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二月九日，源义经与源范赖带着生擒的俘虏和斩获的首级凯旋回京。回想起当年父亲左马头义朝被指为朝敌，仓惶逃出京都的惨景，二人虽未目见，想象起来，就如同在梦中一般。同月十五日，他们将俘虏押往镰仓，并向源赖朝报告战况。赖朝也是难抑兴奋之情，当即给义经记了首功。法皇钦封义经为检非违使别当，因为这个官职在唐朝被称为判官，从此之后义经便被称为“九郎判官”了。
战败的平家已经如风前残烛，平宗盛等人舍妻弃子勉强逃到了四国附近的屋岛，而原本已经归顺了平家的九州豪强们也纷纷倒戈相向。在此种形势下，就连平时一向趾高气扬、骄横跋扈的内大臣平宗盛也自知末路之日已然不远，但在这个时候，这位早已没了武士风范的武家子弟也终于拿出了点武士的自尊，拒绝后白河法皇提出的交出幼帝及三神器可免不死的条件，准备以武士的身份迎来人生的终点。
所谓“三神器”，是指皇家代代相传的宝剑、铜镜和玉玺（实际是挂在脖子上的玉串），乃是天皇登基必用的礼器，也就是说，谁拿到这三神器，谁才算是皇家正统。当初平家逃离京都，既然挟持天皇，当然也把三神器带走了，这使后白河法皇寝食难安。
然而，就在平家已经注定灭亡的时候，原本一直隐藏在台面之下的后白河法皇与源赖朝之间的矛盾开始逐渐显露出来。赖朝很清楚，在平氏灭亡之后，反复无常的法皇就会视自己为最大的敌人，而要与法皇、天皇为主的朝廷对抗，就必须在灭亡平氏之前进行改革，让整个坂东的武士都脱离朝廷管制，独立地置于他本人的统治之下。于是赖朝便命令义经和范赖兄弟暂时停止西进，先在京都就地休整，以等候他下一步的指示。
当时源赖朝受封为征夷大将军之职，这个“夷”指的就是虾夷人，天皇朝廷当初设立此职，为的是统合整个东国的兵力以征讨虾夷，而自从虾夷人被压缩到北海道以后，这个职务就变成一个空头荣誉衔了。只是源赖朝并不甘心当空头大将军，他在自己的幕府（此词源字中国，指的是将军的大本营、私人幕僚机构）内设立官职，把东国大大小小的武士团首领都逐渐变成了“御家人”，也就是他征夷大将军的私人部属。
另一方面，后白河法皇也在努力寻找平氏灭亡之后能够与源赖朝对抗的军事力量，几经斟酌之后，他选择了在一之谷大放异彩、武勋卓著的源义经。此时的义经并不知道阴谋正在朝他一步步靠近，他的眼睛还死死地盯在西面海上，在他心中只有一个念头，那就是彻底剿灭平家余党，为已故的父亲源义朝洗刷当年“平治之乱”战败的耻辱。也正因为这种想法，他对兄长源赖朝暂时停止西进的命令不能理解，几经忍耐之后，终于忍不住在元历二年（1185年）的正月来到法皇宫中，向法皇请旨出兵西海，讨伐平氏余党。此举正中了想要离间他们兄弟之情的后白河法皇的下怀，法皇当刻满口应允。
于是源义经便回到军中召集武士，准备向西进兵，但是这些来自东国的武士大多不敢违抗源赖朝的命令，没人愿随义经出征，义经只征集到了直属于他的千余名武士。源赖朝听闻这个消息当然非常不快，但他对这个能征惯战、威名远扬的弟弟也颇有所忌惮，不好明着阻拦，就命令亲信梶原景时率领一族跟随义经出征，其真实用意却是监视义经，看他是否怀有谋反之心。
二月三日，源义经率领部队抵达了摄津国的渡边，因为要去平家盘踞的屋岛必须走水路，于是便在这里收募船只。二月十六日，船只调集完毕，而当这些船在解缆试航的时候却突然刮起了暴风，许多船只被风吹坏，无奈之下只得将船收回来进行修理。
梶原景时对义经说道：“此次海战，最好在船上装上逆橹。”义经问：“什么叫逆橹？”景时回答说：“要战马奔驰，必须左右回转自如。同理，战船能够快速后退是很重要的，所以要在船首船尾都装上橹，船的两侧都安上舵，如此便可前后左右进退自如了。”
义经闻言，笑笑说道：“作战时本该一步不退。虽然万一形势不利，被迫后退也是兵家常事，但若一开始就做后退打算，恐怕不好吧？此乃出师不利的预兆。安装逆橹也好，安装退橹也罢，在你的船队上只管装上百只千只，我义经是原橹不动的。”景时劝道：“所谓良将，要做到宜进则进，宜退则退，能够保全自己，歼灭敌人，如此才称得上是优秀的大将军。只知进，不知退，野猪式的蛮勇，是不会成为良将的。”义经说：“野猪也好，野鹿也罢，作起战来，攻而能取，战而能胜，心里才痛快呢！”景时吃了瘪，认为自己好心没好报，心里满不痛快，便暗自下定决心，将来有机会的话一定要报复义经。
