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自古以来，想得天下者，必须要心够狠，手够辣——好比那位坐镇镰仓的源氏栋梁源赖朝。赖朝时刻记着平清盛心慈手软放过源氏遗孤，最终导致平家灭亡的教训，于是在得胜后大开杀戒，几乎把所有和平氏有关的人全都宰了个干净。
可是这样他还不放心，因为两个弟弟统领大军在外征战的时候，他不过窝在老家镰仓搞内政而已，恐怕现在军中只知有蒲将军和九郎判官，而不知有他自己这个源氏栋梁了——于是乎，黑手就向老弟们伸去。
源范赖听到风声，吓个半死，整天躲在家里不敢出来，就知道求神拜佛，加上一封又一封给兄长写效忠书。赖朝也知道他是草包，可是草包手握重兵（哪怕是曾经手握重兵）一样很危险，终于还是找了个借口把可怜的范赖干掉了。
下一个目标，当然是九郎义经。正好后白河院为了制约赖朝，大力拉拢警卫京都的义经，封官赏爵，毫不吝惜，这就更加引发了赖朝的猜忌。于是在重臣梶原景时的进言下，发布了讨伐逆贼源义经的命令——据说在“烈风逆橹，强登屋岛”的时候，景时曾劝义经不要冒险，未受采纳，反而被斥责为“胆怯”，从此两人结下深仇。
民间传说中的源义经，淳朴善良，不愿与兄长作战，更不愿好不容易安定的天下再起纷争，于是主动退出京都，率领臣子、家眷逃往陆奥。不过拨开历史的重重迷雾，按常理想来，就算他想不战而逃，后白河院也是不会轻易答应的吧？事实上，表面上最先挑起纷争的正是义经本人——平氏覆灭的当年（1185年）八月十四日改元“平治”，朝廷随即就应义经之请发布了赖朝讨伐令。
源赖朝自从定居镰仓以后，基本上就没挪过窝，此番听说兄弟义经在京都掀起反旗，被迫亲率大军西上。义经看老哥来势汹汹，知道无力抵御，这才被迫化妆亡命，前往曾经受过庇护的奥州藤原秀衡门下避难。赖朝闻报后，派老丈人北条时政率千骑入京以稳定局势，自己安然退回镰仓。
藤原秀衡是个老狐狸，虽然与赖朝一向关系不错，但平氏既灭，然后四国、九州平定，他心里“咯噔”一下，知道自己的领地也危险了，于是高兴地收留了义经，为异日与赖朝兵戎相见预布棋子。然而秀衡不久就去世了，把家督（一门总领）之位传给了儿子泰衡。泰衡能力不如老爹，赖朝一威吓他就怕得要死，遂于文治五年（1189年）闰四月，秘密派兵包围了义经的住处衣川之馆。
三十一岁的义经知道大势已去，于是和妻（三十二岁）、女（四岁）自焚而死，家臣武藏坊弁庆、鹫尾经春等人则恶战到最后一口气……顺便说说义经有位名叫静的爱妾，据说本是京都的白拍子（一种女性着男装的舞蹈艺术），色艺双绝，性格温柔。义经逃出京都后就与已经怀有身孕的静失散了，静随即被源赖朝所捕，生下一个男孩。赖朝命令将此男婴处死，静悲痛欲绝，不久又听说了爱人义经自杀的消息，于是出家为尼，郁郁而终。
义经与静的爱情悲剧，成为日本文艺经久不衰的主题，仿佛我国的楚霸王项羽和虞姬一般。
然而义经的被杀，并不能阻遏汹涌而来的镰仓大军。当年八月，赖朝攻克平泉，灭亡了自毁长城的奥州藤原氏，就此真正地统一了天下。
其实用最终结果来倒退，义经对赖朝功莫大焉，他使得赖朝有藉口压制或消灭可能成为隐患的两大势力，一个是奥州藤原氏，另一个就是京都的旧公卿们。北条时政趁着奉命入京勘乱的机会，大肆打压亲义经派公卿，后白河院出面说情，时政就此提出两个苛刻的条件：一，请朝廷允许镰仓政权在各国派驻守护职以执掌军事权和警察权；二，允许镰仓政权在朝廷、公卿们的庄园中派驻地头，参与管理。在时政的要挟和逼迫下，后白河院只得忍气吞声地答应了。
