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目前，学术界关于财政政策支持科技创新的理论原因研究，认为主要的理论依据在于：“科技创新的公共物品属性”“创新活动的外部性”“创新本身所具有的高风险性”“国家发展战略需要”以及“发展中国家追赶型经济发展的需求”等几个方面，具体观点如下。
（1）科技创新过程存在市场失灵。Nelson（1959）认为：“知识产品具有公共产品的性质。”Arrow（1962）认为：“技术创新过程中创新收益的非独占性、创新过程的不可分割性和不确定性以及技术创新产品的公共产品属性、创新收益的独占问题和外部性的存在，使技术创新中存在市场失灵，如果完全让市场资金来支持R&D活动，私人在这方面的投入就会低于经济和社会所需的水准。”Stiglitz（1998）认为：“当创新存在时，市场机制往往不能自动地确保激励竞争或较快速度的研究开发。”也就是说，在激励创新方面市场是失灵的。同时他还认为：“知识生产与其他普通商品的生产在一些重要方式上存在差异，诸如，缺乏完全市场的必然性，信息市场的缺乏，研究开发成果的不同性质，知识的公共产品属性。因此，需要政府纠正创新中的市场失效问题。”
我国学者胡卫（2006）认为：“由于技术知识具有公共性、技术创新的外溢性、不确定性和风险、信息不对称以及创新过程中的路径依赖与锁定等特点，需要政府通过财政政策、金融政策、专利政策等手段的应用，来消除技术创新过程中的市场失灵。”洪银兴（2011）认为：“政府之所以介入科技创新，主要有两个原因，一是知识创新和技术创新具有公共物品的属性；二是创新的成果具有正的溢出效应”。夏杰长等（2006）认为：“创新的不确定性、溢出效应以及创新活动外部性等特点的存在，往往导致市场中自发的创新水平不能达到社会的最优值，通常需要财政政策给予支持，从而提高社会的总体创新水平。”林颖（2007）从经济学的角度提出了政府介入科技创新的三个原因，分别是“创新活动的不可分割性、不对称性以及不确定性”。马学认为：“政府干预科技创新主要原因有三，分别是科技创新的公共产品属性、科技创新的高风险性以及科技创新的战略性。”
（2）科技创新活动存在不确定性。Scheele（2001）认为革新存在风险是政府干预革新的条件，政府对创新的干预，既可以通过增加对私营公司的激励来进行，也可以通过公共资金直接支持的方式，但是目前争论的焦点在于如何干涉以及干涉的程度。David et al.（2000）认为知识创新过程中的不确定性，是导致企业研究与发展支出水平较低的主要原因，因此，政府应该采取直接支付或间接的税收优惠等财政政策措施来支持企业的研发行为。
（3）国家发展战略与发展中国家实现经济追赶的现实需求。经济合作与发展组织（OECD）认为财政政策支持科技创新的合理性体现在三个方面：一是市场失灵，主要表现在研究开发成果中知识的外部性和消费的非排他性存在，致使社会在研究开发上的投入低于社会期望的水平；二是系统失灵，由科学发现到市场价值的实现是一个复杂的过程，需要政府以适当的方式加速创新的扩散；三是国家战略需要，政府干预的主要目的在于支持国防、能源安全、经济安全等重大国家使命的实现（余志良等，2003）。范方志等（2004）认为政府对创新干预的原因在于：一是技术创新的外部性、公共产品或准公共产品属性会导致创新市场失灵，需要政府干预；二是出于国家长远发展考虑，占领国际竞争的制高点，需要国家对新型产业和具有重大战略地位的产业加以培植，以培养国家竞争优势；三是依赖静态比较优势不仅不利于实现可持续发展，而且往往会忽略技术创新在经济发展中的作用，为实现赶超战略，必须脱离比较优势陷阱，变静态比较优势为动态比较优势，而在这一过程中，财政政策的支持是非常重要的；四是对大多数发展中国家而言，经济发展中的技术创新都要依赖于引进、模仿消化、吸收和本土化这样一个冗长的过程，往往造成技术对外依赖程度强的不利局面，因此，要消除路径依赖，变后发劣势为后发优势，政府干预是必不可少的。
从以上关于政府财政政策支持科技创新的理论原因来看，焦点主要集中在科技创新本身所具有的公共物品属性、外部性、不确定性、高风险性、国家战略性，以及发展中国家脱离比较优势陷阱、消除路径依赖、实现经济发展转型、提高竞争优势等几个方面。
随着世界经济一体化进程的加快，科技创新正日益成为国家安全和国家竞争力提升的重要保障。基于此，部分国内外学者从科技创新对国家竞争、经济发展的重要性以及科技创新系统本身的特点方面出发论述了政府干预科技创新的理由。
（1）科技创新是国家竞争力的来源。Porter（2002）认为一个国家的生产要素、市场需求、产业结构、政策制度是国家竞争优势的关键要素。在此基础上，明确提出了国家经济竞争力发展的四个阶段：生产要素导向（Factor-driven）阶段、投资导向（Investment-driven）阶段、创新导向（Innovation-driven）阶段、财富导向（Wealth-driven）阶段，明确了一国经济发展不同阶段的发展动力和导致衰退的力量，同时指出创新阶段是一国竞争力最强的时代。Kennedy认为大国之间地位此起彼伏的原因：“其一在于各国国力的增长速度不同；其二在于技术突破和组织形式的变革，可使一国比另一国得到更大的优势。”马克思和恩格斯通过对生产的经济过程分析后，指出随着大工业的发展，现实财富的创造较少地取决于劳动时间和已经消耗的劳动量，较多地取决于在劳动时间内所运用的动因力量，而这种动因本身又取决于一般的科学水平和技术进步，或者说决定于科学在生产上的应用。
