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从学术史的角度，“生态补偿”是一个被自然科学、社会科学领域共同关注的问题。我们知道，科学是认识世界的实践方法，是将各种知识通过细化分类研究，进而形成相对独立的知识体系的主、客观规律相融合的过程。在科学的分化演进过程中，对应着自然界、人类社会、认识活动和思维活动四大领域，形成了自然科学、社会科学、认识科学和思维科学四种基本类型。每一领域之下又分化出若干具体的学科门类，不同学科之间既分工细化，形成各自不同的知识体系和方法体系，又相互借鉴、交叉融合，以各自不同的视角、话语和方法，对某一问题或现象进行共同研究和探讨，体现出“在分化中融合，在融合中分化”的特点。本课题研究的生态补偿问题，无论从历时性还是共时性的角度，都关涉分化融合中的多元学科知识体系。具体来说，生态补偿的学术研究，最早发端于环境科学、生态学等自然科学领域，后来逐渐进入经济学、管理学、公共政策学、法学等社会科学领域，成为一个多学科交叉的研究课题。因此，对生态补偿的研究，应当遵从系统论的方法，以多学科的视角，对生态补偿的自然科学原理、社会科学原理进行全面认知，从整体关联、功能结构的视角出发，对生态补偿各要素之间、整体与部分之间、内部规范与外部环境之间的关系进行全面考察，进而为构建科学的生态补偿政策、法律体系奠定符合科学规律的理论基础。