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在中唐以后孟子升格运动进行之时，也有对孟子其人或其书提出质疑的学者，他们对孟子或疑，或非，或反，程度虽有不同，但不赞成提升孟子地位的态度则颇为一致。邵博的《邵氏闻见后录》曾汇辑疑孟之说达三卷之多
，司马光《疑孟》便是其中之一。
《孟子》一书，司马迁《史记·孟子荀卿列传》、班固《汉书·艺文志》、赵岐《孟子注》皆以为孟轲自作。三国时姚信始疑《孟子》之书乃孟子门人所记
，唐韩愈
、张籍
及林慎思
皆以为非孟轲所作，乃弟子共记其言。入宋，学者或以为该书系孟子所作，如朱子，或以为由孟子弟子作，如苏辙、晁说之、晁公武；唯林之奇以为不仅有孟子弟子所记，亦有再传弟子所记。
以上所述诸家，说虽不同，未尝以为孟子书有伪文不可信者。司马光、范祖禹、冯休、何涉则不然，以为《孟子》书中有伪。明姚福曰：“温公平生不喜《孟子》，以为伪书，出于东汉，因作《疑孟论》。”
此处姚氏以为司马光认定《孟子》为东汉伪书。然详观《疑孟》，未见司马光提及有关《孟子》成书时代之语。故姚福之言确否，殊难遽断。然司马光尝曰：
《虞书》称舜之德曰：“父顽，母嚣，象傲，克谐以孝，烝烝
不格奸。”所贵乎舜者，为其能以孝和谐其亲，使之日进以善，自治而不至于恶也，如是，则舜为子，瞽瞍必不杀人矣，若不能止其未然，使至于杀人，执于有司，乃弃天下，窃之以逃，狂夫且犹不为，而谓舜为之乎？是特委巷之言也，殆非孟子之言也。
可见司马光未尝以为《孟子》为东汉人所伪造，第尝以为《尽心上》“桃应问舜为天子”一章乃弟子或后人所假托，殆无疑义。司马光疑《孟子》有孟轲之言，尝上《论选举状》，曰：
旧制：明经以《周易》《尚书》为小经，今欲乞以《周易》《尚书》《毛诗》为一科，《春秋》三传为一科，皆习《孝经》《论语》为帖经。
温公所拟，其中无《孟子》，盖不欲以之策士也，这在当时引起了学者的讨论。范纯仁对此便不以为然，谓之曰：“《孟子》恐不可轻黜，犹六经之《春秋》也。”
温公从之，其事乃寝，然温公作为名臣有此建议，在当时引起了讨论，而时人知其主张，固可想见也，《涑水记闻》曰：
熙宁初，余罢中丞，复归翰林，有成都进士李戎投书见访云：“戎少学圣人之道，自谓不在颜回、孟轲之下。”其词孟浪，高自称誉，大率如此……居无何，复来投书曰：“三皇不圣，五帝不圣，自生民以来，唯孔子为圣人耳。孔子没，孟轲以降，盖不足言，今日复有明司马光，可继孔子者也。”
进士李戎第一次投书，谓不在孟子之下，不见引重，及第二次投书，知温公不喜孟子，故谓“孟轲以降，盖不足言”云云，希投温公之好恶也。李戎之辈，虽不能代表当时士子，然名臣学术之影响由此可见一斑。
一般来讲，新的学术思想的产生以至占据主流，必然会有一个艰难复杂的长期过程。在北宋，孟子升格运动虽为潮流，但也还有对孟子或疑或非或黯或贬的变调，随之逐渐发展成“尊孟”与“疑孟”两大思潮。所以在北宋中期兴起的疑经思潮里，司马光的《疑孟》并没有像在南宋尊孟基本成为主流的时期那样显得突兀，但也应该注意到因为司马光政治地位和身份的不同，其学说必然会在当时有较大影响，而这也成为此后余允文、朱熹对其疑孟进行批评的重要原因。
