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说到筹饷，湘军分兵援沪后，援沪部队的军饷势必只能就近取自于上海，这也是湘军此次赴援上海成败的关键。曾国藩从前吃够了客军作战的苦头，如今自己虽身为两江总督，按例可节制江苏巡抚（上海在江苏巡抚的管辖范围之内），但中隔敌区，孤军赴援，鞭长莫及，实权仍操于巡抚之手，如果此人依旧跟你唱对台戏，那可咋整？
除向上海派兵遣将外，曾国藩准备保举李鸿章署理江苏巡抚，这就等于是买了双保险：只要援沪部队作战不失利，能保住上海并收复失地，饷银就决不会没有着落。
即便这样，曾国藩仍未考虑让李鸿章担任援沪主帅。在三番五次催了又催，曾国荃就是不肯动身的情况下，他又属意湘军将领陈士杰，让他招兵赴沪，但陈士杰却视此为畏途，以母亲年纪大，需要奉养为由力辞。
见曾国荃、陈士杰均不愿前往，曾国藩不得不派李鸿章、黄翼升先行赴上海。李鸿章很爽快地把这份曾国荃不屑挑，陈士杰不敢挑的担子接了过来，受命之日，脸上没有半点难色，反而喜气洋洋。曾国藩一向都认为李鸿章是个敢做大事，能做大事的人，见状便笑着对他说：“少荃，你这一去，我就高枕无忧了。只是我这里从此少了一个得力帮手，可是又有什么办法呢？”
1861年12月15日，曾国藩正式密荐李鸿章署理江苏巡抚，援沪主帅也同时由李鸿章兼任，让他带淮扬水师五千，再拨陆师六七千东进。
曾国藩所拟拨的陆师六七千人，即为正在招募中的淮军。湘军的招募办法是由大帅选拔统领，统领选拔营官。若以军职而论，大帅是曾国藩、胡林翼，李鸿章在湘军中只是一个统领，只需选拔好营官，就算完成任务了，所以他并没有返归故里，而是坐镇安庆，通过派人或通信等办法进行征召。
李鸿章对庐州人情较为熟悉，最早投书报效的也是以张树声为首的庐州团练首领，所以李鸿章首先写信把张树声请到安庆，两人见面后谈得十分投机。张树声回去后不仅自己募勇相从，而且还左提右挈，把刘铭传等庐州团首都动员了起来。
在庐州团练之外，李鸿章还征召了庐江团练。安徽各团练一方面与太平军、捻军争战，另一方面他们彼此之间也互争雄长，一般都是太平军、捻军来了，就一致对敌，太平军、捻军走了，便在内部打成一团。
李鸿章征召庐江团练，靠的是潘鼎新，潘鼎新虽是庐州团首，但籍隶庐江，在庐江民团中说得上话。潘鼎新在进京赴试时，曾拜在李文安门下，后来李鸿章考取进士，又改拜李鸿章，二人始终都有联系，为了组建淮军，李鸿章特地致函潘鼎新，并通过潘鼎新串联了庐江团首吴长庆。
淮军在建制上完全复制于湘军，所谓“湘淮营制同一家法”，按照湘军营制，营官还需选拔哨官，哨官选拔队长，队长再招募勇丁，但团首们手中已均有现成的队伍，无须重起炉灶，所以仅仅两月之间，就已成军四营。各营均以营官的个人字号命名，分别为张树声的树字营、刘铭传的铭字营、潘鼎新的鼎字营、吴长庆的庆字营，树、铭、鼎三营均出于庐州，只有庆字营出于庐江。
在李鸿章正式招募淮勇前，湘军系统已有三营淮勇，其中有一个是张遇春所统带的春字营。张遇春原为李鸿章办团时的嫡系部将，此前应李鸿章之召，加入了湘军，如今李鸿章奉命招募淮勇，张遇春便又重归其节制。春字营的勇丁均为曾国藩所招募，皆属安徽无为、运漕一带人，称为“老勇”。
1862年2月下旬，李鸿章所募淮勇陆续抵达安庆北门外驻扎。加上春字营，五营淮军共计三千五百人，曾国藩命令一律遵照湘军的营规来进行训练，各营器械装备的使用，饷银粮草的数目，也完全依照湘军所定的章程办理。
淮军五营为淮军的核心力量，但除春字营外，其余四营均为由旧有团练升级而成，虽然也有战斗经验，然而都未打过大仗、硬仗。李鸿章深感以如此单薄的实力，难膺远征重任，弄不好一上仗就吃个大败仗，也未可知，因此恳请曾国藩调拨数营，以加强淮军的战斗力。
曾国藩也认为淮勇兵员太少，不能独当一面，遂允其所请，陆续调拨八营计三千湘勇归其节制。其中有四营亦为新勇，即江苏方面派人在湖南招募的林字营两营，以及曾国藩招募的湘勇两营（熊字营和垣字营）。剩下四营则皆为湘军中最精锐的部队——曾国藩自己的亲兵营（也称督标亲兵营）两营，程学启的开字营两营，后者还是李鸿章从曾国荃手里借来的，因为程学启原系安徽太平军的降将，故而营中多两淮子弟。
编组就绪后的淮军，共计十三营，六千五百人。原湘军淮勇三营里的李济元营，本来也已由曾国藩拨归李鸿章统辖，但淮军援沪时，该营被留滞于皖南，后又调守它地，未再加入淮军。
有人把湘军与淮军的关系，比喻成是一对母女，所谓“湘军是淮军之母”的说法即源于此。淮军援沪，犹如是湘军嫁女，曾国藩所给予“妆奁”之丰厚，超出了一般人的想象——湘军历来都奉行兵为将有，帅不干涉的成规，湘军统领都须自择营官、哨官来招募队长、勇丁，大帅甚少把各营调来拨去。更不用说，李鸿章从湘军中得到的调拨兵力，实际已占到淮军成立时兵力的十分之六，从这个意义上，甚至可以说淮军就是湘军的一个分支。