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李鸿章辞幕离营之时，正值祁门大营困厄之际，曾国藩对此又生气又伤心，偶一提及，便不禁感叹：“此君难与共患难。”
还是胡林翼了解曾国藩，在写信安慰他的同时，劝他说：“李某始终会有自己知道不对的一天的，你应该继续对他进行引导，这样对我们湘军的发展大有好处。”
曾国藩经过冷静思考，认为胡林翼言之有理，便写信给李鸿章，请他出任南昌城守事宜，以抗拒南路西征的太平军。李鸿章也念及昔日师生、幕主之情，直接写信或由胡林翼代劝，让曾国藩及早移军，先清江西内地，再图他处。看到曾国荃、左宗棠也都赞同李鸿章的意见，曾国藩终于决定将大本营移于东流，始终环绕不去的危情至此才逐渐得以消除。
李鸿章自回南昌闲居后，亦常有“济时谁识栋梁才”的伤怀，也考虑了自己除湘军以外的出路。一年前，李鸿章曾被朝廷授以福建延建邵道遗缺，为此他写信向同年好友、正告养在籍的福建人沈葆桢诉苦，并打听是否可以到福建去任道员之缺。沈葆桢回信劝阻：“福建方面的事糟糕到了极点，你到这里来做官只是徒自枉费了你的才能。”
李鸿章的另一个同年、时任福建学政的徐树铭，也力劝他不要去闽。这使李鸿章颇为惆怅，他在写给徐树铭的回信中说：“鸿章从军八年，渐渐也体察到了时事的艰难、世路的崎岖，如今书生意气，已消磨殆尽。”
福建去不成了，李鸿章只得继续滞留南昌，在此期间，他收到了郭嵩焘的一封来信。郭嵩焘与李鸿章是好友，与曾国藩也私交甚笃，乃儿女亲家，他恳辞劝慰李鸿章，认为还是重回曾国藩身边为好：“试想今日之天下，除了曾公，还有谁是你可以依靠的人呢？即便你们过去有过误会，但你最终还是要依赖他的提携，才能功成名就。”
朋友的肺腑之言，令李鸿章内心受到极大震动。其实这本是他刚刚辞幕时，胡林翼对他的告诫，只是当时他头脑发热，听不进去，如今在家闲居，百无聊赖，感受就大不相同了。
重回曾幕，对李鸿章而言，已经成了最佳选择，但既已辞幕，如今复归，总还觉得有些难为情。李鸿章的处置方式，是一面逐渐增加与曾国藩的书函往来，向其献计献策，但一面又作矜持状，在曾国藩一再函催其归幕的情况下，均借故不行。
1861年6月25日，曾国藩再次致书李鸿章，情词恳切地请他回营相助一切：“你好长时间都不到我的大营里来了，实在不知是何缘故……如果不是嫌我对你不够尊敬，则请你火速来我这里相助，才是正理。”
凡事都有个火候，到这个时候，曾国藩已经给足了面子，李鸿章于是“好马也吃回头草”，即刻整理行装，赶至东流，重新投身曾幕。
此番分手后重聚，曾李这对师生不仅各自都已捐弃前嫌，而且重新认识和发掘到了对方的价值。以前李鸿章在幕府时，虽然曾国藩也对他极为倚重，但还没到身边非他不可的程度，这次李鸿章复归，简直被曾国藩当成了个宝，曾国藩对待他不仅比以前更亲热，而且一切军政要务，都要与之筹商。
是年9月，湘军攻占安庆，曾国藩也随即将大本营迁至安庆。在安庆的那些天，几乎每天早饭后，曾国藩必要与李鸿章久谈一次，晚上又要再长谈一次。据曾国藩在日记中说，有一次晚上交谈时，李鸿章谈到了曾国藩的缺点，且毫不隐讳，徐徐道来，而曾国藩也欣然聆听，两人越谈兴味越浓，至二更天方散，湘军初占安庆时，适逢咸丰病逝，事务繁杂，但曾国藩仍坚持与李鸿章商定后才处理。后来因为李鸿章丧妻，他在赶回南昌办理丧事，竟然造成了大营诸事堆积，而其他幕僚又无一人能够插手的情形，足见曾国藩倚任李鸿章之专。
对李鸿章而言，在经过八个月的赋闲之后，他也完全接受了胡林翼、郭嵩焘所告诉他的道理，即光靠其个人奔波，在功名仕宦上终究无望，他唯一的出路就是投靠曾国藩。明白了这个道理后，李鸿章不再像初入曾幕时那样焦躁，也不再有苦闷和不平之气，他平时安心辅佐曾国藩，在选将用兵、整军治饷方面都调理得井井有条，真正成为曾国藩身边一个不可或缺的得力助手。
曾国藩看在眼里，喜在心头，对李鸿章也更加信任，凡是他所掌握和研究的军政要诀，都一一悉心传授，实际已把李鸿章看成了他在军政方面的衣钵传人。