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日本民族蓬勃发展，甚至有余力发动对外侵略，建立任那殖民地的时期，朝鲜半岛三国鼎立，中国也正处于南北朝乱世，因此就有大量的中国人和朝鲜人涌入日本，既有被掳去的战俘，也有主动逃去的移民。日本史料中多次提到汉人（中国人）、新罗人、高丽人（高句丽人）和韩人（任那人）、百济人，等等，他们带去了先进的生产技术和生产方式，使倭国的奴隶制社会进一步完善化。
就在这种背景下，四世纪前后出现了部民制度和氏姓制度。所谓部民，是指皇室和贵族的私有民集团，身份介乎于农奴和奴隶之间。他们或者集体在皇室和贵族的田庄中劳作，或者定期前往皇室和贵族的家庭中、工房中从事生产和服务工作。部民最初的来源是奴隶、战俘、移民和罪犯，后来相当多本土公社自由民也加入其中。
在部民制度的基础上，逐渐建立起氏姓制度。中国古代以姓代表血缘，以氏代表身份，日本的氏姓制度则恰好相反。氏原本是指由血缘为中心组成的氏族公社，两级分化后，其首领即被称为氏上，对内主持对氏神的祭祀，裁决氏族内部纷争，对外则代表氏族与其它氏族或朝廷接触。姓原本是对氏上的尊称，后来逐渐成为大和王朝赏赐给氏上以区别其尊卑高下的一种称号。比如天皇的后裔往往赐姓臣、君，很多传统氏上赐姓连，中国或朝鲜移民的氏上赐姓主、史，其它的还有别、公、直、造、村主、稻置等等。最尊贵的姓是臣和连，其中在朝廷中身居高官者称大臣和大连。
日本人现在的所谓姓，其实应该写作“苗字”，除明治维新后新造的或附会的苗字外，主要来源是古代和中世纪为区别同氏异流而另起的称谓，和最初氏姓制度之姓，已经完全是两码事了。
日本虽然运用中国的文字，但因应其本土的需要，很多文字的含义与其在中国的本源已经截然不同了，必须加以区分，而不能望文生义。
且说从五世纪后半叶开始，中国分久必合的趋势日益明显，而朝鲜半岛也因新罗的崛起即将摆脱三国鼎立的局面，倭国也即大和王朝在半岛南端的殖民势力日渐萎缩。大和王朝还想挽狂澜于既倒，不停地渡海派发援军，但其造成的结果只能是地方贵族和百姓此起彼伏的反抗。479年，五百名虾夷族士兵在西部发动叛乱。527年，筑紫国造（“国”是行政区划，“造”即其长官）盘井掀起反旗，又占据“火、丰两国”，叛乱持续了一年零三个月之久。
到了六世纪中叶，部民制度因生产力的发展而走向没落，逐渐崩溃，许多贵族被迫解放部民，使其成为拥有一定人身自由，缴纳贡赋的农奴和小生产者，这就引发了大和朝廷中两种思潮的强烈斗争，即是因应这种社会形势进行改革，还是维持旧有的生产关系。前者以苏我氏为领袖，后者的代表家族则是物部氏。
社会改革的首要表象是宗教改革。苏我氏希望利用从中国大陆和朝鲜半岛传入的佛教思想，构建新的宗教体系，以压制地方贵族势力，完成因应社会需要的中央集权。苏我氏本是葛城氏的分支，其先祖苏我满智宿弥据说曾统辖过东汉、西文、秦等氏族——从这些氏族名称便可得知，他们大多源自于大陆移民。
与苏我氏相敌对，物部氏坚持倭国原有的纷繁复杂的氏神信仰，反对崇尚佛教。552年（一说538年）十月，百济的圣明王向大和国赠送了一尊释迦牟尼的鎏金佛像和若干经卷，在此佛像是否应由大和国王供奉的问题上，苏我、物部两氏展开了激烈的争论。当时的大和国王为钦明大王，苏我氏的首脑为大臣苏我稻目，而物部氏的首脑则是大连物部尾舆。
苏我稻目认为：“西方各国大都信奉佛教，我国怎能固步自封，拒不接受呢？”而物部尾與则反驳说：“我国从来祭拜国神（指各种本土氏神），如果改信外国神，恐怕会招致国神的愤怒，降下灾祸来。”钦明大王无从抉择，于是下令让苏我氏先尝试单独供奉佛像，看看效果如何，是最终外国神压倒国神，保佑苏我氏繁荣昌盛呢，还是国神压倒外国神，会使苏我氏遭逢灾祸呢？
