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刑事诉讼中的专门机关，是指依照法定职权进行刑事诉讼活动的国家机关，包括人民法院、人民检察院和公安机关。我国《刑事诉讼法》第4条规定，国家安全机关依照法律规定，办理危害国家安全的刑事案件，行使与公安机关相同的职权。该法第290条规定，军队保卫部门对军队内部发生的刑事案件行使侦查权。对罪犯在监狱内犯罪的案件由监狱进行侦查。军队保卫部门、监狱办理刑事案件，适用《刑事诉讼法》的有关规定。因此，国家安全部门、军队保卫部门和监狱在办理特定的刑事案件时，是刑事诉讼的专门机关。另外，从1998年开始，国家在各级海关均设有走私犯罪侦查部门，专门负责对走私案件的侦查工作。作为享有国家侦查权的部门，海关所属的走私犯罪侦查机构也属于刑事诉讼中的专门机关。
刑事诉讼中的专门机关是国家机构的重要组成部分，在刑事诉讼中居于主导的地位。在刑事诉讼中，这些机关分别行使侦查、检察、审判和执行职能，实行分工负责、互相配合、互相制约的原则，共同完成打击犯罪，保障人权的任务，共同保障国家安全和社会公共安全，维护社会主义社会秩序。
为了保证这些专门机关在刑事诉讼中能顺利履行自己的职责，法律规定了其组织和活动的一系列原则，在全国范围内建立了完整的刑事诉讼专门机关体系。另外，法律还赋予这些专门机关相应的职权。刑事诉讼中的专门机关有权采取强制性措施；有权依法收集调取证据，查明案件事实；有权依其职责适用法律，作出具有国家强制力的决定或裁判。
一、人民法院的性质、任务和职责
根据我国《宪法》第123条、第126条和《人民法院组织法》第1条、第3条的规定，人民法院是国家的审判机关，代表国家独立行使审判权。人民法院的任务是审判刑事案件、民事案件和行政案件，并且通过审判活动，惩办一切犯罪分子，解决民事、行政纠纷，以保卫人民民主专政制度，维护社会主义法制和社会秩序，保护社会主义的全民所有的财产、劳动群众集体所有的财产，保护公民私人所有的财产，保护公民的人身权利、民主权利和其他权利，保障社会主义建设事业的顺利进行，并教育公民忠于社会主义祖国，自觉地遵守宪法和法律。
我国《刑事诉讼法》第3条规定：审判由人民法院负责。第12条规定：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”可见，人民法院是唯一有权审理并定罪量刑的专门机关，而审判是刑事诉讼的核心和最重要的阶段，只有经过人民法院审判，才能确定被告人是否有罪，应否判处刑罚及判处何种刑罚。
为保证刑事审判的顺利进行，《刑事诉讼法》和《人民法院组织法》赋予人民法院以下职权：（1）对犯罪嫌疑人、被告人决定逮捕、拘传、取保候审和监视居住；（2）在必要的时候，可以进行勘验、检查、查封、扣押、鉴定和查询、冻结，以调查核实证据，查明案件的事实真相，保证判决的顺利执行；（3）收缴和处理赃款、赃物及其孳息；（4）行使某些判决和裁定的执行权；（5）向有关单位提出司法建议等。
二、人民法院的组织体系及监督体制
中华人民共和国人民法院是一个完整的组织体系。根据《人民法院组织法》的规定，我国人民法院组织体系由最高人民法院、地方各级人民法院和专门人民法院构成。
最高人民法院是国家的最高审判机关，设在首都北京。最高人民法院由院长1人，副院长、庭长、副庭长和审判员若干人组成，设刑事审判庭、民事审判庭、行政审判庭和其他根据需要设立的审判庭。最高人民法院监督地方各级人民法院和专门人民法院的审判工作，审判法律规定由它管辖的和它认为应由自己审判的第一审案件。对高级人民法院、专门人民法院判决和裁定的上诉案件和抗诉案件、最高人民检察院按照审判监督程序提起再审的案件进行审判，对于在审判过程中如何具体适用法律的问题，进行解释。
