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人类为了谋求发展必须从自然界汲取养分，这意味着发展不可避免地对生态造成压力，而自然在哺育人类的同时，也会惩罚人类的破坏行为，环境污染问题的加剧会威胁人类自身的生存条件。随着人类自然保护意识的觉醒，自然保护地等自然保护性事业逐渐在全球范围内建立起来。与保护事业相伴产生的保护力度问题也成为人类的关注点，比如，对自然的绝对性保护在一定程度上是否意味着对人类利益的侵害，诸如此类的探讨为自然保护地的优化发展提供了理论指导。
自然保护地发展在我国已经进入调整转折时期，必须从国家战略层面明确发展目标，上下一心，共同建设。
首先，地方为了脱贫需要“发展优先”。发展与保护的矛盾关系在农村地区尤其尖锐，一方面，国家号召要打赢脱贫攻坚战，全面建成小康社会，坚持农业农村优先发展；另一方面，虽然保护优先的核心思想与“以经济建设为中心”并不冲突，但是由于经济结构、发展手段的落后，地方在处理二者关系的时候并不能完全兼顾，绿色发展与可持续发展的目标不能落实到地方。在面对优先发展还是优先保护的取向时，在多数地方的项目规划中倾向性仍然是发展。而随着全面脱贫目标的实现，对经济落后地区也开始往提高居民生活质量方向发展，以脱贫为借口的发展优先策略不具有合理性。
其次，农民为了生存需要发展优先。自然保护地多建设在落后的农村地区，农民是社会的弱势群体，他们的生存发展手段较为单一，农民依赖自然界的馈赠生存。相应地，农业、林业等产业在一定程度上会阻碍自然保护地的建设，但自然保护地的发展也会影响农民的生产生活状况，二者之间一直存在着针锋相对的矛盾。早期，经济发展缓慢、自然保护意识的落后也让他们更倾向于发展优先；不过，随着农村发展水平不断提高，基本生活需求都被满足，对物质的强烈追求减弱，对精神建设及环境质量的要求增强。且在新媒体技术的迅速发展下，农村地区的环境信息获取能力提高，加之环境教育在农村地区也已经规模性开展。农村村民的环境意识逐步提升，也开始重视环境保护对自身的意义。另外，环境意识的增强也体现在要求政府环境治理对农村村民的需求回应。
伴随着工业化进程的加快，全球范围内的资源被过度开发利用，由此引发了各种生态危机，人们意识到未来的发展会因为自然环境被破坏而遭遇严重阻碍，甚至会影响人类的生存，世界各国开始重新反思人与自然的关系。传统的人类中心主义思想受到强烈抵制，与此相对的生态中心主义观念进入人们的视野，受到人们的普遍支持。生态中心主义阐明人类生态危机的根本原因在于自近代以来建立在人类中心主义立场上的工业文明的崛起及其发展模式，而对传统工业文明的历史性超越就构成了我们摆脱全球生态危机的切实出路。“西方‘深绿’思潮把人类中心主义价值观看作是当代生态危机的根源，强调只有破除人类中心主义价值观，确立以‘自然价值论’和‘自然权利论’为主要内容的生态中心主义价值观，才能解决生态危机。”
在生态中心主义视野中，人类属于生态系统的一部分，自然界的一切都有固有的价值，人类不仅不是自然的拥有者，对自然资源的支配也不具有绝对优于其他物种的优势，人类与自然界的其他物种之间是平等的关系。在这种观念指导下，部分生态中心主义的拥护者把人类对自然界的开发活动看作是对自然的掠夺，为了恢复生态系统的稳定性，由此展开的自然保护行为应该以自然界本身为主体地位，即自然本位思想。但是，人类是其他物种无法替代的智慧存在，人类作为自然界的独特一员就是因为他拥有其他生物无可比拟的智力优势，否认这一点会挫伤其积极性。
生态中心主义在一定程度上忽略了人类的利益，人类与其他物种相同，都拥有在自然界生存的权利，生态系统也需要为了人类生存服务。
