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世界虽然出于神，但神不创造世界。因为创造，包含有意识、意志或限量，而神并未曾打算创造一个世界。世界也不是由神演化出来的，因为神是最完全的。宇宙是由神流露出来的东西，是神的无限权力中所不能不流露出来的东西。
我们已经叙述过柏拉图与亚里士多德诸大师后的各种哲学运动，现在且来叙述哲学逃避于宗教中的时代。伊壁鸠鲁学派认为宇宙是一个机械全体，专注于它的用处，竭力以图取得快乐。斯多葛学派认为宇宙是一个有理智、有目的的系统，把服从普遍的意志与帮助实现全体的目的作为聪明智慧的行为。怀疑派对于任何问题都不给出答案，抛弃一切了解宇宙的念头，而把顺从自然、风俗及或然作为实际行为的指南。折中派择取以往诸学说中的优点，来组成满意的宇宙观。
然而此诸说不足以满足各种人的心理。有些人认可机械论的宇宙观，或许只是迷惘于神为不可能的；有些人认为服从普遍的意志，从自己纯粹的心中讨取和平与权利，也是不可能的。怀疑论者亦未能根本地铲除理解神的欲望，并不顺从盲目的命运。他们不仅想知道神，而且想看见神。泽勒尔在其所著的《希腊哲学》中，叙述了这一时期的特色：“疏远神的感情，希望最高的默示，为旧世界后几世纪的特色。此种感情表现出古典的人文衰落，新世纪的兴起，引起了基督教、异教及犹太亚历山大主义的发生。”
此种态度引发了一种满带着宗教神秘主义色彩的哲学，而长久的理智所掌控的希腊哲学，遂与其开端时相仿，没入宗教之中。此种宗教运动，产生于希腊思想与埃及的宗教，尤其是与犹太宗教的接触。当时埃及的首都亚历山大城是撮合这两种势力的最适当的媒介。在这种宗教哲学中，可以分出三种潮流：（一）想调和东方宗教（犹太教）与希腊哲学——犹太希腊哲学；（二）想根据毕达哥拉斯的学说，建立世界宗教——新毕达哥拉斯主义；（三）想把柏拉图的学说化为宗教哲学——新柏拉图主义。此三派的共同点，是超越的神之概念，神与世界之二元论，神之启示的观念，魔鬼与天使可为媒介的观念及遁世主义。这些成分多半是犹太教的特征。但这三派思潮无疑皆是表示希腊文化与犹太文化的混合。不过新柏拉图主义中，希腊文化的成分较重，而在犹太希腊哲学中，东方文化的成分较重而已。
公元前333年，亚历山大所建立的亚历山大城，到了他的大将托勒密之子孙统治时（公元前323年至公元前181年），变为商业与知识的中心，亦为希腊文化与东方文化荟萃的渊薮。托勒密二世，建造了一座有名的科学博物馆，藏书七十万卷，引诱希腊各地的诗人、科学家及哲学家来到此地。其中著名的诗人，有卡利马科斯、忒俄克里托斯、罗得岛的阿波罗尼阿斯，著名的数学家欧几里得，天文学家佩加的阿波罗尼乌斯、亚里斯提挪斯、廷谟卡鲁斯及主张地球中心说的托勒玫，地理学家有埃拉托色尼。当托勒密二世在位时，犹太的经典被译为希腊文，来作为犹太人民中不识祖国文字者之用。然而希腊文化的影响对于犹太思想者，不限于亚历山大城一域，甚至延伸到巴勒斯坦。由安条克四世竭力用希腊文化来教化犹太人及耶路撒冷的知识阶层，以此颂扬安条克四世的功德即可知之。