十八届四中全会《决定》中提出：“最高人民法院设立巡回法庭，审理跨行政区域重大行政和民商事案件。”最高人民法院出台了《巡回法庭审理规定》，在广东省深圳市设立了第一巡回法庭，在辽宁省沈阳市设立了第二巡回法庭。目前，巡回法庭审理或者办理巡回区内应当由最高人民法院受理的刑事案件，主要包括：刑事申诉案件，依法定职权提起再审的案件，不服高级人民法院作出的罚款、拘留决定申请复议的案件，高级人民法院因管辖权问题报请最高人民法院裁定或者决定的案件，高级人民法院报请批准延长审限的案件，涉港澳台司法协助案件，以及最高人民法院认为应当由巡回法庭审理或者办理的其他案件。
地方各级人民法院包括高级人民法院、中级人民法院和基层人民法院。
此外，根据十八届四中全会的《决定》，探索设立跨行政区划的人民法院，办理跨地区案件。目前，该项改革已经在北京、上海等地进行试点。
高级人民法院包括省、自治区和直辖市高级人民法院。高级人民法院审判下列案件：（1）法律规定由它管辖的第一审案件；（2）下级人民法院移送审判的第一审案件；（3）对下级人民法院判决和裁定的上诉案件和抗诉案件；（4）人民检察院按照审判监督程序提出的抗诉案件。
中级人民法院包括在省、自治区内按地区设立的中级人民法院，在直辖市内设立的中级人民法院，省、自治区辖市的中级人民法院，以及自治州中级人民法院。中级人民法院审判法律规定由它管辖的第一审案件、基层人民法院移送审判的第一审案件、对基层人民法院判决和裁定的上诉案件和抗诉案件、人民检察院按照审判监督程序提出的抗诉案件，以及适用违法所得没收程序的案件。中级人民法院对它所受理的刑事和民事案件，认为案情重大应当由上级人民法院审判的时候，可以请求移送上级人民法院审判。
基层人民法院包括县人民法院和市人民法院、自治县人民法院、市辖区人民法院。基层人民法院根据地区、人口和案件情况可以设立若干人民法庭，行使部分审判权。人民法庭是基层人民法院的组成部分，它的判决和裁定就是基层人民法院的判决和裁定。基层人民法院审判第一审案件，但是法律另有规定的除外。基层人民法院对它所受理的案件，认为案情重大应当由上级人民法院审判的时候，可以请求移送上级人民法院审判。除审判案件外，基层人民法院还处理不需要开庭审判的民事纠纷和轻微的刑事案件，指导人民调解委员会的工作。
专门人民法院是在上述普通法院之外设立的专门性人民法院。我国目前建立的专门法院有军事法院和海事法院。其中海事法院不具有对刑事案件的审判权。过去曾经设有铁路运输法院，目前，铁路运输法院已经与铁路系统剥离，全部划归地方法院。
人民法院上下级之间是监督关系。上级人民法院监督下级人民法院的审判工作，最高人民法院监督地方各级人民法院和专门人民法院的审判工作。人民法院的监督不是通过对具体案件的指导实现的，各级人民法院依照职权独立地进行审判，上级人民法院不应对下级人民法院正在审理的案件作出处理，指令下级人民法院执行。下级人民法院也不应将案件在判决之前报送上级人民法院，请求审查批示。上级人民法院应当通过二审程序、审判监督程序、死刑复核程序维持下级人民法院正确的判决和裁定，纠正错误的判决和裁定来实现监督。
根据我国《宪法》和《人民法院组织法》的规定，最高人民法院由全国人民代表大会产生，对全国人民代表大会及其常务委员会负责并报告工作，全国人民代表大会常务委员会监督最高人民法院的工作；地方各级人民法院由本级人民代表大会产生，对本级人民代表大会及其常务委员会负责并报告工作，地方各级人民代表大会常务委员会监督本级人民法院的工作。
