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王邦維先生在《南海寄歸内法傳校注》“校注説明”中，詳細地介紹了海内外現存《南海寄歸内法傳》的版本情况，下面略作轉述。
《南海寄歸内法傳校注》採用的底本是宋刻《磧砂藏》群字函中的影印本，簡稱“磧本”。對照校勘的古抄本與古刻本有八種，加上《大正藏》本，共有九種
：
1.敦煌寫本（簡稱敦本），僅存卷一，抄於8世紀。
2.石山寺本（簡稱石本），有殘缺，日本奈良時期（710-794）寫本。
3.《趙城金藏》本（簡稱金本），四卷俱全。金代刻印。
4.《思溪藏》本（簡稱思本），四卷俱全，但卷二爲補抄本。南宋時刻印。
5.《高麗藏》本（簡稱麗本），四卷俱全，朝鮮高麗王朝高宗三十三年（1246）刻本。
6.《洪武南藏》本（簡稱洪本），四卷俱全，明初洪武年間刻印。
7.《永樂南藏》本（簡稱南本），四卷俱全，明初永樂年間刻印。
8.《永樂北藏》本（簡稱北本），四卷俱全，明正統五年（1440）刻印。
9.《大正藏》本（簡稱大本）。
王邦維先生認爲：
在文字上，兩個古抄本比較接近，屬於早期的抄本系統。刻本中金本與麗本文字較接近，千字文編號亦同，屬於《開寶藏》以後出現的北方系統。其餘各本較接近，應屬於南宋南方的刻本系統。南方刻本在文字上常有一些優點，例如金本、麗本作“唐云”“唐譯”等處，南方刻本俱作“周云”“周譯”，與古抄本相同。義淨撰寫《寄歸傳》和《寄歸傳》的最早流傳，正好是在武則天改唐爲周的時候，因此文中的“周云”“周譯”正反映了這一段歷史背景。所謂“唐云”“唐譯”必定是在武則天之後，唐中宗神龍元年（705）恢復國號以後從“周云”“周譯”改過來的。（《南海寄歸内法傳校注》，156-157頁）
王邦維《敦煌寫本〈南海寄歸内法傳〉（P.2001）題記》
《〈南海寄歸内法傳〉佚文輯考》
《我怎樣作〈南海寄歸内法傳校注〉》
等論文也對相關版本情况作了介紹。
本研究將以王邦維先生《南海寄歸内法傳校注》爲基礎，討論有關異文情况。根據我們的考察認爲，明代及明代之後雕刻的大藏經，多是承襲此前的藏經，本身的校勘價值遠遠不及明以前的版本。有的版本産生了不少新的訛誤，往往徒增紛擾。因此，下文的相關研究一般不考慮明代及明代之後雕刻的大藏經版本。
下面結合有關資料，對開寶藏、高麗藏、高麗藏初雕本、金藏、磧砂藏等大藏經略作介紹。
中國刻本大藏經始於開寶藏（971-983）。宋太祖開寶四年（971）敕命在成都開雕大藏經，宋太宗太平興國八年（983）完成。據宋代《佛祖統記》卷四三記載，宋太祖開寶四年，“敕高品、張從信往益州雕大藏經板”。同書又記載，宋太宗太平興國八年，“成都先奉太祖勅造大藏經板成進上”。
開寶藏的刻印具有劃時代的意義。宋朝政府常以開寶藏贈送契丹、高麗、日本、越南等國。此舉促使中國佛教規模空前地對外傳播。但十分遺憾的是，開寶藏已經失傳。
開寶藏傳播到高麗之後，形成了高麗藏。今天，我們熟知的高麗藏有三個雕本：開雕於1011年的高麗藏初雕本、1094年的高麗小藏經、1246年的再雕大藏經。前兩種大都已經毁破於戰争，後一種還保留至今，也就是今天人們廣泛使用的海印寺高麗大藏經。
十分幸運的是，近年來，在韓國、日本等地，陸續發現了不少高麗藏初雕本佛經，引起了中國、韓國和日本相關領域學者的注意。經過多方的努力，現在已經收集了一批高麗藏初雕本佛經，並且經過初步整理，在中國大陸出版了《高麗大藏經初雕本集成》
。
高麗藏初雕本，具有豐富的歷史文化價值，其中的珍貴信息正在被逐步發掘出來。人們首先關注的是，高麗藏初雕本的底本問題。
不少學者認爲高麗藏初雕本是開寶藏的覆刻本。
日本學者小野玄妙在《佛書解説大辭典》中説：“我看了作爲新發現的南禪寺大藏中的初雕本零本的大集經，發現那就是北宋官版的覆刻。不僅是字體、行數、版心的高度一致，就連字體的氣韻也很仿佛。”
中國學者白化文認爲：“初雕版式全倣開寶藏，刻工甚精，有的簡直像是開寶藏的影印本。初雕内容，也照抄開寶藏。再雕版式全依初雕，而初雕又翻刻開寶藏，他們之間可説是祖孫三代的關係。”（見白化文1985）
韓國學者李箕永也有類似看法。也有一些不同的意見，認爲高麗藏初雕本以及後來的海印寺高麗大藏經並不是簡單的開寶藏覆刻本。韓國學者柳富鉉（2002）對這些觀點作了仔細的梳理和分析討論，可以參看，此處不贅。
趙城金藏在山西解州天寧寺刻成，發起人爲潞州崔法珍。相傳崔法珍曾斷臂勸募刻經。很多佛教信衆深受感動，紛紛捐資協助。約在金皇統九年（1149）開雕大藏經，於金大定十三年（1173）完工。
磧砂藏即平江府磧砂延聖院大藏經。延聖院在今江蘇吴縣陳湖，後改名磧砂禪寺。磧砂藏約在南宋寶慶至紹定年間開雕，端平元年（1234）編定並刻出天字至合字548函的目録。寶祐六年（1258）以後，因延聖院火災和南宋垂亡，刻事中斷30餘年。元大德元年（1297），又繼續雕刻，到至治二年（1322）竣工。