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明治二十九年（一八九六年）九月，清作上京后最先落脚的地方就是本乡四丁目的大成馆宿舍。清作的所有行李只有参加考试所必需的几本书和几件用包袱皮包着的换洗衣物。
本乡周围是一排排的学生宿舍。大成馆就位于现在本乡四丁目的交叉路口，面向东大红门方向进去大约五十米的地方。现在，那里早已经片瓦无存，隔着一条马路的对面有条小路，一直往里走有个天神社，再往里还有个叫瑞泉院的庙宇。
清作在这里借了一个房间，马上投入到应考复习当中。
当时的医师资格考试分为前期、后期两个阶段。前期是物理学、化学、解剖学、生理学等基础科目的笔试，后期则是以外科学、内科学、药物学、眼科学、产科学、临床实验等所谓临床科目为主。据说，一般情况下，就算头脑相当聪明且认真学习准备的话，要通过前期考试也要三年时间，而通过后期考试恐怕需要七年时间。
来到东京一个月后的十月初，清作首先向前期笔试发起冲锋。
清作考试前就对前期笔试很有信心。果不其然，他一次通过。
虽然突破了第一道关卡，可最大的难关是后期考试。实际上，前期的笔试等于把报考者过了一遍筛子，即粗选作业。这样一来，无论如何也要通过后期考试才行。只通过前期考试还是没有当医生的资格，实际上等于白费力气。
为了能够通过后期的考试，就必须到哪个医学院去学习临床才行。那时候，只有济生学舍这家私立医学馆向那些准备通过考试取得医师资格证的年轻人开放门户。这家医学馆由明治时期的医师、医学理论家长谷川泰创建，位于汤岛四丁目，正好就在现在汤岛会馆那个位置。
这所学校的教师几乎都是由东京帝国大学的教授们兼职，就如同为了医师资格考试而特设的预备（补习）学校一样。虽说是学校，但没有明确划分学期，没有限制明确的入学时间、毕业时间，你可以根据自己的实际情况交钱入学、自行退学等。
课程设置也没有特别固定的安排，教授们有空的时候就过来讲讲课，讲完课就走人。因此，上课的时间也会因为大学里的工作安排而变化，有时从早晨六点就开始上课，有时却又从傍晚时分才开始上课。
这里曾被称作是“素质低下的家伙们上的济生学舍”，可见在学生中评价不算太好，但并不是说在这里学习过的人都素质低。这里的学生基本上分为两大类，一种是家里按时寄钱来，生活比较富裕的富人，还有一种是家庭贫穷，但仍立志苦读的穷学生。
吊儿郎当的学生主要是第一种，他们成天迷恋赌博或调戏女子，被周围人所不齿。
因为这里入学时几乎等于免试，对任何人都开放，所以品质恶劣的家伙混进来也在所难免。创始者长谷川泰的本意是创建一所新私学的殿堂，为所有求学若渴的人提供一处能自由学习的地方，但是这一初衷适得其反，所以在数年后就不得不关门大吉了。
但是在明治初年，这所学校拯救了很多无法上大学却又立志当医生的年轻人。从这一点来看，它的存在意义重大。
若以尽快通过后期考试为目标的话，清作同样也只能去济生学舍学习，这是唯一的捷径。虽然社会上的评价不太好，但要在一定程度上掌握后期考试所必需的临床知识，也就只有这一种选择了。
前期考试结束后，清作特别想马上去这所学校学习，但从九月来东京到十月底的这两个月里，他花光了带来的所有钱，现在已经身无分文了。
从会津出来时，他身上还带着将近四十元钱，这些钱都花到哪里去了呢？这里面自然有旅费、考试费，以及在东京生活时因人生地不熟而造成的各种计划外支出。在大城市里生活，总不能拔田间地头的小草或抓几条河里的鱼来充饥，可即便如此，当时在东京，每月只要有十元钱就足够夫妻两人花了。临行前，给了他十元钱的小林荣校长每个月的工资也不过十二元而已。可见，如果能勤俭一点儿的话，一个学生每月有五元钱也就够了。
在这种情况下，还不到两个月时间他就花光了四十元钱，这的确不太一般。
总的说来，野口英世在用钱方面大手大脚。后来有一次，他请所有朋友到横滨夜总会玩了个通宵，把从未婚妻家里拿来的两百元巨款在一夜之间花了个精光，这是单看他贫寒的出身无法想象的奢侈行为。
