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桓武天皇时代，土地私有化日益严重，各地产生出大大小小的封建庄园来，严重影响到国家税收和天皇制集权统治，使得朝廷不得不进行一系列的改革措施，以挽救班田制的彻底覆亡。
为什么呢？因为虽然颁布了班田收授法，这项法令因为并不完全符合当时的社会生产状况，仍存在种种漏洞，最主要的就是，各大寺社仍保有寺社地，而很多贵族也仍保有自己的封地（位田、职田和功田等），这些寺社地和封地是不用缴税的。人口分布不均以及赋税沉重，导致很多百姓得不到授田或耕不起授田，遂被迫进入寺社地或贵族封地，变成了新兴庄园中的农奴。
为了避免这种状况进一步扩大，奈良朝廷多次移民边远地区，开垦荒地。然而因为这些新开垦地的地权是属于国家的——养老七年（723年）就颁布“三世一身法”，规定利用原有沟池新开的土地仍归开垦者一代所有，新修沟池开垦的土地则准许流传三代——所以开垦者积极性不高，“农民怠倦，开地复荒”。天平十五年（743年），朝廷被迫修改旧制，发布“恳田永世私财法”，等于打破土地国有制，允许部分土地的所有权归于个人。
既然有了私有土地，当然也就会产生土地兼并问题。于是，贵族、寺社凭藉权势和财力，大量圈占和收买土地，收容逃亡农民耕种——他们在自己的私地上派驻管理人，也即庄长，由庄长负责经营的田地就称为庄园。
桓武天皇无力逆历史的车轮运转，彻底解决庄园问题，他只能在力所能及的范围内搞点修修补补，暂时缓和一下社会矛盾，保证一下国家的税收。他所实行的改革措施主要有：一，整顿吏制，设“勘解由使”一职以监督地方官吏；二，修正班田收授法；三，承认良民和贱民间的通婚，允许所生子女成为“良民”，以消灭奴隶制残余；四，部分改征兵制为募兵制；等等。
这些改革措施，无疑会遭到守旧派的反对，为了摆脱那些掣肘的家伙们，尤其是玄昉、道镜以来日益庞大的寺社势力，他在藤原种继（藤原式家宇合之孙）的倡议下，于784年离开平城京，迁都长冈京。然而延历四年（785年）九月，长冈新都还没有修好，总指挥藤原种继却被人暗杀了。
桓武天皇大为恼怒，下令追查，不但揪出一批阴谋分子，包括大伴、佐伯等煊赫氏族的重要人物数十人，甚至还最终把矛头指向了自己的兄弟、东宫早良亲王。早良亲王是否冤屈，没有人知道，总之他因此事被废黜太子之位，幽禁在道成寺中，没过一个月就绝食而死了。死后次月，桓武天皇立自己的儿子安殿亲王为东宫。
据说早良亲王留下了恶毒的诅咒，其后不久，天皇的皇后、生母和诸位夫人相继死去，伊势神宫也遭逢天火，全国很多地方暴发疫病。桓武天皇在长冈京呆不下去了，于是在794年接纳和气清麿的建议，再度迁都，是为平安京。
平安京南北约4.7公里，东西约4.5公里，基本架构和平城京很相似，也是北部中央为内里，城中由南北向的朱雀大街相隔为左京和右京，然后由平直的多条横、纵向街道分割为数十个坊。桓武天皇在平安京四周建设了贺茂、松尾、稻荷等神社，东寺、西寺等寺院，却不允许平城京的旧寺社搬迁过来。
两度修建新都，那钱当然花得如同流水一般，不仅如此，桓武天皇还三次大规模用兵讨伐虾夷，才因为制度改革而积累起来的一点点财富，就又被他尽数抛将出去了。到了延历二十四年（805年）十二月，眼看朝廷财政就要崩溃，藤原绪嗣、菅野道真等人上书谏阻造宫和征夷，提出实行所谓“德政”，桓武天皇无奈之下全盘接受了——这恐怕是回光返照吧，因为次年三月，他就呜呼哀哉，翘了辫子。