建久三年（1192年）三月，随着新时代的来临，旧时代的代表人物后白河院终于咽下了最抠一口气，时年六十六岁。后白河院毕生都在为重兴天皇朝廷，把政权收归皇族而努力，他先是借平氏之手重创摄关家，随即又借源氏之手消灭平氏，在义仲、义经、赖朝三人间不断挑起矛盾和纷争。然而历史潮流是不以个人意志为转移的，后白河院引发了无数战乱，最终迎来的却是皇族政治的最顽强的掘墓人源赖朝，以及赖朝的代表北条时政。因此，藤原信西曾评价他是“和汉史上最大的昏君”，无疑是以偏盖全，而源赖朝说他是“日本第一号大天狗”（天狗为日本传说中居住在深山中的怪物，红脸、高鼻，具有神力而自负，经常引发纷争），却非常接近事实。
建久三年（1192年）七月，源赖朝受封为征夷大将军，正式开幕，史称源氏幕府或镰仓幕府。镰仓幕府具有相对独立的统治机构，以镰仓为中心，触角几乎延伸到日本社会的每个角落，是真正意义上的武家政权。
在武家政权的中央也即镰仓，设置有负责行政的“公文所”，负责司法的“问注所”和负责军警权力的“侍所”，都直接从属于幕府将军。而在地方上，各国都设置守护职，从朝廷派驻的国司手中褫夺了军警大权，这些守护平时维持治安，监督御家人轮流戍守京都和镰仓（称京都大番役和镰仓大番役），战时则统率国内的御家人出征。
幕府的经济基础来源于“关东御成败地”，在这里“成败”是“处分”的意思，指幕府将军有权管理，可随意处分的领地。这些领地包括三个部分：一，“关东御领”，即朝廷赏赐给赖朝个人的五百多处庄园；二，“关东御分国”，指朝廷把伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总八国的国司任免权下发给赖朝，可由幕府推荐御家人担任，并可由幕府直接解职；三，“关东进止所领”，即北条时政争取来的，幕府可在很多庄园和公领中设置地头的权力。顺便提一句，各国守护没有俸禄，一般也都兼任地头，从土地上获得报酬。
既然得到了全国的军警大权和强盛的经济基础，那么政治权力也就等于是幕府将军的囊中之物了。为了加强对京都及边远地区的控制，源赖朝还额外设置了京都守护、镇西奉行和奥州总奉行等官职，完善了所谓的“幕政”。其实“幕府”一词正和“将军”一词相同，都来源于中国，不过中国的将军们开幕建府，一旦攫取了天下的权力，很快就会改朝换代，从未出现过朝廷仍在，实权却连续许多代都掌握在幕府手中的事情，因此中国虽有幕府，却没有幕政。
拉回话题，镰仓幕府初期的政治权力，其实是并不完善的，为了尽快稳定局面，源赖朝对旧势力作了相当大的妥协，朝廷仍能利用国司等官职行使部分权力，当时的日本，被称为是“公武两重政权”。既然没有一棒子把朝廷打趴下，那么朝廷和幕府之间的斗争也就难以避免——
仅以京都来说，当时存在着三股大的势力，互相斗争也互相制约。一是幕府将军派驻的京都守护，二是关白九条兼实，三是后白河院的残党丹后局和源（土御门）通亲。一开始，九条兼实为了制约院权，主动向源赖朝靠拢，征夷大将军的头衔，就是他为赖朝争取来的。然而在后白河院去世以后，赖朝却和实力渐弱的院的残党结合起来，准备向独霸朝廷的摄关家开刀了。
丹后局本是平业房的妻子，平业房被流放后，她主动接近已被平清盛架空了的后白河院，随即就被后白河院收为妾侍，她和源通亲并为后白河院的心腹，院的很多导致变乱的政策，都出于此二人之手。
当时正是后鸟羽天皇在位，九条兼实和源通亲都把女儿嫁给天皇，但兼实的女儿任子虽然位居中宫，却只生下一名皇女，而通亲的养女虽为侧室，却生下了皇子为仁。于是，在幕府的支持下，建久七年（1196年）十一月，任子被赶出中宫，随即九条兼实被迫辞去关白之位——这被称为“建久七年的政变”。
