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独立思考是哈佛大学的第一教育原则。哈佛大学的教授在选择学生的时候并不以学生毕业于什么学校和考试成绩论英雄，而是更看重学生独立思考和解决问题的能力。
哈佛的学生一入校就会一遍又一遍地听到这样的话：“你们到这里，不是来发财的。你们到这儿来，为的是思考并学会思考！”
于是，经常有刚入学的新生问自己的导师：“教授，独立思考到底是指什么呢？”
教授们通常会说：“所谓独立思考，是指思维的主体——也就是你们，在进行思考时，不拘泥于过去的经验，不迷信权威，不屈从压力，不去扭曲思维和实践的规则，而只坚持实事求是，遵循真理。”
曾经，哈佛文理学院的一位学生问爱因斯坦对理科学生有什么忠告，爱因斯坦毫不迟疑地答道：“我要劝他们每天用一小时的时间抛开别人的意见，自行思考问题，这件事不易做，却很有收获。”在哈佛，独立思考的人从来都不是孤独的。哈佛学子威廉·詹姆斯在1903年开学典礼致辞时说：“真正的哈佛是无形的哈佛，藏于那些较为追求真理、独立而孤隐的灵魂里……这所学府在理性上最引人称羡的地方，就是孤独的思考者不会感到那样孤单，反而得到丰富的滋养。”
为什么要强调独立思考？那是因为独立思考不仅能使哈佛学子从学习知识的人变为创造知识的人，而且还能塑造他们的独立个性，让他们在众人中脱颖而出。哈佛学子都知道“方法比知识更重要”，用这句话来说明“杰出的人都是会独立思考的人”这个道理最合适不过了。因为知识有尽而思考无穷，学习知识，要学会独立思考才能学得更快、更好，才能举一反三、触类旁通，才能最终使学习知识的人变为创造知识的人。
而想要具备能够独立思考的能力，哈佛教授会告诉你，这仅仅需要打开你的思路，放远你的视线。因为如果视野不远的话，就会目光短浅；视野不广的话，就会为盲点所困。所以眼界要高，视野要开阔，这样才能够高瞻远瞩、目光长远，具备坐拥天下的大气魄。对哈佛来说，只有具备独立思考能力的学生才能在全球化时代背景下，打破时代限制、专业限制、信息限制、个性限制，拥有国际视野，以便更好地规划自己，把握机遇。
哈佛教授弗吉尼亚·约翰逊曾经说过：“我们必须时时进行思考。只有深思熟虑，才能战胜愚昧，在积极的思考中勇敢地面向未来。”思路决定出路，观念决定成败，即便在前方父母早已为你铺好了一条路，但是在生命的长途上，不可能有人会一直陪伴在你的左右。只有学会了独立思考，我们才能从容地面对人生长途。
哈佛大学不只允许而且鼓励人们从自己的特立独行中寻求乐趣，大学的主要努力方向就是使学生成为参与发现、解释和创造新知识或形成新思想的人。相应地，教学也从以知识传授为中心转变为教师指导下的学生自我教育。
哈佛教授也自觉地把独立思想原则落实到教学的每一个环节，把很多时间花在研讨课、个人或小组辅导、实验室工作和查询档案资料等。对学生的考核不再使用常规的考试方式，而是采用研究论文的形式。学生花在课堂之外的时间更多，他们独立探索未知的事物。这种做法更加强调了大学对学生能力培养的重视。