桓武朝有位名人值得一提，那就是征夷大将军坂上田村麿。此人的祖先据说是汉灵帝的子孙，称为阿知使主，因为曹魏篡汉而率七姓十七县人口经朝鲜半岛流亡到了日本（天晓得！）。阿知使主的后人曾被赐姓“东汉直”，分为坂上、路、桧前等许多支派，坂上家的坂上田村麿乃是一代名将。
从前任将派兵征讨虾夷，大都冠以“征东将军”、“征东大使”等名号。延历十一年（792年），桓武天皇任命大伴弟麿为征东大使，率军东征，经过四年的时间，获得大胜。其间，改征东大使为征夷大将军，到了延历十六年（797年），作为大伴弟麿的部将坂上田村麿也被封为征夷大将军——这是此一职衔诞生的由来。
延历二十一年（802年），坂上田村麿身为主将，率军四万东征，大破虾夷主力，收降虾夷大首领阿弖流为，在北上川中游胆泽之地筑城，设镇守府以统治之。此后坂上田村麿的子孙大多出任奥羽地区的官员，显赫一时。
继桓武天皇后登上宝座的安殿亲王，史称平城天皇。平城天皇是个非常荒淫的家伙，据说他还在当太子的时候，就爱上了藤原种继的女儿药子，以及药子的女儿，把母女两个一齐接入东宫。本来以日本古代的婚姻制度来看，这并算不了什么大事，倒霉的是药子的丈夫此时还并没有死，因此桓武天皇勃然大怒，下令把药子驱逐出宫去。
等到老爹去世，自己登上天皇宝座，平城天皇立刻就把药子接了回来，任命她做“尚侍”，又称“勾当内侍”，也就是宫中女官的总管。因为这层关系，药子的哥哥、藤原种继的长子藤原仲成就此平步青云，进入了权力中心。
大概因为生活糜烂而导致身体日虚，无力也无心再管理朝政吧——反正日本也有这种传统，十个天皇里有八个都是退位而非死后传位的——于是宝座才坐了四年，平城天皇就让位给弟弟贺美能亲王，自己跑回平城宫隐居去了。
贺美能亲王就是嵯峨天皇，此人颇有雄心壮志，想要好好干一番事业，可惜平城上皇虽称退位，却不肯真的退出政治舞台，他在奈良发号施令，处处和兄弟对着干。嵯峨天皇想要和上皇较量，首先要蔽其耳目，于是就把药子赶出宫去，自己设置“藏人所”来掌管和辅助处理机密文件。药子跑到奈良向上皇哭诉，平城上皇大怒，遂于大同五年（810年）九月宣布把都城从平安京迁回自己所在的平城京。
对于这种可笑的命令，嵯峨天皇当然置之不理，不仅如此，他还针锋相对地改元为“弘仁”，意识是明告天下：改朝换代了啊，现在的天皇是我，不是哥子你了啦。两个朝廷各自拉拢贵族和寺社势力，聚集兵马，准备开战。
最终的胜利者是嵯峨天皇，他首先杀掉了上皇的亲信藤原仲成，然后派兵拦截上皇的部队。主上本就荒淫，士卒岂会用心？奈良军队纷纷跑散，药子自杀，平城上皇也只得出家为僧，表示彻底放弃权力。于是嵯峨天皇废掉了东宫、平城上皇的儿子高岳皇子，立异母弟大伴皇子为新东宫，彻底掌握了朝政。
嵯峨天皇是位文人气息很重的君主，主张无为而治，政事委任给臣下，自己寄情笔墨和山水，创作了很多著名的诗歌，并且其书法修为与空海、橘逸势齐名，并称为“天下三笔”。此公还极度崇敬佛教，崇拜唐风，留唐的名僧最澄和空海受到他的大力栽培，最终创立起日本天台和真言两个宗门。
然而，嵯峨天皇并非真正清心寡欲之人，他和老爹桓武天皇一样，娶了一大群老婆，养了一大堆儿子（据说他有嫔妃二十八人，子女数超过五十）。皇子太多，竟然导致国库入不敷出，弘仁五年（814年）五月，天皇只好把母亲身份较低的三十二名皇子降格为臣下，赐与“源”氏——这些人及其子孙，就被称为嵯峨源氏。
先帝这样办了，后世天皇也就群起仿效。825年，淳和天皇又降格了高栋王（桓武天皇的孙子），赐以“平”氏，是谓“桓武平氏”。再往后，又有清和天皇后裔的“清和源氏”、宇多天皇后裔的“宇多源氏”、村上天皇后裔的“村上源氏”等纷纷出现。