因此，人类中心主义与生态中心主义实际上都与自然界的运行规律相背离，而人与自然和谐发展的生态整体价值观更能体现其优势。对自然环境的保护应坚持以人为环境保护主体的理念，即人本主义的立场。基于此，人类作为保护责任的承担者，也应享受相应的权利，即合理的资源利用权利。环境保护的根本目标在于实现人类社会的可持续发展，人类和自然界不是各自孤立而存在的，它们在生态系统的内部始终是相互联系的，人类中心主义与生态中心主义的博弈不在于在二者之间作出明确的抉择，而是要寻求一种平衡关系。
总体上，我国自然保护地采取的是自上而下的多层级管理结构，自然保护地在管理上仍存在诸多问题：第一，管理体制的衔接不顺，导致了自然保护地的中央与地方管理之间的权责关系不明晰；第二，不同部门之间存在交叉管理问题，多头领导现象严重，各部门间权责割据，权力规范与追责依据的不完备导致自然保护地管理中的利益分享与责任承担存在矛盾；第三，我国长期以来对自然保护地实行封闭式管理，原住居民在自然保护地建设中一直处于被管理者地位，参与度较低。管理上矛盾冲突的激化制约了自然保护地的整体发展，要实现自然保护地发展的进一步完善亟待管理体制的优化。
根据我国自然保护地管理的有关规定，自然保护地管理原则上表现为：国家级自然保护地由中央政府负责管理，地方级自然保护地由各级地方政府负责管理。但是在实际施行过程中，国家级自然保护地一般采取的是由中央提供资金补助，地方政府组建管理机构、分配资金的管理方式。总体上，我国自然保护地的管理职责实际掌握在地方政府手上。也可以理解为一种“行政发包制”，是指在横向上赋予地方较大的治理空间及概括治理权，是为避免治理链条过长导致治理效能逐步衰减等问题。
基于此种管理现状，理想化结果是实现中央主导下的地方力量的主动发挥。但是，由于权责关系的配置不合理，中央与地方在应对自然保护地建设与发展的目标指向上产生分歧，影响到自然保护地的管理效果。
一是，中央政府要求建立自然保护地体系是站在国家整体利益的全局考虑，要求切实达到“维护生态系统原真性、完整性”这一目标。但是，站在地方政府的立场上考虑，地方有权调控地方发展需要，统筹经济利益与社会利益，因此地方为了追求短期的发展利益，与中央要求的自然保护地管理目标可能发生偏离。二是，中央将权力下放到地方，容易导致地方权力膨胀，在“机会主义”思想的诱导下，权力寻租现象时有发生。三是，由于中央和地方的信息不对称，导致对地方的监督力度不足，自然保护地管理的地方权力较大，却未规定详细具体的责任追究制度。现行自然保护地领域的法律法规主要内容在于建设和管理层面，对管理不当的追责却鲜有规定，对地方管理的约束力与强制力不足。
我国自然保护地呈现空间重叠性的特征，一方面，自然保护区、风景名胜区、森林公园等类型自然保护地的区域重叠问题客观存在，因此就产生了许多一区多名的现象。在我国，不同类型的自然保护地采取的是行政管理的方式，根据行政法规、部门规章、地方性法规与规章等规范性文件的内容进行管理。但是，现行法律规范下，还存在部门权力边界不明、职责紊乱等问题，使得不同部门在参与到自然保护地建设中的分工不明晰，导致了多部门的交叉管理，容易造成部门间的竞争，竞争的负面效应会促使各部门采取一切可能的手段追求短期利益，过度的权力竞争造成管理效率低下或不计效率的局面，造成突出矛盾，引起发展上的无序局面。另一方面，我国自然保护地主要采取属地管理方式，但是，由于早期我国自然保护地的空间规划能力较弱，自然保护地也存在行政区划上的空间重叠性。某一自然保护地可能横跨数个地方行政区划。对该类自然保护地，往往可能由不同区划的多个政府部门或机构管辖。这些部门或机构由于权力结构的不同，在制定具体的管理规划时往往会产生差异。
