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辨证思维是中医学的另一纲领性思维，体现了中医学在整体认识下又注重具体的、个体化差异的观念，注意了人体的复杂性、非线性特点。中医学十分重视自身的理论体系在个体化中的应用，中医学的思维逻辑丰富蕴含在解决各种具体化问题的过程中。在长期的临床实践中，中医逐渐形成了基于四诊基础上的辨证论治的诊疗思想，探索出辨证性质的概念、判断及推理模式，构建了矛盾分析式的辨证逻辑体系。在科技欠发达的古代，人类对自身组织结构了解甚微，中医即在实践中运用矛盾分析方法，在对立统一中把握生命运动在不同层次、不同方面及不同阶段的运动变化规律。张仲景的六经辨证，张景岳、程钟龄等医家的八纲辨证，温病学派的三焦及卫气营血辨证等均是中医学具体问题具体分析的智慧体现。
中医学辨证思维以“阴阳”为总纲和逻辑开端，以阴阳学说的对立制约、依存互根、消长转化和动态平衡观作为对立统一思维律。《易经·系辞》曰：“一阴一阳之谓道。”认为整个世界由阴阳两大势力组成，二者对立又统一，是构成世间一切事物内部共同具有的相互对立而又相互消长的两种基本因素，它最早提出了中国哲学以阴阳为主的辨证思维，继而被中医学所接受和吸收，《黄帝内经》及后世医家典籍均借助了阴阳这一概念和命题来认识和说明人体的生理和病理，并被不断充实和弘扬，成为后世各种中医辨证学说创立的思想基础。在阴阳理论指导下的中医辨证分型论治，可全面把握病人的机体特性，掌握疾病的发展规律、严重程度和总体预后判断，选择适当的治疗时机和方法。中医的辨证思维是在整体思维下，统一人体与自然的关系，在明辨脏腑、经络、七情等因人制宜的要素基础上，因时制宜、因地制宜，如《灵枢·顺气一日分为四时》中所论“春生、夏长、秋收、冬藏，是气之常也。人亦应之”，《素问·五常政大论》“西北之气，散而寒之，东南之气，收而温之”，“是以地有高下，气有温凉，高者气寒，下者气热”皆是中医辨证思维广泛而具体的应用体现。
传统中医学的辨证思维主要是辨证论治，即在结合四诊八纲的基础上，收集患者各种表观病理征象，司外揣内，审证求因，综合分析判断，来总体把握疾病本质，指导运用理、法、方、药对疾病进行诊疗。随着时代的变迁，中医学的辨证思维也在与时俱进，在传统诊疗的基础上，正不断融合现代循证医学的方法提高辨证论治水平，亦借助实验研究使临床有效经验和成果得到客观量化的数据证明，这些成果促进了临床实践的应用和推广继承。中医学的传统四诊也结合了日益发达的现代检测技术和手段，拓展了传统中医诊疗的视野和思路，改变了传统辨证的主观化不足，实现精准化、规范化辨证。众多现代先进生物技术，如病理生理学、细胞生物学和分子生物学等微观诊疗技术的不断完善和发展，加之患者对自身机体日益的重视关注和对精细化、直观化的诊疗要求，也使中医不断改进传统模糊的辨证诊疗模式，将辨证与辨病相结合，实现在整体辨证的基础上，对“病”有针对性的判别治疗，使辨证论治有更加明确的目标，帮助制定更加可行的个性化治疗方案，获得更好的临床疗效和预期。