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天长二年〔825年〕，桓武天皇的孙子高栋王被降格为臣，赐以平氏，是为桓武平氏高栋流。到了宽平元年〔889年〕，高栋王的侄子高望王〔高见王之子〕也被降格赐氏，是为桓武平氏高望流。当时高望王被任命为从五位下上总介，离开京都，来到广袤的关东平原就职。
日本古代的行政区划“国”，又称“州”分四个等级，即大国、上国、中国和下国，大国的国守按规定要由亲王兼领，所以并不常设，守的佐官“介”才是真正意义上的地方长官——上总国正是如此，担任上总介的高望王是上总州实际上的太守。
平氏势力就此在关东诸国中膨胀起来。高望王死后，长子平国香统治常陆国，次子平良兼统治上总国，三子平良将统治下总国。平良将曾任镇守府将军，他的儿子就是鼎鼎大名的平将门。平良将去世后，由其兄平国香兼管下总国，但据说国香为人暴虐，统治不得人心，就此良将、国香两个同源的家族矛盾日益加深。
当时，平将门的庄园位于下总国相马郡内，因此他也自称相马小二郎。据说从其父良将时代起，就在领地内捕捉野马、改良配种，后来更直接成为了朝廷的养马地，平将门继承其志，逐渐训练出一支战斗力相当顽强的骑马武士团来。
日本古代，战马缺乏，马种低劣，很难说曾经拥有过真正意义上的骑兵军团，一般情况下都是由核心的骑马武士加上步行跟随的郎党组建为军队，各种史料上记载多少多少骑，往往连这些步行郎党都一并计算在内——骑兵独立成军是近代的事情。不过正因为如此，平将门所部战马数量最多，质量最好，虽非真正意义上的骑兵军团，也足以傲视天下了。
当时朝廷权威未堕，地方势力当然不可能在不和中央权贵打交道的情况下就称霸一方。平氏也是如此，平良将曾把儿子平将门送上京都去服侍左大臣藤原忠平，几乎同时，他的竞争对手、平国香之子平贞盛也投到了右大臣藤原定方〔也是北家，忠平的堂兄弟〕门下。
平良将去世后，平将门回到了关东地区，他不断扩充领地，甚至不惜和亲叔父平国香、平良兼刀兵相见。承平五年〔935年〕，战争正式爆发，史称“平将门之乱”。
首先死在平将门刀下的，是他的伯父平国香。此时平国香的儿子平贞盛还在京城，他自知即便回去家乡，也无法和地头蛇平将门相抗衡，于是强自按捺下怒火，写信给堂兄弟平将门，说愿意化干戈为玉帛。将门得信后，以为平贞盛怕了自己，于是越发洋洋自得，嚣张不可一世。他随即又把矛头指向了另一位叔父平良兼。
第二年六月，平贞盛回到关东，很快就和平良兼搭上了线，两人合兵一处，共同讨伐平将门。承平七年〔937年〕八月，双方在子饲渡和堀越渡两处先后展开激战，因为平良兼打出平氏一门总领的旗号，士气低落的将门军大败亏输。然而平将门的势力并未因此失败而崩溃，他整顿兵马，不久后就在弓袋岭之战中挽回了败局。
这种耗时长久的拉锯战，使丰沃的关东地区处处燃起战火，百姓流离失散。可笑的是，面对如此乱局，京都那些饱食终日、腐朽透顶的公卿们根本就懒得搭理。直到平贞盛看清短期内无法取胜，就轻骑上京，才于当年十一月终于请得了讨伐平将门的诏命。
到了天庆二年〔939年〕，平良兼去世，平贞盛就以朝廷钦差和平氏一门总领的身份开始全权负责讨伐行动。然而此时平将门先后攻占了常陆、下野、上野等国的国司衙门，势力已经几乎涵盖整个关东八州。当年十二月，他甚至公然在下总国猿岛称帝，帝号“新皇”，宣布关东八州从此独立。
