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国境卫生检疫，是指为了防止传染病由国外传入或者由国内传出，由国境卫生检疫机关及其工作人员在我国国际通航的港口、机场，以及陆地边境和国界江河的口岸，依法对入境出境的人员、交通工具、运输设备，以及行李、货物、邮包等物品实施传染病检疫、监测和卫生监督的活动。
国境卫生检疫的对象包括入境出境的人员、交通工具、运输设备，以及可能传播检疫传染病的行李、货物、邮包等物品。这些检疫对象都应当接受检疫，经国境卫生检疫机关许可，方准入境或者出境。
国境卫生检疫机关，是指国家在国境口岸设立，代表国家在国境口岸行使检疫主权的卫生执法机构。国境卫生检疫机关设立国境卫生检疫人员和国境口岸卫生监督员，代表国境卫生检疫机关行使国境卫生检疫职责。
入境的交通工具和人员，必须在最先到达的国境口岸的指定地点接受检疫。除引航员外，未经国境卫生检疫机关许可，任何人不准上下交通工具，不准装卸行李、货物、邮包等物品。出境的交通工具和人员，必须在最后离开的国境口岸接受检疫。
在国境口岸发现检疫传染病、疑似检疫传染病，或者有人非因意外伤害而死亡并死因不明的，国境口岸有关单位和交通工具的负责人，应当立即向国境卫生检疫机关报告，并申请临时检疫。国境卫生检疫机关依据检疫医师提供的检疫结果，对未染有检疫传染病或者已实施卫生处理的交通工具，签发入境检疫证或者出境检疫证。
国境卫生检疫机关对检疫传染病染疫人必须立即将其隔离，隔离期限根据医学检查结果确定；对检疫传染病染疫嫌疑人应当将其留验，留验期限根据该传染病的潜伏期确定。因患检疫传染病而死亡的尸体，必须就近火化。
国境卫生检疫机关对来自疫区的、被检疫传染病污染的或者可能成为检疫传染病传播媒介的行李、货物、邮包等物品，应当进行卫生检查，实施消毒、除鼠、除虫或者其他卫生处理。
入境、出境的尸体、骸骨的托运人或者其代理人，必须向国境卫生检疫机关申报，经卫生检疫合格后，方准运进或者运出。对因患检疫传染病而死亡的患者尸体，必须就近火化，不准移运。
国境卫生检疫机关对入境、出境的人员实施传染病监测，并且采取必要的预防、控制措施。
国境卫生检疫机关有权要求入境、出境的人员填写健康申明卡，出示某种传染病的预防接种证书、健康证明或者其他有关证件。对患有监测传染病的人、来自国外监测传染病流行区的人或者与监测传染患者密切接触的人，国境卫生检疫机关应当区别情况，发给就诊方便卡，实施留验或者采取其他预防、控制措施，并及时通知当地卫生行政部门。各地医疗单位对持有就诊方便卡的人员，应当优先诊治。
国境卫生监督的内容包括：①监督和指导有关人员对啮齿动物、病媒昆虫的防除；②检查和检验食品、饮用水及其储存、供应、运输设施；③监督从事食品、饮用水供应的从业人员的健康状况，检查其健康证明书；④监督和检查垃圾、废物、污水、粪便、压舱水的处理。
国境卫生检疫机关设立国境口岸卫生监督员，执行国境卫生检疫机关交给的任务。国境口岸卫生监督员在执行任务时，有权对国境口岸和入境、出境的交通工具进行卫生监督和技术指导，对卫生状况不良和可能引起传染病传播的因素提出改进意见，协同有关部门采取必要的措施，进行卫生处理。