（2）科技进步与创新是经济发展的主要因素。马克思认为：“科学技术进步在经济发展中发挥着决定性的作用，同时，劳动生产力也随着科学技术的进步而不断提高。Smith认为：“一国或地区经济增长的动力主要来自劳动分工、资本积累以及科技进步”。Solow通过对美国1909—1949年私营非农业企业实证分析后发现，美国私营非农业企业劳动生产率的提高中，资本和劳动的投入只能解释12.5%左右的产出，另87.5%的产出不得不被归为一个外生的，用以解释技术进步的“余值”。随后，经济学家围绕“索洛余值”进一步探讨促进经济增长的因素。美国经济学家Denison在对美国经济1929—1982年之间增长的实证研究中发现，总的经济增长率远大于资本和劳动等要素投入所能解释的增长率，于是将其归为“技术进步”，实质上进一步论证了技术进步对经济增长的促进作用。
1962年经济学家Arrow提出的“干中学”模型，首次提出技术进步是增长模型的内在因素。Rome（1986）和Lucas（1989）等人开创的“内生增长”理论，突破性地把“知识”或“技术”在模型中内生化，并且通过模型研究发现，正是因为经济活动中存在技术创新、人力资本积累等活动，才是一个国家经济保持长期增长的重要支撑。从实践的角度来看，“内生增长”理论为政府政策干预经济提供了新的空间和领域，那就是，政府的作用不再仅仅被局限在调节总需求方面，而是应该加大对知识生产、技术创新以及人力资源方面的支撑，进而为国家经济的长期增长提供良好的基础。Kuznets（1985）通过对美国经济增长时间数列的研究后的结论表明科技进步是现代经济增长的主要因素。
世界经济论坛（2009—2010）
，（2010—2011）
，（2012—2013）
认为：生产力和竞争力取决于很多因素，但是以下12项因素是几百年来经济学家公认的，分别是：制度、基础设施、宏观经济的稳定、健康和初级教育、高等教育和培训、商品市场的效率、劳动力市场的效率、金融市场的发展、技术储备、市场规模、成熟的商业实践以及创新。以此为基础划分了经济发展的三个阶段，即要素驱动阶段、效率驱动阶段和创新驱动阶段，并将12项因素以经济发展阶段划归为不同阶段：要素驱动阶段促进经济发展的主要因素是制度、基础设施、宏观经济的稳定及健康和初级教育；效率驱动阶段促进经济发展的主要因素是高等教育和培训、商品市场的效率、劳动力市场的效率、金融市场的发展、技术储备及市场规模；创新驱动发展阶段促进经济发展的主要因素是成熟的商业实践及创新。Ohno提出了经济发展的四个阶段，并指出经济发展由低级阶段过渡到高级阶段的主要驱动因素分别是吸收外资、吸收技术和创新。世界经济论坛
（2013）指出：“尽管通过完善制度、建设基础设施、减少宏观经济的不稳定性或是提升人力资本能够实现经济的发展，但是所有的要素投入都会面临收益递减，而最终的竞争力支柱聚焦于科技创新。”
邓小平在1992年的南方谈话中指出：“经济发展的快一点，必须依靠科技和教育，科学技术是第一生产力。”21世纪以来，党和国家领导人也先后阐述过科技创新在推进经济社会发展中的重要性。我国著名经济学家林毅夫等（2007）通过对全要素生产率方法发展和理论基础的深入分析，以及对一些国家经济增长经验的回顾与对克鲁格曼观点研究的基础上指出，对于一个国家经济的长期可持续发展来说，重要的是技术的不断创新。常修泽（2005）认为科学发明、技术创新、产业化推进通常是一个国家或地区先进生产力发展的必由之路，在特定的历史条件下，欠发达国家或地区，如果能在科学发明或技术创新方面实现突破，就有可能促进该国或地区的产业升级，乃至社会生产力的跨越式发展。姚先国（2012）认为经济发展转型的实质是经济发展动力结构的转换。未来中国经济的增长前景，取决于我们能否适应国内外市场需求的变化。从短期增长动力来看，要实现从投资驱动、出口驱动为主转为消费驱动为主。从长期增长源泉来看，需实现从物质要素投入驱动为主转向创新能力驱动为主，也可以说是从物质资本推动的增长转向人力资本推动的增长。刘伟（2013）认为转变经济发展方式的根本动力在于依靠创新驱动，进而在制度和科技创新的基础上，推动经济结构的升级，实现发展方式的真正转变和经济发展的历史性跨越。
（3）科技创新系统本身运转的复杂性需要政府支持。经济合作与发展组织（OECD）指出科技创新过程存在系统失灵问题（余志良等，2003）。安维复（2000）认为在推进现代科学技术革命的进程中，国家无疑具有决定意义。其主要原因是，在当代社会中，科技创新体系相当复杂，能够将科学发现和知识创新与经济活动对接，在政府、科研机构、高等学校、企业等创新主体之间建立起协调关系的，只有政府；此外，也只有国家能够以立法的形式保护知识产权，并通过巨额资金的投入来进行知识创新资源的配置。
从以上关于财政政策支持科技创新的现实原因来看，国家竞争力的提升、经济社会的可持续发展以及科技创新系统本身的复杂性是理论界和实务界认为财政政策支持科技创新的主要原因。