两年后（1198年），后鸟羽天皇传位给年仅三岁的为仁亲王，是为土御门天皇，源通亲以天皇外祖父的身份执掌朝政。建仁二年（1202年）十月，源通亲去世，后鸟羽上皇趁机夺回了权力，重开院政。又过了八年（1210年），后鸟羽院以两度出现彗星为由，勒令还没成年的土御门天皇退位，扶自己另外一个儿子、十二岁的守成亲王登基，称为顺德天皇。当时有两位上皇，就有两位院，后鸟羽院称“本院”，土御门院称“新院”，天皇和新院都得看本院的脸色行事。
京都朝廷风云动荡，镰仓幕府的境况只有更为混乱。就在土御门天皇登基的当年年底，源赖朝在从相模川桥回来的路上失足落马，就此病倒，挨到次年（1199年）元月，终于咽了气，传位给长子源赖家。
源赖朝在世的时候，集权稳固，诸事尚可独断专行，赖朝一死，幕府和御家人，以及御家人之间的重重矛盾就暴露了出来。为了缓解这诸般矛盾，赖朝的遗孀北条政子就以儿子年纪尚幼为藉口，取消了赖家将军的独裁权力，代之以重臣合议制。最初参与合议的武士共十三人，包括：政子的父亲北条时政和兄弟北条义时，公文、问注、侍三所的长官大江广元、三善康信和和田义盛，此外还有中原亲能、比企能员、藤原行政、三浦义澄、八田知家、足立远元和梶原景时等。
镰仓幕府早期的政治斗争，就在上述这些人内部展开，化繁复为简单，基本的脉络是：北条一族击败将军赖家，拥立其弟千幡，随即北条政子和义时兄弟又打败了老子北条时政，完全把镰仓幕府变成北条氏一家独大的局面。
先说第一步，据说二代将军赖家很不成器，却又执着地想要摆脱母亲北条政子的控制，重掌幕权，他最倚重的臣子是为梶原景时。梶原氏世居相模国镰仓郡梶原乡，先祖曾自称过镰仓氏，梶原景时作为梶原一族的家督，在源赖朝初起兵的时候还是站在平氏一方的，曾跟随大庭景亲在石桥山大败赖朝。据说景时虽然获胜，却大为赖朝的勇武所感动，于是故意放赖朝逃生，把追兵引领向错误的道路。其后赖朝卷土重来，梶原景时前往投靠，赖朝记得活命之恩，给予重用，对他非常信赖，言听计从。幕府建立后，梶原景时一度接替和田义盛作为侍所别当，可谓是权势薰天。
民间传说中的梶原景时是一副奸臣嘴脸，这大概因为他曾经进言赖朝，讨伐自己两个兄弟范赖和义经吧，既然在老百姓的观感中，范赖是老实头，义经是大英雄，那么说他们二人坏话的梶原景时自然就是白脸奸佞了。不过平心而论，景时的所作所为，不管动机何出，对于幕府政权的巩固还是大有益处的。
十三位合议重臣中，梶原景时首先丧命，这或许和他时常献计排除异己（不管是自己的异己还是幕府的异己），不得人心有关。关于他的灭亡，史料上有两种完全不同的记载：一说是景时向将军赖家进言，陷害重臣结城朝光，此事为朝光所知后，就和六十五人联名上奏，请求将景时流放；另一说是景时察觉到御家人中有推翻将军赖家，拥立源赖朝次子千幡的动向，他向赖家进言，但因查无实据而反遭流放。
不管怎样，梶原景时是被流放了，但他并不甘于就此没落，先是退回自己的领地筑城固守，然后又率其族人上京去，打算向后鸟羽上皇申诉。幕府内部权力斗争，偏要捅到朝廷去，这不是自己找死吗？于是上京途中，梶原一族遭到幕府武士的追杀，尽数覆灭。
梶原景时之死，给将军赖家敲响了警钟，他仿佛从景时的尸体后面看到了母亲北条政子的身影，于是决定扶持比企氏以制约北条氏。比企氏的家督比企能员本是源赖朝乳母比企尼的外甥，在赖朝被流放伊豆以后，比企尼多次派人给自己的乳儿送衣送食，赖朝待她如同自己亲生母亲一般尊敬，比企能员也就因为这层关系得到重用。后来能员的妻子又做了源赖家的乳母，而其女若狭局也嫁给了赖家，并且生下儿子一幡。
