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刘秀称帝的同时，赤眉军拥立刘盆子做皇帝，改元建始，开始进攻刘玄。刘玄大败，向赤眉军投降，后来被杀。赤眉军因粮草匮乏撤出长安，被陇右的隗嚣（ wěi xiāo ）打败。最终，刘秀派人在崤底重创赤眉军，并亲自率领大军将赤眉军阻击在宜阳一带，十几万赤眉大军被迫投降。同时，刘秀在函谷关以东平定了割据睢（ suī ）阳的刘永和青州的张步，解除了对京师洛阳的威胁。
公元 30 年，刘秀要求本来归顺自己的隗嚣一起攻打割据巴蜀的公孙述，但隗嚣没有答应，而是割据陇右。隗嚣打败了刘秀派往陇右的兵马，并向长安方向进军，被刘秀的军队击败。此时，割据河西的窦融以及隗嚣大将马援都归附了刘秀，马援还带兵不断招降隗嚣的部属。隗嚣一面上书刘秀表示将继续归顺，另一面向公孙述称臣。公元 31年，刘秀派人袭击隗嚣占领的略阳，集合几路兵马进攻隗嚣，隗嚣大军十几万人被迫投降。公元 33 年，隗嚣去世，第二年，隗嚣的儿子投降。
平陇之后，刘秀派军队从南、北两个方向，对益州的公孙述展开攻势。刘秀军打到江州，得知江州“城固粮多”，一时很难攻打下来，就留一部分军队继续围城，主力继续向西进攻成都，沿路各城都纷纷向汉军投降。刘秀的军队在成都城下吃了败仗，转而在城外歼灭公孙述的有生力量。公孙述将金银财宝都拿出来发给士兵，因此士气大增，他趁此贸然出城攻击刘秀的军队，不幸重伤而死。他死后，他的部下投降刘秀。
▲清·陈书《历代帝王道统图册》之《汉光武锡封褒德》
至此，刘秀登基后用了 12 年的时间让国家重归统一。
自新末大乱到刘秀再次统一天下，历经近 20 年的战乱，老百姓伤亡惨重。为了减少老百姓因为贫困卖身为奴的情况，刘秀经常开仓救济百姓，并减少徭役，兴修水利，发展农业生产。同时，刘秀让各郡县丈量土地，核实户口，作为纠正垦田、人口和赋税的根据，这有利于平均赋税徭役负担。他还连续下达了 6 道释放奴婢的命令，并禁止残害奴婢。为减轻老百姓的负担，刘秀裁并郡县，精简官员。
▲清·廖鸿章《历代帝王巡幸图卷》之《汉光武帝图赞第七》
刘秀优待功臣贵戚，但解除了这些人的军政大权。鉴于西汉前期三公权重，东汉虽然也设置三公，但一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝，由皇帝裁决。尚书台设尚书令一人，尚书仆射一人，分管各项事务的尚书六人。
东汉初的名将马援英勇善战，被汉光武帝刘秀封为伏波将军。他认为自己和汉武帝时的伏波将军路博德相比，功劳要小，但封地要大，自己愧对国家的封赏。于是说：“当前边患不断，我打算再向朝廷请战，当个先锋。好男儿最高的荣誉就是战死在对抗外敌的战场上，死后不用棺材殓尸，只用马的皮革裹着回来埋葬就可以了。”
刘秀不热衷开疆拓土，极少对外用兵。有人向他建议，趁匈奴分裂、北匈奴衰弱之际发兵进攻，可以成就“万世刻石之功”，但刘秀不为所动。他觉得治理国家首要任务是把老百姓安顿好，不能轻易对外发兵劳民伤财。因此，老百姓得以休养生息，国力日渐强盛。到他统治末期，全国人口达到 2000 多万，比战乱初定时增长了一倍多。
刘秀重视文化，兴建太学，设置博士。在他的倡导下，许多郡县都兴办学校，民间也出现很多私学。他还重视皇家藏书，藏书的规模和数量都超过了西汉。
在刘秀的统治下，东汉得到长足发展，人们把刘秀统治时期称为“光武复兴”或“光武中兴”。