拉回来说嵯峨天皇，他在位十四年后，让位给大伴亲王，是为淳和天皇。淳和天皇在位十年，让位给嵯峨上皇之子正良亲王，是为仁明天皇。这期间嵯峨上皇一直躲在幕后操控着朝政，弟弟和儿子都不过是他的傀儡而已，直到仁明天皇承和九年（842年）七月他去世为止。
这一段时期内，班田制持续崩溃中，原本的律令制也逐渐跟不上历史发展的脚步了，被迫要多方面加以修正。嵯峨天皇就新设了藏人和检非违使这两种职衔，称“令外官”，前者为天皇的秘书机构，后者负责京都的军事、警察和审判诸事。此外，他还发布《弘仁格式》以修正律令——格指经过修改的律文，式是为律文的应用所撰写的各种细目规定。格式这种补丁，后来大和朝廷还陆续颁发过好多回。
嵯峨天皇追求优雅的生活，说不上腐朽，却着实的浮糜，他的生活作风带动了整整一个时代，使平安时代早期达到了辉煌的顶峰。不过老家伙终有亡故的一日，他的权威一旦丧失，原本被此权威压制住的种种朝廷矛盾立刻沉渣泛起。于是，他死后没两天，就爆发了“承和之变”。
君主为了加强集权，抑制朝官的权力，经常会采用设置全新的秘书机构的方法。这些新秘书品级并不一定高，资格并不一定老，然而因为接近权力中心而必然逐渐坐大，甚至取代旧有朝官的位置。我国汉代始设尚书台，其后身尚书省在隋唐以后成为朝廷正式行政机构；明初始设大学士，到了明朝中叶，大学士变成了真正意义上的宰相。
日本也有类似的情况发生，虽然结果并没有如此明显。那就是嵯峨天皇设置养老令外机构藏人所，以掌管和辅助处理机密文件，藏人所的长官为藏人头，天皇任命宠臣藤原冬嗣担任此职，冬嗣因此飞黄腾达，最终做到左大臣的高官，可谓人臣之极。可以说，藏人所虽然没有演变成新的行政机构，藏人头也没有演变成真正意义上的宰相，但藤原家族却因藏人所的设置而再度膨胀起来。
藤原冬嗣出自北家，是藤原房前的曾孙。他在就任高官以后，为了加强与皇室的联系，就把女儿顺子嫁给嵯峨天皇之子正良亲王，并且迎娶女婿的姐妹洁姬为次子藤原良房之妻。这位藤原良房，他也是从藏人做起，一步一步爬上中纳言高位的。
正良亲王后来登基成为仁明天皇，年号承和。仁明天皇本是彻底的傀儡，其父嵯峨上皇和叔父淳和上皇都还没有死，躲在背后指手划脚，这使藤原良房非常不满。因为良房想让顺子所生的道康亲王正位东宫，可惜两位上皇偏偏吩咐让淳和上皇之子恒贞亲王承嗣大统。藤原良房就任中纳言的那一年，正是承和八年（841年），恒贞亲王的两个靠山，淳和上皇已于去年五月间过世，而嵯峨上皇也缠绵病榻，眼看着即将咽气，良房觉得时机成熟了，该准备动手废立东宫了。次年七月，嵯峨上皇去世，同月就爆发了“承和之变”。
“承和之变”的过程是这样的：据说七月十日，恒贞亲王的亲信春宫坊带刀舍人伴健岑秘密走访了阿保亲王，请求共同奉东宫远走东国，以应对即将到来的乱局。阿保亲王乃是平城天皇之子，当年平城、嵯峨两位天皇对立，平城天皇在藤原仲成和药子的煽动下，也曾想前往东国号召兵马，以击败反对势力，阿保亲王很可能也参与了谋划。三十二年一晃眼就过去了，年已五旬的阿保亲王早就没了当年的雄心壮志，于是把伴健岑的阴谋密奏给嵯峨上皇的皇后橘嘉智子，嘉智子皇后随即通知仁明天皇和藤原良房。
七月十五日，嵯峨上皇驾崩，两天后，伴健岑与东宫的另一名亲信但马权守（权为额外派员之意）橘逸势同时因谋反罪而遭到近卫府的逮捕，经过审判后，分别被流放到隐岐和伊豆去了。亲信被捕，主公不能说毫不知情，恒贞亲王匆忙上书请罪，并请求辞去东宫。仁明天皇好言安抚，说你与此事无关啦，不必担忧。
