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大肠疾病依照病因，大致可分为以下几大类：
1.功能或结构性疾病
（1）过敏性大肠综合征（亦称肠易激综合征）。
（2）便秘。
（3）缺血性结肠炎。
2.感染性疾病
（1）大肠憩室炎。
（2）阑尾炎。
3.发炎性疾病
（1）克罗恩病。
（2）溃疡性结肠炎。
4.肿瘤性疾病
（1）大肠直肠息肉。
（2）大肠直肠癌。
大肠内部生活着上千种有益菌群，它们有着不同的功能。
大肠所吸收的部分物质来自大肠内部的菌群。未被消化的多糖类物质（纤维）被大肠内菌群分解为短链脂肪酸，并通过被动运输的方式被吸收，而大肠所分泌的重碳酸盐则帮助中和短链脂肪酸生成过程中产生的多余酸性物质。
大肠内的菌群还会产生大量的维生素，其中以维生素K和生物素（B族维生素成员之一）为主，这些物质也会被吸收进入血液。虽然大肠中产生的这些维生素含量只占人体每日总需求量的很小一部分，但是当通过饮食摄入的维生素不足时，这部分由肠道产生的维生素就变得非常重要。如果一个依赖肠道产生的维生素生存的人同时服用了抗生素，那么就会因为肠道内的菌群无法正常生存而患上维生素缺乏症。
有一些细菌代谢后会产生气体——主要是氮气与二氧化碳的混合物，还包括少量的氢气、甲烷以及硫化氢，这些气体是由未消化的多糖类物质发酵产生的。此时人体会出现“肠胃胀气”或者“屁”。还有一些细菌对于某些组织的形成与成长至关重要，比如盲肠和淋巴系统。
大肠内的菌群还会参与一些交叉反应性抗体的生产，这些抗体由免疫系统产生，用来防止某些病原体入侵。
大肠内最常见的是类杆菌属细菌。最新研究显示，这类细菌也是导致大肠炎和结肠癌的原因之一。此外，双歧杆菌属细菌也很常见，它们通常被认为是“友善的细菌”。
另外，大肠黏膜所分泌的黏液，可以保护大肠免受偏利共生型细菌的攻击。