崇佛和排佛的第一阶段斗争，以物部氏大获全胜而告终。就在苏我氏全族改变信仰后不久，大和国内突发瘟疫，死者无数，物部尾舆趁机跳出来煽动贵族们，说这都是因为佛教传入而招致国神的不满，降下疾病来警惕世人。因为苏我稻目曾将两个女儿都嫁给钦明大王，生下多位王子、王女，权势颇大，物部氏无法将其一朝扳倒，所以只能奉旨出兵，查封佛寺，烧毁佛像——从此两族仇深似海。
571年，钦明大王去世，传位于敏达大王。577年十一月，百济国又来凑热闹，献上经论及造佛像和建寺的技术工人，佛教就此再度流行开来。苏我稻目之子苏我马子趁机重新掀起崇佛的舆论，在自己石川的宅邸内建造佛殿，却也再度遭到物部氏的破坏。流行病也赶巧，又一次发挥作用，不过这次不是在毁佛之前，而发生在毁佛以后，大和国内流行疮疥，连敏达大王也被感染到了，全身长满了癞疮。苏我马子于是进言说，这就是不尊佛教的结果，佛陀将召国王前往西方极乐世界去也。敏达大王一听害怕了，只好同意苏我一族继续供佛。
585年，敏达大王病逝，用明大王即位，这位大王倾向于苏我氏的主张，崇敬佛法。用明大王在位仅两年就死了，苏我、物部两族围绕着王位继承人问题，重新又展开激烈的冲突，甚至发展到你死我活的地步。苏我马子原意立敏达大王的王后、自己的外甥女炊屋姬为女王，而物部尾舆之子物部守屋则打算拥立用明大王的异母弟穴穗部。587年七月，苏我马子奉炊屋姬之命处死穴穗部，随即发兵包围了物部守屋的住宅。经过顽强的抵抗，物部守屋众寡不敌，终于被杀，从此大和朝廷呈现出苏我氏一族独大的局面——苏我马子可以说是日本史上的第一位权臣。
苏我马子最终拥戴用明大王的另一个弟弟泊濑部为王，即崇峻大王，他自己则飞扬跋扈，独霸朝纲。然而崇峻大王并非甘当傀儡的傻小子，他对苏我马子的专断十分反感，某次藉着有人进献野猪的机会感叹说：“何时能断朕所嫌恶之人，如同斩断此畜牲的脖子！”一语招祸，苏我马子听闻此事，就派亲信东汉直驹刺杀了崇峻大王，然后他又把东汉直驹杀了灭口。
大概苏我马子认为还是女人比较好控制一点，于是重提前议，擅自拥立炊屋姬为女王，即日本历史上鼎鼎大名的推古女王。
苏我氏的权柄，并未因推古女王的即位而更加稳如泰山，推古女王根本不买亲舅舅苏我马子的帐。据说苏我马子曾经请求受赐葛城的领地，但是女王推托说：“我是苏我家的女子，舅舅提出的要求，从来晚上提出的不会等到天亮，白天提出的不会拖到天黑，总会尽快办理。但此次舅舅的请求太过分了，如果今天无故割取县邑下赐，后代国王必会骂我是愚痴妇人君临天下！”婉拒了苏我马子的无理要求。
女王即位的第二年，册封用明大王的遗子厩户为东宫（太子），同时授予他“摄政”的头衔，用意大概是想分夺苏我氏的权柄吧。这位厩户王子素有贤名，既虔信佛教，也仰慕中国尊王大一统的思想，从某种意义上来说，他的理想和苏我马子是殊途同归的。然而马子只知道擅权，厩户却希望从根本上改革旧制，建立全新的国家体系——后世尊称厩户王子为圣德太子。
圣德太子执政的时代，中国终于结束了长期分裂，建立起强大的隋朝。太子有感于此，派人西行考察隋朝的政治制度，开始着手进行一系列改革，试图建立以天皇（大王）为中心的封建中央集权制。他的改革措施，主要有制定冠位（官僚体制的滥觞）、制定宪法、提倡佛教、恢复中日邦交和编纂史书，等等。
先说制定冠位。冠位分十二阶，即大德、小德、大仁、小仁、大礼、小礼、大信、小信、大义、小义、大智和小智，这东东始于推古女王十二年，最早只是授予贵族的荣誉头衔，是想在臣、连等氏姓外，另造一种以才能、功绩为重，而不以氏族大小为重的贵族体系，并逐渐将其转化为官僚体系——所以冠位起初大多授予畿内及其周边地区的中下等贵族。