平将门之乱所以会闹出如此轩然大波，并非偶然事件。一方面，新兴武士势力希望能够提高自己的社会地位，从那些他们所看不起的只知游玩、吟诗却无实际本领，腐朽到了极点的公卿手中，把政权抢夺过来；另方面，百姓们也不满平安朝日益衰弱的统治，想要对社会结构有所变革。平将门部分顺应了这一时势，加上他自己武力过人，英勇善战，这才纵横关东，屡屡取胜。
其实从奈良时代起，日本就开始了造神运动，说天皇家族乃是天照大神的传人，是所谓“天孙后裔”，天皇是神，普通人是不能觊觎全日本君王的宝座的。不过巧在平将门也是天皇的后裔，所以他才自以为名正言顺地僭号建国，自己也来过一把天皇瘾。
平将门叛乱的几乎同时，在日本西部还爆发了“藤原纯友”之乱。藤原纯友本是伊豫国掾〔地方官名〕，任满后不甘心卸职，反而勾结海盗，图谋起事。天庆二年〔939年〕，藤原纯友突然统率千艘战船发动叛乱，袭击淡路、赞岐两国的国司衙门。朝廷下旨讨伐，他向西退却，进入九州的筑前国，袭击并占据了太宰府官厅。
平将门之乱和藤原纯友之乱统称“承平、天庆之乱”，据说两次叛乱本是互相呼应的，两人曾秘密约定，一东一西扩展势力，然后同时向京城进军，成事后平分日本。不管这种传说是真是假，对于平安朝廷来说，这可真是前后夹击，危机频现。当时朝廷几乎已无可用之兵，只能封官许愿，利用地方武士团来镇压地方武士团的反叛，所以这两次叛乱虽然最终被镇压下去，武士势力不但没有因此遭到削弱，反而更加膨胀起来。
乡下武士自相残杀，腐朽的平安朝廷起初并不在意，然而平将门竟然自称“新皇”，这使得一直认为自己高高在上，无人可以撼动的中央贵族大惊失色。朱雀天皇匆忙召集七大名寺的僧人祈福攘灾，然后派征东大将军藤原忠文率兵进剿。藤原忠文根本没有多少兵马，只得求助于地方豪族，召来了常陆大掾平贞盛和下野押领使藤原秀乡。
转过头来再说“新皇”平将门，他虽然基本占据关东八州的土地，但统治并不稳固，到处叛乱，烽烟滚滚，使得他忙于平叛，根本无力继续扩张领土，更别说杀上京都彻底取代天皇朝廷了。天庆三年〔940年〕二月，平贞盛和藤原秀乡拉起了四千大军，突袭平将门的老巢，而此刻大军四散在外，将门身边剩下才不过千余人而已。
平将门初战失利，退到下总国幸岛郡北山上。平贞盛等人紧追猛打，于二月十四日赶上将门，双方展开最后的决战。平将门勇猛无比，他麾下的骑马武士更是以一当十，虽然面对近十倍于己的敌人，依旧悍斗不退，贞盛军一度濒临崩溃的边缘。
然而战场上刀枪无眼，任何一个小小的疏忽都会要了将领的性命，平将门也是如此，他正冲杀在第一线，眼看就要逼到平贞盛面前的时候，突然身中流矢，从马背上栽了下来，就此魂归极乐——年仅三十九岁。主将既死，士卒星散，战局就此底定，“新皇”的党羽陆续伏诛，“新皇”的首级也被砍了下来，送到京城示众。
东方的叛乱平息了，平安朝廷缓出手来，再派大军讨伐西方的藤原纯友。次年〔941年〕，官军在博多登陆，杀入九州，藤原纯友逃往老巢日振岛，被伊予国警固使橘远保所杀。至此，持续整整六年的“承平、天庆之乱”才算是终于平息了。
这场叛乱沉重打击了旧贵族的势力，使地方武士集团的力量得到加强。大乱虽然平息，各地小乱依旧不断，比如天历九年〔955年〕骏河介橘忠幹被领民所杀，安和元年〔968年〕藤原千常在信浓国闹事，等等，平安朝廷就在这些大大小小的乱子中逐渐走向末日。其实藤原氏的“摄关政治”对于平安朝来说，只是一段回光返照而已。
