《南海寄歸内法傳》中的異文主要有四種類别。
其一是字句順序存在差異。這方面的問題主要是金本卷一有幾段文字存在誤置情况 :
下面一段文字共十一行一百五十四字誤置於卷末“誰復輒鑒於精麁”句前:
大而翹勤冀使依行現七紀而揚化以爲住持之本衣食是先恐長塵勞嚴施戒撿制在聖意理可遵行反以輕心道其無罪食噉不知受觸但護婬戒一條即云我是無罪之人何勞更煩學律咽噉著脱無不関情直指空門將爲佛意寧知諸戒非佛意焉一貴一輕出乎臆断 門徒遂相踵習判不窺看戒經寫得兩卷空門便謂理苞三藏不思咽咽當有流漿之苦誰知步步現招賊住之殃浮囊不洩
下面一段文字共十二行一百六十八字誤置於“歷三大而翹勤”句之“大而翹勤”之前:
乃是菩薩本心勿輕小愆還成後之唱理合大小雙修方順慈尊之訓防小罪觀大空攝物澄心何過之有或恐自迷誤衆准教聊陳一隅空法信是非虚律典何因見慢宜應半月説戒洗懺恒爲勸誡門徒日三禮白佛法住世日日衰微察己童年所觀乃與老時全異目驗斯在幸可存心夫飲食之累乃是常須幸願敬奉之倫無輕聖教耳重曰聖教八萬要唯一二外順俗途内凝真智何謂俗途奉禁亡辜何謂真智見境俱棄遵勝
下面一段文字共十一行一百五十五字誤置於“歷三大而翹勤”句之“三”字後:
諦而無著滅緣生之有累勤積集於多修證圓成之妙義豈容不習三藏教理俱迷罪若河沙之巨量望道已證於菩提菩提是覺惑累皆亡不生不滅號曰真常寧得同居苦海漫説我住西方常理欲希戒淨爲基護囊穿之小隙慎針穴之大非大非之首衣食多咎奉佛教則解脱非遥慢尊言乃沉淪自久聊題行法略述先模咸依聖檢豈曰情啚幸無嫌於直説庶有益於疑途若不礭言其進不誰
其二是個别文字的有無,如:
六論童子病,七論 長年病方 ,八論足身力。(卷三)
金本作“長年病方”,麗初本、麗本、磧本作“長年方”。
未解其故,問 大乘燈師 曰:“斯何意焉?”(卷二)
麗本、大本作“大乘燈法師”。他本作“大乘燈師”。
其三是文字異同的問題,如:
即如襄陽瓦器,食了更收,向若棄之,便 用 淨法。(卷一)
王校 :用,敦本此字脱,石本、金本、麗本、大本作“同”。
譚校:麗初本作“同”。
又如來等 偈 ,元是讚佛,良以音韻稍長,意義難顯。(卷四)
王校:偈,金本、麗本、大本作“唄”。
譚校:麗初本作“唄”。
其四是異體字問題,如:
縱使盧醫旦至,進丸散而無因, 扁鵲 昬來,遺湯膏而寧濟。(卷三)
王校:扁鵲,金本、麗本、大本“扁”字印作“鶣”。
譚校:麗初本作“鶣”。
其中,正字與俗字是最常見的情况,如:
可取熟絹,笏尺四尺,捉邊長挽,襵取兩頭, 剌使 相著,即是羅樣。(卷一)
王校:剌使,敦本“剌”字抄作“頰”。
譚校:大本作“刺”,麗初本、麗本、金本作“刾”。
這也是應該重點研究的對象。