三、审判组织
审判组织是指人民法院审判案件的具体组织形式。根据我国《刑事诉讼法》《人民法院组织法》和最高法《解释》的规定，我国的刑事审判组织有独任庭、合议庭、审判委员会三种。
（一）独任庭
独任庭是由审判员一人独任审判案件的审判组织。根据我国《刑事诉讼法》第178条、第210条和最高法《解释》第296条的规定，基层人民法院适用简易程序的案件可以由审判员一人独任审判，但并非所有的简易程序均适用独任庭进行审理。其中，适用简易程序审理案件，对可能判处3年有期徒刑以下刑罚的，可以组成合议庭进行审判，也可以由审判员一人独任审判；对可能判处的有期徒刑超过3年的，应当组成合议庭进行审判；适用简易程序独任审判过程中，发现对被告人可能判处的有期徒刑超过3年的，应当转由合议庭审理。案件是否独任审判，以及独任法官的指定问题，都由院长或庭长决定。
（二）合议庭
合议庭是由审判人员数人根据合议原则建立的审判组织。合议庭是人民法院审判案件的基本组织形式。根据我国《人民法院组织法》第9条的规定，人民法院审判案件实行合议制。除法律规定可以独任审判的案件外，其他案件均应由合议庭审判。
合议庭的人员组成，因审判程序和法院级别的不同而不同。根据《刑事诉讼法》的规定，合议庭的组成有以下几种情况：
基层人民法院和中级人民法院审判第一审案件，应当由审判员3人或者由审判员和人民陪审员共3人组成合议庭进行；
高级人民法院、最高人民法院审判第一审案件，应当由审判员3人至7人或者由审判员和人民陪审员3人至7人组成合议庭进行；
人民法院审理上诉和抗诉案件，由审判员3人至5人组成合议庭进行。
最高人民法院复核死刑案件，高级人民法院复核死刑缓期执行的案件，应当由审判员3人组成合议庭进行。按照审判监督程序重新审判的案件的审判组织，应当分别依照第一审程序或第二审程序的有关规定另行组成相应的合议庭，原来参加审判的审判人员不能成为该合议庭的成员。
合议庭的成员人数应当是单数，评议表决时按少数服从多数的民主集中制原则作出决定，作为案件判决的依据。合议庭评议的情况应当制作笔录，少数人的意见也应当记入笔录。全体合议庭成员应在合议庭笔录上签名并在判决书上署名。
审判长主持和组织合议庭的活动并指挥法庭审判的进行。审判长由院长或者庭长指定一人担任，院长或庭长参加合议庭时，由院长或庭长担任审判长。人民陪审员不能担任案件的审判长。
（三）审判委员会
审判委员会是人民法院内部对审判实行集体领导的组织形式。根据我国《人民法院组织法》第10条的规定，各级人民法院设立审判委员会，实行民主集中制。审判委员会的任务是总结审判经验，讨论重大的或者疑难的案件和其他有关审判工作的问题。从审判委员会讨论决定重大、疑难案件这一点来说，审判委员会也是人民法院的一种审判组织。
地方各级人民法院审判委员会的委员由院长提请本级人民代表大会常务委员会任免，最高人民法院审判委员会委员，由最高人民法院院长提请全国人民代表大会常务委员会任免。
根据我国《刑事诉讼法》第180条第2款、第3款的规定，对于疑难、复杂、重大的案件，合议庭认为难以作出决定的，由合议庭提请院长决定提交审判委员会讨论决定。审判委员会的决定，合议庭应当执行。最高法《解释》第178条规定，拟判处死刑的案件、人民检察院抗诉的案件，合议庭应当提请院长决定提交审判委员会讨论决定。对合议庭成员意见有重大分歧的案件、新类型案件、社会影响重大的案件以及其他疑难、复杂、重大的案件，合议庭认为难以作出决定的，可以提请院长决定提交审判委员会讨论决定。审判委员会评议案件采用会议的方式。审判委员会会议由院长主持，院长因故不能主持时，可以委托副院长主持。本级人民检察院检察长可以列席审判委员会会议，对讨论事项可以发表意见，但不参加表决。审判委员会讨论案件的情况和决定，应当记入笔录，并由参加讨论的审判委员会委员签名。审判委员会的多数人意见为审判委员会的意见，合议庭应当据以作出判决或裁定，但审判委员会委员在判决书上不署名，而由审理该案的合议庭成员署名。