且说朱雀天皇本是醍醐天皇与藤原经基的女儿稳子所生，据说因为害怕再被菅原道真的怨魂索了命去〔有保明皇子和庆赖王的先例在那里摆着呢〕，从一生下来就被圈在拉门和帐幔中，一直到三岁始见天日。这样养大的孩子身体当然不会好，他登基以后基本上无力治国，朝政一直掌握在舅舅藤原忠平手中。到了天庆九年〔946年〕，也就是藤原纯友被斩首的第五年，眼看二十一岁的天皇仅生了一个皇女，并且很难再生皇子，其母藤原稳子就勒令他退位，把宝座传给弟弟成明皇子，即村上天皇。
村上天皇颇想有一番作为，于是在舅舅藤原忠平和母后稳子先后辞世后，他不再任命关白，想将权力重新抓回到皇族手中，同时，他还实行一系列改革措施，想要挽救衰败的朝局。后世称醍醐天皇和村上天皇统治的时期为“延喜、天历之治”，然而我们一定要搞清楚，所谓的改革收效甚微，那根本就不能算是一段太平盛世。
况且村上天皇集权的努力收效甚微，皇后安子本是藤原忠平的孙女、右大臣藤原师辅的女儿，性格刚烈，经常插手朝政。虽然就日本传统来说，皇后干政并不算稀奇的事情，然而这皇后背后还耸立着庞大的藤原北家，村上天皇纵容安子所为，等于开门揖盗，让藤原北家的势力得以卷土重来。
不过趁着这个机会，藤原南家也颇想分一杯羹，大纳言藤原元方四处活动，想让村上天皇立广平皇子为东宫，因为广平皇子正是自己的女儿祐姬所生。然而在安子皇后的干涉下，最终村上天皇立安子所生的宪平亲王为东宫——此时这位亲王才刚哇哇落地两个月而已。
藤原元方在失望中病逝了，其后不久，广平皇子和祐姬皇妃也相继死去。因为这个缘故，那段时间内皇宫中发生的所有不祥事件，都被看作是元方母女祖孙的怨魂在作祟，尤其是天德四年〔960年〕内里大火，烧了整整一夜，宫室化为灰烬，世代传承的珍宝大多被毁〔甚至连三神器也可能在这场大火中被烧毁了，又换了新一代的西贝货〕——平安朝真是个多鬼怪多怨魂的朝代。
四年后，安子皇后去世，又三年，村上天皇也咽了气，东宫宪平亲王即位，就是冷泉天皇。这位天皇据说还备位东宫的时候，就诸多怪诞举动，甚至在给父亲的信件中画上一具男根——这大概是近亲结婚所产生的恶果吧。不过当时的人们却宁愿相信那是藤原元方的怨魂在作祟，然而百般求神拜佛，东宫的病却总不见好。这样的东宫摇身一变成为天皇，当然无法治理国家，于是藤原忠平的长子藤原实赖就登上了关白宝座，并于安和二年〔969年〕发动“安和之变”，把政敌源高明排挤去了九州，从此独掌朝纲。
“安和之变”后不久，冷泉天皇就退了位〔以他的精神状态来看，应该不是主动退位的〕，其弟守平亲王登上宝座，是为圆融天皇。圆融天皇元服前，担任摄政一职执掌朝纲的乃是藤原忠平以及其侄藤原伊尹〔忠平弟师辅的长子〕，等到天皇成年以后，恰巧忠平兄弟和伊尹都陆续辞世了，关白一职就落到了藤原师辅的次子藤原兼通手中。当时北家最有资格出任关白的是藤原兼通及其三弟兼家，两人争斗得相当激烈。然而兼通抢先一步，据说他搞到了已故安子太后〔是他的妹妹〕的手谕，要求本家兄弟继承关白之位必须按照长幼顺序。于是圆融天皇就封藤原兼通为太政大臣、关白，朝政悉以委之。
藤原兼家吃了个哑巴亏，只好暂时隐忍，等待哥哥去世或者失势的一天。然而藤原兼通似乎恨透了敢和自己争权的弟弟，他在贞元二年〔977年〕去世，临终前竟然找个借口把弟弟兼家从右近卫大将〔从三位〕的高位上扯下来，左迁为治部卿〔正四位下〕，同时把关白的位置让给了堂兄藤原赖忠〔藤原实赖的次子〕。
