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哲宗元祐元年（1086年），司马光任门下侍郎。是年，作《徽言》。序中略云：“余少好读书，老而不厌，然昏耄日甚，不能复记。暇日因读诸子史集，采其义与经合者，录而存之。苦于秉笔之劳，或但撮其精要，注所出于其下，欲知其详，则取本书证之，命曰‘徽言’。置诸左右，时取观以自儆，且诏子孙。涑水迂叟，时年六十八。”陈振孙云：“司马光手抄诸子书，题其末曰：‘余此书类举人抄书，然举子所抄猎其词，余所抄核其意；举人志科名，余志道德。’”正月二十四日，奏乞罢免役钱，乞黄庭坚同校《资治通鉴》。后又进《稽古录》二十卷，书《进〈稽古录〉表》
。四月六日，王安石卒于金陵。司马光《与诲叔第二简》曰：“介甫文章节义过人处甚多，但性不晓事而喜遂非，致忠直疏远，谗佞辐辏，败坏法度，以至于此。今方矫其失，革其弊，不幸介甫谢世。反复之徒，必诋毁百端。光意以谓，宜优加厚礼，以振起浮薄之风，不识诲叔以为何如？”
对王安石进行了比较中肯的评价。
后又上《起请科场札子》，略云：“凡取士之道，当以德行为先，文学为后。就文学之中，又当以经术为先，辞采为后。……神宗皇帝深鉴其失，于是悉罢赋诗及经学诸科，专以经义、论策试进士。此乃革历代之积弊，复先王之令典，百世不易之法也。但王安石不当以一家私学欲盖掩先儒，令天下学官讲解，及科场程试，同己者取，异己者黜，使圣人坦明之言，转而陷于奇僻；先王中正之道，流而入于异端。若己论果是，先儒果非，何患学者不弃彼而从此？何必以利害诱胁如此？其急也。又黜《春秋》而进《孟子》，废六艺而尊百家，加之但考校文学，不勉励德行，此其失也。凡谋度国事，当守公论，不可希时，又不可徇俗。宜校是非之小大，利害之多少，使质诸圣人而不谬，酌于人情而皆通，稽于上古而克合，施之当世而可行，然后为善也。”
司马光明确反对王安石变法中以《三经新义》为唯一科举考试蓝本的做法。九月初一，司马光薨于西府。
在此期间，司马光利用有限的时间对自己的思想进行了系统的整理，而这集中体现在其一生最系统的哲学论著——《潜虚》之中。司马光去世时，《潜虚》虽尚未成，后由南宋张汉、张敦实补解，但书的框架和思想体系已比较详备。全书内容包括义理、图式、术数三部分，相互贯通，合为一体。义理以五行为基础，吸取了一定的阴阳、易卦、筮占的观念，构造出了天地万物生成的秩序，借以论证当时社会“一以治万，少以制众”统治秩序的合理性。书中图式则是按照气、体、性、名、行、命之序，制作了6个图，其中《行图》又包含了《变图》和《解图》，共为8式，并有些许文辞作解。术数部分则以1-5为生数，五行相乘得25为天数，6—10为成数，生数与成数即1—10的自然数之和为55，是天地之数；人分为10等，依次相迭而形成一个塔形，此正符合天地之数55，比喻人事由天命所定之理；天数25乘以3才成75，此为命数；虚其5而用70，此为筮数。此外，司马光还创造了一套筮占的新法，依诸数按其筮法加以推衍，以印证其义理，实属象数学的新派。今观《潜虚》之文可见，其中和哲学思想的基本纲领已经比较完备。