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本课题立足于西部实践，以“生态补偿政策法律制度建设”为研究对象，其基本的理论预设是：生态补偿制度涵盖面广、辐射性强、影响力大，应当成为我国环境保护的基本法律制度。从实践层面考察，生态补偿在中国长期以来被作为一项政策工具，虽历经数十年实践，并初步建立起生态补偿的政策、法律体系，但有关生态补偿的政策、法律呈现“碎片化”，缺少内在的协调机制，缺少国家层面的综合性、专门性生态补偿立法；生态补偿由政府不同的行业主管部门主导，各自为政，各个领域的生态补偿实践呈现出不平衡的状态。在理论层面，法学界对生态补偿的研究过多地借用了生态学、经济学、公共管理学的研究成果和方法，路径依赖严重，规范分析不足。由于实践推进和理论准备的不足，作为一项法律层面的“规范制度建构”，生态补偿制度仍处于探索发展阶段，存在诸多不完善之处，远未成为环境保护法体系中的成熟制度。
针对这一现状，本课题从规范法学的视角出发，以法律制度生成的基本要素，即“确定性——有明确的权利义务主体、权利义务内容、行为方式和程序要求等；可行性——可在实践中运行并诞生效果；可预测性——行为人可根据法律预测行为后果和法律责任；可救济性——权利人的权利受到侵害时有具体的法律救济措施”
为主线，以西部生态脆弱地区生态补偿实践的典型样态为例证，运用多种研究方法，对生态补偿制度的法理基础、制度逻辑要素、制度实施效果、制度构建进行体系化研究。
本课题在对与学界相关的已有研究成果进行批判分析、消化吸收的基础上，结合我国西部生态脆弱区生态补偿的实践，重点围绕生态补偿的“理论分析框架”“政策实践探索”和“法律制度构建”等问题进行深入的理论探讨与论证，以期对生态补偿这一正在成长中的环境保护法律制度的构建和完善提供理论支持。
“理论分析框架”主要从学理层面，通过对不同学科视域下生态补偿概念的梳理、辨析，分析生态补偿的多维度学科理论基础，从中汲取营养，最后从法学概念固有的规范性、严谨性、明确性要求出发，对生态补偿的概念、类型进行规范法学意义上的界定。运用系统论的分析方法，对生态补偿制度体系，包括生态补偿政策体系和法律体系的不同产生机理、结构耦合、协调互补等进行理论分析，进而以规范分析的方法，对生态补偿法律关系的主客体、各方主体的权利义务配置、补偿标准、补偿模式等展开全方位的分析，以期从应然性上为生态补偿制度建构一个基本的理论框架。
“政策实践探索”从三方面对生态补偿的实践运行效果进行实然性探讨。一是对现有生态补偿政策体系、法律体系进行全面梳理，从中发现制度建设存在的不足。二是以西部生态脆弱地区生态补偿实践的典型样态为例证，对森林、草原、流域、重点生态功能区、矿产资源开发等领域的生态补偿实践进行全面考察，从鲜活的实践中发现制度运行中存在的问题。三是对域外相关国家和地区的生态补偿实践进行简略考察，从功能结构主义角度，考察其制度建设及实践绩效给我们的经验借鉴和启示。在此基础上，提出完善我国生态补偿政策法律制度的建议。
“法律制度构建”以生态补偿政策法律化、合法化为出发点，探讨了生态补偿政策体系与法律体系的协同，重点研究了推进生态补偿监督管理体制的思路、实现生态补偿综合立法与分散立法模式的协调等问题。最后，综合本课题的研究成果，提出《中华人民共和国生态保护补偿条例（草案）》课题组建议稿，作为学术研究的一家之言，供立法机关参考。
依据本课题设定的研究目标，针对现有理论研究的不足，根据研究的实际需要，本课题综合运用了以下研究方法。
第一，规范分析方法。
规范分析被视为法学独有的研究方法。
通常认为，规范分析是受自然科学影响而产生的一种实证主义或社会科学方法，这一分析方法将法律命题中的价值问题和事实问题分离开来，坚持“分离命题”。它以法律规范为前提，将模糊含混甚至冲突的法律命题和法律概念进行逻辑语义梳理，使其清晰化、体系化。
规范分析一般只描述和分析法律规范而不考虑道德规范和社会规范。我国环境法学研究中的规范分析尚处于相当落后的境地。比如，环境权利中的泛道德化色彩、制度设计中的自然主义倾向、理论研究中的过度路径依赖、法律和政策的杂糅等现象，很大程度上是对环境法学理论研究缺乏规范分析、缺乏法学意义上的规范建构。梳理法学界关于生态补偿的已有研究成果，不难看到这样的景象：大多数研究成果直接将生态学、经济学的方法作为基础工具，概念界定和制度要素疏离法的本质，缺少法律制度应有的规范性，不能很好地指导制度建设和立法推进。基于此种认识，本课题运用规范法学分析的方法，对生态补偿制度逻辑要素进行类型化分析。
第二，系统论分析方法。
生态补偿制度关涉人与人、人与社会、人与自然关系的多重维度，涉及错综复杂的利益关系，其中的发展任务、经济目标、公共环境利益诉求构成了相互掣肘的利益相关者的互动关系。作为法律系统中一项独立运行的制度，生态补偿制度应当具备法律制度的基本要素和内容；同时，生态补偿制度要顺应自然生态规律，要受经济运行规律、国家政策目标、社会发展水平等因素的制约和影响。因此，以系统论方法分析生态补偿的“系统/环境”内外部二元互动关系，有助于科学把握生态补偿制度的本质和制度完善的路径。系统论的分析方法为生态补偿制度的理论框架提供了一种社会学导引。从“自我指涉”的角度进行规范分析，作为一项法律制度或正式规则系统，生态补偿制度应当具备法律制度的基本要素。从“外部指涉”的角度进行开放认知，应当对影响和制约生态补偿制度的各种外部因素进行全面考察、分析，通过内外部双重视角的“全景观察”，进而构建更为科学的、符合事物发展规律的生态补偿制度体系。
第三，法经济学分析方法。
在运用规范分析方法、法社会学的系统论分析方法的同时，还需要综合运用法经济学分析方法。外部性理论、环境公共物品理论、生态资本理论等阐明了生态补偿的经济学原理，特别重要的是，指明了生态补偿的经济协调路径。因此，法经济学的分析方法在生态补偿制度研究中不可或缺。本课题将运用成本—效益分析、环境外部性行为的内部化、环境公共物品过度使用制度规制等理论和方法，对生态补偿的制度构建、生态补偿的实践运行效果进行法经济学分析。
第四，文献分析和实证分析相结合的方法。
借助文献分析，对生态学、经济学、法学等不同学科关于生态补偿的理论研究成果进行梳理、辨析，从生态补偿的多学科理论基础和研究方法中吸取养分、归纳问题、探明方向。同时，对西部生态脆弱地区的森林、草原、流域、重点生态功能区、矿产资源开发等领域的生态补偿的“实践样态”进行实证考察，运用实证分析方法，在“活的”社会实践中研究生态补偿的运行效果，为制度完善提供有证明力的现实素材。