在司法实践中，由于审判委员会包揽案件过多，造成审与判的分离，审者不判，判者不审问题较为突出。这不利于调动庭审人员的积极性，不能充分发挥控、辩双方的作用，使庭审流于形式。有些案件的审判人员也借机避免对案件作出判决，将案件提交审判委员会讨论决定，以推脱责任。而审判委员会是集体负责制，并不利于职权与责任的统一，给错案追究造成一定的困难。我国1996年《刑事诉讼法》为解决这一问题，加强了庭审的功能，对合议庭与审判委员会的关系作了调整。对一般案件，合议庭开庭审理并且评议后，应当作出判决。对于疑难、复杂、重大的案件，合议庭认为难以作出决定的，才由合议庭提请院长决定提交审判委员会讨论决定。十八届三中全会《决定》中提出，改革审判委员会制度，完善主审法官、合议庭办案责任制，让审理者裁判、由裁判者负责。
四、人民陪审员制度
很多国家都建立了吸收普通公民参加刑事审判的制度。具体说来，主要有两种模式。一种是英美法系的“陪审制”，其特点是，由随机挑选的一定数量的公民（一般为12人）组成陪审团，根据法庭出示的证据对被告是否有罪这一事实问题作出裁决，由职业法官对证据的可采性问题作出认定，向陪审团解释有关的法律；如果陪审团认定被告人有罪，法官应独立地决定被告人应被判处的刑罚。另一种是大陆法系的“参审制”，专业法官和普通公民一起参与审判，二者有同等权力，共同决定案件的事实和法律问题。
吸收普通公民参与刑事审判具有重要的意义。首先，这有利于实现司法民主，实现对国家权力的制约。刑罚权的实施关系公民的财产、自由，甚至生命的剥夺。在和平时期，没有什么国家权力比这一权力更具有暴力性，更可能对公民权利造成严重侵害。其次，长期的司法实践使职业法官往往形成很多难以克服的职业偏见和思维定式，这可能对准确认定事实构成障碍。而普通公民显然没有这些职业偏见和思维定式。另外，在社会背景、职业、教育程度、生活经历、种族、道德观念、个人观点等方面，陪审团也比法官更接近普通人。这使得他们与法官相比，更容易理解和判断证人的可信性，更能了解普通人看待问题、处理问题的方式。再次，普通公民参与刑事审判，还有利于将公众良知灌注于司法活动，以普通人的见解对专业人员形成一种制约，使司法能够有效地反映社会的价值倾向，不至于脱离社会普遍认可的价值准则和行为标准，从而防止司法出现背离社会需求的偏颇和执拗，增强司法的公众认同，提高司法的权威。
根据我国《刑事诉讼法》第178条的规定，基层人民法院、中级人民法院审判第一审案件，应当由审判员3人或者由审判员和人民陪审员共3人组成合议庭进行，但是基层人民法院适用简易程序的案件可以由审判员一人独任审判；高级人民法院、最高人民法院审判第一审案件，应当由审判员3人至7人或者由审判员和人民陪审员共3人至7人组成合议庭进行；人民陪审员在人民法院执行职务，同审判员有同等的权利。由此可见，我国的人民陪审员制度，就其性质而言，显然是“参审制”。
在我国实践中，人民陪审员制度在很多地方都已名存实亡，流于形式；在少量有人民陪审员参与的案件中，人民陪审员也普遍陪而不审，合而不议，常常被当做弥补职业法官人数不足从而提高法院工作效率的一种方法；甚至有很多法院根本就不搞陪审制。
