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此后仁宗庆历年间，司马光在游宦、服丧之余，如饥似渴地披阅史籍，探索国家长治久安之道，写出了一大批颇具创见的史论，这为他日后在政治上的卓然作为和修史工作打下了坚实的基础。在《管仲论》中，司马光对荀子“修礼以王，为政者强”
的思想加以扬弃，提出“必以礼乐正天下，使纲纪文章粲然，有万世之安，岂直一时之功名而已邪”，首次表露了自己的礼治思想。在《贾谊论》中，他认为贾谊重外轻内，“可谓悖本末之统，谬缓急之序”，不知治本，充分体现了其“守内虚外”的治国思想。在《十哲论》《才德论》中，司马光认为“政事、言语、文学之高者，不足以当德行之卑者”，主张“才德两全，宁舍才而取德”。在《送李推官序》中，司马光认为：“夫人非至圣必有短，非至愚必有长。至愚之难值，亦犹至圣之不世出也。故短长杂者，举世比肩是也”，
扬雄性三品的思想对他的影响已初露端倪。又作《原命》，略云：“子罕言命，子贡称‘夫子之文章可得而闻也，夫子之言性与天道不可得而闻也’。是则天道精微，非圣人莫能知。今学者未能通人理之万一而遽从事于天，是犹未尝操舟而欲涉海，不陷溺者其几矣。……夫天道窅冥恍惚，若有若亡，虽有端兆，示人而不可尽知也。非天下之至神，其孰能与于此。是以圣人之教，治人而不治天，知人而不知天。《春秋》记异而说不书，唯恐民冒没猖狂以趋于乱也。”
他针对当时儒者动辄言天道性命的做法表示强烈反对，此处提出的“治人而不治天，知人而不知天”的观点代表了司马光在青年时期有关天人关系的阶段性思考。除此之外，司马光还在其《廉颇论》《邴吉论》《机权论》《四豪论》等史论中，表达了他重人事、仁义与机权的统一、人治、评价历史人物的标准等，表明这一时期司马光思想的规模和基本观点已基本形成。约于是年，司马光始读《太玄》，又作《说玄》，略云：“扬子云真大儒者邪！孔子既没，知圣人之道者，非子云而谁？孟与荀殆不足拟，况其余乎！……且扬子作《法言》，所以准《论语》；作《玄》，所以准《易》。子不废《法言》而欲废《玄》，不亦惑乎？……然《易》，天也；《玄》者，所以为之阶也。”
庆历八年（1048年），刚刚升任枢密副使的庞籍推荐司马光为馆阁校勘，司马光于此时完成《孝经指解》和依据《集韵》《说文解字》及经传写成的《名苑》。皇祐二年（1050年），司马光三十二岁，同知太常礼院，乞印行《荀子》《扬子法言》。闰十一月，作《与范景仁论乐书》，此后三十年间一直与范镇讨论礼乐、中和问题。皇祐三年（1051年），司马光由馆阁校勘晋升集贤校理，又兼史馆检讨，预修“日历”。皇祐四年（1052年）八月，作《秀州真如院法堂记》，中云：“抑光虽不习佛书，亦尝剽闻佛之为人矣。夫佛盖西域之贤者，其为人也，清俭而寡欲，慈惠而爱物，故服弊补之。”并劝诫世人“必深思于本源，而勿放荡于末流”，
对佛教的基本观点已历历可见。至和元年（1054年），与王安石同为群牧司判官。嘉祐二年（1057年）九月，作《迂书序》《功名论》《知人论》《古文孝经指解序》《进〈古文孝经指解序〉表》。
嘉佑三年（1058年）五月二十三日，司马光作《朋党论》，云：“夫君子小人之不相容，犹冰炭之不可同器而处也。故君子得位则斥小人，小人得势则排君子，此自然之理也。然君子进贤退不肖，其处心也公，其指事也实；小人誉其所好，毁其所恶，其处心也私，其指事也诬。公且实者谓之正直，私且诬者谓之朋党，在人主所以辨之耳。是以明主在上：度德而叙位，量能而授官；有功者赏，有罪者刑；奸不能惑，佞不能移。夫如是，则朋党何自而生哉！”
