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中医学主张以灵动、发展的眼光来看待和解决问题，但并不否认和排斥模式思维的作用。模式是人类学习知识的途径，也是从古至今人类通过大脑、书籍等各类载体承载、继承人类文明的要求，是人类思维在长久进化中的结果。中医学作为一门经验学科，数千年的经验积累必然要求其探索出一套适合自己的理论的模式结构。历代医家总结出丰富的临证经验，在模式思维的指导下，将零散的、无序的经验智慧知识片段进行抽象化、框架化、标准化、系统化，通过反复地实践形成了固定的思维格式，且被后人不断改造发展已形成的模式，并经过长期形成某种成熟的模式知识链，使之能够被后世容易准确模仿和掌握学习，使其在历史的长河中得到长久的传承。
中医学模式思维的产生，是一个从低级到高级的过程。中医学十分擅长利用模式框架来解释说明中医理论。最初中医的模式结构为“阴阳”这一简单矛盾框架，后来发展为木、火、土、金、水五行理论，由于对个体及微观方面的指导有限，后世又不断“添砖加瓦”，形成脏腑、气血津液、经络穴位等模式，将复杂凌乱的临床诊疗论述精炼成条理清晰的纲要性指南。中医证候学-中医辨证论治的关键环节，是模式思维的突出体现，它完全根植于中医学诸多辨证学说，融合汇通临床四诊所见，形成一套完整的诊疗模式体系，使中医思维逻辑更加清晰，极大促进了中医的发展。给模式命名或口诀化，是形成模式思维的一种有效办法；作为中医学的重要武器——中药，亦有许多建树，《药性赋》《汤头歌诀》等中医典籍，化繁为简，利用歌诀的形式使数千种中药及复方能被轻易及精确地掌握。这种模式思维同其他学科思维有极大不同，很大程度上简化了理论知识，促进了中医学理论知识的结构优化，促成传授方式的转变，丰富了中医学的内容，为中医学的发展和广泛传播奠定了坚实基础。
模式思维在中医学的广泛应用也存在其弊端。一方面，学习者可借助既成模板来帮助理解中医学理论，并以此为基板来创新加工新的临床认识，使已学到的知识和临床思维得到序贯联结；另一方面，过于依赖模式思维，必然使思维陷于定型，遇到问题总是试图将其纳入某个模式，如所遇问题为非常规问题则往往思路凝滞，不知所措。这也是今天中医学教育的一个弊端，受应试教育影响，日常中医学教学活动重教材而轻经典、轻临床，忽略对学生中医学临证思维的培养，妨碍认识活动和思考的灵活性和创新性，缺乏具体问题具体分析的能力和打破常规的勇气，从而使临床思维趋向于僵化与保守，极大阻碍了中医学人才的培养。
目前，中医学正处于既要保持传统特色和又要现代化的境遇之中，通过“形而下”式的临床实践及试验研究等手段已取得许多突破性进展，但仍未深入触及中医学现代化之精髓内核，用一些数据和公式来阐释中医学的博大内涵仍显苍白。作为中医学理论中“形而上”的中医学思维，能否帮助中医学在现代化的进程中，以新的视角展现其古老而常新的思想精神，获得更有力的发展动力和更明确的未来走向，仍需更多的探索努力。