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本书主要采取以下的研究方法：
1.比较分析法
比较分析的贯穿是本课题研究的一大特点。课题通过对城市和农村环境问题的差异性比较，分析现行环保监管模式之于农村的不适应性。通过自治型环保监管模式与现行环保监管模式的比较，分析该模式的可行性和局限性。
2.文献分析法
对现有相关领域的学科研究成果进行分析梳理，提炼出农村自治型环保监管模式的理论基础，成为制度构建的前提。
3.实证分析法
农村自治型环保监管模式是一种自下而上的“草根模式”。湖南省浏阳市葛家乡金塘村的实践探索是其发展过程中的典型案例。各地农村综合条件不一样，自治型环保监管模式能否在全国农村地区推广并取得良好的效果需要进行客观分析。课题对金塘村自治型环保监管模式的具体实践进行深入分析，挖掘其政治、经济及文化基础，分析其建构障碍，证明了该模式的可行性。
4.系统分析法
没有任何一个环保监管主体能够独立有效地解决复杂的环境问题。课题从系统分析的角度，认为农村环境问题的最终解决、农村自治型环保监管模式的有效实施需要构建村民、政府、市场相互协调与配合的多主体、多维度的运行保障。自治、法治、德治相结合，实施有效的环境监管。
本书共分为五个章节展开叙述：
第一章研究的缘起。主要介绍选题背景、研究意义，国内外研究现状、研究方法及论文的基本框架。
第二章环保监管模式的演进与实效考量。回顾环保监管理念嬗变与环保监管模式的演进路径，分析环保监管模式价值、确立原则及依据。对现行环保监管模式于农村之不适应的原因进行了深入剖析，重点关注农民环境角色的错位这一容易被忽视的根本原因。提出只有将农民从环境问题的制造者、旁观者转变为环境保护的责任者和监督者，实现环保资源充分发掘和培育的环保监管模式，才能在农村这片广袤的土地上扎根，发挥应有的作用，推动农村社会可持续发展。
第三章自治型环保监管模式初探。在分析自治、村民自治与农村环境自治，环保监管与环保监管模式等概念的基础上，论述了自治型环保监管模式的概念，在与现行环保监管模式的比较中剖析其特征。进而从社会权力论、软法治理说、社区治理论、利益说等理论角度，论述了农村自治型环保监管模式的理论依据，为进一步的研究奠定了理论基础。随后在对金塘村自治型环保监管模式的产生、执行、维持过程进行解构的基础上，分析了自治型环保监管模式在农村地区实施的政治、经济、文化基础，最后得出结论，自治型环保监管模式并非空中楼阁，“金塘模式”完全可以在我国广大农村地区复制、推广。
第四章自治型环保监管独立善治之可行性分析。自治型环保监管模式不是万能的，在外部原因引发农村环境问题、农村社区之间的环境资源矛盾的解决方面也有局限性，当前自治型环保监管模式的实施也存在需突破的现实障碍。自治、法治、德治相结合的乡村治理体系为自治型环保监管作用发挥提供了新的思路。
第五章自治型环保监管模式的制度构建。从自治主体权力（利）保障的视角进行自治型环保监管模式的制度构建。在划分政府与农村居民（农村环保自治组织）的事权范围的基础上，进一步明确了农村居民自我管理环境的权利和义务，对村民环境规章制定权、环境事务处理权、环境参与权、环境保护收益权和环境权益损害救济权等加以保障。从农村居民环境自治权的明确与实现的角度进行自治型环保监管模式的制度构建。
本课题的创新之处有二：一是研究角度的创新。目前学界对环保监管模式及相关问题的研究较少，且从事相关研究的学者主要是环境科学、环境管理学、行政管理学背景，而本书是从法学角度并且选择我国农村这一特定区域对环保监管模式展开研究，为农村自治型环保监管模式构建法学理论基础，这方面的研究目前还不多见。二是研究内容的创新。突破当前对农村自治型环保监管模式典型案例的介绍，从理论基础、现实考量、局限性等方面分析对自治型环保监管模式的必要性、可行性，在现行村民自治的制度体系的基础上进行自治型环保监管模式的制度构建，既与现行村民自治相关法律制度相吻合，突破自治型环保监管模式的建构障碍；又能有创新有发展，使之更具有可操作性。
不足在于，农村自治型环保监管模式研究是一个涉及多学科领域的课题，多学科交叉的理论难以全盘驾驭；实证分析仅限于金塘村自治型环保监管模式，对其他地区推行自治型环保监管模式的创新发展及实际效果资料获取不足；由于外语水平的障碍，以及中外农村社会的现实差异，对国外环境自治在农村的实践情况研究不足、借鉴不够充分，研究视野可能受到了一定的限制和影响。