为了完善人民陪审员制度，保障公民依法参加审判活动，促进司法公正，2004年8月28日第十届全国人民代表大会常务委员会第十一次会议通过了《关于完善人民陪审员制度的决定》（2005年5月1日开始生效）。该决定对人民陪审员的任职条件、任免程序、审理案件的范围、权利和义务、任职保障等各方面都作出了比较明确的规定。
在十八届四中全会《决定》中提出，完善人民陪审员制度，保障公民陪审权利，扩大参审范围，完善随机抽选方式，提高人民陪审制度公信度。逐步实行人民陪审员不再审理法律适用问题，只参与审理事实认定问题。为落实上述改革部署，进一步完善人民陪审员制度，最高人民法院、司法部于2015年5月制定了《人民陪审员改革方案》《人民陪审员制度改革试点工作实施办法》，并在全国十个省份开始试点工作。该试点方案中对人民陪审员的条件、选任程序、参审范围、参审机制、参审案件职权、退出和惩戒机制、履职保障机制等问题作出了明确规定。
一、人民检察院的性质、任务和职责
我国《宪法》和《人民检察院组织法》规定，中华人民共和国人民检察院是国家的法律监督机关。它的任务是通过行使检察权，镇压一切叛国的，分裂国家的和其他危害国家安全的活动，打击犯罪分子，维护国家的统一，维护人民民主专政制度，维护社会主义法制，维护社会秩序、生产秩序、工作秩序、教学科研秩序和人民群众生活秩序，保护公民的合法财产，保护公民的人身权利、民主权利和其他权利，保障社会主义现代化建设的顺利进行。另外，人民检察院通过检察活动，教育公民忠于社会主义祖国，自觉地遵守宪法和法律，积极同违法行为作斗争。根据我国《人民检察院组织法》的规定，各级人民检察院行使下列职权：
（1）对于叛国案、分裂国家案以及严重破坏国家的政策、法律、法令、政令统一实施的重大犯罪案件，行使检察权。
（2）对于直接受理的刑事案件，进行侦查。
（3）对于公安机关侦查的案件进行审查，决定是否逮捕、起诉或者不起诉；对于公安机关的侦查活动是否合法，实行监督。
（4）对于刑事案件提起公诉，支持公诉；对于人民法院的审判活动是否合法，实行监督。
（5）对于执行机关的执行刑罚活动是否合法，进行法律监督。
根据我国《刑事诉讼法》第3条的规定：检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。第8条规定：“人民检察院依法对刑事诉讼实行法律监督。”可见，人民检察院在刑事诉讼中的法律地位体现在以下三个方面：
第一，是国家的侦查机关之一。根据《刑事诉讼法》第18条第2款的规定，人民检察院负责立案侦查下列案件：贪污贿赂犯罪，国家工作人员的渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪。对于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
第二，是国家唯一的公诉机关。除自诉案件以外的所有刑事案件，均必须由人民检察院向人民法院提起公诉，并派检察官出庭支持公诉。人民检察院有权对公安机关侦查终结移送起诉的案件进行审查，对不符合起诉条件的案件，作出补充侦查、不起诉或移送有关主管机关处理的决定。《刑事诉讼法》第271条赋予人民检察院作出附条件不起诉决定的权力，对符合特定条件的未成年犯罪嫌疑人可以作出附条件不起诉的决定。
第三，是专门的诉讼监督机关。人民检察院对立案、侦查、审判和生效裁判的执行是否合法有效实行法律监督，根据公安机关的提请审查批准逮捕。最高检《规则》第十四章“刑事诉讼法律监督”以专章的形式从刑事立案监督、侦查活动监督、审判活动监督、刑事判决裁定监督、死刑复核法律监督、羁押和办案期限监督、看守所执法活动监督、刑事判决裁定执行监督、强制医疗执行监督等多个方面规定了人民检察院的监督职责。除此之外，在其他一些条文中也有关于诉讼监督问题的规定。