因此缘故，源赖家想要对抗母系的势力，就不得不依靠妻系，镰仓幕府两代外戚就此展开了殊死搏斗。一开始是比企氏略占上风，但到了建仁三年（1203年）八月，身体一向不好的源赖家突然得了重病，他自知将不久于人世，害怕死后北条一党拥立弟弟千幡，杀害自己儿子一幡，就下令封千幡为关西三十八国的总地头，而封一幡为关东二十八国的总地头。
在赖家想来，我给千幡偌大赏赐，母亲大人您总该满意了吧，而我同时也给儿子二十八国地头职，他有地盘在手，你们也就无法动他。然而这种分明是分裂幕府的举动，别说北条氏不答应，连比企氏也无法接受。比企能员来向赖家进谏，赖家对他讲出了自己心中的忧虑，比企能员就说：“如果担心北条氏胡为，不如趁此机会流放他们，怎能因此自乱阵脚，使天下二分呢？”
这个还没有具体执行步骤的计划却被北条政子探知了，政子大惊失色，决定先下手为强，于是以举行药师如来供养仪式为赖家祛病为藉口，招来比企能员，当场将其处斩。能员死后，其子比企宗员率一族郎党固守将军嫡子一幡所住的小御所，没想到北条氏根本不管一幡死活，派兵猛攻，最终小御所在大火中化为灰烬，比企一族和年仅六岁的一幡全被烧死。
斗垮政敌以后，北条氏立刻逼迫已经万念俱灰的源赖家出家隐居，把将军之位传给其弟千幡，也就是源氏的第三代将军源实朝。次年（1204年）七月，被幽禁在伊豆修禅寺的源赖家惨遭杀害。
比企一族灭亡，幕府政权被彻底掌握在北条氏手中，然而其后不久，北条氏内部也开始了争权夺利的斗争。且说北条氏原本出自平氏，正因为如此，当年平清盛把源赖朝流放伊豆，才放心大胆地派北条氏家督时政去监管他。
然而北条时政不仅没有好好地监管赖朝，反而把女儿政子嫁给赖朝为妻，并且诸事都听从这个源氏出身的女婿的安排。到了治承四年（1180年）四月，源行家给赖朝送来了以仁王的令旨，要他起兵讨伐平氏。赖朝一开始还想先观望一段时间，不着急做出头鸟，但随即听说源赖政造反失败，赖政父子和以仁王全都被杀，平清盛下达了讨灭诸国源氏的命令。事到如此紧急关头，不由得赖朝不动手了，而北条时政也很清楚，一旦女婿被杀，自己也难免受到牵连，于是随同起兵。
因为起兵过于仓促，所以源赖朝才会在石桥山被平氏的大庭景亲杀得只身逃亡。当时北条时政带着儿子宗时和义时奋战断后，宗时英勇战死，直到确定赖朝已经逃得无影无踪以后，时政和义时才转身逃亡。
等到丈人、女婿、小舅子重新会合在一起，时政向赖朝建议说，不如渡海前往安房国，号召当地的三浦、和田、千叶等豪族一起举兵，那时卷土重來，胜利可期。赖朝听取了时政的建议，这才有了以后的富士川大胜，以及更以后的镰仓幕府。
等到比企氏灭亡，北条氏完全掌控了幕权以后，因为政见的不同，北条氏内部逐渐分裂成两个派系，一为“先妻派”，即北条时政元配所生的北条政子、北条义时，以及二人的妹夫畠山重忠，二为“后妻派”，即时政和其新妻牧之方，以及牧之方的女婿（也是源赖朝的犹子，即不更改苗子的养子）平贺朝雅。其实后妻派的核心人物，应该说是平贺朝雅，源实朝还没有子嗣，如果他死去或退位的话，最具备继承人资格的就是朝雅，朝雅很想排除重臣合议，重振将军的权威。而相对的，先妻派代表了广大御家人的利益，希望共同支撑幕府这座大厦，而不让那些没经过战阵的二代目、三代目去胡作妄为。
两派争夺权势的导火索，就是畠山重忠的被杀。且说元久二年（1205年），在牧之方的安排下，将军源实朝决定娶后鸟羽院的宠臣坊门信清之女为妻。北条时政委派同族的北条政范进京迎亲，畠山重忠的嫡子重保作为护卫随行。当时平贺朝雅担任京都守护，他设宴款待政范一行，但在宴会上，朝雅和畠山重保却起了口角，几乎大打出手。