藤原兼家虽然遭到暗算，可是并不气馁，因为他手中还紧捏着一张王牌呢。兼通兄弟，也包括赖忠，都先后把女儿送去宫里做圆融天皇的嫔妃，可是只有兼家的女儿诠子生下男孩，封为怀仁亲王。于是藤原兼通一死，藤原兼家立刻卷土重来，很快升任右大臣。后来圆融天皇让位给东宫师贞亲王，就是花山天皇，花山天皇在位仅两年，就在藤原兼家的谋划下被骗出宫去落发为僧，传位给兼家的外孙怀仁亲王。怀仁亲王就是一条天皇，继位时年仅七岁，于是藤原兼家以天皇外祖父的身份，堂而皇之登上了摄政的宝座。
且说前一代花山天皇继位时也不过才十七岁而已，此君素与在原业平并称，都是世所罕见的好色之徒，据说他在登基大典上，都迫不及待地把女侍扯到御座后去行那云雨之事。不过从来权臣当道的时候，君主尤其是被废黜或被逼退位的君主，其种种失德之处恐怕都是权臣擅政的藉口，未必确实，不可轻信。
而藤原兼家，他当然没把宝都押在圆融天皇一人身上，对于那位神经兮兮的冷泉天皇，他也送了个女儿过去，生下了居贞亲王，也就是花山天皇的弟弟。一条天皇才登基，他就立居贞亲王为东宫，同时还把另外一个女儿绥子送去做了东宫妃。绥子既是东宫的正妻，也是他的姑母……反正日本人不在乎辈分，当然藤原兼家更不在乎，他要的只是和皇室亲上加亲，使其外戚、摄政的权力更为稳固而已。
藤原氏既然权倾天下，地方豪族莫不想拉其为靠山，纷纷“寄进”庄园，于是藤原家族变成了最大的庄园主，到了十一世纪，家族名下的庄园已达全日本土地的十几分之一。藤原兼家可以说是藤原氏摄关政治进入鼎盛时期的关键人物，他的私人机关“政所”成为事实上的政权中心，甚至政所颁发的命令〔政所下文、殿下御教书〕比天皇诏旨和太政官官牒更为有效。
就这样，天皇彻底被架空了，皇室威信日堕，据说宫殿朽败无人修缮，妖狐肆虐无计禳除，盗贼劫掠也无法捕拿……宽弘二年〔1005年〕，内里再次发生大火，神镜也被烧损，朝廷只得改铸一个，并派遣使臣前往伊势神宫谢罪。
藤原兼家死后，其子藤原道隆就任摄政和关白，道隆死后，换上了他的弟弟道兼。一条天皇在位二十六年，诸事都不关心，“垂拱而治”，竟被赞誉为是“宽弘之圣主”——其实他和蜀汉后主刘禅差相仿佛，只不过没有当俘虏的糟糕下场而已。宽弘八年〔1011年〕，一条天皇退位，居贞亲王继任为三条天皇，立一条天皇之子敦成亲王为东宫。
敦成亲王本是藤原兼家之子、道兼之弟藤原道长的外孙，道长为了登上摄政之位，多次逼迫三条天皇退位。正好三条天皇患有严重的眼疾，几近失明，于是在位仅五年就下了台，敦成亲王继位，就是后一条天皇。敦成天皇年仅九岁，外祖父藤原道长名正言顺地登上摄政宝座。
请大家注意一下，村上天皇以后的天皇世系是这样的：村上子冷泉、村上子圆融、冷泉子花山、圆融子一条、冷泉子三条、一条子后一条，也就是说，政权在冷泉和圆融两位天皇的后裔中轮替，这逐渐形成了一种传统。于是在后一条天皇登基后，就立三条上皇的儿子敦明亲王为东宫。然而敦明亲王没有藤原道长的血统，这使道长感觉隐含着危机，于是千方百计地逼迫敦明亲王，终于使其辞去东宫之位，改立敦良亲王为东宫。敦良亲王是后一条天皇的同母兄弟，也就是说，他们的母亲同为藤原道长的女儿彰子——惯例被打破了，冷泉天皇的后裔就此被排除在皇统之外。
后一条天皇在位二十一年，藤原道长及其子藤原赖通先后执政。道长权势薰天，时人都说他的尊贵与帝王无异，“摄政即天子”、“唯道长之心系天下之兴亡”。藤原道长也志得意满，甚至吟出“此世即吾世，如月满无缺”的诗句，骄横之态，可见一斑。不过此公确实值得骄傲，他担任朝廷柱石整整三十年，直到万寿四年〔1027年〕十二月去世，享年六十二岁。
