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二十六日，土肥实平押解着被活捉的平宗盛等平氏族人回京复命，后白河法皇喜出望外，越级晋升源赖朝为从二位的官职。而就在各国平靖，百废待兴之时，天下间又有了这样的舆论：“九郎判官这样的人才实在难得，镰仓的从二位又有什么作为呢，天下的事让判官策划才好。”这话很快便传到了镰仓，赖朝心中不快，便找来已经回到镰仓的梶原景时，问他义经在军阵之中究竟表现如何。景时正愁找不到报复义经的机会，于是便添油加醋，诬陷义经说他如何如何目中无人，完全不把赖朝放在眼里。听了这些话之后的赖朝，便在心中暗自起了杀害义经之心。
然而义经对此却毫不知情，在按照赖朝的指示将平宗盛等人斩首之后，他便率领近臣们起程返回镰仓了。当抵达了镰仓西郊的腰越驿时，赖朝派人传出话来，不准义经进入镰仓。义经知道是被人进了谗言，于是便写了一封表明自己心迹的书信，托人呈送给了赖朝的近臣大江广元，这封书信的内容如下：
义经荣膺选派，得充镰仓公代理，乃奉法皇圣旨，拜为钦使，讨伐逆臣，卒雪会稽之耻。本当论功褒赏，讵奈横被谗谤，莫大功勋置于不顾，无辜罪罚加于一身，有功无过而遭遇如此，殊令人痛心疾首耳。谗言之实否不察，镰仓之晋见被拒，披陈肝胆无由，忽焉竟已数日。当此时也，吾兄尊颜不得叩见，骨肉同胞情断义绝。嗟呼，是乃今生之宿命欤，抑或前生之孽根欤？！悲哉，亡父尊灵不得复生，何人为我一申悲叹，何人为我一垂哀怜？！故特再次上书，略述所怀：
义经身体发肤受之父母，行年未几，而先君见背，沦为失怙孤儿，幸有慈母悯恤，携至大和国宇多郡，往依外伯祖父。但自此以还，从无片刻安宁，虽得苟延岁月，惟京都难以安身，只得远遁边鄙之地，任土民百姓驱遣。所幸者，突兀之间运转时来，为讨伐平家一族奉旨进京。军兴之际，削除木曾义仲，之后为彻底诛灭平家，时而挥鞭跃马于峨峨巉岩之间，置性命于不顾；时而冒风行舟于惊涛骇浪之中，几葬身于鲸鲵之腹。非但如此，我之所以枕胄甲、宿露野者，良以挥戈从戎之素志，端在雪洗先君会稽之耻，别无他求。况且义经补任五位尉，乃系源氏历代要职。虽云如此，今日仍不能不深愁浩叹。除祈求神佛保佑之外，惟有剀切陈词，冀达钧鉴耳。
谨以诸神社诸寺院之最大护符，书明我之素无野心；敬向日本全国之大小神佛，表明我之赤胆忠心。尺素数通，冀邀清览；惜乎如石沉海，终未原宥。我朝神国也，神非礼勿享，别无可求矣。惟可仰赖者，吾兄之广大慈悲耳。愿得风便之机，得达兄长玉聪，苟能略加体谅，辨明无辜，恕我无罪，则兄长一门诚为积善而有余庆之家，荣华富贵必当绵延远及子孙，而我得展多年之愁眉，可获一生之安宁矣。书不尽言，略述一二。义经惶恐谨启。
元历二年六月五日
源义经
此上因幡守公
源义经是否存有反心，其实对于一代枭雄源赖朝来说并不重要。虽说按照武士家族的传统，嫡长子有继承家督（家族首脑）之权，在源氏非赖朝莫属，弟弟们只能自己去打天下，就算义经真的起兵反叛，名不正言不顺，源氏族人和东国武士也未必会听他的。然而赖朝要建立的不是松散的武士集团，而是一个真正属于武士的新政权，新政权中是不能允许哪怕一丁点危险因素存在的。况且，眼看义经就要变成后白河法皇对抗源氏的棋子了，赖朝又岂能容他？
别说义经，就连那个老实头源范赖也遭到源赖朝的幽禁，不久后被杀害了。
因此义经的书信没能抵过一心要挑拨他们兄弟关系的梶原景时的谗言，更没能抵过源赖朝的勃勃野心。最终赖朝命令义经退回京都，下令原属义经麾下的十个武士团首领撤回镰仓——就此，义经完完全全地被孤立在了京都。
即便如此，赖朝却还不放心，他秘密派出土佐坊昌俊前往京都，假借拜佛之名，伺机刺杀义经。土佐坊来到京都，刚刚有所行动便被义经察觉，并被斩杀在了六条河原。此时义经知道赖朝杀已之心已定，于是便将愿意跟随他同生共死的弁庆、伊势义盛、佐藤忠信等人找来商议对策。大多数人都主张义经应该占据京都以西，与赖朝分庭抗礼，只有弁庆说此时即使反叛也恐难成功，况且大丈夫应该洁身自好，即使是身死家灭也不能让自己的名誉受到损害。义经觉得弁庆的话有道理，于是便放弃了反叛的念头，带着家臣们逃离了京都。几经辗转之后，他觉得为今之计只有再次投靠当年收留过他的藤原秀衡了。