但如果把这些都归结到野口有浪费癖好上好像也不太合适。
清作曾经说过：“怀里揣着钱的感觉太可怕了！”一方面他比任何人都想得到钱，但真有了钱的时候，他心里又会不踏实。一般人也许会想，如果那样的话，把钱存起来不就行了吗？可野口没有存钱的想法，或者说他根本就没有这种概念。
俗话说：“富小气，穷大方。”野口的情况正是如此。存钱，是对于那些多少有点儿富余的闲钱的富人而言的，但这并不是穷人的思路。从小就生活在贫困阶级的最底层，习惯于贫穷的生活之后，就不再会有为以后打算、把钱存起来的想法了。习惯了今朝有酒今朝醉的生活方式之后，当天拿到手的东西，当天就会把它用光。明天的事明天再说，总之会有办法的，或者靠劳动，或者靠别人施舍。
清作到东京那时，储蓄制度已经确立，他也非常清楚存钱的必要性。可明白归明白，他就是没办法管住自己。另外，还有一个很重要的原因，那就是花过一次大钱以后，就无法忘记花钱时的快感。只要一拿出钱来，过去一直很冷淡的宿舍里的用人及一直很威严的房东，都会一下子变得点头哈腰，毕恭毕敬，好像变了个人似的。这种快感太令人难忘了。沉浸在这种幻觉当中，花钱便如流水一样。
如果身无分文时真能镇定自若的话，似乎也很潇洒，但是非常危险。现在清作想去上学，却苦于没有钱。
他想写信给渡部院长或家乡的什么人再要点儿钱，但毕竟刚到东京不久，现在就要钱确实有点儿说不过去。要说奇妙的确很奇妙，清作从小到大从未伸手向母亲希佳要过钱。像学习用品、衣物等，都是希佳单方面为他准备的，他自己从未主动要过。
他从小在母亲身边，知道家里一贫如洗，也不想给家人添麻烦。不可否认，这里面有他对家人的怜惜，同时也有他对家人的失望。
考虑再三，清作决定到血胁守之助那里看看。
当时，血胁守之助的家在水道桥附近的三崎町，每天到芝区的伊皿子坂上的高山牙科医学院上班。清作便到高山牙科医学院拜访他。
在东京这两个月，清作任其头发疯长，从会津出来时身上穿的那套像样点儿的和服现在也已被汗水和污垢弄得脏兮兮的了。
出来接待的看门人看到他穷酸潦倒的样子，露出诧异的神情。但因为有渡部院长的介绍信，所以他只好去通报守之助。守之助在这里一边教书，一边还担任日常管理的事务长一职。
从去年夏天在会阳医院首次见面后，现在是他们时隔一年多的再会，但守之助没有忘记清作。见过清作的人，一般情况下是不会忘记他的。这其中自然有清作的过人之处，更主要的还是他左手残疾这一明显的身体特征起了很大作用。
“你现在在干什么呢？”
面对守之助，清作讲述了他已经通过了前期考试，下一阶段为了准备参加后期考试，想到济生学舍学习的情况。
“是吗？那太好了。就差一步了，继续努力吧！”
鉴于自身的经验，守之助当然明白真正的考验在后期考试阶段。而此时二十七岁的守之助虽然仅比清作大六岁，但他的威严占了绝对优势。面对住在城里、已经作为医师独立行医的守之助，刚刚从乡下出来的穷学生自然无法与之相提并论。
清作用他那惯用的可怜口吻告诉守之助，他是来想办法筹钱的。
“如果能让我在学校里帮忙的话，哪怕是人力车夫也好，让我干什么活儿都行。您看能不能帮忙安排一下？”
像清作这种花钱大手大脚的男人，与其给他生活费，还不如给他安排个住处，保证他有饭吃更稳妥。
“这可不太好办。”
虽然守之助确实想帮他，但这里是高山院长的地方，他做不了主。实际上，他本身也不过是每个月除了伙食费之外只拿四元钱的打工者。
“我还是先去问问院长行不行。你先在这儿等等。”
这位高山院长于明治三年从庆应义塾毕业后就到美国留学，通过美国的牙科医师资格考试后回国，在东京银座开了第一家牙科医院，并作为日本第一位正规的专业牙科医生负责为皇后陛下以及东宫殿下等贵族治疗牙病。后来他又在芝区的伊皿子町的自家附近创建了高山牙科医学院，同时也是日本牙科学会的创始人，为促进牙科的发展及提高牙科医生的社会地位做出了贡献。
守之助向他汇报了清作的情况后，高山院长只问了一句：“你看现在我们学院确实需要这个人吗？”
“不，倒不是因为这个原因。”
“那你就回绝他好了。”