最先调和犹太思想与希腊思想者，是亚里士多德派的犹太人阿里斯托布鲁斯（大约出生于公元前150年）。他曾注解《旧约》的首五卷，想指明《旧约》与希腊哲学家的学说有一致之处，从而断定希腊学者如俄耳甫斯、荷马、赫西奥德、毕达哥拉斯与柏拉图都剽窃过《犹太经典》。他为了证实这种主张，甚至在希腊诗人的诗中，摘引了许多词句来证明之；但那些引证后来俱被证明是伪作。他又想效法斯多葛学派，用比喻的解释，替换《犹太经典》中的拟人论，以图与希腊思想融合。他认为神是超越的东西，是不可见的；除纯粹的智慧能见它之外，无人能见之。斯多葛学派所说的世界灵魂，不是神本身，而是主宰万物的神圣权力。这里可以看出亚里士多德与斯多葛学派的影响是很显然的。
前面几种思潮，在斐洛的思想系统中，算是登峰造极的了。斐洛是一个犹太教家庭的儿子，生于公元前30年，死于公元45年。他著了很多历史、政治、伦理及注解《圣经》的书，留存下来的，也还有不少。据他说，犹太教算是人类智慧的汇总。希腊哲学家如毕达哥拉斯、柏拉图、摩西及预言者皆有相同的思想。他为了证实这个主张，于是精读希腊哲学，尤其是柏拉图主义与斯多葛主义；读完后，乃用当时所通用的比喻法，来解释犹太教的《圣经》。他认为亚当代表精神或心，夏娃代表感觉，雅各代表禁欲主义，诸如此类。
斐洛思想中的根本观念，是神的观念。神是一个绝对的、超越的东西，不能了解，亦不能解释，高出知识及道德之上，而为至善。我们由我们的最高理性或纯粹智慧可知其为实有，但不知其是什么样的。其为实有，可以证明。神为万物的根源，万物俱包含于其中。神是绝对的权力，是完善、幸福，又是纯粹的心智或理性。它过于高超，不能与不纯洁的物质接触。斐洛为了解释神对于世界的作用，于是插入许多权力。这些权力，皆是借用犹太的天使、幽鬼及希腊的世界灵魂与观念等概念。有时候，他认为这些权力是神的属性，神的观念或思想理性，或普遍权力的部分；有时又认为其是神的奴仆；有时用希腊哲学上的术语来表示；有时用犹太宗教上的术语来表示。他把这些权力合而为一，称之为“逻各斯”，或称之为神圣的理性或智慧。（我们由我们本身中的“逻各斯”，来认识此“逻各斯”；我们本身中的“逻各斯”是第二等的知识官能，与纯粹智慧不同。）宇宙的“逻各斯”是一切观念的汇总（如建筑家的心灵，包含建筑城市的计划），包括诸神的权力、最高的天使、神的初生子、神的印象、第二神、神人等。
实际上，斐洛所谓的“逻各斯”，是斯多葛学派所谓的宇宙灵魂、宇宙的原型、柏拉图的观念世界、神与世界交通的媒介。有时候，他把这个原理认作神光的流露，隐然成为普罗提诺的放射论的先声。他是否把“逻各斯”认作人，尚不能确定。
“逻各斯”是神的“智慧、权力与完善”的实质化。为了说明神可以有所动作，于是说神是无性质的物质之根源。神以“逻各斯”为机关，由这杂乱无章的物质创造可感觉的万物的世界，而这些可感觉的万物，皆是观念的模本。我们由感官知觉来认识“逻各斯”的感觉印象或感觉世界。这感官知觉，即人类知识的第三种官能。这种感觉世界，在时间上是有始的，但无终止（这是犹太教的创造论）。宇宙创造成功了，就有了时间和空间。因为“逻各斯”是完美的，所以世上的缺陷与罪恶必发生于物质。
人体如同宇宙，是由灵魂与物质构成的。人可为一小宇宙，是万物中最重要的东西。但纯粹思想，则是其最重要的本质。其肉体灵魂之不合理的部分，是属于物质方面的；其主管的部分，则由欲望、勇敢与理性所构成。无形体的精神或纯粹的智慧，是由神加给灵魂的；由此而使人为神之影像。肉体为人的罪恶之源；灵魂与肉体结合即行堕落，而有发生罪恶之倾向。如果堕落了的灵魂不能脱离感官之束缚，便要沉沦于别界有情的动物中。据斐洛说，虽然人类的智慧常与神心相关联，但它靠近或者背离神是自由的，它沉沦于感觉性中或超越于其上，是自由的；不过这如何可能，则未明白言之。人须深思熟虑来脱离肉体的束缚，铲除情感与感觉（禁欲主义）。但人想要如此，力却单薄，必须得神之援助。神必定光照我们，透入我们的灵魂中。“觉悟之光必定降临”。此即所谓的驰心冥漠，而入于无我之状态中。在此状态中，我们能进入神中，而直接认识神（神秘主义）。