司马光针对当时社会的朋党问题，提出解决该问题的关键还在君王的观点。七月，上《三德》《御臣》《拣兵》三札，首次将自己以“仁、明、武”为核心的中和政治哲学充分地展现了出来。八月十七日，呈《进五规状》。八月二十五日，呈《论举选状》，云：“欲乞以《周易》《尚书》《毛诗》为一科，三《礼》为一科，《春秋》三传为一科，皆习《孝经》《论语》为帖经。”
闰八月八日，呈《十二等分职任差遣札子》乞将官员分等管理，以进退群臣。此与其在《潜虚·名图》中所列的将社会分为十等进行管理的思想基本一致，亦成为后面《潜虚》思想的萌芽所在。
嘉祐七年（1062年）六月二十九日，上《谨习疏》。七月，上《财利疏》，倡省国家之用，以解财匮之患，与王安石“罔天下之利”观点出现分歧。宋英宗治平元年（1064年），司马光进《历年图》五卷。治平三年（1066年），作《情辩》，提出：“是非有道者之言也，夫情与道一体也，何尝相离哉？”
阐发了在情论上颇有特色的“情道一体”论。正月二十日，作《性善恶混辨》，认为：“孟子以为人性善，其不善者外物诱之也，荀子以为人性恶，其善者圣人之教之也，是皆得其偏而遗其大体也。……如孟子之言所谓长善者也，如荀子之言所谓去恶者也，扬子则兼之矣。韩文公解扬子之言以为始也混而今也善恶，亦非知扬子者也。”
司马光于此文中揭示了其善恶中和杂处的人性论的基本观点，即继承发展了扬雄的人性论，并以为圣人亦是善与恶的杂处体。此间以龙图阁直学士奉敕修纂《类篇》。夏四月丁丑，司马光奉诏编集历代君臣事迹，并上奏荐刘恕、刘攽同修。
治平四年（1067年），英宗崩，神宗即位。神宗赐《资治通鉴序》于司马光，令其补修《资治通鉴》。十二月，据《〈类篇〉后记》知，《类篇》书成。宋神宗熙宁元年（1068年），七月十一日，迩英奏对，作《迩英留对录》。
不数日，王安石任参知政事。熙宁二年（1069年）六月，司马光上《论风俗札子》，对当时社会由义理之学兴起所引起的不良后果，及当时儒者渐入老庄的思想倾向进行了激烈批判，这也可以看出他与讲“性与天道”问题为中心的理学家的不同。八月五日，司马光针对王安石变法上《体要疏》，全面阐述自己的治国理念。十月，迩英进读，与神宗、吕惠卿等论变法事宜，后作《迩英读〈资治通鉴〉录》。略云：“荀子曰：‘有治人，无治法。’故为治在得人，不在变法也。上曰：‘人与法，亦相表里耳！’光曰：苟得其人，则无患法之不善；不得其人，虽有善法，失先后之施矣。当急于求人，而缓于立法也。”
熙宁三年（1070年）正月二十七日，司马光成《与介甫书》，后又有《与介甫第二书》《与介甫第三书》，劝王安石罢去新法。五月二十一日，作《四言铭》，略云：“聪明勇健之谓才，忠信孝友之谓行，正直中和之谓德，深远高大之谓道。”
九月，上《奏弹王安石表》
。十一月二日，朝辞进对，乞免永兴军路青苗免役钱；并作《训俭示康》，告诫子孙要把握好欲求与德行修养之关系，确立崇尚简朴的家风。
从1038年中进士到1071年，在三十余年的时间里，司马光除了为父母服丧外，其余时间皆在朝为官。在伯乐庞籍、欧阳修等人的推荐下，司马光的职位越来越高，对很多问题的认识也越来越深刻。有了为宦经历的累积和砥砺，司马光的哲学思想逐步形成并日益丰富，大量的史论和奏札将其思想和智慧展现得淋漓尽致。