同年还制定了十七条宪法，大肆宣扬中国的儒学思想，鼓吹三纲和五常。《宪法》并非真正意义上的法律，它更象一本思想品德教科书，给倭国人灌输“国靡二君，民无两主；率土兆民，以王为主”的封建大一统思想。圣德太子知道改革是无法一蹴而就的，旧氏姓势力依然庞大，无法一朝扫尽，只好先“教化”他们，先树立拥王的道德准则，等时机成熟后再推出全新的制度。
不过中国的儒家思想终究并不完全符合倭国的国情，此后屡经扭曲和利用，日本之儒和中国之儒早就大相径庭了。况且儒家思想并不容易那么快就深入人心，圣德太子在思想领域对变革所作的准备，最成功的还是崇佛。尊崇佛教，为的是宣扬众生平等和因果报应，一方面削弱人民的反抗，另方面也藉此打破旧的等级制度，结束等级森严的氏姓奴隶制。
圣德太子的很多改革措施都是向中国学的，所以他多次遣使通好隋朝，恢复中日邦交，以从大陆学习更多的先进文化。607年，小野妹子初次使隋，所携带的国书称“日出处天子致书日没处天子无恙”，次年二度使隋，国书中却变了称号，说“东天皇敬白西皇帝”——这是最早的日本君主称“天皇”的记载，大概大和朝廷想要和隋朝平等建交，觉得中国君主称“皇帝”，而大和君主才称“大王”，实在也太丢面子了。
还有一种说法，即日本君主自称天皇，要在唐高宗上元元年也即公元674年以后。我们知道，唐高宗曾经自称天皇，他的皇后武则天则称天后，两主共同临朝执政。日本的所谓“天皇”，很可能是直接从唐高宗那里搬去的，史料记载中将此事提前到608年，乃是怕抄袭的马脚被后人揭穿。
拉回来说圣德太子的改革，本是其后“大化改新”的滥觞和准备，他在物质领域基本上没起到任何作用，但在精神领域却开教化之先，为其后更进一步的改革奠定了理论基础。而其后的改革者为了这个理论基础，也把圣德太子捧得高高的，推崇为圣人，然而事实上，权臣当道的时代，哪有圣人立朝的可能？
从六世纪中叶佛教传入，一直到645年大化改新，这一百年间的文化被称为“飞鸟文化”——因为当时大和朝廷建都于奈良盆地南部的飞鸟地区。飞鸟文化佛教味道非常浓厚，这是和掌权的苏我氏族，以及圣德太子的努力分不开的。这一时期，也是倭国从奴隶制向封建制过渡的转型期。
圣德太子的改革是有其社会基础的，当时部民制逐渐崩溃，贵族们大量兼并田地，出租给百姓耕种，大量部民转化为农奴或佃农。苏我氏在宗教改革方面，曾经是具有先进性的，然而他们在掌握了权力以后，却不希望变革同时影响到社会政治和经济层面，转过头来成为改革的绊脚石。擅权不怕、跋扈不怕，但如果想要阻碍历史车轮的前进，那就只有覆灭一途了。
622年，圣德太子没能戴上自己制定的“天皇”的桂冠，就病殁于斑鸠宫，四年后，苏我马子去世，又两年，推古女王也去世了。继苏我马子为大臣的是其子苏我虾夷，他和叔父境部摩理势商量天皇继嗣问题，虾夷主张立敏达大王的孙子田村皇子，而摩理势则主张立圣德太子的儿子山背大兄王。
当时苏我氏全族都在苏我马子的坟前建庐守丧，摩理势自焚其庐，跑回家去，以示在如此重大的问题上绝不妥协。苏我虾夷派人劝他说：“大家说的都错，就你说的对，我一定会遵照你的意见办理；大家说的都对，就你不开窍，我当然要违背你的意见。你不要执迷不悟，咱们两人若相争斗，国家必乱，后人也会说是你我二人败国，徒留千载恶名，何苦来呢？你别再和族人对着干了！”
这番话与其说是劝告，不如说是威胁，摩理势当然不肯听从，就逃去泊濑王（圣德太子之子）府上藏了起来。不过他也真倒霉，没过多久泊濑王也去世了，摩理势无从依靠，被迫和苏我虾夷兵戎相见，兵败被缢杀。于是苏我虾夷拥立田村皇子继位，即舒明天皇。
舒明天皇在位十三年，没有多大的建树，而苏我虾夷及其子苏我入鹿则日益嚣张跋扈，引发了因圣德太子改革而得以参与朝政的很多中小贵族的不满，传说为物部一党残裔的中臣镰足是反苏我势力的首脑，而山背大兄王则是他们的精神领袖。
641年，舒明天皇在百济宫去世，苏我虾夷学他老爹马子的做法，不立天皇之子，而立皇后宝皇女（同时也是舒明天皇的侄女）为天皇，这就是日本历史上的第二位女主——皇极女帝。