另外，地方实践表明，许多地区存在某一机构管理多个自然保护地的现象，但是在同一机构负责下，还应当考虑到由于自然保护地的功能不同，也应当采取不同的管理手段，但是很多地区并未作好合理安排，管理规定原则往往比较模糊。政府负责自然保护地的统一建设管理，但是政府主导下的行政管理体制已然体现出弊端。具体管理体制的改革将成为自然保护地发展的关键所在，设立具体的管理机构、划定权力边界、明确责任追究，能够为统一、规范、科学、高效的自然保护地管理体制的形成提供帮助。
参与式治理的管理模式要求政府赋予公民足够的社会治理权力，才能实现充分有效的公民参与，而公民赋权是一种“双重赋权”过程，公民既需要被赋予享受社会参与权利，又应当被赋予管理公共事务的权力。
建立自然保护地，重在协调保护与发展的对立关系，要处理好人与自然的矛盾。因此，自然保护地的内部关系不仅仅有政府的参与，也包括自然保护地原住居民与当地生态系统的内在联系。人类与自然的关系在国家系统出现之前就已经存在，环境保护的手段须臾离不开人民的意志。我国自然保护地是在高度行政指令下建立的，缺少当地社区群众的支持和参与，缺乏与当地经济发展的联系，成为自然保护地管理体制的先天不足。
事实上，公众参与已经在环境保护立法领域得以体现，2014 年修订的《中华人民共和国环境保护法》将“公众参与”原则确立为环境保护的基本原则之一。且实践层面也多次证实，公众参与的制度落实成为解决我国环境问题的重要途径，公众参与的作用发挥也是实现可持续发展目标的关键举措。在自然保护地建设与发展方面，总体上我国自然保护地管理难的问题一直存在，究其原因，包括政府管理与公众参与的脱节问题。多数地区的自然保护地管理模式仍较为单一，外部的参与性不强。“我国当前的自然保护地体系建设遵循‘自上而下’的整体主义路径，这使得我国虽然在‘多方参与’原则下探索多种私人治理性质的治理模式，但其他治理模式需要服从于政府治理模式的主导地位。”
而自然保护地管理公众参与度不高的原因主要在于制度设计上存在漏洞，在自然保护地领域的相关立法中虽然也有对公众参与内容的规定，但是并没有哪部法规、规章将公众参与列为自然保护地管理的强制性规定，基本上都是宣示性规定，特别是没有明确规定居民参与的具体权利。
这些规定在实践中皆多流于形式，公众意见的表达是否能被采纳主要由政府及各部门自身作出判断，并不具有强制力。这些问题直接导致社区参与的制度保障力度不够，社会参与保护区管理的机制不健全，参与机会受到限制。
不具有强制力的规定并不能给管理者带来压力，制度规范的不足，导致自然保护地管理中的公众参与一般处于一种“假参与”或“表面参与”的阶段。
权利规范上的缺陷导致行政主导下的公众参与形式化问题严重，当人们认识到自己的所谓参与权不具有实际效力时，他们寻求法律保障的参与积极性就会降低。如果自然保护地建设与居民利益相冲突，形式上的参与权并不能有效维护居民利益，造成政府公信力弱化。这也是导致公众非理性参与情况产生的主要原因。另外，缺乏有效的外部监督，无法保证自然保护地管理工作的廉洁、高效，也使得自然保护地原住居民的权益保障依据不足。2019 年，中共中央办公厅、国务院办公厅印发的《关于建立以国家公园为主体的自然保护地体系的指导意见》提出“建立健全政府、企业、社会组织和公众参与自然保护的长效机制”，但由于缺乏更为具体详细的规定，如何推进公众的实质参与仍是一个需要继续探讨的议题。
自然保护地建设不是基于原始生态为基础进行的，自然保护地内的生态维护与经济发展矛盾从来都是一项历史性问题。因此，自然保护地的建设与发展必须兼顾自然保护地内部的各种关系，原住居民与自然生态之间存在应然联系，传统管理体制下，管理者与原住居民之间也存在联系。自然保护地内拥有极其丰富的自然资源，自然保护地的建设和管理主要目的不是恢复原始生态，而是使自然保护地不再遭受进一步破坏。进一步说，自然保护地的建设与发展并不矛盾，关键在于如何处理好自然保护地生态系统服务功能的价值转化问题。