二、人民检察院的组织体系及领导机制
根据我国《人民检察院组织法》的规定，人民检察院的组织体系包括最高人民检察院、地方各级人民检察院和军事检察院等专门检察院。
最高人民检察院是国家最高检察机关，是全国检察院的领导机关，设在首都北京。
地方各级人民检察院包括：（1）省、自治区、直辖市人民检察院；（2）省、自治区、直辖市人民检察院分院，自治州、省辖市人民检察院；（3）县、市、自治区和市辖区人民检察院。省一级人民检察院和县一级人民检察院，根据工作需要，提请本级人民代表大会常务委员会批准，可以在工矿区、农垦区、林区等区域设置人民检察院，作为派出机构。根据工作需要，各地检察机关还可以设立驻监狱、看守所的检察室、乡镇检察室、税务检察室等，作为派出机构。
专门检察院是在最高人民检察院领导下，在特定的组织系统或行业内设立的检察机关，现在仅有军事检察院。军事检察院是设立在中国人民解放军中的专门法律监督机关，对现役军人的违反职责罪和其他刑事案件依法行使检察权。过去曾经设有铁路运输检察院，目前，铁路运输检察院已经与铁路系统剥离，全部划归地方检察院。
十八届四中全会《决定》中要求，探索设立跨行政区划的人民检察院，办理跨地区案件。最高检《关于深化检察改革的意见》（2015年修订版）中规定，以科学、精简、高效和有利于实现司法公正为原则，协同中央有关部门，探索设立跨行政区划的人民检察院，构建普通类型案件由行政区划检察院办理，特殊类型案件由跨行政区划检察院办理的诉讼格局，完善司法管辖体制。
人民检察院上下级之间是领导关系。根据《人民检察院组织法》的规定，最高人民检察院领导地方各级人民检察院和专门人民检察院的工作，上级人民检察院领导下级人民检察院的工作。在人民检察院内部实行检察长负责制，各级人民检察院的检察长领导本院工作。检察院内部设立若干检察业务部门，在检察长的统一领导下，各个部门互相分工、互相配合，完成侦查、审查逮捕、起诉、控告申诉等检察业务。
根据我国《宪法》的规定，最高人民检察院对全国人民代表大会及其常务委员会负责，全国人民代表大会常务委员会监督最高人民检察院的工作；地方各级人民检察院对产生它的同级人民代表大会及其常务委员会负责，对其上级人民检察院负责，县级以上地方各级人民代表大会常务委员会监督本级人民检察院的工作。
三、检察委员会
各级人民检察院设立检察委员会。检察委员会的委员由检察长提请产生它的各级人民代表大会的常务委员会任免。检察委员会实行民主集中制，在检察长的主持下，讨论决定重大案件和其他重大问题。如果检察长在重大问题上不同意多数人的决定，可以报请本级人民代表大会常务委员会决定。
公安机关是国家的治安保卫机关，是各级人民政府的职能部门，是武装性质的行政执法机关，担负着国家安全和社会治安保卫任务。公安机关的任务是维护社会治安秩序，预防犯罪，侦查和打击犯罪，保护国家、集体和个人所有的财产，保护公民的人身安全和其他合法权益，保卫人民民主专政，保卫社会主义制度，保障社会主义现代化建设的顺利进行。
在我国，公安机关既是各级人民政府的职能部门，行使行政管理职能，也是参与刑事诉讼的重要专门机关。在刑事诉讼中，公安机关的地位主要体现在以下三个方面：
第一，公安机关是主要的侦查机关。根据《刑事诉讼法》第3条、第18条的规定，大部分刑事案件的侦查活动都由公安机关负责。在侦查中，公安机关的主要职责是：负责刑事案件的侦查、预审。公安机关的侦查是检察机关起诉和人民法院审判的前提和基础，是刑事诉讼的重要环节。
