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李大钊为人儒雅，与人说话时，脑袋习惯向前微倾并且侧着，声调沉慢，使人听了只觉得颇具说服力。在护送陈独秀前往天津一路上，凡沿途关卡，与人交涉，均由李大钊出面，不要陈独秀开口，以免陈所操南方口音引人疑虑。
他们处处小心，可以说有惊无险，但谁能想到，《新青年》的两位旗手、五四运动的两位领袖人物，竟会落至如此狼狈又如此精诚与共的“逃亡”境地？
起因在1919年6月11日夜，陈独秀与内务部会事邓初、《新青年》编辑高一涵三人去新世界游艺场散发传单，这里唱小曲的，说相声的，演京戏的，放电影的，卖瓜子的，喝茶的，熙熙攘攘，热闹非凡，正是“传播思想”的好所在。
晚上10时，陈独秀戴着白帽，穿着西服，看准时机，与高一涵等人悄悄潜往新世界游艺场五楼屋顶花园，陈独秀在西南角的黑暗处，如天女散花一般往下撒开上百张《北京市民宣言》传单，然而这三教九流齐聚的场所，自有流氓、暗探混杂期间，于是乎陈独秀当场被捕……
当夜在另一处散发传单的李大钊得知陈独秀被捕的消息，焦急万分，他找来了北京大学德文班学生罗章龙等人，将陈独秀被捕的消息报道传达出去，以便动员舆论进行营救。
他还写了《是谁夺了我们的光明》一文，不久后发表在《每周评论》上：“有一位爱读报的人来信说，我们对于世界的新生活，都是瞎子。亏了贵报的‘只眼’（即陈独秀），常常给我们点光明。我们实在感谢。现在好久不见‘只眼’了，是谁夺了我们的光明？”
6月13日，陈独秀被捕的新闻见诸于北京《晨报》，随后《时事新报》《民国日报》《申报》《时报》等全国各大报迅速跟进，舆论哗然，各界纷纷抨击北洋政府，连孙中山也过问此事，要求尽速释放陈独秀。
1919年9月16日，被关押98天之后，陈独秀由同乡作保，重获自由。李大钊欣然命笔，写下《欢迎独秀出狱》一诗，发表在《新青年》第6卷第6号上：
你今出狱了，
我们很欢喜！
他们的强权和威力，
终竟战不胜真理。
什么监狱什么死，
都不能屈服了你；
因为你拥护真理，
所以真理拥护你。
你今出狱了，
我们很欢喜！
相别才有几十日
这里有了许多更易：
……
我们现在有了很多的化身，同时奋起：
好像花草的种子，
被风吹散在遍地。
虽然获得了自由，但陈独秀的行动仍受到限制，重大行动必须得到批准，便衣暗探常出没在陈独秀居所周围。
1920年1月，陈独秀躲过监视，离开北京，前往上海。2月3日，从上海赴武汉，参加武昌文化大学毕业典礼，并在千人欢迎会上作了《社会改造的方法与信仰》的演讲，指出三个改造的方法：一要打破阶级的制度，实行平民社会主义；二要打破继承的制度，实行共同劳动工作，不使无产者吃苦，有产者安享；三要打破遗产的制度，不使田地归私人传留享有，应归为社会的共产，不种田地的人，不应该享有田地的权利。并认为人们有平等的信仰和劳动的信仰，人人应该受教育，应该常劳动，心理上总有平等的劳动与劳动的革命。
2月6日，他又在文化大学毕业典礼上作《知识教育与情感教育问题》的演讲。2月7日，在武昌高等师范学校作即兴演讲《新教育的精神》。
陈独秀在武汉逗留四天后，这才乘车北上。此时，北京报界详细刊登了陈独秀在武汉的行程及演讲内容，北洋政府对陈独秀在武汉宣传过激思想，大为恼火，北京警察厅对陈宅的监视加重了。高君曼发现后，立即找到李大钊。
李大钊与高一涵、王星拱等人商议，接走了陈独秀。
“北京太危险了。”在王星拱家里，李大钊对陈独秀说道，“我看你还是离京去上海避一避为好！”最后，二人决定从公路出走，由李大钊护送陈独秀前往天津乘海轮去上海。
李大钊比陈独秀小十岁，他称陈为仲甫先生，对人常说：“仲甫先生是中国新文化运动的创始者，革命的先锋。”
寒风拂过，两人下车来活动下手脚。这几天里，他们看暮色降临，看曦光初绽，经过城镇里，看逃难者流离失所，不免心潮澎湃……
“都说大雪兆丰年，可是谁知道这世道年年饿殍遍地……”李大钊感慨道。
“是啊。别说平民百姓，我这个昔日的留日学生，也曾饥寒交迫。这世道，是得改变了。”
“是啊，我们就像处在一间黑暗的铁屋子里，是该打破它，建立中国的布尔什维克了。”李大钊答道。