苏我虾夷想使苏我氏的权势代代煊赫，着力培养其子入鹿，自行授予他“大德”的紫冠，使其掌控朝政。苏我祖孙父子，一个比一个张狂，到了入鹿时代，出入仪仗等同于天皇，苏我家子女都称王子，俨然不是大臣，而是倭国真正的统治者。为了打击反对势力，更为了使有苏我家血统的古人大兄皇子可以顺利成为下一任天皇，入鹿还派兵袭击山背大兄王，迫其自杀。
这一举动，使得皇子们人人自危，认定若不及早诛杀苏我入鹿，自己的性命也会如同山背大兄王一般不保。于是中臣镰足等人就与舒明天皇和皇极女帝所生的葛城皇子——又称中大兄皇子——联起手来，伺机铲除苏我氏一门。
645年六月，朝鲜半岛三国——高句丽、百济、新罗——都派使节来到倭国，与大和朝廷修好，按照礼仪，大臣苏我入鹿必须出席，同时由仓山田石川麿（可以写作“麻吕”，这是日本所独创的汉字）宣读表文。这位仓山田石川麿也是中大兄皇子一党，建议趁此机会诛杀苏我入鹿。
六月十二日，皇极女帝、古人大兄皇子和群臣都来到太极殿，准备接见三国来使。中臣镰足设计解除了苏我入鹿须臾不肯离身的配剑，而中大兄皇子则命令禁军锁闭了十二道宫门，只等仓山田石川麿宣读表文时，佐伯连子麿等刺客就冲出去取了入鹿的性命。
然而事到临头，佐伯连子麿等人却胆怯了，仓山田石川麿表文即将读完，却不见有人动手，以为阴谋败露，不禁浑身打颤。苏我入鹿并非蠢人，看到这种情形，心知有异，假装询问说：“何故发抖？”仓山田石川麿支支吾吾地回答说：“因为站在天皇面前，感觉十分紧张。”
眼看计划就要破产，隐藏在暗处的中大兄皇子一不作二不休，干脆亲自动手，大吼一声跳将出来，一剑刺伤苏我入鹿的肩膀。苏我入鹿匆忙躲避，但受中大兄皇子这一剑所鼓舞，佐伯连子麿等刺客也勇气倍增，纷纷蹿出，砍伤了苏我入鹿的腿脚。
苏我入鹿自知无法逃脱，于是跪在皇极女帝面前，口称“臣不知罪”。皇极女帝惊慌地询问中大兄皇子，中大兄皇子伏地上奏说：“苏我入鹿谋杀皇子们，想要倾覆帝位，以苏我氏代替皇统，罪不可赦！”皇极女帝看他从容的样子，料知是有备而来，此事断难善罢甘休，于是长叹一声，转身退入内宫。女帝才走，中大兄皇子一声吆喝，众人乱剑齐下，把苏我入鹿斩成了肉酱。
中大兄皇子随即率部入驻法兴寺，筑城备战，还把苏我入鹿的尸体还给其父苏我虾夷，等于下了战书。不满苏我氏专权的皇族和贵族们纷纷前来投效，苏我氏宏伟的大厦瞬间崩塌，虾夷知道大势已去，便于家宅内纵火自焚而死——可惜的是，他当年奉圣德太子之命编纂的史书《天皇记》和《国记》，也就此化为了灰烬。
经此政变，皇极女帝决意退位，让给中大兄皇子。中大兄皇子喜出望外，正打算接受，却受到中臣镰足的劝阻。镰足的意思很明确：你发动政变，是为国除奸，不是为了个人的野心，如果就此继位，后世将说你是逼宫篡位之君。当然他表面上没这样说，他编的说辞是：“古人大兄皇子是您的兄长，轻皇子是您的舅舅，如果越过他们继承皇位，有悖长幼之序，孝悌之礼。”天晓得，日本中世纪以前的继承制度从来不讲长幼，所谓孝悌等儒家礼法也是才刚输入的泊来品。
中大兄皇子最终接受了中臣镰足的谏言，推戴轻皇子，轻皇子还想让给古人大兄皇子，古人大兄皇子一想：当初支持我的是苏我入鹿，现在入鹿已死，我若继承皇位，那不是凶险万分吗？于是坚辞不受，甚至削发出家以明志。
轻皇子就此登上御座，后世称为孝德天皇。
中臣镰足或说名为中臣镰子，然而根据《日本书纪》的记载，当佛教传入之时，苏我稻目说必须信奉，物部尾舆和中臣镰子则坚决反对。如果镰子即镰足，那么他此刻少说也有一百零五岁了，焉有是理！
事实上传统认为中臣镰足生于614年，卒于669年，去世时虚岁才五十六岁。他没有出国留过学，但和遣唐使以及留唐的学生们关系都很好，虚心向他们学习大陆先进的文化和制度。因为苏我父子的擅权，中臣镰足于644年辞官归隐，待时而动——时机何在呢？他很快就瞄上了中大兄皇子。