第二，公安机关是强制措施的主要执行机关。对犯罪嫌疑人、被告人采取的取保候审、监视居住、拘留、逮捕都由公安机关负责执行。
第三，公安机关是刑罚的执行机关之一。公安机关担负着对判处拘役、剥夺政治权利的刑罚的执行职责。
中华人民共和国公安部是国家的公安领导机关，负责领导和指挥全国的公安工作，并根据协议与国际刑警组织和国外、境外的警察机构，共同打击跨国、跨境的犯罪活动。地方各级公安机关按照行政区划设立。在省、自治区、直辖市一级设公安厅、局；在地区、自治州和市设公安处（局）；在县、县级市、自治县设立公安局；在直辖市和中等城市的市辖区设公安分局。另外，还有按行业系统设立的军队、铁路、民航保卫和公安部门，也是公安机关的组成部分。根据需要，在乡、镇、城市街道和其他必要的地方设立公安派出所，作为基层公安机关的派出机关，履行基层公安机关的部分职责。
公安机关上下级之间是领导关系，上级公安机关可以直接领导和指挥下级公安机关的侦查和其他业务活动，也可以调动下级侦查力量参与上级公安机关侦查的案件。不同地区、不同系统的公安机关则互不隶属，在办案过程中是配合、协作的关系。《刑事诉讼法》第81条规定，公安机关在异地执行拘留、逮捕的时候，应当通知被拘留、逮捕人所在地的公安机关，被拘留、逮捕人所在地的公安机关应当予以配合。公安机关在侦查案件的时候，还应接受人民检察院的制约和监督。公安机关侦查的刑事案件，应当向人民检察院提请审查批准逮捕和移送审查起诉。
刑事诉讼中的专门机关除人民法院、人民检察院和公安机关以外，还有其他机关参与刑事诉讼活动，担负重要的刑事诉讼职能。
国家安全机关是我国国家安全工作的主管机关，依法担负着与危害国家安全的违法犯罪行为作斗争、保卫国家安全、巩固人民民主专政、维护社会主义制度的职能。1983年7月1日，国家安全部成立。作为国务院的重要职能部门之一，国家安全部负责领导和管理全国的国家安全工作，开展隐蔽战线的斗争，保卫和促进社会主义现代化建设和统一祖国大业，巩固和加强人民民主专政，维护国家安全。在省、自治区、直辖市设国家安全厅、局，在省、自治区、直辖市以下，根据需要设立国家安全机构和人员。地方各级国家安全机关是地方各级人民政府的职能部门，业务上受国家安全部领导。
1993年2月22日由第七届全国人民代表大会常务委员会第三十次会议通过的《国家安全法》，确定国家安全机关是国家安全工作的主管机关，国家安全机关和公安机关按照国家规定的职权划分，各司其职，密切配合，维护国家安全。国家安全机关在国家安全工作中依法行使侦查、拘留、预审和执行逮捕以及法律规定的其他职权。《刑事诉讼法》第4条规定：“国家安全机关依照法律规定，办理危害国家安全的刑事案件，行使与公安机关相同的职权。”因此，国家安全机关在刑事诉讼中与公安机关具有相同的法律地位，行使相同的职权。本书各章节在论及公安机关时，均含国家安全机关。
根据我国的军事体制，中国人民解放军内部设立保卫部门，负责军队内部发生的刑事案件的侦查工作。根据《监狱法》和《刑事诉讼法》的规定，罪犯在监狱内犯罪的案件由监狱进行侦查。军队保卫部门、监狱办理刑事案件，适用《刑事诉讼法》的有关规定，行使与公安机关相同的职权。因此，在刑事诉讼中，军队保卫部门、监狱也是刑事侦查的专门机关。
另外，从1998年开始，国家在各级海关设立走私犯罪侦查部门，专门负责对走私犯罪案件的侦查工作。例如，海关总署下设缉私局，负责走私案件的侦查，下级海关设缉私分（支）局，负责走私案件的侦查。这些走私犯罪侦查部门在侦查活动中，享有与公安机关同样的权力，具有与公安机关同等的诉讼地位。