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后白河法皇虽然表面上对源义仲大加封赏，器重有加，但实际上却是笑里藏刀。法皇深知要想恢复皇权，就必须有效地利用这些武士，但同时又不能让武士们坐大，以免出现另一个平清盛那样的人物。源义仲是个粗人，他只懂得靠拳头说话，并不懂什么皇权，也不愿去敬重那些公卿大臣，甚至他还纵容手下武士在京都内奸淫掳掠，于是后白河法皇和京都的公卿们就逐渐对义仲产生了仇恨心理。
源义仲当初奉以仁王的令旨出兵，从越后东进时，曾经救出过以仁王之子北陆宫，并拥护他为名义上的主君，如今平家挟持幼小的安德天皇西逃，国不可一日无君，义仲便向后白河法皇提议立北陆宫为新君。法皇为了稳定义仲的情绪，假意应允下来，于是义仲便派人前去接北陆宫进京。可谁知没过几日，后白河法皇突然宣布改立高仓天皇的第四子尊成亲王为新的天皇，也即第八十二代后鸟羽天皇。
源义仲听闻此信，大为愠怒，本想立刻向法皇发难，但不料此时又传来消息，说平家军以播磨国的福原为根据地，逐步降伏了周边的反对势力，正在准备反扑。于是义仲只得暂时放下与法皇的芥蒂，于寿永二年（1183年）九月二十日集合武士向西进发，准备消灭平家的残余势力。
两军与十一月十七日在备中国的水岛地方遭遇，并立即展开了水战，源义仲因为此前一直生活在信浓的山区中，几乎没有任何水战的经验，在这一战中被平知盛和平教经率领的平家水军打得大败而归。就在义仲准备返回京都，休整军马再战的时候，后白河法皇竟然召集比叡山及圆城寺的僧兵们将他挡在京城之外，并且还秘密派人送信给身在镰仓的源赖朝，要求他率兵进京，驱逐义仲。
老谋深算的源赖朝早已经看透后白河法皇是个言而无信，并不断利用平氏与源氏两个武士团，令其自相残杀的小人。为了不成为法皇的棋子，赖朝便找了些借口拒绝了讨伐义仲的要求。此时义仲已经集结军队，并准备要凭借武力攻进京都了，后白河法皇无奈，只得下旨封源赖朝为征夷大将军，并承认其对坂东地区的统治权，赖朝这才下定决心要向京都进军，而他的弟弟九郎义经也终于迎来了命运的又一个转折点。
寿永二年（1183年）十一月，义经与他的另外一位同父异母哥哥、“蒲将军”源范赖同时被任命为征讨源义仲的总大将，各率两万兵马，分道向京都进发。一路势如破竹，于次年也即寿永三年（1184年）正月抵达京都附近的宇治川。
此时的源义仲，早就已经打败了支援后白河法皇的僧兵，重返京都，他觉得法皇和大臣们都背叛了他和他那些浴血奋战的将士们，于是便把后白河法皇幽禁起来，解除了法皇所任命的四十九位公卿的官职。同时，他还逼迫法皇宣旨，改任自己为征夷大将军，而将源赖朝定为朝敌。
闻报坂东大军杀来，源义仲立刻派出自己的义兄弟今井四郎兼平率领数千武士于濑田方向抵挡源范赖军，部下武将根井行亲、楯亲忠父子率数千军马在宇治川对抗源义经军，自己则据守于法皇的御所之前。
担任赖朝方讨伐军总大将的本是源范赖，因为传说其母本是歌妓出身，身份低微，加上范赖本人非常老实，赖朝觉得这个弟弟更为可信一些。而源义经因为一度被养育在平家，又曾一度投靠奥州的藤原秀衡，机心甚重的赖朝觉得必须谨慎提防，于是就任命义经当了副将。
源义经本人对这种安排倒并未心存芥蒂，他和源范赖两人都仗着是赖朝的弟弟而成为将领，但都没有丝毫实际功绩，实在难以区分高下。在这种情况下，年长的范赖作主将，年幼的自己当副将，也是无可指摘的安排。