两位上皇既然先后去世，仁明天皇感觉压在肩膀上的大山已经倾垮了，他也一心想立自己的儿子为皇嗣，岂有爱于恒贞亲王？只是好不容易碰上或者说设计了这一谋逆案件，东宫辞位则案件必然终止，若不预先深入挖掘，岂不是很可惜吗？
到了二十三日，仁明天皇和藤原良房的挖掘工作终于完成了，于是废黜恒贞亲王的东宫之位，同时将东宫妃的父亲大纳言藤原爱发、中纳言藤原吉野、东宫大夫文室秋津等六十余人全数贬职或流放。藤原爱发是良房的叔父，藤原吉野出自式家，他们都是恒贞亲王派的实力人物，经过此次事件，全被良房一举铲除了。
其实关于伴健岑等人的密谋，除了大保亲王的告密外，并没有足够确实的证据，退一步说，就算证据确凿，那也未必真与恒贞亲王有牵连，再退一步，就算这一切全都经过恒贞亲王首肯，前往东国也似是避祸，而非谋反。但这一切都已经不重要了，重要的是藤原良房利用这个机会，顺利地踢开重重绊脚石，把自己外甥道康亲王扶进了东宫，更给自己铺平了迈向权力中心的道路。当年八月，他因功晋升为正三位大纳言，848年又升任右大臣。
嘉祥三年（850年）三月，仁明天皇去世，道康亲王继位，是为文德天皇，立惟仁亲王为东宫。这位惟仁亲王，其实体内有四分之三的藤原氏血统，他的母亲明子就是藤原良房之女。与皇室的亲上加亲，使良房于857年被任命为从一位太政大臣，总揽朝纲。
外戚当政，在日本历史上并不罕见，但最终把太政大臣之位从皇族手里夺过来的，第一个是惠美押胜，第二个就是藤原良房。良房是第三个非皇族的太政大臣，前面除了惠美押胜外，还有法王道镜，不过那个两人的权力并不稳固，最终不是被杀就是被流放，藤原良房想要将荣华富贵代代相传下去，还有很长的路要走呢……
文德天皇在位八年，猝然辞世，东宫也就是藤原良房的外孙惟仁亲王继位，是为清和天皇。这位清和天皇被立为东宫的时候才九个月大，登基时也年仅九岁，什么都还不懂呢，朝政完全由外祖父良房说了算。
天皇虽然还小，藤原良房已经在为他物色妻妾了，人选当然都来自于藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宫中，然后，又瞄上了长兄藤原长良的女儿高子。不过这位高子据说已经有了情人，坚持不肯进宫。
高子的情人，乃是号称当时第一风流美男子的在原业平。在原业平是平城天皇之孙，被赐“在原”氏而降为臣格，他擅长做诗，格调高雅，广受平安京内贵族女性的仰慕。据说在原业平曾经带着高子私奔，可是没能跑了，最终还是被堵截了回来。高子随即被送入宫中，在原业平则被远远地流放到东国去。然而这未必是个哀伤而动人的爱情故事，因为传说在原业平一生中先后与三千三百三十三位女性缔结情缘，彻头彻尾是个花花公子。
拉回来再说清和天皇，他的年号是贞观，和我国唐太宗的年号相同。贞观八年（866年）闰三月十日夜间，太极殿前的应天门突然起火，连两侧的栖凤楼和翔鸾楼也一并被火海吞没。这或许只是一场天火，并没有人为因素存在，不过朝中各派却藉着这个因头开始互相攻讦，最终导致了一场大清洗。
当时朝中重臣除藤原良房外，还有其弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，还有世代豪门伴氏、纪氏（823年以后，大伴氏避大伴皇子之讳而改称伴氏），以及从皇子降为臣格的源氏兄弟。首先，大纳言伴善男告发纵火犯乃是左大臣源信和中纳言源融，并且与藤原良相商议，调左中将藤原基经前往逮捕源信。
藤原基经本是藤原长良之子，过继给藤原良房做养子，他当然要把此事向良房汇报，听取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，请他先派干员前往责问源信，源信当然矢口否认，于是这件事就此搁置下来。