后一条天皇去世后，传位于东宫敦良亲王，也就是藤原道长的外孙，是为后朱雀天皇。后朱雀天皇在位十年，让位给东宫亲仁亲王，就是后冷泉天皇。后冷泉天皇立尊仁亲王为东宫。
这一接班人选，让执政的藤原道长之子赖通、教通非常不满。因为赖通兄弟都曾把女儿送给后冷泉天皇为妃，却根本没能生下龙子，尊仁亲王乃是天皇与祯子内亲王所生的儿子。储君怎能不是藤原氏嫡亲的外甥或外孙呢？因此赖通兄弟想方设法要搞掉尊仁亲王。然而所谓藤原氏嫡亲的外甥或外孙根本就还不存在，就算废黜东宫，又该由谁来接替呢？
时光如同流水，眨眼间后冷泉天皇登基已经二十四年了，藤原一族还没拿出应对方法来，他就先驾了崩。尊仁亲王顺理成章登上天皇宝座，就是后三条天皇。藤原赖通灰心丧气，就把关白之位让给兄弟教通，自己退居二线。
从宇多天皇开始，整整一百七十多年了，后三条天皇是唯一没有藤原氏外戚的天皇，加上他登基时已经三十五岁了，年富力强，精神旺盛，就想要一脚踢开藤原北家，自行其是。后三条天皇采取了一系列改革措施，比如发布《延久庄园整顿令》，在中央设立“记录庄园券契所”，管理和整顿各地的庄园，统一计量标准——当然，他主要拿藤原氏名下的大小庄园开刀，这就必须会引发藤原氏群臣的反对。眼看改革阻碍重重，后三条天皇心生一计：如果从皇室中逐渐排除掉藤原氏的血统，我看你们还有什么资格再霸占朝堂！
延久四年〔1072年〕，后三条天皇退位，在位仅仅四年。他传位给藤原茂子所生的贞仁亲王，贞仁亲王的东宮妃乃是藤原贤子，但贤子并未生男，后三条上皇就指定自己与源基子所生的实仁亲王为东宫，并且约定等实仁亲王继位后，立其同母兄弟辅仁亲王为储君。在上皇的如意算盘里，经过一个很短时间的过渡，就会有接连两位天皇都和藤原氏没有关系。
安排好这一切，后三条上皇就安心地咽了气，年仅四十岁。东宫贞仁亲王登基，就是白河天皇，白河天皇上台后不久，藤原赖通、教通兄弟就相继去世了，由赖通的长子藤原师实出任关白。不过后三条上皇的梦想也落了空，冷不防的藤原贤子竟然生下了一个儿子，是为善仁亲王，而相对的，东宫实仁亲王却因病辞世。于是在应德三年〔1084年〕，白河天皇退位，他一脚踢开异母兄弟辅仁亲王，把年仅八岁的亲儿子善仁亲王扶上了宝座，是为堀河天皇。
不过若因此说后三条上皇架空藤原氏的努力完全没能产生效果，也是不对的，在他的时代，天皇终究收回了一部分权力，藤原氏摄关政治有所萎缩，这一点对后世影响甚大。堀河天皇只是个小孩子，按照惯例，当由藤原师实担任摄政，总揽朝纲，可是白河上皇当时才不过三十四岁，正当壮年，虽然退位却坚持不肯放权。他设置“院厅”，起用身份较低而有能力的人担任“别当”、“年预”等官职，执行政务——这就是所谓“院政”的开端，藤原家族的辉煌，至此已如明日黄花。
不过院政之与摄关政治，只是换汤不换药而已，它可以解决藤原氏擅权的问题，却根本无法解决当时日益严重的种种社会矛盾。此后“院”也就是把持朝政的上皇或法皇代替藤原氏成为日本最大的庄园主，对百姓的剥削却一如既往，毫无缓和迹象。
院政之与摄关政治的不同，仅仅表现在对武士集团的拉拢上，这也直接造成了其后武家政权的建立。武士阶层在九世纪中期产生时，存在着高、低两端，低端为地方庄园的庄官及庄官集结起来的战斗集团，高端武士就是源、平等军事贵族，他们本身拥有庄园，并且多次受朝廷诏令平定边远地区的叛乱，或者远征虾夷，实力逐渐膨胀。最终这高、低两端结合为一，形成了自己独特的组织结构〔家族形式的层级武士团〕，以及与公卿之腐朽奢靡不同的节俭、武勇的风尚。当时社会上可以说形成了四个大的权力集团，即在中央有正冉冉上升的院、逐渐江河日下的藤原氏，在地方上有以源氏或平氏为其真正领袖或精神领袖的武士集团。