众所周知，王安石极为推崇孟子，曾撰《孟子解》，其子王雱亦曾撰《孟子注》。司马光在《致王介甫书》第一书中说：“光昔从介甫游，于诸书无不观，而特好孟子与老子之言。”
这一书信充分表明司马光深知王安石特好《孟子》。而这一事实往往成为“司马光《疑孟》乃是针对王安石的新学尊孟之特点”
意欲有为而发的重要根据。
但是应该看到，在这场关涉北宋新旧党争的学术争辩中，尽管王安石推崇孟子，但他并不否认扬雄的地位。在新旧党争激烈的北宋，司马光的疑孟思想可能是受王安石尊孟思想的刺激而发
，因为北宋疑孟思想与当时的政治斗争不可避免地有着紧密联系。但司马光的疑孟学说应该还有深层的学术根源，而不仅仅是缘于党争。
司马光作《疑孟》的由来，史载是疑《孟子》为伪书。“温公平生不喜《孟子》，以为伪书，出于东汉，因作《疑孟论》。”
晁公武在《郡斋读书志》中曰：“皇朝司马光君实撰。光疑孟子书，有非轲之言者，著论是正之，凡十一篇。光论性不以轲道性善为然。”
王安石曾谈到“今学者是孟子则非扬子，是扬子则非孟子”的现象，宋儒普遍舍弃扬雄而选择孟子作为“正统”的主流中，司马光则选择扬雄为自己的学术榜样。司马氏以父子至亲、师徒至亲、学术上私相授受的关系，尚且可以保持不同的孟子观。
司马光的《疑孟》共计十一则，前五则即“伯夷隘柳下惠不恭”“陈仲子避兄离母”“孟子将朝王”“沈同问伐燕”“公孙丑”，作于元丰五年（1082年）。后六则即“告子曰：‘性犹湍水也（云云）亦由是也’”“生之谓性”“齐宣王问卿”“陈子”“孟子曰：‘尧舜性之也’”“桃应问曰：‘舜为天子，皋陶为士，瞽瞍杀人，则如之何？’”，写于元丰八年（1085年）。其内容主要集中在三个部分：第一，孟子不尊君。司马光是一个服膺孔子“正名”主张、谨守君臣之际的人，他的政治理想是以礼为基础，在名分的制约下，建立起一个君臣上下、贵贱等级分明的体制。在这个体制中，君臣名分的确立是非常关键的因素。而孟子在《公孙丑下》“孟子将朝王”这一章中，揭举“齿”“德”用以与王爵抗衡，其意在凸显君臣的关系是相对的而非绝对的，以提高臣子的地位，这是司马光所不能接受的。第二，孟子对王霸的看法不正确。司马光一贯主张“霸王道杂之”，但在他看来，孟子在《公孙丑下》中所表达的仁政观念是不符合历史事实的，历来皇帝皆是王霸并用。第三，孟子对人性的看法有偏失。这主要关涉《疑孟》中的“性犹湍水也”“生之谓性”与“君子不教子”三节。司马光认为告子所谓“性之无分于善不善”和孟子“人无有不善”都是不对的，告子的举证不够周延，孟子“性善”则与事实不符。告子认为性如水，会受引导而东西流动，但这都是地势高低使得水如此流动，非外在人为引导所能为之，而“性无有不善”正好是“中人”的表现。孟子说“人无有不善”，但是尧子丹朱、舜子商均却无法转变其恶，故主张全为善与事实不合。此外，司马光还认为告子在接受孟子询问“白羽、白雪、白玉”之白是否相同时应该回答说“色则同矣，性则殊矣”，因它们的本性完全不同，况且孟子把犬牛之性与人性相比而言，足以证其雄辩。