然而事情并没有就此结束，到了当年八月三日，备中权史生大宅鹰取突然向朝廷告发，说伴善男、伴中庸父子才是真正的纵火犯。朝中因此攻讦又起，人人自危，清和天皇就于十九日正式任命藤原良房为摄政，命其彻查此事。
藤原良房通过拷问伴善男的家臣生江恒山、伴清绳，而号称掌握了确凿的证据，开始藉此大肆排除异己。九月二十二日，判决大纳言伴善男、右卫门佐伴中庸，以及伴善男的家臣纪丰城、伴清绳、伴秋实共五人为纵火主犯，应处斩刑，减罪一等，没收财产后流放到边远地区，另有十名从犯也陆续被处以流放之刑。
经此事件，累世名门的大伴氏和纪氏都被彻底从朝廷中驱逐出去了，而藤原良相、源氏兄弟的势力也受到了重大打击，藤原良房、基经父子的权势更为稳固。但更重要的是，前此摄政之位只授与皇后或东宫，从此落到了人臣手里。摄政就是“总摄庶政”之意，此后藤原氏的家长在天皇幼年时出任摄政，天皇成年后称为关白（“诸事关白”之意），逐渐成为不成文的传统。
藤原良房死于贞观十四年（872年）九月，被谥为“忠仁”，他的权力由其养子藤原基经继承下来。藤原基经也不是一个善主，876年，清和天皇退位，传位给年仅九岁的东宫贞明亲王，是为阳成天皇，阳成天皇乃是藤原高子所生，基经作为天皇的舅舅，更加权倾朝野。
元庆六年（882年），阳成天皇十五岁，举行了元服礼（成人礼），然而据说这个孩子很不成器，成天飞鹰走马，耽于玩乐，甚至打开装神器的箱子，抽出草薙剑来舞弄。藤原基经屡次劝说，这个外甥就是不肯稍微象点人样，于是灰心丧气后逼迫天皇写下“朕近身发数病，动多疲顿，社稷事重，神器叵守，所愿速逊此位”的话，于884年二月宣布退位。
藤原基经的这种行为，也颇类似于我国西汉的权臣霍光废黜昌邑王刘贺，可见其权势就算比不上霍光，也相距不远了。而至于中国的昌邑王和日本的阳成天皇，所作所为是否真如史料记载的那么不堪，可就完全无从考证了。
此后，藤原基经力排众议，拥立“容止闲雅、谦恭和润”同时也财政状况拮据、到处举债的时康亲王继位。时康亲王是仁明天皇的儿子，史称光孝天皇。光孝天皇在位仅四年就病死了，他没立东宫，还把二十九名子女全部降格，下赐源氏，最终也是在藤原基经的策划下，立其第七子源定省为东宫，随即将其扶上天皇宝座，是为宇多天皇。
宇多天皇一度被降格为臣籍，无疑内心是存在着一定自卑感的。继位后他曾路过阳成院，被迫退位的阳成上皇竟然羞辱他说：“当今圣上，原来曾是我的家奴呀。”在这种心态影响下，宇多天皇当然不敢对扶他上台的藤原基经说半个不字，虽然登基时已经成年，依旧把政务全部委托给基经，说“万事巨细，百官已总，均关白太政大臣（藤原基经），然后奏上”——这就是关白称号的由来。
然而换个角度来观察，宇多天皇此举未必出于完全的心甘情愿。他在位第二年（888年）的六月，下诏请藤原基经“以阿衡之任为卿之任”，把他比作中国古代的贤相伊尹（传说伊尹曾被尊为“阿衡”）。然而藤原基经见了此诏却大为光火，他认为“阿衡”只是一个尊号而已，并无实权，表示说既然天皇心有此意，那我就干脆辞职，什么也不管好了。他这一撂挑子，宇多天皇可吓坏了，赶紧忏悔和解释，但是基经不依不饶，坚持要天皇罢免起草诏书的亲信橘广相。关于“阿衡”是否有权的争论持续了整整半年，藤原基经也就罢工整整半年。
宽平三年（891年），藤原基经去世。宇多天皇立刻重用橘广相，以及当年敢为橘广相辩护的菅原道真，任命道真为藏人头，以与藤原基经之子藤原时平分庭抗礼。六年后，宇多天皇让位给年仅十三岁的敦仁亲王，自己出家仁和寺潜心撰写回忆录《宽平遗诫》，自此以后，天皇退位出家，就被尊称为“法皇”，宇多法皇是日本历史上第一位法皇。