深究这次口角的根源，当时平贺朝雅的领地在武藏国的东南部，而畠山重忠任武藏守，领地在武藏国的西北部，本来两家中间隔着比企氏的领地，比企氏灭亡后就连在了一起。因领地纠纷而喧哗吵嚷，本在情理之中，然而此事被告到镰仓，牧之方想藉此机会削弱先妻派的势力，就以谋反的罪名处死了畠山重保。受此牵连，当年六月，畠山重忠也被北条时政颁下了追讨令，他在赶赴镰仓申辩的途中，在武藏二俣川遭到北条士兵的围攻，奋战不敌，自杀而死。
畠山重忠之死，使得政子、义政姐弟意识到，若不抢先下手将老爹击败，将会后患无穷。于是在两个月后（当年闰七月），他们揭发出牧之方企图谋杀源实朝，拥立平贺朝雅为新将军的阴谋（天晓得），逼老爹和老爹那个权力欲旺盛的新老婆回伊豆老家去隐居，然后将平贺朝雅斩首于京都。
其实作为女性来说，北条政子的权力欲丝毫也不逊色于牧之方，她从赖朝死后就出家为尼，但一直操控着幕政，担任将军的“后见”（监护人），人称“尼将军”。在她的支持下，兄弟义时替代老爹成为政所别当，和大江广元同掌政务，不久后又消灭了从赖朝建基镰仓开始就一直担任侍所别当的和田义盛，兼管侍所。镰仓幕府中央的三大机构，北条义时把握住了两个，于是设立“执权”的名号，成为幕府实际上的统治者。
三代将军源实朝娶了前权大纳言坊门信清的女儿为妻以后，宫方和武方的关系看似非常亲密，因为坊门信清本是后鸟羽院生母七条院的弟弟，是本院最亲近之人，宫方很想依靠这段婚姻，把京都和镰仓联为一体。
一心想恢复皇族权力的后鸟羽院以为时机来到，于是向源实朝提出种种要求，诸如幕府停止向各地派驻地头等等，想要逐步将权力收归中央。实朝本人倒并不想违逆本院的意思，然而实际掌握幕府权力的并不是他，北条政子和时政毫不犹豫地驳回了本院的请求。
后鸟羽院一怒之下，心说你既然不肯归权，我就自己来干，他先逼迫亲幕府派的关白藤原兼实下台，然后又插手本该由幕府掌握的守护的补任权。这种种行为遭到了镰仓方针锋相对的反弹，只可怜了夹在中间的实朝将军，他甚至一度想亲率六十名随员出访宋朝——反正幕府大事也不需要我说了算，不如去休——因为新建大船不能在镰仓附近下水方才作罢。
到了承久元年（1219年）元月，将军源实朝前往镰仓鹤冈八幡宫参拜，却就此一去不返，遭了刺客的毒手——刺杀他的乃是他的亲侄子，也就是二代将军源赖家的遗子公晓。源赖家被害后，公晓在祖母北条政子的抚养下长大，因为深信父亲之死乃是叔父源实朝的阴谋，所以找机会刺杀了实朝。当时还有谣言说，其实是北条义时煽动公晓谋害幕府将军的，因为将军最近的所作所为，颇有靠拢宫方，出卖御家人集体利益的倾向。
源实朝被刺杀了，凶手公晓及其兄弟禅晓也随即被捕处死，源氏幕府的血脉就此断绝——源赖朝杀光平氏，杀光自己的兄弟，他可料不到自己也会有绝后的一天吧？按照日本传统的家族制度，血源并不是最重要的，如果家族血缘断绝，那就从别家过继一个来担任家主，只要维持家名不堕，家业不毁就行了。于是执权北条义时希望挑选一位皇子来继任将军，这样可以使幕府的威信不降反升。
据说北条政子和后鸟羽院之间曾有过约定，如果将军家断嗣，就由后鸟羽院派一位亲王来入镇镰仓。可是后鸟羽院趁此要挟幕府，重提停派地头的事情，在再次遭到拒绝后就推翻前议，坚决不肯让皇族入继镰仓了。在后鸟羽院想来，幕府不肯让步，则自己派亲王去镰仓也无法控制武士们，使他们屈服，反倒是送给了他们一个合适的人质，这又是何苦来哉？
北条义时无奈之下，只好退而求其次，去向摄关家求告，最终商定由九条道家（兼实之孙）的第三子、年仅二岁的三寅就任新的幕府将军。这个叫三寅的孩子的外祖母是一条能保和源赖朝的妹妹所生，七拐八绕也算是沾了点源氏的血脉，就这样，新将军继承了源氏代代相传的赖字，称为九条赖经。