中臣镰足足智多谋，他首先想从内部分化瓦解苏我家族，于是怂恿中大兄皇子纳仓山田石川麿的长女为妃，把仓山田石川麿也拉上了自己的战车——此公本是苏我马子的孙子，入鹿的堂兄弟。不过这种政治联姻本身不应该看得过重，因为当时倭国社会盛行的是“访妻婚”。
所谓访妻婚，是指男女双方在结婚后并不组建新的家庭，而是各居母家，婚姻生活也多采取男性走访女家的形式来实现。这种婚姻关系是相当薄弱的，并且不规定男性只能走访一名女性（这是真正的一夫多妻制，没有妻妾的区分），因此婚姻关系完全比不上血缘关系来得重要。正因如此，与其说仓山田石川麿因为政治联姻而倒向中大兄皇子，不如说他是不满苏我入鹿掌控整个苏我家族，遂想要取而代之吧。
中臣镰足在争取到仓山田石川麿以后，通过缜密谋划和反复游说，还拉拢了很多不满苏我入鹿擅权的有力氏族。苏我入鹿对此也有所察觉和警惕，加强了自己府邸的守备，中臣镰足等人没有办法，这才等苏我入鹿离家到太极殿参与外交活动的时机，发动了突然政变。
苏我虾夷父子一朝覆灭，中臣镰足等人弹冠相庆，等不及似的立刻就开始了全面的改革。孝德天皇即位后，立中大兄皇子为东宫，任中臣镰足为内大臣，仓山田石川麿为右大臣，阿倍内麿为左大臣，留学生僧旻和高向玄理为国博士（高级顾问）。就在这些革新派的推动下，诛杀苏我父子和孝德天皇即位的同月（六月）即学习中国建立年号，定元“大化”，并于十二月迁都难波。大化二年（646年）元旦，下达了“改新之诏”——这就是著名的“大化改新”。
大化改新的主要内容是废除旧的部民制，模仿中国唐朝的制度，创立班田收授法和租庸调制。也就是说，全倭国的田地、山泽名义上全都归于天皇，称为“公田”，百姓也都名义上归于国有，称为“公民”，朝廷每隔六年授给公民口分田（班田），公民有按时缴纳地租和服劳役的义务，受田人死后，口分田要重新归还给国家——这就把倭国硬性从奴隶制社会全面扭转向封建社会。大化第六年改元白雉，白雉三年首次营造户籍，开始班田。
对应经济制度，朝廷也改革行政制度，在中央集权思想的指导下，学习唐朝的三省六部制，“置八省百官”，制定“冠位七色十三阶”（随即增为十九阶），在地方上则设国、郡、里三级行政区划，分别由朝廷委派国司、郡司和里长管辖。官僚制度就此略显雏形。
日本历史的发展是跳跃式的，曾经因为接受了来自中国大陆和朝鲜半岛的新文化、新技术，日本社会快速由原始社会迈入奴隶制社会，但难免保留了很多原始社会甚至是母系社会的残余（访妻婚就是表现之一）。经此大化改新，又突然跳入封建社会，于是封建为壳、奴隶为瓤，还夹着原始的种秄，形成一种独特的四不象的社会形态。
当然，旧社会的残余终究会逐渐被历史所遗弃，先是原始制度，然后是奴隶制度，日本终将迈入彻底的封建社会，但那不是一蹴而就的事情，仅仅“大化改新”一场变革，是解决不了问题的。而且就在改新过程中，新旧势力的斗争依然是无日止歇。
首先是大化改元的三个月后，古人大兄皇子以出家为名逃往吉野，勾结苏我入鹿的亲族和旧臣策划叛乱，因为消息泄露而被杀。然后到了649年，苏我马子的另一个孙子苏我日向诬告仓山田石川麿意图谋逆，中大兄皇子没经过缜密调查，就迫使老丈人、诛杀入鹿的功臣仓山田石川麿自尽。据说仓山田石川麿虽然反对苏我虾夷父子，可是本人并不赞成改革，在冠制改变后仍然坚持戴古冠上朝，中大兄皇子应该早就对其有所不满，所以才会藉此机会将其铲除的吧。
当时中大兄皇子权势熏天，根本不把孝德天皇放在眼里，对于各种改革措施也是独断专行，两人间的矛盾日益激化。白雉四年（653年），中大兄皇子奏请将都城迁回飞鸟地区，遭到拒绝后竟然挟裹群臣离开难波，自行回归飞鸟。孝德天皇受此打击，遂于次年忧愤病死。
