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《禁止生物武器公约》签署之后，全球生物武器研发纷纷转向防御生物恐怖。一些学者认为生物战争从来没有停止过，若第三次世界大战爆发，生物武器可能死灰复燃。
自新冠肺炎疫情肆虐以来，国内外许多科学家、媒体都关心新冠病毒是不是人工改造的病毒，至今争论不休，估计短期内难有结果。在科学没有搞清楚、事实又不充分的情况下，我们只能等待。但由于防御生物武器事关人民健康、国家安危，人们十分担心、极为关注。
核武器大国相互检查、相互监督、相互制约的机制，在《禁止生物武器公约》执行中远远没有实现，因为国家之间技术差距大，没有相互制约的能力。《禁止生物武器公约》能否禁止生物武器研究尚不明确。
生命科学和生物技术的快速发展，带来了新的潜在生物威胁。虽然所有恶意利用生物技术的行为都是被禁止的，但由于生物技术的“有益”或“有害”难以清晰划分，《禁止生物武器公约》履行面临难以操作的现实问题。
当前，全球生物安全战略已逐步由传统的禁止生物武器，扩展到防范生物恐怖主义、两用生物技术谬用等热点问题，防范生物恐怖、防控传染病、加大两用技术的监管力度、防止技术滥用已经成为未来生物安全战略的重中之重。各国政府应限制危险病原体的高风险功能获得实验，并管制所有双重用途研究。
为了提高《禁止生物武器公约》的法律效力和约束力，一些缔约方建议采用问责机制、同行审议、透明措施、遵约框架、适度扩大履约支持机构、建立开放式工作组等办法，但是这些办法目前仍然在讨论之中。随着国际竞争格局的悄然变化，加之各国在生物技术基础设施、创新能力、人才储备、研发经费等方面存在巨大差距，禁止生物武器、防御生物恐怖的难度实际上越来越大，迫使一些国家处于不得不防的危险境地。