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反应温度和压力是影响反应进行及其结果的重要因素，理想的合成工艺对高压低温等苛刻的条件是要回避的。因此，反应的温度和压力是药物合成工艺研究中重要的内容。
温度对反应速率有很大的影响，如果温度太低，反应将会很缓慢；反之，发生副反应的机会增加，导致收率降低。此外，如果温度太高，某些试剂或反应物则可能不稳定，引入更多的杂质。
例如，3，4，5-三甲氧基苯甲醛的合成是以3，4，5-三甲氧基苯甲酰肼为原料用铁氰化钾氧化制得。氧化反应的较适宜温度为20～25℃。如果温度过低，不能完全反应；温度过高，副产物腙的产量会增加。如反应温度由17℃上升到60℃时，腙的生成量会由10%上升到36%。
主反应：
副反应：
又如，水杨酸用醋酐酰化制备阿司匹林时会发生如下反应：
主反应
副反应
在乙酰化反应过程中，温度升高，可使主反应乙酰化的反应速率加快，而副反应脱水的速率也相应地加快。要使乙酰化反应完全，也要同时考虑到副反应的发生。因此，在工业生产中必须要严格控制反应温度，可先将温度缓慢升至73℃，然后在73～75℃反应数小时，反应完毕后再缓慢降温。只有这样，产品中的游离水杨酸和脱水副产物才能同时达到限量要求。
反应温度的控制对于实验室规模来说比较容易达到，低温可以选用冰/水（0℃）、冰盐（-20～-4℃）、干冰/丙酮（-60～-50℃）、液氮（-196～-190℃）；加热可以选用加热套、导热油、水浴等。在工业化生产中对反应温度的控制则有一定的难度。因此，对于一个特定反应，优化反应温度十分重要。任何参与化学反应的分子都需要活化后才能转化。Arrehenius反应速率方程式为
由上式可知，化学反应的速率常数 R 与频率因子 Z 和指数因子 e - E/RT 有关。其中，指数因子一般是控制反应速率的主要因素，活化能 E 起决定性作用，而温度 T 的变化，也使指数因子变化，从而导致 k 值的变化。 E 值对速率常数 k 的影响， E 值很大时，温度升高， k 值增大显著；若 E 值较小时，温度升高， k 值增大并不明显。温度升高，一般会使反应速率加快。例如，对硝基氯苯与乙醇钠在无水乙醇中生成对硝基苯甲醚的反应，温度升高， k 值增加，如表3-5所示。
表3-5 温度对对硝基氯苯与乙醇钠反应的反应常数的影响
根据大量实验归纳总结出一个近似规则，即反应温度每升高10℃，反应速率增加1～2倍，它也成为范特霍夫（Van't Hoff）规则。这种温度对反应速率影响可粗略计算：
式中： k t 表示 t ℃时的速率常数； k t +10 表示（ t +10）℃时的速率常数； γ 表示反应速率的温度系数，其值为1～2。
大多数化学反应符合上述规则，但并不是所有的反应都符合。温度对反应速率的影响是复杂的，归纳起来有4种类型如图3-33所示。
图3-33 不同反应中温度 t 对速率常数 k 的影响
第Ⅰ种类型的反应速率与温度之间是指数关系，其反应速率随温度的升高而逐渐加快，该类反应是最常见的，可以应用Arrehenius公式lg k =- E/RT +ln A ，求出反应速率的温度系数与活化能之间的关系。
第Ⅱ种类型属于有爆炸极限的化学反应，这时Arrehenius公式就不适用了。因为这类反应开始时温度影响很小，当达到一定温度极限时，反应即以爆炸速率进行。
第Ⅲ类是酶反应和催化加氢反应。即在温度不高的条件下，反应速率随温度增高而加速，但达到某一温度后，温度若继续上升，反应速率反而会下降，这主要是由于高温对催化剂的性能有着不利的影响。
第Ⅳ类是反常的反应，Arrehenius反应公式也不适用。随着温度升高反应速率反而下降，如硝酸生产中一氧化氮的氧化反应就属于Ⅳ类反应。
温度对化学平衡的关系式为：
式中： k 为平衡常数； R 为气体常数； T 为绝对温度；Δ H 表示热效应， C 为常数。
从上式可以看出，若Δ H 为负值时，为放热反应，温度升高， k 值减小。一般来说，对于这类反应，降低反应温度有利于反应的进行。放热反应需要结合化学反应的热效应考虑，找出最合适的温度。反应需要一定的活化能，即需加热到一定温度后才能开始反应；反之，若Δ H 为正值时，为吸热反应，温度升高， k 值增大，也就是升高温度对反应有利。因此，要把反应热、稀释热、溶解热和反应速率常数等加以综合考虑。
总之，温度对反应速率等有很大的影响，在工业生产上，升高温度常常是增加反应速率的有效措施。然而，随温度的升高，往往会引起或加剧副反应，对设备的要求也会提高，维护成本及能源消耗都会增加，也不利于安全生产。因此，工业生产中对反应温度的控制要综合考虑各方面的影响因素。
多数化学反应都是在常压下进行的，但有些化学反应需要加压，反应才会发生或在高压的条件下收率会有所提高。压力的变化对液相反应的影响不大，而对气相或气液相反应的平衡影响较为显著。压力对收率的影响，依赖于反应前后体积或分子数的变化，如果一个反应的结果是体积增加，则加压对产物的生成是不利的；反之，如果一个反应的结果为体积缩小，则加压对产物的生成是有利的。
式中： K p 为用压强表示的平衡常数； K x 为用摩尔分数表示的平衡常数；Δ V 是反应过程中摩尔数的变化（或体积的变化）。
由上式可知，收率取决于 K p ，它随 K x 的增加而增大。当反应体系的平衡压强 P 增大时， P Δ V 的值视Δ V 的值而定。具体有以下几种情况。
（1）如果Δ V ＜0， P 增大后， P Δ V 减小。由于 K p 不变， K x 必须增加，因此加压有利于反应的进行。换言之，就是加压使平衡向体积减少或摩尔数减少的方向移动。
（2）如果Δ V ＞0，情况恰好相反， P 增大后， P Δ V 增加。由于 K p 不变， K x 必须减小，加压将使平衡向反应物方向移动。因此，加压对反应不利，该类反应应在常压或减压条件下进行。
（3）如果Δ V =0，反应前后体积或摩尔数不变，则压力的变化对收率无影响。
压力除了对化学平衡有影响外，还有其他的影响因素。如催化氢化反应中，加压能增加氢气在溶液中的溶解度和催化剂表面氢的浓度，从而促进反应的进行。另外，在液相反应中，当温度已超过反应物或溶剂的沸点时，也可以加压以提高反应温度，缩短反应时间。
血管紧张素转化酶抑制剂贝那普利（benazepril）合成中的氢化反应在常压下收率很低，当加压至303.9kPa时，收率可达96%。
二芳基呋喃酮是诺菲呋酮合成工艺中重要的中间体，它的合成方法较多，其中以二芳基炔为原料，在金属催化剂及高压条件下即可选择性地一步制得，且收率较高。