敦仁亲王登基后，史称醍醐天皇，他年岁还小，难免会受权臣的拨弄，已经升任右大臣的菅原道真就因此遭到藤原时平的诬陷，说道真打算拥立自己的女婿、宇多法皇的第三子齐世皇子为天皇，醍醐天皇于是右迁菅原道真为太宰权帅。作为太宰府的名额外主官，其实这个职位也不算小了，但终究远离京都，远离开统治中心，这使得满腔报负，想要做一番轰轰烈烈大事业的菅原道真大为忧愤，遂于两年后（903年）客死在九州。
据说宇多法皇在听闻菅原道真被贬之事后，匆忙驱车前往内里，想要劝说醍醐天皇收回成命，然而内里各门都已被藤原时平的亲信守把住了，不放法皇进宫。宇多法皇怅然离去，从此专心研究佛学，再不管尘世之事——藤原氏权势之盛，也由此可见一斑。
菅原道真是日本古代著名的书法家、诗人和学者，他曾跟随遣唐使团西渡，具有相当高的汉学素养。886年，他被任命为赞岐守，在偏远的南海道目睹了贫穷百姓的艰难生活，写下很多传诵后世的诗篇。也是在赞岐守任上，他写了《奉昭宣公书》，劝说藤原基经放下执念和恩怨，专心国事，据说藤原基经看了此文后有所觉悟，停止罢工，也不再坚持要宇多天皇严惩橘广相，使延续整整半年的朝廷风波暂时得以平息。
890年，菅原道真太守任满，回归都城，从此受到宇多天皇的重用。894年，朝议派发新的一轮遣唐使团，以菅原道真为大使——这很可能是政敌想藉此机会把他排挤出权力中心——于是道真写下《请令诸公卿议定遣唐使进止状》一文，明确指出唐朝正在发生内乱（黄巢起义），形势复杂，路途危险，请求暂时停止派发遣唐使团。宇多天皇采纳了他的建议。
应该说从此以后，中日两国间的文化交流虽然并未停顿，但日本人已经不再象奈良时代那样完全彻底地甘当小学生，处处以中国为师了，独具特色的日本本土文化重新抬头，混合土风和唐风的新的文化逐渐成型——这也就是平安时代的日本贵族服饰虽有唐人之形，却兼本土之魂，非如奈良时代那样浑然唐装的重要原因。
菅原道真的权势逐渐成型，醍醐天皇登基后，他被任命为右大臣，与左大臣藤原时平共执朝纲，这当然会引起藤原家族的警惕和不满。于是藤原时平就造谣进谗，终于迫使菅原道真被赶去九州做太宰权帅。
菅原道真满腔忧愤，两年后（903年）就客死在九州。人民一方面怀念他的刚直不阿，另方面反感藤原氏专权，就传说菅原道真化为怨魂，降下种种灾异来惩罚政敌。说也奇怪，此后的几十年间还真是灾祸不断，909年，正当壮年的藤原时平病死，923年，时平的妹妹稳子所生的东宫保明亲王也夭折了，925年，时平的外孙庆赖王刚被立为东宫就猝然辞世，年仅五岁。此外公卿（尤其是藤原家族及其党羽）去世，时疫流行，种种不祥无可胜数……
最可怕的是延长八年（930年）六月二十六日，正逢干旱，群臣聚集在清凉殿上商议祈雨的事情，突然从西方爱宕山上飘来一片黑云，笼罩住平安京的上空，随即雷声大作，一道惊雷正巧劈中了殿柱，大纳言、民部卿藤原清贯（南家）当场被雷打死，另有数人重伤。醍醐天皇受此惊吓，一病不起，于九月份匆忙传位给东宫宽明亲王，自己迁出皇宫，然而这样做也无法挽救他的性命，没多久他就咽了气，享年仅四十六岁。
因为此事，菅原道真在民间传说中又从怨魂升格成了雷神。到了十一、二世纪前后，他的形象再次转变，从怒目金刚般的雷神变成了慈眉善目的学问之神，也是各届考生的庇护神。他被供奉在北野天满宫中，称为“天满大自在天神”。
