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總的來看，經過古今中外學者的共同努力，今天我們對這部經典文獻語言的認識已經達到了一個新的高度。但該書内容廣博，語言方面深受上古漢語、唐時俗語乃至印度語言的多重影響，所以不少字詞句段的意義還不明確，“字面普通而義别，字面生澀而義晦”的情况隨處可見，文獻校注和標點斷句工作還有不少難度。由於以上原因，現有的中外文譯注本儘管取得了令人矚目的成績，但毋庸諱言的是，都還存在多方面的問題。而已有研究成果還顯得零散，且大都集中在文獻的校勘整理和個别詞語的考釋方面，遠不能滿足文獻解讀的需要。此外，由於該書創作於中古漢語向近代漢語轉變的過渡時期，其語言現象具有特殊性，我們對其中反映的語言現象認識還比較膚淺，對其中記録的漢語史信息、語言接觸信息的發掘還十分不够。
下面對此作一些具體分析介紹。
《南海寄歸内法傳》成書以後，流傳到今天，已經經歷了1300年的風雨。從早期的抄本，到後來的雕版印刷本，又輾轉流傳到朝鮮、日本，到今天爲止，已經形成了爲數衆多的版本。版本之間文字差異不少，據筆者統計，王邦維先生在《南海寄歸内法傳校注》中寫了1000餘條版本異文校記
，有的差别還相當大，例如：
陰陽陶鑄，譬之以鴻爐，品物財成，方之於埏埴者，蓋寡聽曲談之謂也。（卷一）
這一段文字中，王邦維先生寫出了以下三條校記：
品物財成，金本作“品物成形”。
埏埴，敦本抄作“梴槙”。
寡，金本印作“
”。
又如：
糝咽閇，尸滿槍喉。（卷三）
這一段文字中，王邦維先生寫出了以下兩條校記：
糝咽閇，金本作“氣積咽開”，思本作“糝咽開”，麗本、大本作“氣積咽關”，北本作“糝咽閉”。
尸，金本、麗本、大本作“户”。
又如“袈裟”二字，在《南海寄歸内法傳》出現6次：
所有瓶鉢，隨身衣物，各置一肩，通覆袈裟，擎傘而去。（卷一，王校：袈裟，敦本、石本作“加沙”。俱通。）
然後隨便各就一邊，反襵加沙，[袈裟乃是梵言，即是乾陁之色。元來不干東語，何勞下底置衣？若依律文典語，三衣並曰支伐羅也。]
（卷一，王校：加沙，敦本、金本、麗本、北本、大本作“袈裟”。）
北方諸國多名法衣爲袈裟，乃是赤色之義，非律文典語。（卷二，王校：袈裟，石本、金本作“加沙”。）
袈裟角垂，正當象鼻。（卷二，王校：袈裟，石本作“加沙”。下同。）
然其薄絹爲袈裟者，多滑不肯著肩。（卷二）
然其出外及在僧前，並向俗家，受他請食，袈裟繞頸，覆身不合。（卷二）
由此可以看出，各個版本之間使用“袈裟”“加沙”頗爲混亂，雖然王邦維先生認爲“俱通”，但到底作者本人使用的是哪一個，需要加以研究。
雖然前面介紹的王紹峰《初唐佛典詞彙研究》、李素娟《〈南海寄歸内法傳校注〉補苴》等成果對此作了一些研究工作，提出了一些很好的意見，但涉及文字數量太少，而且個别意見還有討論的餘地，遠不能滿足文本解讀和研究的需要。目前看來，《南海寄歸内法傳》這方面的問題還很多。有待充分利用新的材料，收集更多的版本異文，充分利用漢語俗字研究成果，對版本異文作出明確解釋和合理推導，然後作出正確的選擇。這是一切後續研究的基礎，必須引起學界的高度重視。
《南海寄歸内法傳》作爲一部初唐時期的佛教典籍，全書語言受到了以下幾個方面的影響：
一是深受六朝以來形成的駢文風氣影響。書中駢文隨處可見，例如整個序文部分，幾乎全是駢文，略舉開頭一段如下：
原夫三千肇建，爰彰興立之端；百億已成，尚無人物之序。既空洞於世界，則日月未流；實闃寂於慘舒，則陰陽莫辨。暨乎淨天下降，身光自隨，因湌地肥，遂生貪著。林藤香稻，轉次食之。身光漸滅，日月方現。夫婦農作之事興，君臣父子之道立。然而上觀青象，則妙高色而浮光；下察黄輿，乃風蕩水而成結。而云二儀分判，人生其中，感清濁氣，自然而有，陰陽陶鑄，譬之以鴻爐，品物財成，方之於埏埴者，蓋寡聽曲談之謂也。（卷一）