孝德天皇去世后，中大兄皇子没有登基称帝——大概他摄政王当得满有趣味的吧——也没有立孝德天皇的儿子为帝，反而再度扛出自己的老娘来，让皇极女帝在飞鸟的板盖宫二度即位，改称齐明女帝。
658年，孝德天皇之子有间皇子劝齐明女帝和中大兄皇子前往纪伊的牟娄温泉疗养，想趁机在飞鸟发动叛乱，但随即因为党羽内讧而遭逮捕，被绞死于藤白坂。
新旧势力连番恶斗，中大兄皇子虽然稳占上风，也感觉左支右绌，加上老娘齐明女帝又不修德，大兴土木，加重百姓的负担，搞得天怒人怨。中大兄皇子遂想通过对外用兵来转移国内矛盾，于661年携母同赴九州的筑紫地区，策划介入朝鲜半岛的战争——对东亚地区的政治格局、文化交流产生过重大影响的“白村江水战”，就在这种背景下爆发了。
朝鲜半岛三国，北部是高句丽，南部西为百济，东为新罗。原本高句丽的疆域最为广大，国力最强，隋炀帝、唐太宗数次发兵前往征伐，都未能使其臣服。唐高宗继位以后，遂采取远交近攻之策，联合新罗，共同对高句丽施压。为了摆脱这种不利态势，高句丽也和百济联起手来，他们不敢对唐朝动武，却从北、西两个方向齐攻新罗。
经过这一番合纵连横，首先遭难的是百济。唐显庆五年（660年）三月，唐高宗任命苏定方为行军总管，统率水陆联军十三万进攻百济国，在新罗五万兵马的配合下，唐军一路势如破竹，很快就包围了百济都城，百济义慈王被俘送长安，百济国灭亡了。
战后，唐朝背弃与新罗的约定，尽收百济故地，设熊津、马韩等五个都督府以管辖之。新罗武烈王敢怒而不敢言，只得继续配合唐军北伐高句丽。然而彻底灭亡一个国家，并不是那么容易的事情，很快，百济遗臣鬼室福信就在周留城树旗举兵，谋划复国大计——只是王室全被一锅端了，老老少少尽数押往长安，他该以谁为号召才好呢？
百济素与倭国交好，王子扶余丰璋就在倭国做人质——这恐怕是唯一没落在唐人手里的活的王室成员了。因此鬼室福信就派使者到倭国，请求送还扶余丰璋，成为他复国的大义名份。倭国东宫中大兄皇子正愁没仗可打，无从转嫁国内矛盾，得到此信大喜过望，于是召集各地兵马，准备渡海杀往朝鲜半岛。他还真是一不做，二不休，把老娘齐明女帝也裹挟在身边，一起坐船来到北九州的筑紫地方。
或许齐明女帝年岁大了，经不起这番海上奔波，他们于661年一月离开难波，三月到达筑紫，女帝随即就一病不起，熬到七月份终于咽了气。天皇驾崩，中大兄皇子没有立刻称帝，他身穿丧服，仍以摄政之名整编军队（史称“素服称制”），于当年九月发兵五千，护送扶余丰璋东还。
次年，扶余丰璋在周留城登基，而倭国方面也不断增派兵马前往支援，到了663年的三月份，更组建了两万七千人的大船团，浩浩荡荡渡海杀向朝鲜半岛，百济遗民更是受此鼓舞，到处掀起反旗。正在北方和高句丽恶战的唐军知道不能再坐视不理了，于是派大将刘仁轨率军，并合新罗兵马，南下救援，很快就攻克多座城池。
强敌压境，百济小朝廷不但不能同心抗敌，反而内讧不断，眼看就要被唐军彻底吃掉了。然而正当此时，李唐方面也出了纰漏，三十五万大军围攻高句丽都城平壤，遭逢大雪，被迫尽数撤回国内。新罗军一看形势不妙，也打点行装准备班师了。于是唐高宗下诏给刘仁轨，要他暂时退往新罗境内。
刘仁轨上书高宗，说此时如果退兵，百济势必死灰复燃，再联合高句丽，这就又回到了数年前的局面，唐军势必要被迫吐出所有占领地，耗费无数人力物力却劳而无功。高宗听他说得有理，就命其固守百济故地，并派孙仁师等将跨海支援。
于此同时，倭国两万七千大军已在朝鲜半岛登陆，用围魏救赵之策，不先救百济，反而攻克了新罗数城。刘仁轨不去理他，会合诸路兵马南下，直趋白村江口，准备合围扶余丰璋所在的周留城。
这是唐高宗龙朔三年（663年）八月间的事情，当时唐将刘仁愿、孙仁师所部与新罗文武王金法敏率陆军包围了周留城，刘仁轨、杜爽并归降的百济王子扶余隆率战船一百七十艘列阵白村江口。倭国军队一看不妙，一旦周留城被攻克，扶余丰璋遭擒，自己就再没有滞留在朝鲜半岛的藉口了，于是匆忙赶来救援。八月二十七日，日军两万余人，战船近千艘，也开到了白村江口。