一直以来，土地都是民生之本。我国土地权属划分为全民所有制和集体所有制，自然保护地内的土地产权形态从法理上说应该是公共产权兼由国有和集体土地所有制组成。实践过程中，自然保护地内部存在复杂的土地权属关系，具体表现为：土地边界模糊，土地权属重叠，居民不能正确使用各项土地权利等。土地权属纠纷影响了和谐人地关系的维持，人地冲突得不到合理解决进一步限制了自然保护地建设的进程。
以国家公园建设为例，《建立国家公园体制总体方案》规定，确保全民所有的自然资源资产占主体地位。以此分析，国家公园内要实现全民所有。传统的农村集体土地流转方式，如征收、租赁等，虽然经过长期应用表明了一定的可行性，但是这些手段运用到集体土地占比高的自然保护地建设中仍遇到诸多阻碍，存在国家财政负担严重、农村集体成员的利益得不到合理保障等问题。大多数自然保护地内农民依靠土地生存，强制性地将集体土地转变为国有土地，容易影响政府与农民的关系，造成社会性冲突。
当前国家公园等自然保护地建设仍然面临土地流转难的困境，传统的强制流转模式引起财政压力和农民抵制等现象，而如果不解决自然保护地内的土地权属纠纷，自然保护地的管理工作将会受到限制。鉴于此，有些学者提出了设立地役权等解决措施，但是，这些手段设计尚未成熟，自然保护地内人地关系的矛盾在短时间内仍为激烈。
习近平总书记指出，人民对美好生活的向往是党的奋斗目标。
自然保护地是地球生态系统的一个缩影，与人类的生存、生产以及生活存在着密切的联系。而自然保护地建设蕴含着可持续发展的基本理念，在发挥自然保护地系统的功能时，需要平衡其生态属性与经济属性。目前来看，我国自然保护地建设过程中，生态价值与经济价值的冲突十分明显。
长期以来，世界经济的发展模式受到“先污染后治理”的理念影响，在环境保护与经济增长的杠杆上，统治阶级在二者出现矛盾时往往会倾向于后者。意识到这一点，我国《森林法》与《土地管理法》等公法都对资源的生态价值进行保障，资源的经济价值也未遭到抛弃，实质上法律层面生态价值的保障仍是谋求自然服务于人类发展。长期以来，我国自然保护地建设与管理存在“重经济价值属性，轻生态和社会价值属性”“重有形自然资源，轻无形自然资源”的弊端
，自然保护地内部存在诸多利益纠葛，归根到底仍是资源的分配问题。国家建设自然保护地主要是为了保障其内部生态价值的稳定，而对自然保护地的管理、保护限制了居民的财产利益，造成了生态价值与经济价值的对立。而且，在我国自然保护地管理的过程之中，国家行政部门与地方政府作为管理者权力过大，自然保护地原住居民不能参与到其中。其产生的不利后果是：一方面，管理者由于利益诱导，偏离生态公益保护的目标寻求权利最大化；另一方面，自然保护地原住居民由于权利受到侵害，出于经济利益的追求，可能会采取非理性方式对抗管理者，以致影响到自然保护地生态系统的维护工作。由于自然保护地内部资源承载了生态公共利益，政府与原住居民对资源的开发与利用必须受到公共利益的限制，国家主要通过公法的强制性保护生态公益，行政管理的手段往往采取“命令—控制型”的治理模式。强制的手段虽然最能体现出效率性，但是“命令—控制”型模式的僵化性问题依然存在。基于对生态公益的维护，国家可以对自然保护地原住居民的行为进行必要的限制，然而在理论上公共利益可谓“非常抽象，可能人人殊言”
，政府在公益评判上的裁量权较大，不排除某些行政机关为了政绩而以公共利益之名行损害自然保护地原住居民权益之实，使得生态公益与经济私益的对立状态不能得到根本改善。这种情况下自然保护地的生态价值与经济价值无法得到协调发展，最终致害的仍然是生态安全与人民利益。