尽管“尊孟”与“疑孟”在北宋几乎是同时存在的两股势力，但“疑孟”并未形成极大的影响，反而使“尊孟”大行其道。之所以如此，主要在于孟子学说从未被全盘否定，而“疑孟”者只对某些部分如性善、王道霸道、义利等内容提出不一样的看法。这些异议并未贬低孟子的身份，反而使之“愈辨愈明”。另外，有曾经身为宰相的王安石和皇帝的推崇，孟子的地位更是固若金汤。虽“疑孟”的司马光亦曾做过尚书左仆射，但为时非常之短，产生广泛社会影响的可能性非常小。
当然，温公《疑孟》还是对其弟子产生了一定的影响，最著名的当属晁说之。他曾著《申刘》《孔孟》《奏审复皇太子所读〈孝经〉〈论语〉〈尔雅〉札子》《辨诬》《儒言》等文章反对孔孟并称。
南宋初，胡宏作《释疑孟》，对司马光《疑孟》进行批评。他开宗明义地点明了自己作此文的意图：
司马文正之贤，天下莫不知，孰敢论其非者，然理之所在，务学以言可也。夫孟氏学乎孔圣，虽未能从容中道，还其行事，质诸鬼神，亦可谓厘中缕当矣。其道光大，如青天白日，而司马子疑之。愚窃惑焉，作《释疑孟》。有能青其狂简而相切磋者，吾与之友矣。
胡宏明确指出他写此文乃是针对司马光的《疑孟》，旨在为孟子辩护。虽然他很推崇司马光，但认为司马光疑孟于理多有不合。据胡氏所见，固然孟子思想中存有一些“未能从容中道”之成分，尚不能与孔子比肩，但孟子思想之重要价值却是人人得见，所以，他认为司马光对孟子的认识存在严重的错误。胡宏共列“辨”“舜”“仲子”“性”“仕”“霸”“德”“责善”“伐燕”“师”“理”“王”“卿”“学”十四个条目，对司马光《疑孟》进行了批驳。他认为司马光在许多方面并不真知孟子。他说：“孟子之言微且远矣。而司马子之贤，乃孔子所谓多学而识之，非知之者也。”
之后不久，张九成作《孟子传》，亦极力为孟子辩护，对司马光等疑孟学者进行了批评。四库馆臣对该书评价道：
是书，则以当时冯休作《删孟子》、李觏作《常语》、司马光作《疑孟》、晁说之作《诋孟》、郑厚作《艺圃折衷》，皆以排斥孟子为事，故特发明义利经权之辩，著孟子尊王贱霸有大功，拨乱反正有大用。每一章为一篇，主于阐扬宏旨，不主于笺话文句，是以曲折纵横，全如论体，又辩治法者多，辩心法者少，故其言亦切近事理，无由旁涉于空寂。在九成诸著作中，此为最醇。
四库馆臣对于张九成的《孟子传》基本是肯定的，但也注意到，他为了证明孟子倡行王道，并不是教唆诸侯不尊周而自为天子，在一些地方有“郑书燕说”之弊。张九成之后，余允文作《尊孟辨》，进一步维护孟子思想。该书包括《尊孟辨》三卷，《续辨》二卷，《别录》一卷。凡辨司马光《疑孟》者十一条，附《史剡》一条。余允文担心李觏的《常语》、司马光的《疑孟》与郑厚的《艺圃折衷》的非孟态度会让后人随波逐流，从而导致仁义之道的消减。因此，他的辩解便是直接针对李觏、司马光和郑厚而来。在四库馆臣眼里，余允文写《尊孟辨》是有其私人目的的，即窥伺宋高宗的意旨，迎合风气，并不是自发性地对孟子学说深感同情，而想要针对北宋人的非议作一辩解。朱熹曾在《与刘共甫书》中对余允文之人品作了恶评，似乎意味着“允文盖武断于乡里者，其人品殊不足重”
，但另一方面也不得不承认“然当群疑蜂起之日，能别白是非，而定一尊于经籍，不为无功。但就其书而观，固卓然不磨之论也”，
还是基本肯定了余允文在尊孟过程中的价值，对他们的质疑言论进行了逐条回击。