更多的是駢散兼行，如：
自兹已後，跏坐而食。然聖教東流，年垂七百，時經十代，代有其人。梵僧既繼踵來儀，漢德乃排肩受業。（卷一）
若爾出家尼衆，利養全稀，所在居寺，多無衆食。若不隨分經營，活命無路，輒違律教，便爽聖心，進退兩途，如何折中？身安道盛，可不詳聞？答：本契出家，情希解脱。絶三株之害種，偃四瀑之洪流。宜應畢志杜多，除苦樂之邪俓；敦心少欲，務閑寂之真途。（卷二）
這種寫作風格會帶來一些閲讀的困難，例如下面一句話：
如玉處泥，若水居蓮。（卷二）
從語義上看，“若水居蓮”本當作“若蓮居水”，但是爲了與“如玉處泥”聲韻和諧，而寫成了“若水居蓮”。
二是受到了漢譯佛經四字格式的影響，行文多以四個字爲句，如：
西方食法，唯用右手。必有病故，開聽畜匙。（卷二）
其土碎之爲末，列作兩行，一一别聚，更安一塊。復將三丸入於厠内，安在一邊，一將拭體，一用洗身。洗身之法，須將左手，先以水洗，後兼土淨。餘有一丸，麁且一遍，洗其左手。若有籌片，持入亦佳。如其用罷，須擲厠外。必用故紙，可棄厠中。（卷二）
三是行文中大量使用中國傳統典故和佛教典故，如：
遂使雞貴、象尊之國，頓顙丹墀，金隣、玉嶺之鄉，投誠碧砌。（卷一）
俗士乃務明經之輩，則絶轡於金馬之門
；求進士之流，遂息步於石渠之署。（卷三）
坐具意在於此，如其不爾，還招黑背
之辜。（卷三）
又復詳觀往哲，側聽前規，自白馬停轡之初，青象挂鞍之後，騰蘭啓曜，作神州之日月；會顯垂則，爲天府之津梁。安遠則虎踞於江漢之南，休厲乃鷹揚於河濟之北。（卷四）
若海槎之遇將一日，即生津之幸會二師也。（卷四）
西施顯貌，嫫母何顔？（卷四）
然而投體餓虎，是菩薩之濟苦；割身代鴿，非沙門之所爲。（卷四）
上德不德
，遠而莫知。（卷四）
縱經隋季版蕩
，逐命波遷，然此契心曾無有廢。（卷四）
教小童則誘之以半字，誠無按劍之疑
。（卷四）
四是書中大量出現佛教術語和外來詞，有的術語一般讀者比較熟悉，有的則相當陌生，難以鑒别。下面舉例説明。
瑩佛僧地，希生不動。（卷四）
本句中的“不動”費解，查佛教專門詞典，纔知是一個佛教術語。解釋主要有兩種。一是指不動明王，陳義孝編《佛學常見辭彙》“不動明王”條云：
梵名阿遮羅囊他，華譯不動尊，又譯無動尊。在密教，大日如來爲一切諸尊之總體，爲自性輪身，此尊則爲一切諸佛之教令輪身，故又稱爲諸明王之王，爲五大明王之主尊。
一是指如來的一種境界，明代一如等撰《三藏法數》“不動”條云：
謂諸如來由證大寂滅定，所有功德，一切外道魔軍盜賊親屬，乃至火水風等，皆不能撓亂變壞，故曰不動。
我們認爲應該理解爲如來的境界。
自有一會求受，受已不重參師，不誦戒經，不披律典，虚霑法位，自損損他。（卷三）
本句中的“一會”費解。《漢語大詞典》列有“一會”，共設立了5個義項：
1.一次集合；一次會聚。2.會見一次。3.指很短的時間或在很短的時間之内。4.疊用於兩個以上非同義詞或謂語前面，表示短時間内不同情况的交替。5.三十運爲一會。
每一個義項放到上面的句子中，似乎都不能妥帖解釋。丁福保《佛學大辭典》“一會”解釋説：
讀經及説法之會座。多人會合曰會。《無量壽經》上曰：“菩薩大士，不可稱計，一時來會。”《阿彌陀經》曰：“諸上善人俱會一處。”
明代一如等撰《三藏法數》“一會”條云：
一會者，謂如來於靈山會上，與諸大衆説法華經之時也。隋天臺智者大師，於光州大蘇山修法華三昧，誦法華經，至藥王菩薩品中，是真精進是名真法供養如來之句，身心豁然，寂而入定。徹見靈山一會，儼然未散是也。
