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在松江新桥战役中，开字营弁勇重伤八十余人，阵亡十人，程学启亦负轻伤。自此以后，程学启便受到了李鸿章的特别器重，被李鸿章视为左膀右臂。
程学启乃太平军降将，要是他还在重视门第身世的湘军中，无论如何得不到如此的青睐，其实即便在淮军将领中，也有人对此持有异议。
统将刘秉璋早年即师事李鸿章，他也是淮军中除李鸿章外唯一的进士，然而自觉亦未能得到重用。若干年后，李鸿章的弟弟李鹤章对他发牢骚，认为自己在淮军中混得不算得意的原因，是年轻时没能取得大哥那样的功名之故，“恨不能读书成进士，入词馆（即翰林院），为带勇根基”。刘秉璋就信口把淮军将领列为十等，太平军降将为第一等，第六等为秀才，以后按功名往下面排，进士、翰林分列第九、第十，为最下等。李鹤章适为秀才，刘秉璋便戏谑地对他说：“李公你本为第六等，又何必羡慕第九、第十等呢？”
刘秉璋日后能作此愤激之语，当初在淮军中也不可能不露出情绪，其他人亦有不满和非议，但李鸿章置若罔闻，依然以实际功劳和能力，作为擢升将领的标准。经李鸿章奏请朝廷许可，程学启被授副将衔，并赏“勃勇巴图鲁”（巴图鲁是满语“勇士”的音译，清廷用来表彰武功，故而又有勇号之称）。不久，李鸿章又给程学启增添了一个营，使开字营由两营扩至三营，打破了淮军各营头原来都只有一、二营的状况。
松江解围后，青浦等地仍有太平军分守，太平军若集中其主力精锐，仍可由青浦冲入上海地区。1862年8月初，李鸿章命程学启、韩正国、滕嗣武统率所属各营，自虹桥拔队，谋攻青浦，同时又调华尔由松江带常胜军前来会攻。
常胜军以轮船驶进内河，安放大炮，轰倒了数段城垣，淮军则自东、北两门助攻，经过数日激战，迫使太平军放弃了青浦。在这次作战中，英法联军又做了看客，连英国观察家也不得不承认，淮军的努力已使得英法在上海的军事行动变得多余了。
太平军再次调集大部队，先是反攻青浦，在反攻不成的情况下，又进围北新泾，淮军多营被围。这些部队不是程学启的开字营，被围后可能坚持不了多久，李鸿章急坏了，在与李鹤章密商后，决定将驻扎青浦等地的前营人马留下一半用于防守，另外一半抽出来，急趋泗泾、七宝，抄敌后路。与以往不同的是，这次李鸿章特别赋予副将程学启以兵权，下令出击部队都必须听从其调遣。
部署已毕，李鸿章亲督上海老营七成队伍，直趋北新泾，以便对敌人进行前后夹击。在老营队伍中，韩正国所统亲兵二营首先接仗，亲兵营设有洋枪小队，洋枪以及劈山炮的数量在淮军各营中居于首位，二者火力加起来，并不比对手逊色多少。太平军不知虚实，先打亲兵营，结果碰上了硬茬——新兵营一俟对方冲近，便以劈山炮夹洋枪、抬枪齐发，太平军猝不及防，招致大败。
险情出现在包抄一方，在程学启指挥前营抵达七宝前，太平军已经提前一步占领了那里，隔断了他们与老营的联系。在这种情况下，程学启下令在七宝街北横排五营，街南横排五营，摆好了迎敌的阵势。午后三时，太平军出击，程学启在街北、街南往来调度，裹着对方打，让其左右招架，难以应付。双方鏖战多时，太平军支持不住，溃败而走。
次日，李鸿章与程学启的夹击战术奏效，北新泾之围得以解除，被围诸营获救。程学启、韩正国都在此役中立了大功，程学启更是被叙功擢升为记名总兵。由于认为青浦打下来后，只有程学启才能守得住这个前敌县城，李鸿章便让他率一千五百人同水师一营（该水师系李鸿章到沪后组建的水师）防守青浦。
程学启已成为李鸿章的心腹爱将，李鸿章毫不吝惜地褒奖他为“沪军第一骁将”，称其有勇有谋，阵前既能拼命又具用兵方略，为“十余年来罕有之将”。虽然李鸿章当初向曾国荃借用程学启时，就知道程学启能打，但还不知道他这么能打，因而在致曾国藩的信中，又连连向他及曾国荃表示感谢。
至于韩正国，主要依赖的还是所部武器精良，或者说得更直接一点，就是靠的洋枪，李鸿章由此更坚定了自己的选择，决定继续购入和装备洋枪。