毕达哥拉斯生于公元前6世纪。他的学说重在伦理、政治与宗教。他的学说的目的，在于伦理与宗教的改革。他死之后，他的学说的实用方面尚存而未灭，尤其是在意大利最为风行，但他的讲授哲理的学校在公元前4世纪时便不存在了。柏拉图晚年，颇钻研他的数论与宗教里神秘的元素；柏拉图的亲近弟子亦曾注重之。及亚里士多德主义与希腊后期哲学兴起，柏拉图学院乃捐弃毕达哥拉斯主义而不讲。然而信奉其神秘说的人秘密结社，依然未断。直至公元前1世纪，罗马帝国时，宗教的要求兴盛，进而恢复其势力；更因为时代潮流的驱使，而恢复对其哲学的研究。但这种运动中的领袖，未尝回到初期的毕达哥拉斯主义，而是回归于柏拉图所赏识的部分，并且按当时折中的方式掺和了许多别的希腊哲学。他们竟把毕达哥拉斯认为神圣启示的知识渊源。新毕达哥拉斯派所承认的真理与他们在柏拉图、亚里士多德、斯多葛学派等的著作中所见到的，皆归宗于他们的老师。
新毕达哥拉斯派的重要人物，公元1世纪时，有尼吉底乌斯、塞克斯都的弟子梭巡、提亚娜的阿波罗尼乌斯、摩德拉图；2世纪时，有尼各马科及菲罗斯屈拉图斯。阿波罗尼乌斯说，毕达哥拉斯是救世主；菲罗斯屈拉图斯说，阿波罗尼乌斯本人是救世主。新毕达哥拉斯运动，甚至影响了柏拉图学派的学者。
根据希腊思想来建立宗教的哲学的尝试，在新柏拉图主义中算是登峰造极了。这种宗教的哲学，以柏拉图的思想为骨干，又掺和别派尤其是亚里士多德派与斯多葛学派中他们认为对于他们的理论是有价值的一种独立形式的思辨。他们认为神是万事万物的根源与目的；万事万物由神发之，由神收之；神是万物的起点、中点与止点。与神交流，是我们一切努力的目的：宗教是宇宙的中心。
此派可分为三个阶段：（1）亚历山大——罗马派，其中代表人物有阿摩尼阿斯·萨克卡斯（175年—242年），为此学派的开创者，无著作流传于今；普罗提诺（204年—269年），功绩在于发挥此派学说；普罗提诺的弟子波菲利（232年—304年）。（2）叙利亚派，其代表人物为詹布里卡。（3）雅典派，小普鲁塔克及普罗克洛斯（411年—485年）为此派重要人物。
普罗提诺于204年出生于埃及的吕科波里，在亚历山大城从学于萨克卡斯研究哲学，凡十一年。243年，他赴罗马，在那里建立学校。但他在五十岁以前，无哲学著作出版。269年，他死后，弟子波菲利收集其遗稿，公布于世。
神为万物的根源，为精神与物质、法式与质料、反对与差异的根源，但其本身则无复杂、差异、反对的性质，而是绝对的浑一。它包含万物，而为浑一体，为第一因。万物由它而生；多之前须有一；一先于万物，超出万物。神是超越的，非我们所能度量；所以我们不能说神是美、善、有思想、有意志的，因为这些属性，皆是有所限定的，实际上，是使神不完美的。我们不能说它是什么，只能说它不是什么。我们不能说它是“有”，因为“有”是可想的；凡可想的，皆含有主体与客体，所以是有限度的。它高出于美、真、善、意识与意志之上，因为这皆依靠于它。我们亦不能认之为思想，因为思想包含一个思想者。纵使是一个自我意识的东西，当其思想时，便分为主体与客体了。说神有思想、有意志，便是以神所思、所欲者来限制神，所以反而是剥夺了神的独立自主。
