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第一次变法成功后，秦孝公又将商鞅的职位提升为大良造（原为秦国的最高军政长官，秦惠文王之后成为爵位名，位列二十等军功爵制的第十六位）。商鞅在此期间还率军击败魏国，攻取了安邑。
公元前350年，秦国迁都咸阳，商鞅在秦国开展第二次变法。这次的新法内容主要有：严格分户制（禁止成年后的父子兄弟住在一起，以最大限度地从事各项生产活动）、推行郡县制、统一度量衡等。第二次新法实施后的第四年，公子虔再度触犯新法，被处以割掉鼻子的酷刑。但这次新法的效果更为显著，秦国更加富强，诸侯纷纷来贺，甚至连周朝天子都将祭祀用过的肉派人送给秦孝公，以示嘉奖尊敬之意。
在秦国通过两次变法强盛之后，魏国则在与齐国的交战中大败，甚至连将军庞涓也战死于乱军之中。商鞅抓住魏国势弱的机会，在第二年对秦孝公说：“秦国和魏国的关系，就像人与心腹疾病一样，最后如果不是魏国吞并秦国，那就一定是秦国将魏国吞并。原因是什么呢？因为魏国凭借险要的山岭，将都城选在安邑，与秦国划黄河为界。一旦它的势力强大，就会向西入侵咱们秦国，如果处于弱势也会向东攻城略地来扩大它的地盘。现在主上圣明有才能，使得秦国强盛。而魏国自去年战败后处于劣势。咱们应该抓住这个机会攻打魏国，迫使它朝东边迁移。这样，咱们大秦就可以占据黄河和崤山这样的天险之地，也就能向东控制各国诸侯。如此，才是真正的帝王霸业！”
秦孝公采纳了商鞅的建议，令他率军伐魏，魏国则派出公子卬前去抵挡来势汹汹的秦军。两军对峙时，商鞅派人给公子卬送去一封信，信中写道：“过去我与公子交好。现在你我各自为国君效力，我实在不忍心咱们互相攻打。我只希望能和你见上一面，将盟约订立好，痛饮一番就各自退兵，这样也能让两国都保持安定的状态。”公子卬收到信后认为商鞅所说的可行，就带人前往约定地点会盟，不料商鞅早已埋伏好，将他们一行人全部俘虏。之后，商鞅趁机打败没有统帅的魏军。
▲商鞅方升图。这是由商鞅负责监造的秦国标准量器，中国度量衡史上极重要的珍品。
魏国经过连年与齐、秦两国的交战，又都吃了败仗，经济实力大为削减，国力也日益衰弱。魏惠王对此很是忧虑，思前想后只好将黄河以西的土地割让给秦国，作为议和的条件，并将国都从安邑迁到大梁。后来，他不由感叹道：“寡人真后悔当初没能听公叔痤的话啊！”
当商鞅胜利回到咸阳后，秦孝公则将商、於等十五个城邑都封给了他，他被尊称为“商君”，这也是他被后世称为“商鞅”的由来。商鞅的政治生涯也到了巅峰。