而且，经济社会发展与生态环境保护是辩证统一的关系，根据“两山”理论，保护和改善生态环境就是保护和发展生产力，生态环境与经济发展可以实现优势转化。
“两山”理论深刻阐明了发展与保护的本质关系，创新性地将生态环境保护与经济发展统一起来，以实现我国经济与生态的互利共赢为目标。
“两山”理论强调可持续性的绿色发展观，要将生态资源环境优势转化为经济优势、竞争优势和发展优势。因此，生态价值与经济价值是可以互相转化的关系。而自然保护地作为生态资源的宝库，在维护生态系统服务功能的同时，还应当重视对生态系统服务功能的价值转化。自然保护地的功能在于对生态系统原真性、完整性保护，现行发展模式无法有效兼顾生态系统服务功能的保护与价值转化两方面要求。生态系统服务功能价值市场化模式能有力弥补行政管理手段僵化的缺点，但是市场本身也存在盲目性、逐利性特点，完全依托市场力量也不利于协调发展目标的实现。应当与自然保护地社区的发展相结合，做到生态系统服务功能价值惠及于民，价值实现应与社区建设联系起来。总之，在目前自然保护地发展模式下，自然保护地生态功能价值与生态经济价值的矛盾冲突难以调节，而在冲突之下，生态系统服务功能价值转化的难度较大，与“两山”理论的目的相悖。
自然保护地发展最为关键的问题是原住居民的权益保障问题，就整个生态系统而言，原住居民与自然环境、资源之间存在一种天然的联系并具有相当高的依存度，这既体现在自然环境和资源对原住居民的显著影响上，也体现在原住居民在环境保护和资源开发过程中所发挥的独特作用上。
而从当前发展状况来看，存在将原住居民与自然保护地生态环境的关系割裂的问题，且这种割裂并不能满足自然保护地发展的应然目的。在我国，政府权力的行使应当服务于人民，但是面对公共利益与私人利益的矛盾时，政府权力的天平往往会倾向于前者。生态保护领域的公共利益和私人利益的平衡，需要管理者居中协调。在实践中，部分国家生态保护一直秉承的思想是：保护自然生态是为了实现人类的可持续发展，因此可以牺牲一部分眼前利益而实现长远利益。然而，在自然保护地发展中，从实际上所牺牲的利益来看，不仅包括了地区发展的可能性，还包括了原住居民的基本权益。
在我国，自然保护地内部也进行了功能区域的划分，比如，自然保护区内部分为核心区、缓冲区和试验区，国家公园内部分为严格保护区、生态保育区、科普游憩区、传统利用区四个功能区。在不同的功能分区，国家对相关活动进行了限制。首先，按照我国《自然保护区条例》规定，在自然保护区的核心区内禁止任何单位和个人进入。根据国家规划及相关政策要求，核心区内的原住居民需要搬出核心区，在其他自然保护地的相关区域如国家公园内的严格保护区也要实行人口搬迁。但是，由于生态补偿机制的不完善，对搬迁原住居民的补偿往往低于其从事农业经营所得收入，自然保护地的原住居民没有得到合理经济补偿的问题较为突出。其次，在自然保护区的缓冲区，只允许科研观测活动。缓冲区不需要进行强制性移民活动，但需要对原住居民的活动进行必要的限制。自然保护地内原住居民生活主要依靠农业生产经营活动，对原住居民农业活动的限制必然会侵犯到他们的权益，虽然国家制定了一系列生态补偿机制，但是由于自然保护地内部复杂的农业关系，对原住居民权益的补偿需要结合实际情况而定，而对补偿额的确定主要掌握在地方政府手中，权益保障的合理性仍然存疑。法律层面，我国自然保护地法律文本中几乎没有原住居民权利的直接规定，仅在部分地方性法规、地方政府规章中可见间接、模糊、粗略规定，原住居民权利规范存在规定位阶较低，条文内容简单粗略的特征
，因此也导致了对原住居民权益保障的实施乏力问题。