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阴阳是中医学辨证的总纲，决定了中医学对人体“阴平阳秘”的生理状态和阴阳失和的病理状态的认识，如《素问·生气通天论》所言“阴平阳秘，精神乃治；阴阳离决，精气乃绝”，“凡阴阳之要，阳密乃固，两者不和，若春无秋，若冬无夏，因而和之，是谓圣度”。阴阳调和，则“正气存内，邪不可干”，人则无病；阴阳不和，则引起人体气血运行紊乱，脏腑经络功能失调而百病丛生。因此，调和阴阳，使机体平衡和谐，是中医学治疗的基本原则。
“以平为期”“阴平阳秘”是中医学平衡思维的代表，中医学自始至终都以此理念指导理论的发展。《素问·至真要大论》“谨察阴阳所在而调之，以平为期”，目的是根据正邪的盛衰、阴阳之虚实，用相应的方法调整人体机能，以达到平和、协调、稳定的状态。中医学的平衡思维并非一成不变的僵化平衡，中医学从来没有孤立静止地看待问题，中医学认为的人体平衡是一种动态平衡模式。《道德经》早已提出：“万物负阴而抱阳，冲气以为和。”就指出阴阳在动态平衡中衍生万物。不论是中医阴阳平衡还是现代的“内环境稳态”，都是一种动态的平衡。动态平衡性是所有系统的基本特征。
另有医家指出，人体的动态平衡仅处于理想状态下，现实中人体受多种因素影响，常处于非平衡状态。如朱丹溪提出了“阳常有余”“阴常不足”的理论，认为阴、阳是动态增减的；张介宾则提出“阳非有余”“真阴不足”论。这种非平衡态并不是病理表现，而是一种使人体趋向于某种病理反应的生理状态。“天人相应”认为人体的系统处于开放状态，故人体内环境会随所处的年龄、地域及社会关系的不同而有所偏颇。如中医体质学说即根据年龄、性别等因素，将人分为多种体质类型：小儿多为纯阳之体，女性多为血虚体质，岭南之人多为阴虚火旺体质，西北之人多为燥盛体质，肥甘厚味使人易生痰湿，藜藿之羹使人多虚弱，皆是此例。
无论是生理性的不平衡，还是病理上的不平衡，中医平衡思维皆对其发挥指导作用，灵活运用理、法、方、药辨证辨病施治，用药物之偏性纠正机体之偏性，使“寒者热之”“热者寒之”“虚则补之”“实则泻之”等，调整“太过”与“不及”，从而逐步实现阴阳平衡。中医学的优势就在于调整阴阳而不破坏人体正常平衡，具有双向调节作用，故只要辨证用药得当，就不会出现温阳而伤阴、补阴则损阳的现象。对皮肤病来说，大部分疾患是由于外邪侵袭加之正气内虚所致，故调和正邪是疾病诊治的首要任务；但在不同疾病的不同时期，正邪所占主导地位有所区别，即要求我们在临床中要根据不同疾病所处的阶段进行恰当调整，达到祛邪不伤正，扶正不留邪，调和双方力量对此，以达到祛邪扶正的目的，使疾病向痊愈的方向转化。对于一些结缔组织病、免疫性疾病，由于长期或不恰当使用激素及免疫抑制剂，患者可能出现免疫功能、代谢功能及自主神经功能的变化和紊乱，从中医辨证看，多属阴阳失调，采用补益肺脾肾，调和阴阳——“阴中求阳，阳中求阴”的方法，利用补阴药的气化和补阳药的生化功能，对机体阴阳调节起协同作用，实现阴阳动态平衡的重建，往往可改善病情。另外，中药的四气五味、升降沉浮等理论，是体现中药药效作用的重要方面，药物的偏性可推动机体的阴阳自和机制从而产生治疗效应；故在遣方用药方面，既要重视整剂中药君、臣、佐、使关系的调和，又要注意药味和剂量的配比，以免纠偏太过。