世界虽然出于神，但神不创造世界。因为创造，包含有意识、意志或限量，而神并未曾打算创造一个世界。世界也不是由神演化出来的，因为神是最完全的。宇宙是由神流露出来的东西，是神的无限权力中所不能不流露出来的东西。普罗提诺为了说明此意，引用了许多例子。他说神是一个无限的源泉，水出其中，源源不断；神又如太阳，放射光芒，而于太阳毫无损伤。普罗提诺用这些例子来说明第一原理的绝对权力与独立。原因不消失于结果中，结果亦不限制原因。世界依赖神，神不依赖世界。如动物生子之后，仍不失其为动物。
我们离太阳愈远，距黑暗愈近（物质）。创造是由完全而流于不完全的坠落。人类离本原愈远，愈是不完全，愈是复杂而变化。后一阶段，皆是前一阶段必然的结果。但后一阶段皆力图达到较高的阶段，复归原始，以期达到原来阶段的目的。
神之流露万物的程序，共分为三个阶段：纯粹思想、灵魂与物质。在第一阶段中，神的本体，分为思想与观念。换言之，神探索纯粹理想的宇宙。但思想与观念、主体与客体在此阶段中，是同一的，其在时间或空间上，并不分离；在神圣的心理中，思想者与思想是一而非二。假若神的思想是完备的真理，这是势所必然的，因为真理之意，即思想及其对象是合一的。神思想它自己的思想，那是从它的本质中流露出来的。在神圣的心理中，思想的活动、思想者及思想是合而不分的。神的思想不是推理的，不是由这个观念到那个观念，由前提到结论，而是直觉的、静止的；其思索是与观念一脉相承的，是顷刻之间便看出全体的。神的心理中有许多观念——与现象世界的个体相等——彼此不同，但是相互关联，如柏拉图的主张。神之绝对的统一，是反映在此混杂的观念系统中的。
感觉世界中的每个个体，皆有一种观念在神的心中。所以纯粹思想是现象世界的模型，无时间性，亦无空间性，是一个永久完全而和谐的理智世界，但不只是一模型而已。诸观念皆有充足的原因，在神之流露万物的程序中，各阶段皆是其后一阶段的原因。
灵魂是神圣的流露之程序中的第二阶段，是由纯粹的思想流露出来的；其中有许多观念皆想实现其本身，而产生一些东西。灵魂是纯粹思想的结果、影像或模本，比纯粹思想略欠完美。它是超感觉的、有理智的，是自动的、有观念的、有推想能力的——虽然不如纯粹思想完备。灵魂又是自我意识的——虽然不需要知觉与记忆。灵魂有两方面：一方面趋向于纯粹思想，一方面趋向于感觉世界。前者的作用在于思想，探索纯粹的观念；后者的作用在于安排物质的秩序，显出它有欲望。普罗提诺称前者为宇宙灵魂，后者为自然：有时候他说似乎有两个这样的宇宙灵魂，第二个是由第一个流露出来的，构成有形质的、万物的、无意识的灵魂。前者因为有观念——趋向于纯粹思想，所以是不可分割的；后者因为有欲望——趋向于感觉世界，所以是可分割的。
然而灵魂若无别的东西可作为发生作用的对象，亦不能实现其能力。于是产生物质，来实现灵魂的能力。这是第三阶段。这种物质无法式、性质、能力，亦无统一性；它是绝对无能的，又是万恶之源。物质离神最远，其中毫无神的痕迹。我们不能描画它的影像，我们只能假定它是感觉世界中变化不停的现象背后必需的底子。灵魂作用于此物质上，乃形成感觉的影像或可了解的世界的模型。各灵魂作用于物质上，产生了时间和空间中各个感觉的对象之后，仍包含于不可分的世界灵魂中。诸灵魂与世界灵魂俱无空间性。物体空间的分布决定于灵魂中的物质。现象的宇宙之美、秩序与统一，则专靠宇宙灵魂。