等到两将分道逼近京都，面对源义仲派来的大军，源义经意识到此时的情势极其危急，如果不能迅速消灭敌人，那么兄长赖朝已被指为朝敌的消息就会传遍整个日本，到时候刚刚归附赖朝的武士都很有可能转而投入义仲军，因此必须速战速决。然而这却并不是一件容易的事情，要消灭义仲就必须首先打败据守宇治川的根井行亲、楯亲忠父子所率敌军，而要消灭这支敌军，义经就首先要渡过横在他们面前的宇治川。究竟要怎样才能跨过这条汹涌的大河杀入敌阵呢？义经想来想去，突然心生一计。
于是义经召集众将，聚拢在河岸上，故意问他们：“怎么办才好呢，是从淀和芋洗两处迂回过去好呢，还是等河水落下去再说？”年轻武士畠山重忠上前说道：“在镰仓时早就对这条河做过估计，这又不是什么突然冒出来的陌生的水泊。该河是近江国湖水的下游，等到任何时候也是干不了的，难道想搭了板桥再前进吗？！记得治承之战的时候，足利又太郎忠纲以惊人的神力冲到河对岸，现在我重忠这就下水，试探一下水的深浅。”于是便率领着他旗下的数十名骑马武士顶着敌人射过来的如雨般箭矢率先跃入水中。
其他的武士们见了，生怕被畠山重忠抢了头功，于是也都争先恐后的策马下水。赶在最前面的两骑分别是在赖朝起兵之初便一直与之协力的佐佐木家的四男高纲，以及当初在石桥山救过赖朝性命的恩人梶原景时的长子源太景季，这两名小将凭借着从赖朝那里拜领来的宝马和出生牛犊不怕虎的精神抢得了头阵与二阵之功。
根井行亲与楯亲忠父子眼见义经的大军渡水而来，为了报答义仲的情意，决心拼死抵抗。两人都是与今井兼平、樋口兼光一起被称为义仲军“四天王”的以一敌百的东国勇士，父子二人挥刀之处，无数武士化作亡魂，但在这个新旧交替的时代，他们注定要败给年轻的义经，败给义经麾下那些血气方刚、勇往直前的年轻武士。奋战之后，父子二人尽皆战死沙场，用他们的生命报答了与源义仲的主从之情。
宇治川的败报很快传到源义仲处，义仲知道大势已去。此刻的他不再想着什么称霸天下的美梦，也不再希冀什么荣华富贵，而仅仅只是希望能够实现儿时的承诺，与他的义兄弟今井兼平同生共死。于是义仲便主动放弃了法皇御所的防卫，率领着麾下武士们开赴濑田，准备与今井四郎兼平的部队会合。
此时今井兼平仍在濑田方面殊死奋战，逼得源范赖无法前进一步，但是部下在听到了宇治川败战的消息后逐渐逃散，兼平也因心里挂念着义仲的安危，只得且战且退，当退到大津时终于与义仲相遇。此时他们主从都已经陷入了范赖与义经大军的重重包围之中，眼见此景，义仲与兼平决定拼死一搏，于是便竖起了旭将军的大旗，勉强集合了三百余骑。义仲与兼平就率领着这三百余骑杀入范赖军中，左冲右突，屡屡击退如云层一般的敌军，最后就连铠甲都染成了血红色，而背后的翎羽箭也都射完了。
乱军之中，义仲被范赖军中的三浦族人石田为久射中了后脑，落下马来，为久立刻带领士卒追了上来砍取了义仲的首级。今井兼平万念俱灰，高声喊道：“事到如今，我还在为谁而战呢？！坂东的武士们，今天就让你们见识一下日本第一硬汉自尽的榜样！”说罢将太刀刺入口中，自杀身亡。
而也就在义仲、兼平与范赖军酣战之际，义经已经亲率一支人马突入京都，赶到法皇的御所前。后白河法皇眼见救星赶到，喜出望外，亲自接见了义经，并当即赐官左卫门尉。
正月二十一日，义仲之乱平定，源义仲麾下的武士尽遭斩首，樋口次郎兼光为了给义仲及战死的亲友祈求冥福，此前已经向义经投降，义经怜惜他是个有情有义并且武艺高强的勇士，本想将其收于帐下，可后白河法皇却不依不饶，最终义经迫于压力，只得将兼光斩首。