平氏由高望王担任上总介开始，在关东扩张势力，经过“平将门之乱”以及1028年爆发的“平忠常之乱”，其在关东的势力逐渐被源氏所取代，而平贞盛因为平定将门之乱有功受到嘉奖，其子维衡把根据地转移到伊贺、伊势等地，称为“伊势平氏”，逐渐在近畿站稳了脚跟。而源氏原本是服侍摄关家的“京侍”，后来清和源氏的源赖信平定忠常之乱，趁机攫取了平氏在关东的势力，继而还妄图利用“前九年之役”和“后三年之役”，把影响力更扩展到东北地方。就这样，源、平两氏的势力来了个大掉个儿。
这两个最高贵的武士家族，其发展方向是截然不同的。回归京都的平氏开始与院政相结合，成为院用来对抗摄关家的强有力武器。白河院就从伊势平氏中选拔武士守卫自己的御所，因为这些武士主要驻扎在御所北侧，故称“北面武士”。而源氏则在地方上尤其是关东地区扩展势力，大量关东地区的名主把土地从寄进给藤原氏转而寄进给源氏，这种风潮极盛一时，乃至于朝廷曾一度明令禁止。
就这样，院政促进了武士集团的膨胀和相互对抗，新的时代正在孕育，大乱也即将到来……
咱们先来说说前面提到过的，几乎使源氏势力从关东更扩张到东北地区的“前九年之役”和“后三年之役”。且说东北偏远地区的陆奥国和出羽国中，都拘押着大量囚徒，部分是在各场远征中俘获的虾夷人，部分是朝廷流放过去的罪犯，安倍家族因为世代管理陆奥国的囚徒，势力逐渐扩张，同族遍布陆奥六郡，几乎形成了一个独立的王国。永承六年〔1051年〕，朝廷任命源赖信之子源赖义为陆奥守，令其整顿东北局势，源赖义一到陆奥，安倍氏当主〔一族总领〕安倍赖时摄于其父子两代的威名，立刻表示愿意服从指挥。
然而到了天喜四年〔1056年〕八月，源赖义在即将任满离职前，突然上奏说安倍赖时谋反，从而请得了讨伐的院宣〔院所发出的诏命〕——这很可能是赖义想要真正控制东北地区的藉口。总之，战争就此爆发，新任陆奥守藤原良纲吓得不敢赴任，朝廷只好再次把这一职位交给了源赖义。
到了当年十二月，安倍赖时遭到被源赖义策反的同族安倍富忠的袭击，中箭殒命，他的两个儿子安倍贞任和安倍宗任代掌其兵，继续与官军相抗衡，并一度给源赖义以沉重打击。于是源赖义被迫向出羽国司求援，于康平五年〔1062年〕终于盼来了出羽仙北的俘囚长清原武则的援军。在清原氏大军的压迫下，安倍贞任节节败退，终于在当年九月战死，居城鸟海栅也被攻陷。“前九年之役”就此终结——不过实际上，这场仗打了整整一十二个年头。
战后，源赖义进位正四位下伊予守，长子源义家被任命从五位下出羽守，次子源义纲被任命为左卫门尉，而清原武则被破格任命为从五位下镇守府将军，基本接管了安倍氏的领土。可以说，源赖义因为准备不足，想要在陆奥国扩展势力却最终失败了，白白便宜了出羽的清原家，想必他心中是很不甘的吧。不过机会还多得是，到了永保三年〔1083年〕，其子源义家被任命为陆奥守，再次来到东北地区——
此时正逢清原氏同族内乱，清原武则的孙子、一门总领清原真衡为一方，清衡的异母兄弟家衡和异父兄弟清衡为另一方，经常发生武力冲突。源义家趁机介入清原家事，并在清原真衡去世后，主持陆奥六郡的分割，把富饶的南三郡封给清衡，寒冷的北三郡封给家衡，刻意引发两人之间的矛盾。