普罗提诺认为宇宙是由宇宙灵魂流露出来的，是其本性的必然结果，不是意志的行为。这三个阶段：宇宙灵魂的流露，物质的创造，物质之形成物体——组成一种程序。这种程序，抽象的思想虽可分为三个阶段，其实是一个永久的、不可分的动作。所以普罗提诺主张宇宙的永久性，是与亚里士多德相同的。同时，他又主张物质是随时取得其形式的，宇宙灵魂为了显示其作用，乃创造了时间。他又承认斯多葛学派的时间循环说。这些意见如何能调和，他未曾说过；他以为世界过去曾经如何，将来仍将如何，感觉世界的各部分虽有变化，但其全体则是永久如一的。
人类的灵魂是宇宙灵魂的一部分，是超感觉的、自由的。当其未与肉体结合之前，依靠着神秘的直觉，探索永久，趋向于神一方面，知道善。当其着眼于俗尘及肉体方面时，就堕落了。这种堕落，一部分是宇宙灵魂想塑造物质的必然结果，一部分是各灵魂对物质生活不可抗的冲动结果。因此，灵魂遂失其原来的自由，因为原来的自由不受感觉性的束缚，而依归于其高尚的本性。灵魂如果不能依归于其高尚的本性，而沉溺于肉体的生活，则肉体死后，即可依其罪恶的程度，而降人于非人的、动物的或植物的身体中。但进入物体中的灵魂，不是真灵魂的本身，不过是灵魂的影子而已，是灵魂的不合理的、动物的部分，是感觉肉欲的府库、罪恶的根源。亦为德行的根源，灵魂的真的本身，由思想与“逻各斯”组合而成；它能脱离感觉生活，趋向于思想，而达于神，以实现其职务。但灵魂在俗尘的生活中，能返归于神，是少有的机会。
欲达此目的，哲学家寻常的道德还不足够。冲动的节制亦不足够，必须让灵魂涤除感觉生活，不受肉体的腐化。然而尚有比此清洁高级一等的，即观念的直觉或理论的探索之预备；理论高于实行，因为其足以使人到达距神较近的地方，以观察神。然而仅仅如此尚不足以与神合一，唯有入于一种无我的状态中，灵魂超越自己的思想，没入神的灵魂，而后与神合一。这是神秘的与神合一。
这种思想系统，是希腊思想与东方宗教的结合。就其主张一个超越的神言之，则是有神论的；就其主张万物——虽下等物质皆出自神言之，则是泛神论的。这种思想是宗教的唯心论；因为其主张灵魂的最后目的，在于求归依于神心，纵然不能达到目的，人亦须存心于神，脱离感觉桎梏，以为预备。
普罗提诺未曾驳斥多神论，他以为诸神是独一无二的神的表示。他又相信地面上有善恶的魔鬼，在距离较远的地方，能发挥精神作用，因为全宇宙是精神的。幽鬼彼此同情的互相影响是自然而然的。他的许多门人弟子赞成这些迷信，为通俗的多神教辩护，攻击基督教，而流连于魔法巫术中。
普罗提诺的弟子波菲利发刊了其师的著作，并为之作传记。他的目的，只在于解释其师的著作，而不在于发挥其师的学说。他比他的老师还注重禁欲主义与通俗宗教是清净的手段；他认可各种迷信是清净的手段。他对于毕达哥拉斯、柏拉图及亚里士多德的著作皆有注解。
卡尔基斯的哲姆布里卡斯（死于330年）是新柏拉图主义与新毕达哥拉斯主义之徒，极力利用哲学，来辩护和证明其多神教的宗教。他的学说中的迷信，比波菲利更甚。
5世纪，普罗克洛斯为雅典柏拉图学院的院长，新柏拉图主义因之复兴。继其后者，为马里乌斯、伊西多拉斯与大马士革乌斯。到了529年，查士丁尼大帝以敕令关闭了雅典学院，希腊哲学史遂死于此敕令之手。此后虽然有辛普里丘、波伊提乌诸人刊发了柏拉图与亚里士多德的著作的注解，然而因为当时的哲学已经失其活性，这种刊发行为对于拥护多神教与维持旧文化仍是徒劳，不过是对于中世纪初期希腊哲学的认识有贡献而已。此后世界属于希腊哲学反对最强烈的新宗教的世界，而这种新宗教既霸占了知识界，又融合了希腊哲学。