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无论律师，还是法官都可能既办理民事案件，也办理刑事案件。民事案件和刑事案件都涉及证据运用的问题，案件事实都需要证据加以证明。但是，因为民事案件与刑事案件的性质不同，所以民事诉讼和刑事诉讼中的证据运用的规则、理念和思维方式都有所不同，如果混淆就可能错误运用证据。
第一，在民事诉讼中，法院实现的是民事主体的个体利益；在刑事诉讼中法院实现的是国家利益。在民事诉讼中，当事人可以自由处分自己的权利。这种对自己权利的处分与在诉讼之外对自己的权利处分完全一样。民事诉讼与刑事诉讼实行的基本原则也不同。民事诉讼实行的是处分原则；刑事诉讼实行的是职权原则。在民事诉讼中，无论权利人还是义务人都可以对诉讼程序事项予以处分，按照自己的意愿终结诉讼程序。
造成上述区别的根本原因在于依附的实体法性质完全不同。民事诉讼中的民事证据法依附的是民事实体法，属于私法范畴；刑事诉讼中的刑事证据法依附的是刑事实体法，属于公法范畴。程序法与实体法的内在联系，使得民事证据法与刑事证据法因所依附的实体法的性质不同，而在理念、目的、具体制度的规定方面有很大不同。这也是三大诉讼的证据制度很难合一构成独立的证据法的一个重要原因。正是由于依附的实体法是私法，因此私法中的原则和精神——意识自治、契约自由、处分自由也会在民事诉讼中得到延伸。民事诉讼法中的约束性辩论原则、处分原则、自认制度、证据契约、和解制度、调解制度等都是私法的原则和精神在民事诉讼中的具体延伸。
应当注意的是，公法与私法的概念、内涵以及两者的界分对理解大陆法系的法学理论和制度具有非常重要的作用。如果不了解公法与私法的界分和差异，习惯于英美法系思维，又对大陆法系法学特点不甚了解，就很难理解大陆法系的法学理论和制度，包括民事诉讼的理论和制度。在英美法系思维中，因为没有公法与私法的界分，所以在诉讼程序和制度方面，三大诉讼——民事诉讼、刑事诉讼和行政诉讼程序的差异就不会像大陆法系中三大诉讼程序的差异那样明显。大陆法系的理论中，十分明确民事诉讼解决的是私法上的争议，私法上的原则和理念应当在民事诉讼程序和制度中得以体现；因此，在理念目的、具体制度方面，民事诉讼与刑事诉讼有很大的差别。
第二，因为诉讼法律关系主体的性质不同，所以在证据法律关系中当事人的法律地位也有所不同，法律对证据运用的规定也就各不相同。在刑事法律关系中，一方是公权力机关，另一方是非公权力机关的自然人或组织。在法律上，当事人各方的诉讼地位是平等的，但是作为刑事诉讼的犯罪嫌疑人，被告在收集证据、运用证据方面受到客观限制。
第三，刑事证据法在理念上强调通过诉讼程序、证据制度保障无辜的人不会受到刑事追究，有罪的人得到应有的制裁。民事证据法在理念上讲究的是当事人之间的平等，在收集、运用证据方面给予充分的对等保障。虽然民事证据法和刑事证据法都会考虑各种价值平衡，但是价值平衡的具体内容有所不同。刑事证据法必须考虑人权保障与案件事实揭示的冲突关系。基于人权保障这一首选价值，对案件事实的揭示就必须受到限制，这一限制要在刑事证据法中得到体现。例如，刑事诉讼中严禁通过刑讯逼供获得证据，强调对非法证据的排除，并且有一整套关于非法证据排除的程序和规则。民事诉讼中，当事人双方是平等的民事主体，是在私权范围内收集相关证据，因此，民事证据法在处理私权保障与揭示真实冲突方面不像刑事证据法那样强调非法证据的绝对排除，对非法证据的处理具有更大的灵活性。例如，侵犯隐私权获得的证据从性质上属于非法证据，但如果隐私权的受害人是争议的侵权案件的加害人，该案件的权利人不通过涉及隐私权的方法就无法获得相关证据，此时排除该项涉嫌侵犯隐私权的证据，就会导致权利难以得到维护。
在事实认定方面，民事诉讼强调可以根据当事人在辩论中的所有资料信息对案件事实予以认定。除了证据，如共同诉讼人的自认、当事人的陈述等，都可以成为法官自由心证的依据。在刑事诉讼中，为了更有利于对人权的保障，则强调事实认定必须根据证据作出，而不能依赖于证据之外的其他资料信息，如被告的供述态度等。
基于《中华人民共和国刑事诉讼法》（以下简称《刑事诉讼法》）对人权保障的强调，刑事证据法对案件事实的认定也比民事证据法有更加严格的要求和更高的证明标准。例如，刑事证据法排除传闻证据；但民事证据法并不完全排除传闻证据，至少没有明确的禁止性规定，传闻证据依然可以作为事实认定的参考。刑事证据法强调证据补强规则，在认定犯罪事实方面，只有被告人供述时不得认定被告人有罪，必须有其他证据予以补强；民事证据法并不强调证据补强规则。刑事证据法的证明标准采用排除合理怀疑原则；民事证据法的证明标准则为高度盖然性原则，显然后者在证明标准上要低于刑事证据法的要求。
第四，民事诉讼相对于刑事诉讼更强调法律关系和程序的安定和效率，反映在证据法规范中就是规定或设置举证时限以强调诉讼效率，在再审中限制证据的提出以控制再审的适用范围，实现程序的安定性。