就算菅原道真确实化身为怨魂，索了藤原时平的命去，他也终究无力彻底扳倒整个藤原北家。903年九月，年仅八岁的宽明亲王继位，是为朱雀天皇，朝政都把持在他的舅舅、太政大臣藤原忠平和右大臣藤原仲平手中。朱雀天皇在位的时候，各地盗贼纷起，并且爆发了著名的“平将门之乱”和“藤原纯友之乱”。
平将门和藤原纯友，可谓是新崛起的武士势力的代表，说到他们，就不得不先说说什么是武士，什么是武士团。武士乃是班田制崩溃、庄园制成型后的产物——因为各地大大小小庄园的形成，朝廷强要继续实行班田收授也不可得了，828年到881年间，就整整五十一年都未曾班过田。
朝廷为了保证国家税收，被迫修改班田制，实行“田堵制”（负名制）。这种制度就是不把国有土地班给适龄公民，而是承包给家底比较殷实的农民，税收等同于租金。租约一年一订，租田者在有实力年年续约的情况下，往往建筑围墙（堵）以保护耕地，故此种田地称为“田堵”，也称“负名”。这一制度的确立，使得富者益富，贫者更贫，大量无地农民被迫进入田堵和庄园成为农奴。
九世纪以后，田堵们经过不懈的斗争，使得对耕地的占有权逐渐稳定下来，他们得以在租约上写上自己的名字，于是产生了“名田”，名田所有者称为“名主”。名田是可以继承和转让的，还能再转租给贫困农民耕种。于是，拥有大量名田者就被称为“大名主”，简称大名，拥有少量名田者被称为“小名主”，简称小名，租种民田的贫困农民则被称为“小百姓”、“作人”、“名子”。
回过头来再说庄园，早期庄园也必须课税，但这些庄园都掌握在大寺社和大贵族手中，他们利用种种藉口请得“太政官符”或“民部省符”，得到不纳税的资格，称为“不输”，进而更利用种种藉口使得国家官吏不得进入，庄园内部的司法权和警察权都由庄园主把持，称为“不入”。不输不入就使得庄园主们变成真正意义上的封建领主，庄园变成他们的封建领地。
十世纪以后，名田和庄园逐渐结合起来，因为很多名主都把自己的土地寄进给庄园，以使庄园的不输不入涵盖面更广。所谓“寄进”，就是指进献，把名田名义上的所有人写成拥有权势的庄园主，每年向庄园主缴纳年贡——这种年贡未必比国家赋税来得轻松，但从此名田也具备了“不入”的权力，逐渐转化为庄园或大庄园的一部分。如此一来，就形成了层级化的庄园机构，最高庄园主称为“本家”，其下为“领家”，再下为“下司职”或“预所职”——到了十二世纪，封建庄园已占全国土地的半数以上，庄园经济逐渐成为日本社会经济的主体，甚至残存的国有土地，也可以被视作以朝廷为本家，以国司为领家，由实际拥有土地的名主为庄官的大大小小的庄园。
庄园的实际管理者也即庄官，为了保护庄园，同时行使庄园内的司法权和警察权，必须拥有独立的武装力量，就这样，九世纪中期以后，武士这一阶层就逐渐成型了。一般情况下，武士结合成以庄官本族为核心的团体，就是武士团。
前面说过，日本传统的“家”并非真正意义上的家庭，它以血亲为核心，同时也包容了很多非血缘者存在。武士团为了加强凝聚力，也逐渐变成了这种意义上的家和家的联合体，武士团首领同时也是大家长，其本族部下称为“一族”、“家子”，非亲属部下称为“郎党”或“郎从”。提到武士团的时候，往往会说某某某率其“一族郎党”，就是指有血缘或没有血缘的部下们。
小武士团往往按照家的结构结合成为大武士团，那么大武士团就称为“本家”，大家长称为“总领”，内含的小武士团称为“分家”，家长往往称为“庶子”。从这个“庶子”（在日本指嫡长子外的所有儿子）之名就可看出，日本武士和西欧骑士不同——骑士是因契约而效忠于某一领主，相互间的关系比较生疏，联系较为松散，并且“我的附庸的附庸不是我的附庸”；而日本武士则按照传统的家的结构来建设武士团，加上日本传统并不很重视血缘关系，无血缘的主从之间大多结成姻亲、干亲或者养亲关系，约为父子，联系相当紧密，战斗力也因此而加强。
