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野口英世的姐姐出生的明治七年是戌年，所以取其属相，被命名为“狗”。当时用这种方式起名的居多，不过两年后出生的英世，在最初登记的户籍册上则叫“清作”。这是从希佳的曾外祖父清太郎那里取字得来的，而“清作”后来变成“英世”还有一段故事。
明治三十一年（一八九八年）八月，清作听说一直鼓励他上到高等小学的恩师小林荣的夫人病重，他特意赶回会津。当时清作二十三岁，前一年刚通过医师资格考试，开始在北里研究所工作。
师母得的是肾病，没过多久病情就开始有所好转。恰巧就在清作陪床的时候，他从隔壁病床的病人那里借来一本坪内逍遥写的《当世书生气质》来看。这本书在当时属于相当受欢迎的流行小说。而当清作看这本小说时，他偶然发现小说中出现一个叫“野野口精作”（日语中“精”与“清”发音相同）的人物，而这个野野口精作也是个医学院学生，被誉为秀才，他集家乡父老的希望于一身来到京城，可是却由于一念之差，沉迷于酒色之中不能自拔，整日过着放荡不羁的生活。
“野口”与“野野口”只有一字之差，名字和同为医学生这些地方又都极其相像，而沉迷于酒色这一点上也几乎一模一样。这个时候，清作正为自己在研究所里遭受的不公待遇而愤愤不平，不断从别人那里借钱，游荡于吉原
到横滨的酒色场之间。
一读这本书，清作惊愕不已，还以为里面写的就是自己呢。他怀疑有人把自己的事情泄露出去了，而坪内先生就以此为蓝本写了这本书。清作对此非常在意，在经过一番痛苦的思考之后，他对小林荣说出了要改名字的想法。
“在这么有名的小说里竟会出现那么不知廉耻的同名人物，这可太让人伤脑筋了。”
当然，清作没有说出自己在东京的所作所为也和主人公一模一样这个实情。当着这位只知自己少年时代学习非常刻苦并对自己充满期待的恩师，要是把自己的事情和盘托出，那就太伤他的心了。而完全不知情的小林荣只是单纯地理解为清作讨厌书中的主人公和自己的名字相似。
“如果你那么介意的话，把名字改了也好。”
“可是我现在一时也想不出什么好名字。反正要改，我还是希望能改个像样的名字。所以我想，能不能请您给我起个新名字。”
“如果你觉得我合适，那我就考虑考虑。”
自己挖掘出来的这个乡下孩子，现在已经在东京安定下来，为了探视自己妻子的病情，还特意从东京赶回来，而且现在还请求自己重新给他起名字。小林荣对此还是很得意的。几天以后，小林荣就写了“英世”这个名字给他看。
“‘英’这个字是小林家族代代起名时用的一个字，意思是说比他人更优秀；‘世’指的就是这个大千世界。‘英世’也就意味着是这个世界上最优秀、最伟大的人。”
一听到这个名字，清作马上使劲儿点了点头。这个名字怎么看都感觉很聪明，而且还很有品位，和“清作”这个完全平民化的名字真是有天壤之别。
“真是太感谢您了！如果用这个名字的话，我不会输给任何人。我一定继续努力，绝不给这个名字抹黑。”
从这一刻开始，清作立刻在心底里给自己更名为“英世”，并向户籍部门提出了更名申请。
但是他的请求被户籍部门拒绝了。他们认为只是因为名字和小说中偶然出现的主人公的名字相同就要求改名，他们无法接受。如果大家都随意改名的话，那他们就不好办了。
可是在听到“英世”这个名字之后，他无论如何也不想再用“清作”这个名字了。考虑再三后，他想到了一个好办法。
作为更名条件之一，有明文规定，如果在同村人中有两个人名字相同的话，就可以考虑为其更名。因为面对这种情况，分发邮件的时候会有麻烦。清作就是抓住了这一点。第二年，当他听说同村另外一户姓野口的家里生了个男孩儿时，他马上鼓动孩子的父母，让他们给这个孩子起名叫“清作”。
在当时，“清作”这个名字也并不是什么特别奇怪的名字。现实中，因为名为“野口清作”的他不仅勤奋好学，而且已成为村里唯一通过医师资格考试的人，所以孩子的父母对于用“清作”为孩子命名也没有什么特别的顾虑。就这样，新的“野口清作”诞生了，旧的清作高高兴兴地再次向户籍部门提出了更名申请。
明治三十二年（一八九九年）十月二十一日，在政府的户籍本上，“清作”被擦掉，上面重新写上了“英世”这个名字。
可能有人会认为，不过就是个名字，没什么大不了的。但是在这件事情上，后来英世身上那种异乎寻常的执着劲头已初露端倪。
因为是小林荣给他起的名字，所以从那以后，英世经常在信中称呼他们夫妇为“父亲大人”“母亲大人”。英世年轻的时候就喜欢做这种夸张的事情。
后来小林荣还是知道了出现在《当世书生气质》一书中野野口精作这个人物的情况。多年以后，当野口英世在西非病死后，他直接给坪内逍遥写信，询问小说中的野野口精作是不是以野口清作为蓝本而写的。
对此，坪内逍遥在回信中做出如下答复：
复函。您对已故野口博士的往事追忆皆吾从未耳闻之事，拜读您之来函，深有感触。吾之拙作乃于明治十七年起笔，十八年出版之物也。皆为无稽之虚构，诸如人物姓名等均为随意之臆造。其时，已故博士恐仅九岁、十岁上下，姓名雷同实乃偶然。谈及缘何创造如此放荡不羁之医学生，乃因耳闻当时称作东京大学医学部之本乡医学校专业学生中多有好游之徒，挥金如土，故试以此作讽刺之意而已。自然，诸如借债、赊账之类，多少有些依据。
总而言之，四十五六年前之劣作，思及汗颜之至。因此，如此劣作尚可，无意间竟成为真正世界大国手、已故博士发愤之机缘，毋庸置疑，当属阁下高谕及已故博士聪慧天资使然。
先生所述如世上奇闻，如无不便，能否将其如实收录于拙文之中，外加已故博士之小传，刊于《帝王》志，公之于众，当属敦促当今世上弥漫之惰性十足、游手好闲之流警醒之举。如肯快诺，愿闻已故博士少年之佳话及顺天堂求学之概略。苹果落地，有心观者与无心观者，结果乃生天壤之别，恰如此例。赘言再三，此乃警醒世上无心之辈之重锤。
匆匆如上，仅此复函。
专此
五月十六日
草于伊豆热海 坪内雄藏
又启：恳请详述已故博士真名实姓及与阁下交往之事。
坪内雄藏当然是坪内逍遥的本名。
从这封信中上可以看出，小林荣此时早已明白过去清作沉迷于酒色之中的大致情形。
而坪内逍遥听到关于野口英世的故事之后，马上就提出想要写文章在《帝王》杂志上刊登，这也充分表现出作为作家的他好奇心是多么旺盛，这一点读起来也很有意思。在那以后，或许逍遥确实写过关于野口的一些随笔、札记，但没有这方面的详细记录。从小林荣的角度来讲，也许他终究还是不想说出有关英世那段放荡不羁的生活经历的更多信息。