丁福保《佛學大辭典》的解釋可取。
凡論殺者，先以故意斷彼命根，方成業道，必匪故思，佛言無犯。
前面説“故意”，義爲存心，後面説“故思”，似乎二者詞義相同。按，二者並不同，“故思”是一個專門術語，即“故思業”。丁福保《佛學大辭典》“故思業”云：
（術語）一作故作業，故思造業，故思所造業。故意所作之身語業曰故思業，不識而作者，曰不故思業。感苦樂之果者，限於故思業。《瑜伽論》九十曰：“故思所造業者，謂先思量已，隨尋思已，隨伺察已，而有所作。”
義淨譯《根本薩婆多部律攝》也有用例，如：
言出罪體者，凡諸造罪皆以身語故思爲體。（卷二，T24/531B）
玄奘譯《瑜伽師地論》中多次出現，如：
復次，有二安立業雜染論，一者邪論，二者正論。言邪論者，謂如是説。若有故思，凡所造作諸不善業，一切決定當受惡趣。此論便謗修行梵行能證涅槃。何以故？諸有情類不易可得於現法中無有故思造不善業，况在餘生？若彼決定感惡趣者，便應無有解脱可得。是故當知，此爲邪論。若如是説，諸有故思造不善業，此業亦作，亦增長者，定於當來受不可愛惡趣異熟。（卷八九，T30/804A）
以上四個方面的因素，造成了今人閲讀《南海寄歸内法傳》的諸多障礙。由於文本解讀的困難，進而導致了整理《南海寄歸内法傳》中的標點斷句的巨大困難。雖然王邦維先生的《南海寄歸内法傳校注》在這方面下了大工夫，爲深入解讀和研究打下了一個很好的基礎，但由於以上諸方面的因素，《南海寄歸内法傳》的標點斷句仍然是一個難點，王紹峰、李素娟以及筆者在《南海寄歸内法傳校注》的基礎上又作了一些新的討論，但也還没有將這方面的問題徹底解決，尚須要進一步加以研究。
《南海寄歸内法傳》寫成於中古漢語向近代漢語的過渡時期。作者一方面在行文中不可避免地要大量使用佛教術語、古代漢語，同時，由於内容的需要和作者本人的創作觀
，文中必然大量使用唐代俗語和口語，因此，詞義不明者甚多。如：慚厚
、儔朋
、村收
、村遥
、調言
、覆審
、梗遷
、明上經
、糝
、藤帽
、策
、判
、入重
、潤
、賞素
、收
、閑
等等。
另外，作者思維跳躍快，大約寫作之時心情急切，希望知無不言、言無不盡，導致行文時常偏離主題，繞了一大圈之後又纔接續前言。因此，不少語句的上下句之間缺乏有機聯係，有的語氣表達不是很明確。這些問題也都導致解讀的困難，例如下面幾段話中的畫綫部分：
五天之地，道俗多作經行。直去直來，唯遵一路，隨時適性，勿居鬧處。一則痊痾，二能銷食。禺中日昳，即行時也。或可出寺長引，或於廊下徐行。若不爲之，身多病苦，遂令脚腫肚腫，臂疼髆疼。但有痰癊不銷，並是端居所致。必若能行此事，實可資身長道。故鷲山覺樹之下，鹿苑王城之内，及餘聖迹，皆有世尊經行之基耳。 闊可二肘，長十四五肘，高二肘餘，壘甎作之，上乃石灰素作蓮華開勢，高可二寸，闊纔一尺，有十四五，表聖足迹。兩頭基上，安小制底，量與人齊。或可内設尊容，爲釋迦立像 。若其右繞佛殿，旋遊制底，别爲生福，本欲虔恭。經行乃是銷散之儀，意在養身療病。舊云行道，或曰經行，則二事總包，無分涇渭。遂使調適之事，久闕東川。 經云觀樹經行，親在金剛座側，但見真迹，未睹圓基耳。 （卷三）
既其坐定，令一經師，昇師子座，讀誦少經。 其師子座在上座頭，量處度宜，亦不高大。所誦之經多誦《三啓》，乃是尊者馬鳴之所集置。初可十頌許，取經意而讚歎三尊。次述正經，是佛親説。 讚誦既了，更陳十餘頌論，迴向發願，節段三開，故云三啓。經了之時，大衆皆云蘇婆師多。（卷四）
這些語句似乎與前後文脱節，但又有一定關係，也許有的本來是作者的注文。
基於以上情况，本書的研究工作主要集中在以下三個方面：
（一）辨析版本異文；
（二）考釋疑難字詞；
（三）疏通文本句讀。