朝鲜半岛的史书《三国史记》中描述道：“此时倭国船兵，来助百济。倭船千艘，停在白沙。百济精骑，岸上守船。新罗骁骑，为汉前锋，先破岸阵。”当时按总体军力来说，唐与新罗占优，仅以水军来说，日军数量要大大超过刘仁轨所部。正因为如此，多年未逢强敌的日军极为骄横，气焰嚣张，以为只要争先勇斗，唐军将不战自退。于是船列不整，混乱一片地就杀了过来。
刘仁轨沉着应战，《旧唐书》里说他：“遇倭兵于白江之口，四战捷，焚其舟四百艘，烟焰涨天，海水皆赤，贼大溃。”这一仗的具体经过无从查考，史书上只说唐军“左右夹船绕战”，日军“赴水溺死者众，舻舳不得回旋”。不过想也能想到，当时中国的军事实力正如日中天，而多年东征高句丽、百济，也肯定锻炼出了一支战斗力异常顽强的水面部队。相比之下，素质、器械均较低劣，多年未逢大战又多为各地豪族私兵联合的倭军，就算小心布阵也未必是唐军的对手，何况还有勇无谋地贸然进攻呢？
白村江战后，日兵尽数退去，百济遗民胆落，周留城很快就被攻克了，扶余丰璋逃往高句丽。唐高宗重赏了刘仁轨，授为带方刺史，使其镇守百济故地。
白村江水战给了中大兄皇子一记大耳光，他本想利用对外战争转嫁国内矛盾，结果大败亏输不算，还把倭国在朝鲜半岛最后一点点影响力也扔了个精光。不仅如此，当时国内舆论嚣然，都传说唐和新罗联军将要渡海杀来倭国，中大兄皇子被迫一方面遣使前往唐朝重修旧好，一方面在对马、壹岐、筑紫等地设置防人（戍守军）和峰火台，还在筑紫修筑了庞大的水城，以完善九州方面的防御态势。
664年五月十七日，一支规模不小的船团驶到九州，使大和朝廷上下无不胆战心惊。船团首领乃是唐朝的朝散大夫郭务悰，他奉大将刘仁愿之命，携带牒书和礼物前来拜访中大兄皇子。郭务悰先后四次出访倭国，第三次率领了四十七舰、两千人的大船团，实在是威风凛凛，杀气腾腾，估计刘仁愿派他前来侦查日军的动向，同时施以高压。
大和朝廷不愿迎接郭务悰进京，又不敢武力驱逐，一直拖到十一月，才由中臣镰足献计，派和尚智祥宴请郭务悰，转赠中大兄皇子的礼物，并暗示他尽快离开为好。郭务悰好整以暇，一直淹留到次年二月才率军离开九州——中大兄皇子肯定是大大松了一口气。
此后数年间，中大兄皇子在九州北部、本州西部，以及统治中心的大和地区到处整修城防，以备唐军来攻。然而唐朝直到668年才终于灭亡高句丽，此后又陷入与新罗的战争，根本无暇顾及倭国（或许郭务悰在九州的所见所闻，也使得唐朝不愿再渡海开辟新的战场吧），中大兄皇子白忙活了好几年，把自己的家底都快掏光了，结果做的全是无用功。
白村江水战对日本的深刻影响，主要体现在三个方面：一方面日本从此不敢再轻视中国，决心维持中日和平，并以中国为师，遣唐使派得越来越是频繁；另方面，中大兄皇子为了度过危机，被迫向旧氏族势力妥协，甚至下诏在部分地区恢复了氏姓制和部民制，这无疑是一种倒退；第三个方面，有大量百济遗民逃来日本，为岛国带来了先进的生产技术并补充了新鲜血液。
667年三月，终于彻底放下心来的中大兄皇子下诏，把都城迁往近江大津宫，并于次年元旦正式登基，史称天智天皇。同年，天智天皇命中臣镰足参照唐朝的《贞观令》制定《近江令》，这份已经亡轶的法令是日本历史上第一部成文法典。
中臣镰足于两年后去世，此人辅佐天智天皇，不但从政治上、经济上改革了倭国旧制度，还对宗教事业大有贡献。他为了压制从苏我氏掌权以来就日益膨胀的佛教势力，遂整合倭国各地的旧氏神信仰，完善为本土的神道教（同样排佛，所以后世会把镰足和镰子混为一人吧，或者镰子本就是根据镰足的影子造出来的西贝货）。在他死前一日，天智天皇赐予其最高冠位大织冠，并赐号藤原氏，称为藤原朝臣镰足——日本最大的神官家族就此产生，最终引发了统治日本两百余年的藤原氏摄关政治。