幕府最终放弃了迎接一位“宫将军”的努力，转而向摄关家求援，这使后鸟羽院更为愤怒。于是承久三年（1221年）四月，后鸟羽院命令顺德天皇让位给年仅四岁的怀仁亲王，随即于次月发动政变，派遣手下武士突袭消灭了京都守护伊贺光季。初战胜利，后鸟羽院得意洋洋，自以为得到上天庇佑，于是颁发院宣，号召全国武士都站出来讨伐幕府执权北条义时。
得知这一重大消息后，北条义时非常惊慌，因为虽然拥护宫方的人数不多，但是如果天皇亲征，当御辇出现在敌阵前面时，幕府方的武士势必要摘掉头盔、扯断弓弦，跪拜降伏。到那时，战不能战、退不能退的尴尬局面便会出现，召集起来的部队纵有百万，也要一哄而散，甚至因为形势所迫站到敌人一边去。
当天，北条义时、大江广元以下所有在镰仓的御家人都被北条政子召集到了一起。在众人到齐后良久，政子才缓缓走出，她流着泪动情地向御家人们讲起了过去武士被贵族象狗一样呼来喝去的悲惨命运，讲起了先将军赖朝率领武士们披荆斩棘、建立起镰仓幕府的光辉业绩，指出武士只有团结在幕府周围才不会再次沦为贵族的奴婢。在场的御家人都感动得哭泣了起来，最后大家横下一条心，决定为了保卫自己的政权而和朝廷血拼到底。
且说后鸟羽院拼凑了武士、僧兵一万七千人准备讨伐北条氏，而北条义时则采纳了大江广元速战速决的建议，以其子泰时为总大将，弟时房为副将，大军分为三路，分别攻略尾张、美浓、三越，直逼京都。一路之上，各地的武士闻风而至，当到达京都时，幕府军已达十九万之多。据说义时说过这样的话：“先派十九万大军供上皇御览吧，如果不够的话，我就再亲率二十万军势上洛（日本古代模仿中国东汉，称京都为洛中）！”
宫方部队不得不收缩防线，死守宇治、势多、淀等要隘。时值初夏，宇治川河水暴涨，宫方部队又毁坏了所有的桥梁，但这却无法抵挡幕府军的汹涌如潮之势。在高昂士气的驱动下，大将佐佐木信纲第一个冒着如雨的箭矢纵马跃进浊流，泅渡过河（当年源平合战时，他的舅舅佐佐木高纲也是这样纵马跃进宇治川，渡河杀敌的），在其感召下，十九万幕府武士纷纷纵马跃进了宇治川，一举击溃了对岸的宫方部队。这次贵族叛乱历时一月，但决战只用了半天时间，史称“承久之乱”。
北条泰时不费吹灰之力就杀入京都，占领了皇宫，在六波罗设下大本营。他不仅杀死和流放了大批敢于跟随后鸟羽院造幕府反的公卿们，没收了公家和在京武士的领地赏赐给有功的御家人，还勒逼仲恭天皇退位，让后鸟羽院的侄孙、十岁的茂仁皇子继位，是为后堀河天皇。仲恭天皇在位仅七十七日，因为还没来得及正式举行继位典礼，所以史称“废帝”或“半帝”。
北条氏当然不会放过这次造反的后台老板，他们逼迫后鸟羽院削发为僧，然后将其流放到西方的隐岐岛，顺德院则被流放去了佐渡岛，就连没有参与叛乱的土御门上皇也难逃被流放的命运，他的目的地是四国的阿波。后鸟羽法皇在流放地又活了整整十八年，一直到延应元年（1239年）才病死，享年六十岁。
经过“承久之乱”，幕府的经济基础迅速扩大，并据此得以在政治上和宫方分庭抗礼，甚至占有绝对的优势，就连皇位继承和朝官任命也都需要经过幕府点头——其实是需要北条氏的点头。北条义时还撤消了京都守护一职，代之以六波罗探题，负责监视朝廷，协助统治幕府统治较为薄弱的近畿以西地区，这一职位世代由北条氏一门担任，职分南北，首任六波罗探题就是平定上皇反乱的北条泰时（北）和北条时房（南）。