平安时代，日本朝廷的军备逐渐废弛，被迫承认武士团的正当性，甚至动用他们行使国家的军事、司法和警察权，各地国司就经常任命武士团首领为“押领使”或“追讨使”。后来甚至连皇宫也由武士团来警卫。
当然，不是随便什么武士团都有资格警卫皇宫的，这些武士团的首领往往既是以朝廷为本家的国有土地的庄官，也是拥有正式官位的朝廷新贵。这些新贵中势力最为庞大的，就是拥有天皇血统，被降为臣格赐以“源”、“平”等氏的家族——执其牛耳者为桓武平氏，根据地在关东地区，以及清和源氏，根据地在畿内的摄津、河内等国。
而平将门正是桓武平氏高望流的始祖高望王的孙子。
日本的贵族和武士（农民一直只有小名和绰号，商人再加个商号，要到明治维新以后才有姓和大名，暂不在讨论之列），一般都有两个名字（改名啦、“一字拜领”啦，暂且不算）：小名（通称）和大名。部分人出仕而有官位，部分人出家而有法名、院号，部分人仰慕汉学而有表字——为了表示尊敬，这些东西也往往随名字一起带出来，形成长长的一串。一般规律，是有官位以官位代替通称；有法名、院号的，在家修行称法名，前加“入道”二字，在寺修行或死后称院号。
比如战国诸侯武田晴信，因为很年青就做了大名，有了官位，所以小名知道的人很少，一般称为“武田大膳大夫晴信”。他出家入道后（在家修行），法名信玄，因此再加四个字，成为“武田大膳大夫晴信入道信玄”（武田信玄是不那么恭敬的简称）。死后，则多以院号称呼他，为“武田德荣轩”。同类的还有“长尾喜平二景虎”，最后称为“上杉近卫少将辉虎入道谦信”，简称上杉谦信；“伊势新九郎盛时”，最后称为“北条相模守盛时入道宗瑞”，因为院号早云庵，简称北条早云。再如，传说中武田晴信的军师叫“山本勘介晴幸入道道鬼”，有蝮蛇之称的美浓领主叫“斋藤山城守秀龙入道道三”，等等。
再看看咱们熟悉的丰臣秀吉吧。他是下级武士出身，苗字为木下，小名藤吉郎，后来还起了大名秀吉，称为“木下藤吉郎秀吉”。当织田信长给了他近江半国以后，赐以羽柴苗字，以显示威仪，则称为“羽柴藤吉郎秀吉”。这时候，他已经是堂堂诸侯了，没有官位终究不象话，于是赐以筑前守之官职，称“羽柴筑前守秀吉”。等秀吉取了天下，官高位显，可惜不是源、平二氏出身，无法开幕当征夷大将军（他曾一度冒充平氏，又想求取源氏而不可得，甚至散布谣言说自己是天皇的私生子，结果反而造成很坏影响，只好收手）。正好藤原北家穷的叮当响，他就凑上去叫声干爹，弄成“藤原关白秀吉”，然而还是满地的嘘声。天皇无奈，赐以“丰臣”姓——这就是“丰臣关白秀吉”的由来。简称“丰关白”，退位后简称“丰太阁”。
在读日本人姓名的时候，还有两点需要注意。一是多于两个字的小名、官位、院号等，往往简省成两个字。如前田又左（又左卫门）、武田典厩（左马助这一官位的相对应唐朝官称）、马场美浓（美浓守）、织田上总（上总介）、高阪弹正（弹正忠），等等。这最后两个，省略一字就正副不分，好比现在咱们见了不是正职的领导，也最好把“副”字省了，肯定皆大欢喜。
第二点要注意的，是日本人对汉字，不象咱们用得这么严谨，许多意思和发音，从中国找了两个甚至更多的字去对应。因此很多人名和官名，发音相同，却往往有数种写法——千万别以为那是不同的两个人。比如宇佐美定满（或写作定行）、山本勘介（或写作勘助）、本多（或写作本田）忠胜，等等。倒楣的是，还要和被赐以苗字或自己找个理由改名的家伙区分开来，实在是累死人了……