此后的事态完全按照源义家的计划发展，清原清衡和清原家衡刀兵相见，而源义家则站到了清衡一侧。最终他经过艰难苦战，甚至不惜突入出羽国，终于在宽治元年〔1087年〕消灭了清原家衡的势力——这就是所谓的“后三年之役”。虽然战后朝廷认为清原氏并无反叛的行为，这是源义家的私战，不肯予以赏赐，不久后更解除其职务，藤原清衡完全占据了陆奥六郡，并且恢复旧氏藤原，此后开创了半独立的奥州藤原家族，然而源义家被迫拿出自己的家财来赏赐有功之臣，却从此更收拢了关东武士之心。
顺便提一下，源义家的弟弟新罗三郎义光本在京城担任左兵卫尉之职，听说哥哥在奥州一度陷入苦战，就抛官弃职前往相助。义光就是此后威名赫赫的甲斐武田氏的始祖。
拉回来再说京城的情况，白河院后来出家念佛，也称为白河法皇，但他一直不肯放下权柄，历经堀河、鸟羽、崇德三朝，院政时间长达四十一年。到了大治四年〔1129年〕，白河院去世，鸟羽上皇立刻也跳出来行使院权。然而院政时代，藤原氏摄政、关白的势力并没有彻底被架空，他们保着天皇，虽然略矮一头，也基本上和院行使着双头政治。这种双头政治导致局势更为混乱。
一方面，无论是院还是摄关家，其腐化奢靡的生活不但丝毫不见收敛，反而日显张狂，归于其名下的庄园也日益增多。畿内百姓遭受沉重的贡赋压迫，请愿无日停息，“盗贼”也因此纷起不休。另方面，为了制衡摄关家的势力，院更为倚靠“北面武士”，最终酿成了1156年的“保元之乱”。
久寿二年〔1155年〕，体弱多病的近卫天皇病殁，年仅十七岁。鸟羽院指定由崇德上皇的同母兄弟雅仁亲王继位，就是被称为“日本第一大天狗”的后白河天皇。且说崇德上皇是被鸟羽上皇逼迫退位的，无日无刻不想着卷土重来。到了次年也即保元元年〔1156年〕，鸟羽院驾崩了，崇德上皇趁机与左大臣藤原赖长〔藤原师实的曾孙〕密谋，打算复辟。
随着皇族的一分为二，摄关家也分为两派，当时的关白、藤原赖长的兄长忠通是站在后白河天皇一边的。因此崇德上皇想要复辟，必须诉诸武力不可，他遂于七月十日夜晚召来藤原赖长、平忠正、源为义及其子源为朝，商量应该怎样发动一场军事政变。
凑巧的是，已经洞悉上皇阴谋的后白河天皇，偏偏也在同一天召来藤原忠通、平清盛〔平忠正的外甥〕、源义朝〔源为义之子〕商议。清盛和义朝等人都是少壮派武士，摩拳擦掌地主张要先下手为强，至于他们竟敢向长辈同时也是一族总领举起刀剑，是被所谓的“忠诚心”所利用，是被利益所引诱，还是野心膨胀使然，那可就谁都搞不清楚了。
年轻人行事果断，说动手就动手，于是次日凌晨，清盛、义朝率兵包围了尚在白河殿喋喋不休争论的上皇一党，将之一把火烧了个干净。乱兵犹自不过瘾，又点燃了赖长、为义、忠正等人的宅邸——也该着中纳言藤原家成倒霉，只因为宅子离得近些，于是也在混乱中化为灰烬。
不过短短半天，崇德上皇派就大败亏输，藤原赖长被流矢射死〔一说自杀〕，平忠正、源为义等人先后被杀或被俘。崇德上皇逃到仁和寺躲避，被天皇派搜将出来，远远地流放到四国的赞岐去了。这次事件史称“保元之乱”，它标志着新兴武士阶层不但在地方上耀武扬威，甚至已经把势力延伸到了朝廷内部，公开插手皇室纠纷，公家政权的时代即将结束，武家政权的时代就要到来。
且说院政既然已经成为了传统，在政治斗争中获胜的后白河天皇也就不肯贪恋天皇之位，没两年就让位给东宫守仁亲王，也即二条天皇，自己当更有权力的上皇去了。然而因为此君赏罚不公，填不保武士们的胃口，才退位就酿出了“平治之乱”。
“保元之乱”后平清盛青云直上，源义朝却得不到上皇重用，从而心生怨恨。平治元年〔1159年〕十二月，趁着平清盛离京前往熊野的机会，源义朝举兵叛乱，将后白河院囚禁起来，并且杀害了后白河院的宠臣、亲清盛的藤原信西。平清盛在途中闻变，匆忙回京，在自己位于京都六波罗的官邸集结重兵，计划夺回天皇和上皇。大战一触即发。