元仁元年（1224年）六月，北条义时去世，于是北条泰时和时房就把职务交给各自的儿子时氏、时盛，从京都回归镰仓。这位北条泰时原名金刚太郎赖时，因为源赖朝曾将名字里的“赖”字赏赐给他，这称为“一字拜领”，乃是无上的荣宠。作为北条义时的最大的儿子，泰时本来最有资格继任家督之职和执权之位，不过义时晚年宠爱后妻伊势局，想要改立伊势局所生的北条政村为继承人，虽然最终并没有实行，但多年远在京都的泰时，论在镰仓的势力，根本就不是伊贺局母子的对手。
最终帮了泰时忙的，还是他的姑母、“尼将军”北条政子。政子秘密拜访了御家人中的实力派三浦义村——这位义村本是跟随源赖朝起兵的老臣，相模豪族三浦氏的家督，连当年威名赫赫的和田义盛也不过是三浦家的分支而已。在政子的劝说下，三浦义村答应辅佐北条泰时，再加上北条时房等人的支持，泰时遂击败政村，登上了新的幕府执权的宝座。
北条泰时被称为名君，他在任期间完善了幕府的统治体系，也稳固了执权的势力。贞永元年（1232年），北条泰时主持完成了《御成败式目》，也称《贞永式目》。《贞永式目》规定了以“连署”作为执权的副职，主要由北条一门重要人物充任——首任连署就是泰时的叔父北条时房。此外，还规定了由包括执权、连署在内的十三、四人组成“评定众”，成为幕府最高决策机关——三浦义村就是首任的评定众之一。
《贞永式目》还详细规定了关于年贡、刑罚、御家人生活的条目，成为相当长时间内的武家基本法典。值得一提的是，在这部《贞永式目》中，还规定了许多重视女性地位的条文，可以说是初具了国民宪法的味道。
北条泰时还实行了多项经济改革措施，并积极开展对南宋的贸易——贸易的结果是，南宋政府出现了由于铜钱输出过多引起的“钱荒”，最后不得不限制每年对日本的官方贸易——使全国经济环境得到极大的改善。自源平合战以来，可以说日本社会终于进入了一段稳定发展的时期。
当然，即便在种种所谓的“善政”下，小老百姓也是很难填饱肚子的。当时的农村结构，是由大名主、小名主占有土地，作人、下人和所从耕种土地来架构起来的。大名主大多为幕府御家人，上等的还能爬到地头、庄官甚至守护的地位，小名主也称百姓名主，大多只拥有土地1到2町（1町约等于一亩半），等同于富农或中农。作人又称小百姓，作人以下没有自己的土地，就是佃农了——那是农村社会的绝大多数。
名主要向领主交纳多重贡赋，主要为田租（水田税）或畑租（旱田税）的“本年贡”，经常占到收获物的三到四成，此外还有“付加米”、“万杂工事”等等，总数经常超过收获物的一半以上。对比中国汉代的“十五税一”甚至“三十税一”，似乎古代日本对农民的盘剥是个天文数字，但事实上日本的社会结构相对简单，不象中国，虽然只交给朝廷收获物的数十分之一，但庄园主、地主的横征暴敛随心所欲，就根本无从统计了——当然，日本老百姓还是很能吃苦耐劳的，逼急了上山为盗，也基本没产生过中国古代那种频繁的动摇国本的农民大起义。
拉回来再说北条执权，泰时死于仁治三年（1242年）六月，因为儿子们都已先他而去，所以传位给孙子经时，经时体弱多病，在位四年就让给了弟弟时赖。北条时赖当年二十五岁，他同时还接受了得宗（北条氏嫡流家督）的地位。
正如被幕府夺去权力的宫方不断闹事，想要恢复往日荣光一样，被执权架空的幕府将军也并不甘心久处傀儡的位置。当时，因为北条经时的统治不力，以及将军九条赖经的逐渐长大，赖经结合了一部分御家人，想要收回本该属于自己的权力。虽然在宽元二年（1244年），赖经被迫退位，把将军宝座传给儿子赖嗣，但此公躲到幕后，仍想兴风作浪。
宽元四年（1246年）三月，北条经时退位，闰四月就咽了气。当年五月，趁着新执权时赖立足未稳，同族的名越光时与评定众后藤基纲、千叶秀胤等人密谋，妄图拥立前将军赖经复位，从而使自己替代北条时赖就任执权——是为“宫骚动”。
