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印宗成了慧能的弟子以后，慕名而来投师的人络绎不绝，慧能很快就有了几百名弟子，他就在法性寺中的菩提树下为众人说法。他自称是“东山法门”，名义上是阐发弘忍一系主要依据《金刚经》而发挥的佛法思想，实际上大都是在宣扬自己根据《金刚经》思想又进一步独创的东西。法性寺中仍保存着与慧能大师有关的瘗发塔、风幡堂、菩提树、六祖殿等著名遗迹。
因为前来依随慧能的人越来越多，法性寺容纳不下，第二年春，慧能即率弟子数百名，辞别印宗来到曹溪宝林寺。
宝林寺位于山水回合、峰峦奇秀的曲江曹溪村。梁武帝天监三年（504年），慧能率众回此寺时，正是寺院最不景气的时候。寺院荒废，守寺僧众也散伙离去，寺院的前后左右被陈亚仙所霸占。慧能见到此景，为恢复寺院，收回失地，他巧设妙计，对陈亚仙说：“现在堂宇破败，不足容众，贫僧欲求一袈裟之地，不知是否可以？”
陈亚仙问袈裟有多大，慧能就把袈裟拿出来给他看，他不知其中的奥妙，就答应了。岂料袈裟一展，尽罩曹溪四境，四天王也现身坐镇四隅。吓得陈亚仙目瞪口呆，慑于六祖法力之大，不敢与他争执。就这样，宝林寺才有了发展的余地。慧能就在这幽静秀丽的曹溪之畔，扩建寺院，广收门徒，登坛传法，宣扬他所创的顿悟学说，约三十多年，禅宗由此大兴。
慧能到曹溪没多久，韶州刺史韦璩仰其道风，亲自到宝林寺请慧能到韶州城中大梵寺为僧众说法。
慧能于是在大梵寺公开登坛传法，听者除韦璩及韶州诸官吏三十余人外，尚有儒士三百余人，僧尼道俗一千余人。韦璩令慧能的弟子法海作了记录，又加入后来的法语，这就是后世禅宗的宗经《六祖坛经》。
慧能在宝林寺说法之际，唐中宗曾请惠安、神秀这两位很有名气的禅师到宫中供养，询问禅法。二位禅师都说：“南方有慧能禅师，密受五祖弘忍大师衣法，可以请他来。”
唐中宗神龙元年（705年），中宗派内侍薛简迎六祖到京城，慧能不肯，推辞说久处山林，年迈风疾。薛简恳请说法，问道：“京城中有名的禅师都说要想得道，必须坐禅，大师意思如何？”
慧能说：“道在心悟，怎么能靠硬坐出来？您若是想得心法，只要一切善恶都不想，这样自然就能得清净心体，湛然常寂，妙处数都数不尽。”
薛简将此法要记录带回复命。中宗因此赠磨衲袈裟一领、水晶钵盂一只及绢五百匹以为供养。并命改宝林寺为中兴寺，由韶州刺史重修，并赐慧能新州的故宅为国恩寺。