拉回来再说天智天皇，既然已经登基，当然要立东宫，他选定的接班人乃是自己的兄弟、皇族中最有魄力也最有势力的大海人皇子。为了拉拢大海人皇子，天智天皇竟然将自己的四个女儿都嫁给了他（日本古代近亲跨辈通婚本是常事），然而大海人皇子仍然和哥哥兼老丈人不对付，屡屡在言行上刺激天皇，甚至于公然在宴会上“以长枪贯敷板”，以表示他的不满。
大海人皇子究竟有何不满呢？主要有三个原因：一，天智天皇虽然册封大海人皇子为东宫，却不肯按惯例给其摄政的权力，671年元月，更封亲儿子大友皇子为太政大臣，总摄朝政；二，传说天智天皇与大海人皇子的爱妃、风流才女额田女王私通，并最终据为己有；三，大海人皇子极端不满天智天皇向守旧势力妥协的举动，想要加快改革的步伐。
就在如此重重矛盾中，671年十二月，天智天皇病殁，传位于亲儿子大友皇子，大海人皇子为了避祸而主动出家，遁往吉野。当然，大海人皇子是不会就此善罢甘休的，而大友皇子也不会容许自己这个威名素著的叔父活在世上，当时的情形，仿佛中大兄与古人大兄间夺权斗争的再现，只是结局全然不同。
这就是日本历史上著名的“壬申之乱”。
额田女王可能是畿内的豪族之女，据说她美貌多才，最早和中大兄皇子也即后来的天智天皇相恋，但不久后就爱上了恋人的弟弟大海人皇子也及后来的天武天皇，还为其生下一女——十市皇女。然而天智登基后，强把额田女王掳了过来，额田女王身在深宫，却仍与天武藕断丝连。等到壬申之乱爆发，天武战败大友皇子登上宝座，老实不客气地又把额田女王抢到身边，可是此刻的额田女王，反而思念起过世的天智来，终日以泪洗面。这种复杂的三角关系，催生出多篇美丽的诗歌，都记录在日本古代和歌集《万叶集》中。
据说，额田女王还有一个姐姐，称为镜王女（一说是舒明天皇之女，是天智的同父异母姐妹），本是天智之妃，也生得国色天香，功臣中臣镰足不遗余力地加以追求，天智正仰赖着镰足的辅佐，于是就把镜王女赏赐给镰足为妻。
如此混乱的关系，偷情、通奸、夺妻，内中或许还掺杂有乱伦的因素，站在中国人的立场看起来，肯定是卑鄙龌龊到了极点，然而如果了解了日本当时独特的婚姻制度，这一切却都不足为奇了。
日本跳跃式的社会发展，使得即便在大化改新以后，也还残留着大量原始社会甚至是母系社会的风俗传统，比如婚姻制度就基本采取访妻婚的形式。访妻婚中，女子为婚姻的主体，首先由男子主动，或由女子暗示男子通过吟诗或唱歌的方式向心上人倾诉爱意，然后因女子的同意而最终确定婚姻关系（这一阶段称为“目合”），所以女子在婚姻中握有绝对的主动权——当然，在上流社会中，婚姻关系还必须得到女方家长的认同。婚约缔结后，妻子仍居住在娘家，丈夫晚间到妻家与妻子同居，或者实行短期的“从妻居”。
大化改新以后，访妻婚的形式也发生了部分变化，不固定的访妻逐渐转化为较为固定的招婿，但女方仍在婚姻生活中占据着主导权。这种访妻婚所产生的让中国人难以理解的现象主要包含有以下几点：一，丈夫不再前往妻家，或妻子拒绝丈夫上门，都表示婚姻终结，并非仅仅男方握有离婚权（中国古代绝大多数情况下则只有男方有权离婚，称为“休妻”）；二，妻子居住在娘家，在维持婚姻状况的前提下，仍能与多个男子交往，而男子更可以同时走访多妻，因此日本社会毫无贞洁观可言，婚外情非常普遍并为社会所认同；三，因为夫妻并不组建单独的小家庭，所以辈分混乱，近亲跨辈结婚也是常事。
如此，大家就可以理解额田女王的朝三暮四并非品格低下，天性淫荡，而天智、天武先后娶额田女王为妻，也未必是采取纯强迫的形式，更不因夺取兄弟之妻而遭到世俗舆论的谴责，至于镜女王可能和天智本是同父异母的姐妹，也根本不影响他们之间缔结婚姻关系。日本这种女方占有主导权的婚姻形式，到了武家政权上台后才正式改变和扭转，变成男方占有婚姻的主导权。