北条时赖以雷厉风行的速度逮捕并流放了名越光时，把前将军赖经遣返京都，并且以此为契机，发兵攻击亲近赖经，并且日益坐大的三浦氏。次年是宝治元年（1247年），这一仗称为“宝治合战”，最终三浦氏战败，一门总领三浦泰村率族人五百余名逃入镰仓法华堂中，尽数自杀。
经过“宫骚动”和“宝治合战”，北条执权和藤原九条家的关系出现了裂痕。建长四年（1252年）二月，将军的祖父九条道家去世，北条时赖干脆流放将军赖嗣，成功迎立后嵯峨上皇的皇子宗尊亲王就任幕府将军。对应幕府将军来源的三个阶段：源氏将军、九条将军和宫将军，幕府的统治体制也同样经历了三个阶段：源赖朝的独裁体制、重臣合议制（评定众制度）和北条得宗专制体制——北条时赖时代，就是得宗专制的开端。
中国人重视辈分，往往利用同样的偏旁或字来标识一个大家族中同辈的男性（近世也部分兼及女性）。比如对于至圣先师孔子的后人，从明代开始，他们定的辈字就是：“希言公彦承，宏闻贞尚衍，兴毓传继广，昭宪庆繁祥，令德维垂佑，钦绍念显扬，建道敦安定，懋修肈彝常，裕文焕景瑞，永锡世绪昌。”近现代的名人如孔繁森是繁字辈，孔祥熙是祥字辈，孔令辉是令字辈。
再如朱明王朝创始人朱元璋有二十六个儿子，都用木字旁的字为名，著名的有太子朱标、秦王朱樉，以及后来当了永乐皇帝的朱棣。而朱氏从第三代以后，都起双字名，第一个字代表辈分和主分家，第二个字以五行为偏旁，比如朱标的儿子分别叫朱允炆、朱允熥等，朱棣的儿子分别叫朱高炽、朱高煦、朱高燧等。天启皇帝叫朱由校，崇祯皇帝叫朱由检，大家一看就知道他们是亲哥儿俩，错不了的。
日本人的传统则重视家系的一脉相承，而并不重视辈分，所以他们的名字中往往有个“通字”世代相传。比如镰仓执权北条氏的通字就是“时”，北条时政的儿子名叫宗时、义时、时房，义时的儿子名叫泰时、朝时（名越朝时，光时的父亲）、重时、有时、时尚，还有两个叫政村和实泰的，因为某种特殊情况而没有使用通字——同样叫某时或时某的，不一定会是兄弟！
再举一个例子，足利幕府的开创者是足利尊氏，尊氏生了两个儿子义诠和基氏，其中义诠系继承幕府将军宝座，此后世代就以“义”字为通字，比如三代以下历朝将军就是：义满、义持、义量、义教、义胜、义政、义尚、义稙、义澄、义晴、义辉和义昭。
在武士阶层中，有所谓“一字拜领”的风俗，即从主家的名字里获得一个字，双方结成一种模拟的亲子关系，以拉近主从间的感情。这种获得主家赏赐“偏讳”之事，在当时是非常光荣的。打个比方说，战国大名武田信虎下赐臣下自己的“虎”字，比如甘利虎泰、饭富虎昌、原虎胤、金丸虎义，等等。再比如，战国大名长尾景虎继承上杉苗字，受上杉家督宪政的偏讳，改名为上杉政虎，后来又受幕府将军足利义辉的偏讳，改名为上杉辉虎。
一字拜领还分上字拜领和下字拜领两种，所谓上字，就是指的通字，而下字是通字外个人独有的那个字，两者区别很大。一般情况下受赐偏讳，多是下字，上面举的那些例子都是如此，不过也有例外的情况，那就显得更为信任和宠爱。比如上述武田家的通字是“信”，武田信虎的儿子晴信赐爱将马场“信”字，更名为马场信春。再比如，战国大名后北条家有员猛将，苗字本为福岛，后来娶了家主北条氏纲的女儿，成为一门众，拜领下字，改名为北条纲成，纲成的儿子则先是拜领北条氏纲的儿子氏康的下字，称北条康成，后来改赐他上字，变成北条氏繁。
下字拜领还则罢了，上字拜领就容易造成相当程度的混乱，尤其后人望着一大堆相同通字的家伙，就很难搞清哪些真是一家子，哪些只是偶然撞上通字相同，哪些是拜领了别人的上字……