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上面概述的被当今学术界所摒弃的范式所涉及的就是这种文化。近年来，人们了解了有关哈拉帕定居点的许多知识。在西北地区1000平方英里的三角形地带中，已知定居点的数量现已超过400个。目前很少有学者支持那数百个定居点是从西亚移植过来的这种观点，原来的旧观念已被几种不同的观念所取代，这些新观念说明了公元前3500年至公元前2500年之间，源自像梅尔加尔的新石器时代定居点的几个大城市和许多较小的附属社群是如何继续保持平稳发展的轨迹的。此外，一些学者已考虑到，可能会有突如其来的一系列外部刺激，促使旧的进化过程骤然进入新的城市形态，而印度河的下游、上游的摩亨佐-达罗和哈拉帕的大城市则是这些新的城市形态的代表。已知的哈拉帕遗址中，没有一个包含有能够证明两种假设的真伪的地层序列，因此，有关印度河城市化进程的问题仍然悬而未决，哈拉帕文明的其他方面的问题也是如此。
一个持续存在的谜团，涉及可能存在于公元前2500年左右的国家的性质。在假定印度西北部城市是美索不达米亚的殖民地的前提下，政府的模式被认为是相同的。人们提出了神权政体（theo-cratic polity）这一说法，它的中央集权控制程度超过了任何已知的西亚地区，因为印度城市所管辖的区域要大得多。人们认为，这个统一的国家从公元前3500年成立以来一直治理着广阔且具有同质文化的区域，直到公元前1500年左右被摧毁为止。
现在，那种假定的同质性被认为是过分夸大了，特别是考虑到由哈拉帕文化元素的分布所界定的区域覆盖了158000平方英里。所以，行政网格的延伸距离需要将哈拉帕城与最近在阿富汗北部的索尔图盖（Shortugai）发现的哈拉帕遗址群连接起来，但这是300英里的距离，考虑到地形和当时的运输条件，这非常不可能。
这些遗址的每个子区域都包含一个或多个人口密集的集群，它们位于河谷或沿海地区，因生态差异而区别于相邻的子区域。正是在这几种环境中，城市出现了，每个城市都成为一个农业村庄腹地的商业门户，而且现在认为，每个城市都是复杂的酋长制的地方政府的所在地，这种政府采用等级制，其权力、职能及合法性的来源都很多样化。除此之外，现有的证据不能让我们进一步得出什么结论，我们只是要强调，这种文明本质上是一种本土的发展，是在政治形式和其他方面与其他文明都不同的情况下演变而来。
没有任何文献可以解释摩亨佐-达罗和哈拉帕那些庞大“城堡”（citadels）和其他纪念性建筑中所隐含的高度城市控制，但人们认为，这些建筑所隐含的“政体”也会令人印象深刻，尽管这些城市不是同时，而是先后在一个不断变化的政治秩序中作为政治首都。这样的一个政体或多个政体本来会拥有堪与当时世界上任何一个政府媲美的强大权力，包括第三至第六王朝的古王国时期的埃及或位于克里特岛（Minoan Crete）的米诺斯文明。不过，直到很久以后才有了可以确凿证明有关该“政体”或任何其他印度“政体”的文献证据。
地图2 哈拉帕文化
无论它们的政府是怎样的，要维持这样一个由主要城市组成的网络，都需要很高水平的剩余生产、商业和精细的分工，而所有这些都在考古发现的外贸货物、作坊和谷物储存设施的遗迹中得到了证实。木材在建筑行业中被大量消耗，尤其是用于烧制建造华丽建筑和排水工程需要的砖块。实际上，森林砍伐和最终的河流侵蚀可能迫使印度河流域城市的撤离以及向东部和南部新土地的迁移，在那些地方，对较小的城市地区和农业居住区的考古发现了哈拉帕文明特有的商品和建筑遗址。
不过，由于没有发现任何可以被确定为专供国家独裁者使用的寺庙或宫殿的建筑，也没有可能保护他们免受攻击的坚固城墙，进而可推断一个强大而统一的政治体系的存在是不大可能的。在发掘出的众多当时的墓地中也没有发现任何可以支持统治贵族有可能存在的墓葬品，而且也几乎没有什么来自西亚的宝藏的存在迹象，尽管已有很多证据表明当时印度的西北部与中亚、伊朗南部、美索不达米亚以及海湾地区有着紧密的贸易关系。