源义朝实在是个粗疏的家伙，如果说后白河院化妆逃亡到仁和寺是个偶然事件的话，那么其后十六岁的二条天皇也女扮男装逃脱他的掌握，来到平清盛六波罗官邸，就肯定是义朝防范不周所致。总之，上皇和天皇都先后逃脱，源义朝失去了聚拢人心的旗帜，平清盛倒赢得了大义名份，清盛抓住战机，亲率三千兵力攻打皇宫，源义朝战败被杀——此即“平治之乱”。
乱后，平清盛被晋升为从三位参议。日本人喜欢将自己的官位对应唐朝的官位，很多官职都有唐名，参议的唐名是宰相或相国，从此清盛就被人尊称为相国。两次平乱全都有份，平清盛功劳显赫，威风八面，后白河院一开始更为宠爱清盛，继续利用他来巩固自己的院政，后来感觉不对，想要收手，却已经来不及了。
平清盛先把养女滋子进献给后白河院为妻，生下宪仁亲王，被立为东宫。藉此帮助，他于仁安元年十一月〔1166年〕就任内大臣，次年更打破藤原氏把持高级朝官的惯例，荣升为太政大臣，逐渐掌握了政权。当时平氏十六人位列公卿，殿上人三十余名，党羽遍布全国，国守六十余人中竟有半数是平氏一门。
到了仁安三年〔1168年〕，后白河院迫不及待地逼迫年仅五岁的六条天皇逊位，让自己的亲儿子、八岁的宪仁亲王继位，就是高仓天皇。清盛一跃而成为天皇的外祖父，并且他还把女儿德子嫁给天皇，亲上加亲，从此平氏更加权势煊赫，炙手可热。清盛的堂兄弟、大纳言平时忠甚至狂妄地宣称：“非此一门〔平氏〕，皆不是人！”
平氏本是武家，但其六波罗政权却并非真正意义上的武家政权，它是依附于摄关政治和院政而存在着的，缺乏独立性——这也是平氏子弟逐渐公卿化的根本原因。就平清盛本人的意愿来说，他很想把公家政治彻底打倒，从而使六波罗政权脱颖而出，真正君临天下。然而想要构建一个全新的社会，并不仅仅靠打压公卿势力，甚至幽禁天皇、法皇就可以达成目的的，从这个角度来考虑问题，平清盛和被他打倒的源义朝一样失败。而等到清盛去世后，其继承人平宗盛更是彻底转向，一切唯后白河院马首是瞻……
佛教于六世纪时传入日本，经过崇佛、排佛两派的殊死拼斗，最终在这座岛国上站稳了脚跟。逐渐的，再也没有什么“国神”和“番神”的区别，神佛紧密地合为了一体。为了便于统治，日本朝廷一直宣扬天皇乃是天孙后裔，具有神性，原始的诸神崇拜在社会政治生活中占有很重要的地位，正因为如此，与诸神崇拜结合为一的佛教，也无可避免地要对社会政治生活产生重大影响。因此日本有学者认为奈良朝的佛教乃是现世佛教，是政治佛教。
从天武朝开始，朝廷就将《金光明经》等佛经颁发各地，教臣民诵读，后来更在各地修建丈六的释迦牟尼佛像和七层宝塔。到了天平十三年〔741年〕三月，圣武天皇下诏，要各国都建造“国分寺”和“国分尼寺”，也就是朝廷明令在各行政区域内建造官修寺院。统辖各地国分寺的总寺院是东大寺，统辖各地国分尼寺的总寺院是大和法华寺，都在都城附近。
最早传入日本的是三论宗和成实宗，其后为法相宗、俱舍宗和华严宗，唐僧鉴真还传来了戒律宗。到了平安时代，政权逐渐转移到藤原氏的手中，佛教势力略有下降。在这个时代兴盛起来的，主要是传教大师最澄的天台宗和弘法大师空海的真言宗，前者以平安京东寺为中心，后者以比叡山为中心，与被称为“南都佛教”的旧奈良诸宗派相对立。
最后在日本兴盛起来的，是净土、禅宗、日莲等宗派，那已经是十二世纪以后的事情，公家政权即将让位于武家政权了。