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在这团团烈火之中，烧得最旺的当属源义经的兄长——已故左马头源义朝的嫡子源赖朝。当年清盛念及继母池禅尼的求情，特意赦免了赖朝的死罪，改为流放坂东伊豆国，而赖朝却在流放过程中娶了当地武士团首领北条时政的女儿北条政子为妻，遂得以在他强有力的岳父庇护下重新聚拢起父亲当年的家臣，积蓄了相当强大的武装力量。
治承四年（1180年）八月十七日，接到以仁王令旨的源赖朝在当地武士工藤茂光、土肥实平等人以及佐佐木一族的协助下，起兵夜袭伊豆国府（一国之官衙）山木馆，杀死了平氏一门的守护代（即代理军事长官）平兼隆，迅速平定了伊豆。赖朝马不停蹄，立刻联络了在相模国内拥有广大势力的三浦一族，并在得到对方许诺支援之后，亲率三百骑武士出兵相模。
赖朝军汹涌来攻，却在石桥山一带遭遇已经归顺了平氏的源义朝旧臣大庭景亲所率三千人马，两军于当月二十三日展开恶斗。此战之中，赖朝亲执弓矢与家臣武士们一起战斗在最前线，却终因寡不敌众而败下阵来，幸亏景亲方的武士梶原景时故意放走了赖朝，才使赖朝等人逃出生天，流亡去了海上。
时隔不久，源赖朝卷土重来，与三浦一族会合，并在安房国登陆，同时向其父源义朝的旧臣上总介（一国最高行政长官为“守”，次官为“介”）平广常和千叶介平常胤送去书信，要求他们前来归附。在广常和常胤归顺后，赖朝借着他们的大军平定了上总、下总，转而进入武藏国，不费吹灰之力就降伏了葛西、足立、畠山、河越等诸多武士家族。重整旗鼓以后，他再次与大庭景亲交战，并凭借着人数上的优势轻松将之击退，十月六日进驻重镇镰仓。大庭景亲眼见无法抵挡，急忙修书，上呈六波罗请求支援。
事实上，大庭景亲早在源赖朝起兵之初，便已经向六波罗上呈了请求援兵的书信，但是一方面平家对赖朝的实力估计不足，另一方面也因为被任命为讨伐军总大将的平清盛嫡孙平维盛是个不通战事的贵族公子，编成讨伐军的速度缓慢至极，因此等到十月份维盛的讨伐军编制完毕之时，赖朝早已将大半个坂东归于自己统治之下了，甚至连甲斐国名门武田义信亦率领一族加入到赖朝一方。而即便东国的情势已经如此紧迫了，平维盛还在为占卜出兵的良辰吉日而费心劳力，直到十月二十九日才磨磨蹭蹭地起程出京。
十一月九日，两军于富士川一代遭遇，讨伐军在川西岸布阵，赖朝军则在河东排兵。此时平维盛所率领的讨伐军多是从各国各地拼凑起来的乌合之众，当他们看到对岸严阵以待、盔明甲亮的坂东武士时，便认定无法抵敌，于是有些士兵偷偷地逃出阵中，而那些留下来的也如惊弓之鸟般惶惶不可终日。当晚，武田义信受赖朝之命率领甲斐国的骑马武士趁夜渡河，准备发动夜袭，不料在渡河途中惊动了栖息在富士川中的水鸟，这些水鸟大声鸣叫着，朝向讨伐军方向飞去。早已被吓破了胆的平家武士竟然误把这些水鸟当成了敌军，于是便丢盔弃甲，争先恐后地向西逃去。就这样，好似玩笑一般，源赖朝不费一兵一卒便击败了平家派出的数以万计的讨伐军。
据说，在讨伐军大将平维盛逃回京都时，身边已经只剩下了十数骑，其情状可说是狼狈至极。
平家本是武士团的首领，受武士们的爱戴和支持而进入京都，执掌朝政，然而在一路向上攀爬的过程中，他们和公卿们打交道越来越是频密，不但沾染上了贪图安逸的坏毛病，还日益疏远支持自己的武士们，平清盛、宗盛父子尚有武门之风，大多数子弟却早不知道兵戈为何物了。
武士们本想支持平家，建立专为武士们讲话的新的统治中心，没想到平家日益公卿化，平家政权只是旧朝廷的一个翻版，根本就无法代表武士们的利益，所以武士们逐渐离心离德，平家的战败也在情理之中。况且当时日本朝廷并没有多少常备兵，临到打仗，都要征召各地武士团前来协助，战时若非能将统率，各部间很难协调共进，兵马越多，状况越乱，所以平维盛这公子哥儿才会闹出富士川惨败的大笑话来。
与平家相比，以源赖朝为首的源氏因为受到排挤，没能挤到中央政权里去，反而保留了更多的武士脾性，他们心更齐，也更能征惯战。不过当时源赖朝进兵至黄濑川，颇想趁着战胜之机，一举进攻京都，等到他赶走平家，当上高官，会不会步平家的后尘呢？这可谁都说不准。好在部下平广常、平常胤、三浦义澄等人提出了反对意见，说坂东地区还有以佐竹秀义、志驮义广、足利忠纲等人为首的反抗势力，如果继续西进，恐怕他们会借机袭扰本军后方，还不如掉回头去先巩固根据地为好。源赖朝觉得此言甚为有理，于是下令撤兵，先在坂东经营他的半独立王国。
就在撤兵令刚刚下达之时，突然家臣前来禀报，说有个自称“九郎”的年轻人要求面见主公。
这个“九郎”不是别人，正是寄居奥州多年的源义经。义经本来在奥州等待时机，后来听说兄长源赖朝在坂东举兵，不禁心痒难搔，便领着武藏坊弁庆、伊势义盛、佐藤兄弟等人，匆匆辞别了藤原秀衡来投奔——秀衡正想借源氏之力削弱平家，又岂有阻止之理？
源义经没能赶上富士川之战，当他在途中听到了兄长击破平家追讨军的消息后，更是快马加鞭，终于在赖朝退兵之时赶到了黄濑川。
于是这两位命运坎坷的同父异母兄弟便在此处初次会面了。据说当日赖朝引用“后三年之役”时两位先祖——源义家与源义光——兄弟相见时的情景，来形容他与义经的会面，并且与义经抱头痛哭，泪雨滂沱。当时的源赖朝正苦于两线作战，分身乏术，正求能有一个可以信任的人来替他独当一面，而在那样的乱世之中，又有什么人比亲兄弟更值得信任呢？于是他便在口头上将讨伐平氏的重任交给了义经，自己则返回镰仓，准备对抗依然没有臣服的佐竹秀义、志驮义广、足利忠纲等势力。