可是令他更想不到的是，当天晚上，义经就趁着大家熟睡的时候，召集了自己亲信的武藏坊弁庆、伊势义盛、佐藤兄弟等人，率领着直属于他的武士们偷偷乘上那些在白天没有被暴风刮坏的船只，突然出海，直奔屋岛去了。
义经趁着夜色和海风顺流而行，第二天早上到了阿波国一个叫做胜浦的地方，在这里打败了一支为数百人的平家游击部队，并俘虏了带兵的头领近藤亲家。在亲家的口中，义经得知，平家因为完全没有料到源氏军队能够这么快袭来，为了平复屋岛附近以河野通信为首的反平家势力，而将由田内教能率领的主力部队开赴伊予国去了，屋岛此时残存的兵力不足一千。义经觉得这是个千载难逢的大好机会，于是便命令船夫奋力划桨，直奔屋岛而来。
元历二年（1185年）正月十八日，义经率领船队到达赞岐国的引田，然后取道丹生屋、白鸟，于当晚便杀到屋岛的城砦之下。武士们听从义经的指挥，朝着城内射火箭，丢火种，平家所居住的宫殿顿时着起火来。
当时平家的首领、内大臣平宗盛正在验看田内教能派人送回来的河野一族的首级，听说宫殿起火，以为是源氏大军来袭，慌忙指挥着武士们保护着幼帝和女眷们逃到船上。等到天稍微亮了一点之后，他派人出去打探源氏人马的准确数量，得知义经因为是连夜奔袭，身边只有七、八十骑，而他们平家的数千武士就是被这七、八十人赶离了宫殿，逃到海上的。宗盛的鼻子都气歪了，连忙叫过能登守平教经，对他说：“慌乱之中中了九郎（指义经）的奸计，白白把宫殿让给了他们，现在很是后悔。你现在就带三百武士杀将回去，给他们点颜色看看。”
于是平教经真的带了三百名武士返身杀回屋岛砦门前，在滩头列开阵势，并派部将平盛嗣前往叫阵。义经身边有一名叫做金子与一的武士箭法超群，远远地把平盛嗣一箭射成重伤。平教经怒火万丈，亲自拉弓放箭，瞄准着义经射去。源家武士纷纷催马上前，用身躯替主将挡箭。
平教经本是京内知名的神箭手，箭矢所到之处，有十几名源氏武士应声而倒，而这其中就有当年在奥州受藤原秀衡之命跟随义经的佐藤兄弟中的兄长佐藤三郎嗣信。嗣信自奥州跟随义经以来，与义经出生如死，从没一次退缩，这次更用自己的命换回了义经的性命。义经很是感动，抓着嗣信的手问：“三郎兵卫，感觉如何？”嗣信稍稍缓过气来，答道：“已经不行啦。”义经又问：“有什么话要说吗？”嗣信答道：“有什么好说呢，没等到主公飞黄腾达就死啦，实在遗憾。然而，手执干戈之人中箭而死，这是早就注定了的。日后人们会说：‘源平交战，奥州的佐藤三郎兵卫嗣信在赞岐国屋岛的海滨为掩护主公而阵亡。’这对于手执干戈之人，是生前的光荣，死后的安慰。”说完，渐渐气弱。在场的人以义经为首，包括嗣信的弟弟佐藤四郎忠信等人，无一不流下了热泪。
平教经知道要想射死义经是不大可能了，却又怕直接领兵杀过去会中了源氏军的埋伏，于是便招呼手下武士继续与敌人叫阵。其中不知道是谁想出了个主意，找来一个十八、九岁的姑娘，穿着花裙站在船头，将一把画着金色太阳的扇子插在船上，然后向着源家武士这边招手。
源家的武士们认定这是在向他们挑衅，要他们射落那把扇子，于是义经找来下野国的年轻武士那须与一宗高，要他将扇子射落。正当初春，海面上刮着强烈的北风，扇子也随风飘忽不定，宗高暗自祈祷：“南无八幡大菩萨，此箭一出，若不中的，就丢尽了东国武士的面子，我也会立即折弓自裁，所以请保佑我射中吧。”说也奇怪，霎时间北风忽然变缓，宗高便抓住这个机会，瞄准扇子一箭射去。也许真是他的祈祷灵验了，他射出的箭不偏不倚，正好射在扇子的杆上，将扇子穿成两半，飘落到水中。源氏的武士们见此情景连声叫好，士气大受鼓舞。
渐渐的，两军已经相持到了傍晚，义经便命武士们撤离岸边，来到附近一处野山摆好阵地，准备休息一夜——因为自三日前出发以来，这七、八十人跟随义经连续作战，一直都没有睡过一觉——义经本人和伊势义盛守在营砦旁守卫，提防敌军趁夜来袭。
当夜，平教经果然想要趁夜攻击源氏军，但却因为平盛嗣和海老盛方两将争当先锋，吵嚷不决，最终只得放弃，白白错失了取胜的良机。