藤原秀衡虽然远在奥州，但他的眼线（如前所述商人吉次）几乎遍布整个日本，当然早就听说了源义经扫平源义仲和平氏一门，武名威震日本之事，颇感欣慰，觉得自己终究没有看错人。当义经主从前来投靠时，秀衡当即出平泉城门迎接，盛情款待并且收留了他们。
藤原秀衡多年经营奥州，这片广袤的东北大地虽然开发较晚，人口较稀，但多年不逢战乱，并且奥州山中还出产黄金，为这支藤原家族积累下了丰厚的财产，也培养起了强盛的武力。源赖朝深恐一旦兄弟义经与秀衡连手对抗他的话，将成为心腹大患，于是便使尽了威吓怀柔的手段，希望秀衡能够交出义经。然而秀衡却全然不为所动。
直到文治3年（1187年）十月二十九日，已经六十五岁的藤原秀衡迎来了他人生的终点。在即将撒手西去之时，秀衡拉过儿子藤原泰衡的手，恳切地说道：“源赖朝素有吞并奥州之心，能与之对抗的只有源义经而已。你一定要善待于他，若赖朝北上之时便让义经作为总大将，全权指挥奥州的军队抵抗。只有这样，我藤原一家才能延续下去。”说完，便永远地闭上了眼睛。
可惜藤原泰衡并没有他父亲那样的魄力，在秀衡死后不久，他就迫于来自镰仓的压力，派兵重重包围了义经居住的衣川馆。当时义经身边只有不到一百人的警卫武士，眼看末日就在眼前。当此危境，自武藏坊弁庆、伊势义盛以下，那些曾经跟随义经同生共死的武士们再次挡在了他的身前，为了让自己的主公在死之后不至受辱，他们护卫着义经逃进衣川馆内，为义经的自尽争取时间。而此时的义经则静静地退入内室，按照武门的传统刺死了自己的妻子和刚满两岁的儿子，然后便剖腹自尽了。
一代英豪源义经至此走完了他因剑而生，又因剑而亡的人生，享年仅仅三十一岁。
源义经死后，人们不禁对他短暂而又辉煌的人生感到惋惜，于是编造出各种各样关于义经不死的传说来。有说他继续北上，逃到了北海道，成为了虾夷王的；也有说他乘船逃到大陆的；其中最离谱的说法是说义经逃到了蒙古，并且为了躲避仇人的追杀而改名叫铁木真，后来更以源氏的“源”字命名自己的国家为元朝，并授意自己的孙子忽必烈派百万大军进攻日本为自己报仇……显然这种说法都只不过是令人喷饭的牵强附会罢了。
源义经是日本古代为数不多的军事天才之一，他从某种程度上颠覆了恃勇而胜的旧战争法则，擅用奇谋，常从敌人料想不到的方位发动突然袭击，获得辉煌战绩。据说当进攻屋岛的时候，义经曾经不慎把背负的长弓坠落水中，于是急忙俯身去捞。部下都很奇怪，这是张怎样的宝弓，将军竟然如此珍惜？然而义经却红着脸回答说：“我的弓很软，若被敌人捡到，一定会嘲笑我的。”
由此可见，说义经跟随鞍马天狗学习武艺，又在五条大桥上凭借武力降伏了武藏坊弁庆，或许都只不过是民间传说而已，他实际上并非可于万马军中取上将首级的勇士。他的真正长处在于善鼓士气，擅出奇谋，在战场上以兵法破敌取胜，这才是真正的大将军。
然而源义经虽然在战场上如同烈火一般横扫敌阵，无人能敌，就连如同楚霸王般悍勇的源义仲也被他一战讨平，但在勾心斗角的政治斗争中却无奈地败下阵来。他先是复仇心切，无意中充当了后白河法皇讨灭平氏、夺取三神器的棋子，进而在遭到源赖朝怀疑以后，除了恳切地写信为自己辩解外，拿不出更好的办法来。等到赖朝派人刺杀于他，甚至打算起兵讨伐，义经又恪守兄弟之情和主从之义而不敢相抗，凄凄惶惶逃奔奥州。他在奥州也既未能继续扩充势力，也不能预料到藤原泰衡会突然翻脸，最终被迫自尽于衣川馆中，结束了自己年轻的生命。
对比军事天才源义经，源赖朝简直可谓是政治天才，他善于笼络人心，更善于组织规划牢固的自己的独立王国。从黄濑川回师以后，赖朝基本上就没有再离开过镰仓亲上战场，他一直致力于内部的整顿，吸取平家灭亡的教训，牢牢站在武士阶层的立场上，最终开创了全新的幕府统治。
从此，日本形成了新的双头政治，一方是僻处京都、日薄西山的天皇朝廷，一方是以东国为根据地，势力覆盖大半个日本的蒸蒸日上的新的武士政权——镰仓幕府。日本就此一步步迈入了武士掌权的新时代。