“对，要争取早日建立中国的布尔什维克！”
他们找到了火种，他们将投入柴薪。于是乎这一次“逃亡”之旅，像石头开花一样，引发了“南陈北李，相约建党”的创举。
终于抵达天津，李大钊将陈独秀送到码头。
“仲甫先生，一路保重！”
“守常你这次护送我出走北京，一连消失几天，回去后，你也要小心！”
互道保重后，陈独秀拿着李大钊为他买好的船票，登上轮船，到达上海，开启了他人生中最辉煌最重大的一段经历。
三年前，陈独秀北上，把《新青年》编辑部带到了北京，并高举起民主与科学的大旗，于1919年1月出版的《新青年》上发表《本志罪案之答辩书》：“西洋人因为拥护德赛两先生，闹了多少事，流了多少血；德赛两先生才渐渐从黑暗中把他们救出，引到光明世界。我们现在认定只有这两位先生，可以救治中国政治上道德上学术上思想上一切的黑暗。”并说，“若因为拥护这两位先生，一切政府的迫压，社会的攻击笑骂，就是断头流血，都不推辞”。
秉持着此一态度，陈独秀领导五四运动并成为它的“总司令”，将这一爱国运动推向胜利的高潮。
五四运动胜利后两个多月，7月14日，毛泽东在湖南长沙创办《湘江评论》，“以宣传最新思潮为旨”。从它的办刊宗旨和刊名来看，应该受到了《新青年》及《每周评论》的影响！
毛泽东是在1918年10月第一次去北京时认识李大钊的，后进入北大图书馆当助理馆员。三十多年后，毛泽东曾感慨地说：“三十年前我为了寻求救国救民的真理而奔波。还不错，吃了不少苦头，在北平遇到了一个大好人，就是李大钊同志。在他的帮助下我才成了一个马列主义者。”毛泽东通过李大钊又结识了陈独秀，并回顾称：“我们是他们那一代人的学生。”他们那一代人，自然就是指李大钊和陈独秀。
在《湘江评论》创刊词上，毛泽东高呼：“时机到了！世界的大潮卷得更急了！洞庭湖的闸门动了，且开了！浩浩荡荡的新思潮业已奔腾澎湃于湘江两岸了！顺他的生，逆他的死……”他还在创刊号《陈独秀之被捕及营救》一文中指出：当前“思想界空虚腐败到十二分”，人们“迷信神鬼，迷信物象，迷信运命，迷信强权。全然不认有个人，不认有自己，不认有真理”；但对陈独秀则十分推崇，称之为“思想界的明星”。
7月21日起，《湘江评论》第2、3、4号连载毛泽东《民众的大联合》一文，指出民众大联合是改造国家、改造社会的根本方法，要求工人、农民、学生、教师、警察、车夫各色人等联合起来，这篇文章在当时的进步思想界有相当影响。北京《每周评论》说此文“眼光很远大，议论也很痛快，确是现今的重要文字”。
1919年底，为了把反动军阀张敬尧驱逐出湖南，毛泽东第二次到北京，与李大钊、陈独秀等人见面交谈，并商讨了工读互助团的问题。
转眼间，陈独秀这位“思想界的明星”把《新青年》编辑部带回了上海，带到了渔阳里。
此时，不能说《新青年》已令“全国思想都改观”，至少知识界和学生界已有一大改观。
1919年5月第6卷第5号发布通告：《新青年》出售合订本预约券，五年来共出33本杂志，分五厚册精装，如现在预约，每册4元，等印制出来之后再买就是5元。这说明《新青年》已经成为具有收藏需求的名刊。
杭州第一师范学生傅彬然说：“《新青年》的文章，一开始就吸引着我们，可是在初期，对批判儒家学说和传统的人伦道德那么厉害，在感情上多少还有些接受不了。但是不久以后。完全接受了。”
北京女子高师学生程俊英、罗静轩说：“《新青年》等刊物，成为我们必不可少的读物。有的同学把《新青年》从第一期读到最后一期，这使我们文风一变，再也不写堆砌辞藻，空疏无物之古文了。”
1935年上海亚东图书馆、群益书社重印《新青年》时，胡适题词云：《新青年》是中国文学史和思想史上划分一个时代的刊物。最近二十年中的文学运动和思想运动，差不多都是从这个刊物出发的。我们当日编辑作文的一班朋友，往往也不容易收藏全份，所以我们欢迎这回《新青年》的重印。
蔡元培也为之题词：《新青年》杂志为五四运动时代之急先锋。现传本渐稀，得此重印本，使研讨吾国人最近思想变迁有所依据。甚可喜也。
在陈独秀心目中，《新青年》始终占据着特别重要的位置。1922年4月29日，在纪念芜湖科学图书社20年的题词中，陈独秀如此写道：“这二十年中，孟邹办了个亚东图书馆，我做了几本《新青年》，此外都无所成就。”