高山院长的主张是合理而严谨的。他摒弃一切多余之物，明确判断“是”或“不是”，是一位信奉并实施美国的合理主义理念的绅士。
这下守之助可犯难了。他万不能瞒着院长把清作留下来，可是也不能就这么把特意从会津来的人赶走。经过一番考虑，守之助暂时把他安排到学院旁边的宿舍里。在这里只要和管理员老夫妇处理好关系，应该没有什么太大的问题。
就这样，清作寄居到学院隔壁宿舍的一间房子里。说是搬家，实际上他也就只有一个背在背上的布包袱而已。从本乡到芝区的伊皿子，他沿着红色砖瓦结构的建筑排成行的银座大街，一边观景，一边步行。因为他不算正式在编人员，所以不能在宿舍里到处乱逛，人家管他早晚两顿饭，其他时间则必须在房间里，不能随意走动。万一被高山院长发现，连守之助也要跟着一道挨骂。
但总是无法老实待着的清作开始在楼道和厨房里抛头露面，还没过一个月，他就大大咧咧地出入学院了。而且趁着学院干杂务的老头儿歇班之际，他还干起了摇上课铃、清洁油灯、打扫厕所卫生等工作。
当然这些活儿都不是白干的，通过做这些零活儿，他可以多少挣点儿钱。住在宿舍里虽然早晚两顿饭算是有了着落，但为了能够吃上午饭，保证半夜不挨饿，他还必须有点儿额外收入才行。
清作最大的优点就是不管身处何种环境，他都不会忘记学习。大多数人往往会因为环境改变而一两个月无心学习，但清作完全不受影响，仍能埋头于学业。不知道是应该说他很有冲劲儿，还是应该说他特别具有适应环境的能力，反正他对一些小事根本不在意。
到芝区的伊皿子两个月后的十一月底，清作间接听说这里有个德国人正在教德语，他马上就想去跟德国人学德语。在若松时，他已掌握了英语和法语。主要国家的语言之中，只有德语他虽然学过，但还差一点儿。可要上这个学习班，每个月就需要交一元钱的学费。
清作又去找守之助要钱。他每次一遇到问题，就去给人家添麻烦，虽觉得不太好，但是一想到是因为学习，就控制不住。他一旦想要什么东西，就无法忍耐，简直就像小孩子一样。真正感到为难的是被他缠上的人。
这次就连宽宏大度的守之助也认为清作脸皮太厚了，可如果一口回绝，又觉得不太好，正如后来有人给清作起的绰号一样，他的“男艺伎
”可以说相当有水平。他请别人帮忙时，说话的腔调总是有种令人无法拒绝的可怜劲儿，被他缠住的人都会产生一种不能丢下他不管的奇怪的迫切感。可就守之助每月四元钱的微薄收入来看，这一元钱也算是相当大的金额了。如果每个月都必须交学费的话，也就是说每个月都得给他一元钱。
“这我可就无能为力了。”守之助完全没了主意。
清作却没当回事儿，只是说：“请他们给您涨点儿工资怎么样？”
守之助吃惊地看着他。确实，如果说因为工资少拿不出钱来，那么只要工资涨上去了，问题也就解决了。守之助之前只考虑怎样从少得可怜的工资里挤，经他这么一说，觉得确实有道理。
“对呀！”守之助点了点头。
就算这里提供伙食，但再怎么说，一个独当一面的医生每个月只拿四元钱的工资也太少了。他本人对此也有过抱怨，但他把这当成是一种磨炼，一直忍耐至今。他一直以为，为了真正领悟高山院长的学识，就不得不继续忍耐下去，可要求获取与付出的劳动相当的工资收入也是他的正当权利。守之助鼓起勇气，决定向高山院长提出要求，试试看。
“实在不好意思说这种话，可是我也有做医生的面子问题。您看现在能不能考虑给我涨点儿工资？”
他说这话实在绕了很大圈子。没想到高山院长马上点头答应道：“好吧，给你涨到七元吧！”
这可是超乎预料的收获。刚开始，守之助还以为院长会拒绝，即使答应，顶多也只能是一两元钱，现在一下子就涨了三元。
守之助面带微笑，跑到清作那儿兴奋地告诉他说：“太好了，问题顺利解决了。他给我涨了三元呢。”
“这也是你的功劳，我可以暂时每个月给你两元钱。”
这些地方也表现出了守之助的善良，既然涨了三元，那么不给清作两元，就感觉不合适。
总之，清作就这样开始学习德语了。
一开始学习，清作就停止了摇上课铃、清洁油灯、打扫厕所卫生等工作。这也是清作的个性，只要全身心投入到一件事当中去，其他就什么都看不见了。