式主义对语言性质的不同看法有着深远的历史渊源。这种渊源可以追溯到古希腊时代。当时的西方语言学界就形成了相互对立的两个学派：一派以普罗塔哥拉（Protagoras）和柏拉图（Plato）为代表，一派以亚里士多德（Aristotle）为代表。胡壮麟先生等人对这两种观点用现代语言学术语做了如下阐释（胡壮麟、朱永生、张德禄 1989：7）（见下表）：
不难看出，功能主义主要传承了普罗塔哥拉和柏拉图的学说，而形式主义则传承了亚里士多德的思想。
应该说，正是上述对语言本质认识的不同，决定了功能主义和形式主义在其他方面的一系列对立关系。
一是它们的研究目标或者说所要回答的问题不同。功能主义强调对语言形式传递信息的功能解释，注重研究语言的各种功能以及实现这些功能的语言手段，如交际功能、语篇功能和社会功能等；而形式主义则致力于自然语言形式特征的刻画，它力图发现具有普遍性的语言能力（郅友昌 2009：232）。如果说功能主义要解决的问题是“语言为什么是这样一种形态”的话，而形式主义则要回答的是“儿童为什么可以在语料贫乏的情况下获得语言”的问题。
二是它们的研究出发点和目标不同。功能主义从语言的意义出发，主要研究语言传递信息、表达意义的交际功能，而形式主义则从语言的形式出发，主要研究语法的自主性和语言的形式规则。
三是它们所研究的语言现象各有侧重。功能主义比较侧重于研究一些难以用概括性很强的原则来描写的语言事实，或者说是难以用形式化描写的那部分语言事实，而这些语言事实基本上属于乔姆斯基学派所说的“语法的外围部分”。而形式主义则习惯用特殊的规则或公式来描写语言事实。换句话说，形式主义侧重于研究“那些看来是约定俗成的语言结构，功能主义则侧重于研究那些可供说话人选择的、能够反映各种语境、语用因素的结构变体，并给予这些结构以功能上的解释”（廖秋忠1991：32）。
四是它们的研究方法有别。功能主义认为语言形态必然受到意义和功能的影响，二者无法分开，语言研究具有形式与功能密不可分的整体性。因此，功能主义对语言的描写和解释并不强求形式化，认为许多语言事实（如说话的目的、各种语境因素等）难以形式化，它更重视语义和说话人的用意研究，更重视对语用、篇章的分析以及对语言使用过程中语境及功能因素的考量。它主张采用归纳法，试图从上述这些方面来阐释语言的形式结构。而形式主义对语言形式的研究是独立的、封闭性的，并不涉及上述成分的语义和语用性质。它主张采用演绎法，即通过验证假设的方法来不断完善自己的理论模型，“力图使语言学成为一门可形式化、可演绎、可伪证的科学”（郅友昌 2009：232）。
上述一系列的对立关系，使功能主义和形式主义分别具有了下列概括性本质特征：功能主义重实用性、修辞性和直观性，而形式主义重理论性、逻辑性和抽象性；功能主义重社会、轻心理，而形式主义重心理、轻社会；功能主义重研究语言使用者在意义潜势中的选择，即语言的聚合关系，而形式主义重研究句子的结构规则，即语言的组合关系。（郅友昌 2009：232-233）